唐人在婆羅洲展開的戰爭跟歷史上很多殖民地戰爭不一樣，由於婆羅洲本身人口非常有限，當地人的發展水平很低，白南大張旗鼓地調了一個陸軍團外加一個德意志旅，實際已經夠很多歐洲列強大一場高強度的殖民地戰爭了。實際上僅以統一婆羅洲論，白南認爲派出一個團的兵力，足以很好地消滅自己的敵人。
派出如此大量部隊的主要原因，還是白南追求的不僅僅是單純的軍事勝利，而是對於婆羅洲的徹底掌控。在一萬名婆羅洲衛戍軍改編爲大唐正規軍前往廣東後，婆羅洲的華人力量相對衰減了一點，西婆羅洲的華人人口約爲十萬左右，另外還有附庸於華人的當地土著三四萬，以及來自越南的難民二萬人左右，其中百分之八十爲女性，並且絕大多數已經嫁給了當地的華人。來自廣東的客家移民，大部分都是青壯年單身男子，他們迎娶了被帶到婆羅洲的越南女性之後，基本上都在本地生根。
西婆羅洲的發展甚至相較夏威夷都差一些，本地主要有一些熱帶種植園，用於種植稻米、橡膠和其他香料作物，再就是一些比較小規模的金屬礦藏，當地金礦是公私共同開採的，另外一些小鐵礦、小煤礦、小鋁土礦也在經營中，主要爲國內提供原材料。
婆羅洲爲世界第三大島，面積不小，但是實際有開發價值的礦藏和資源都不多。這也使得婆羅洲不太可能成爲大唐一個主要的人口輸出地。當然這也並不阻礙唐人對於土地的熱情。
德意志第一旅攻陷文萊之後，隨即不久便有一船的廣東移民抵達，數量不多，只有三百多人。而這批移民來到文萊之後的第一件事，居然是清理被血洗的城市。
文萊城是此時除坤甸之外的婆羅洲第二大城市，人口數萬人，主要是以穆斯林馬來人爲主，也有一些綠教化的當地土著。事實證明，即便是經過了大唐軍事體系半年多的訓練，德意志人仍舊是這個時代的德意志人，他們對於“劣等民族”是沒有什麼同情心的。再加上李岱宗有意放縱，並暗示對當地綠教勢力進行清理，使得德意志士兵們在文萊大肆縱兵劫掠，並且對當地人進行了不小的殺傷。
事後統計，至少有一萬人死在了文萊，而這個統計數據，是絕對不會登上任何的文件的，就算是機密文件都不會。甚至遠在上海的白南，也對這個數字避而不見。這畢竟不是什麼光彩的事情。更多的馬來人被控制起來，人身自由被相對限制，他們仍舊被允許生活在自己的房舍裡，不過全部從屬於一個個的生產公社，開始在華人的指揮下，進行各種生產工作。不安分的傢伙通通都要被清除，而且公社組織鼓勵互相舉報，甚至還給舉報人以獎勵。
德意志第一旅之後又繼續向東，控制了名義上屬於蘇祿王國的沙巴一帶，當地的綠教勢力也同樣遭到了重擊。事後，大批的馬來人再度遷移，離開了婆羅洲，十年之內在婆羅洲的綠教馬來人人口縮減了超過七成。很多人逃到了菲律賓羣島的摩洛蘭，也就是棉蘭老島等地，有些人逃往了馬來半島，甚至更遠的抵達了印度次大陸。
與此同時，原婆羅洲移民子弟組成的建威團，也從海上進發，攻克了南婆羅洲的馬辰、三馬林達等地。儘管在此之前，唐人跟這些蘇丹國幾乎沒有打過任何交道，也無冤無仇，不過唐軍還是主動將他們清剿消滅了。
整個婆羅洲戰爭持續了大約兩年零八個月的時間，從1780年下半年，一直持續到1783年年初，唐人利用僱傭兵和當地民兵乃至同盟土著的力量，逐漸消滅掉了所有婆羅洲的馬來人綠教勢力，最後一個蘇丹國被消滅之後，大唐共和國婆羅洲海外領成爲了唯一一個存在於婆羅洲的政權。
不僅如此，甚至在不久之後，爲了追擊馬來人的勢力，德意志兵團還攻入了菲律賓羣島的南部，也就是摩洛蘭地區。菲律賓北部的呂宋島和米沙鄢羣島爲西班牙人控制，直到另一位面中美西戰爭後西班牙把菲律賓輸給了美國人，南部的摩洛蘭也一直沒有徹底地控制下來。摩洛蘭居住的摩洛人均爲穆斯林，跟北部受西班牙人影響轉化爲天主教的他加祿人和米沙鄢人不同。後世的阿布扎耶夫武裝就是摩洛人的反叛勢力。
大唐德意志兵團順着蘇祿羣島、巴西蘭島，一直到棉蘭老島，摧毀了不計其數的綠教徒定居點，從這一點來看，德意志兵團更像是一支聖戰十字軍。對於德意志兵團的瘋狂殺戮，曾經也引起白南的擔憂，不過事實證明，德意志兵團在混合了自己的民族特性和大唐訓練之下，正在成爲極爲有效的戰爭殺戮工具。當他們被放出行兇的時候，會將整個地區殺得一片血紅，而當上級的命令到達令他們集結時，他們甚至會放棄多餘的戰利品和其他行動，立即集結統一起來，這讓很多大唐軍官感到震驚。
另一位面中小鬍子的納粹特徵，居然提前了一百多年，出現在了大唐的德意志兵團身上。作爲德意志兵團的主要軍官，李岱宗寫了一份內參報告，其中他認爲，德意志兵團的士兵重視紀律和榮譽，作戰堅毅勇敢，但是普遍文化水平比較低，擁有強烈的種族優越感，是非善惡觀比較淡薄，甚至很多人是道德敗壞的。這樣的一支兵團，是極其鋒利的雙刃劍，如果不妥善使用，可能會傷害到自身。
這也使得大唐軍方堅定了想法，避免讓這支兵團進入到大唐的本土乃至清國，而讓他們成爲自己拓張殖民地的急先鋒，或者在未來大唐可能參與的歐洲戰場上進行表現。
婆羅洲戰爭最終使得大唐獲得了整個婆羅洲，乃至蘇祿羣島、巴西蘭島和棉蘭老島等地的控制權，這讓荷蘭人比較擔憂，加強了對爪哇和其他殖民地的控制。而西班牙人也對大唐提出了交涉，甚至雙方一度還在菲律賓形成了對峙，不過並沒有什麼卵用。倒是，大唐對於綠教勢力的辣手，也讓荷蘭人和西班牙人看到了不錯的學習模板，同時也對自己控制下的殖民地大肆進行肅清，一時間整個東南亞的綠教勢力出現了大倒退。