在大明各地水利建設如火如荼進行的同時，遵照朱由檢的指示，各府州縣城市治理也在全面展開。
朱由檢對後世每逢雨季時，很多城市就會出現不同程度內澇的情景印象深刻，對於因連續強降雨而導致城市居民人身和財產受到巨大損失也是痛心不已，現在這個世界既然自己手中握有掌控天下的權利，那就應該對此作出力所能及的改變。
雖然他對如何防止城市內澇一竅不通，但這並不妨礙他能拿出相應的對策來。
於是，在崇禎二十年時，內閣根據他的授意行文天下，要求各地官府上報所在地有效防範內澇的規劃和措施，朝廷會優中選優，根據各方上報的方案進行彙總，並形成最終的解決辦法。
在內閣行文發出後的半年內，各地官府陸陸續續五花八門的方案和措施報到京師，孫傳庭等內閣成員召集工部堂官及有司專業人士，在經過悉心篩選和商討後，挑出數套方案後入宮呈送至御前，供朱由檢御覽定奪。
君臣在昭仁殿專門就此事進行了會商。
內閣形成的文案中，首先將發生內澇的原因一一列舉了出來，其原因大致爲以下幾點。
第一，經常發生內澇的城市都是建在低窪地以及滯洪區，因爲地勢太低的緣故，每逢當地暴雨不斷，洪水向地處流動，所以城市很容易便會被淹。
而與之相反的是，地勢比較高的地區不容易形成積水。
例如蘇州、無錫等老城雖然是水鄉城市，但是因爲老城都選擇地勢比較高的地區，所以不怎麼容易形成積水。
其次，排水系統不完善，排水石槽、乾溝、排水洞修建的太少，或者因缺少專業定期維護的原因而導致其發生堵塞淤積，導致積水無法迅速排出。
再次，城市中植被稀疏、水塘較少或根本沒有，無法儲存大量雨水，從而因“匯水”的現象形成大面積積水。
內閣在彙總各地官府上報本地相關措施時，對廣州府和贛州府上稟的情況產生了濃厚地興趣，孫傳庭特意將兩地官府的奏報呈送給朱由檢，並表示，內閣已對上述兩城的規劃進行了充分研究，準備在制訂城市防範內澇總體方案裡予以借鑑。
據廣州府和贛州府上稟的情況來看，從地方誌上來看，數百年來，兩城從未發生過規模較大的內澇，這一切都得益於前宋修建的相關設施。
例如廣州，爲了有效防範城市內澇，數代主官都在這上面費盡苦心，在歷時十幾年後，終於將相關設施修繕完畢，從此，廣州城基本告別了內澇給千家萬戶帶來的不便和損失。
這些排水設施及配套工程主要是兩個方面組成。
一是興建了東西兩城，二是開挖了六條排水、防洪，兼可防火、通航的大水渠，即“六脈渠”。
尤其是六脈渠與護城河的巧妙連接，從根本上解除了絕大部分形成內澇的隱患。
每到雨季，城內雨水、污水由街道小溝流入六條幹渠，然後排出河涌，城外的則排出護城濠，再流入珠江，從而使城內再無水患之憂。
而地處雨量充沛之地的贛州，更是因一條“福壽溝”而徹底告別了城內水患問題。
福壽溝綜合集成了城市污水排放、雨水疏導、河湖調劑、池沼串聯、空氣溼度調節等功能，甚至形成了池塘養魚、淤泥作爲有機肥料用來種菜的生態環保循環鏈，整個排水網絡“縱橫紆折，或伏或見”。
當初主持興建“福壽溝”的北宋贛州知府劉彝早已作古，但贛州人爲紀念這位賢臣而爲其修建的廟宇猶在，這座至今香火旺盛的小廟裡，劉彝捻鬚微笑的塑像已經矗立了數百年。
內閣給出的治理方案中，除了要求對城內外排水溝渠要與護城河之間互聯互通、城內鋪設的地磚要具有防水性、磚石之間要有適當縫隙利於雨水滲透之外，還對城中池塘、窪地數量做出了規定，而且窪地遍植青草蘆葦等綠植的要求也讓朱由檢讚歎不已。
這不就是後世各地普遍都存在的溼地公園的雛形嗎？
古人的智慧和前瞻性真是讓他大開眼界，也讓他感到佩服無比。
本來以他的意思，是想着仿照巴黎、倫敦、慕尼黑等歐洲城市解決內澇的措施和方法，來對大明城市進行改造的，但由於技術條件的限制，這種改造目前來看暫時行不通。
而內閣拿出的方案是最符合當下實際情況的，在可以預見的將來，在第二次工業革命到來之前，這個充分考慮了以大自然自身功能來有效化解水患的方案無異是最佳，也是最爲環保的。
水道是城市的良心，城市排水系統建設事關千萬民衆，所以切不可目光短淺，孫傳庭等人懂得借鑑古人，並根據現狀予以補充完善，這纔是重臣應該具備的優良品質，也體現出內閣諸人的施政能力還是非常過硬的。
在對一些細節提出了自己的意見後，朱由檢批准了這份大明治理城市內澇的總體方案，內閣將會把這個方案下發各地官府，然後再由當地官府根據各支實際情況，在詳細考察後拿出預算和施工時間，上報京師後再由內閣、戶部、工部審驗，之後再將銀錢劃撥各地。
這項龐大的城市改造計劃已在崇禎二十年下半年開始實施，最先開工的是南方諸多城市，由於北方大部分地區還處在半乾旱時期，所以江北城市改造工程將會稍後展開。
這項工程總體完工時間大約需要十年左右，據戶部做出的預算方案來看，需要花費一千五百萬左右的銀幣，動用僱工人數暫時無法統計，但應該不低於數十萬人。
十年，一千五百萬銀幣，每年支出一百五十萬，這點銀錢與工程完工後產生的各種效益來比算不得什麼，民生工程不能只看當時的投入，但凡是有一定眼光的朝官們都會看到其戰略價值。
水利、內澇這兩大工程陸續開建的同時，官道拓寬硬化的工作也一直沒有停止。