在這場戰爭中，印度尼西亞最高統帥當局的判斷錯誤已經不是一次兩次了，對於局勢的錯誤判斷使得整個雅加達攻略戰中，印度尼西亞軍隊完全處於在一個被動挨打的位置上，雖然前線部隊依然在做着相當頑強的抵抗，可是在猛烈的攻勢下，尤其是始終無法判斷出正確的兵力使用方向的情況下，衛戍部隊從來都沒有能夠被合理的使用到應該被使用的方向上去，譬如城南和城北，城西和城東。
對於印尼高層來說，難以接受的情況其實並不僅僅是前線作戰方面，城內糟糕的治安情況也是讓最高統帥當局最爲頭疼的一個方面，由於城內的情況異常複雜，尤其是大量平民擁擠在城內，更是使得城內情況變得更是糟糕起來。這些平民是最初爲了實行“首都決戰計劃”而被人爲地、有組織地遷入到城內的，爲的就是能夠依靠這些平民構築‘人體盾牌’，從而遏制中國人的攻勢。
當初實施這一計劃的時候，最高統帥當局倒是沒有考慮太多，譬如食品、藥物根本供應不上這麼多人口，城內已經開始出現了各種各樣的危機，譬如人口過於密集帶來的治安情況的複雜化，又譬如過分多的平民怎麼來合理的安排。這一切的問題都困擾着印尼最高統帥當局。食品短缺，使得城內已經開始出現了饑荒了，許多人每天只能領取到少量配額的食品，由於缺少食物，許多人每天都是飢腸轆轆，當那些最高統帥當局的先生們躲身在厚厚的地下掩體中，享受着各種各樣的美味佳餚的時候，他們的人民卻是在聊以遮雨的棚戶中忍飢挨餓，持續的雨水不僅僅使得城內洪水氾濫，更是污染了少得可憐的飲用水，使得難民們喝水都成了問題。
不得不說，這場大雨來得太是時候，卻也太不是時候了，大雨使得中隊的進攻一度被迫遲滯，而另一方面，這場持續了兩天的暴雨卻也使得城內洪水氾濫，糟糕的是，由於城北海港、濱海地區被中隊給攻佔控制了，排水系統因爲進攻部隊和中國人之間猛烈的炮火對轟而完全的陷入了癱瘓。大量倒塌的房屋建築堵塞了街道，磚瓦廢墟填堵了排水河溝，使得積水完全排不出去，一些較爲低窪的地帶甚至出現了污水倒灌的現象，大批軍隊和平民就只能在及膝的污水中躲避炮火轟擊。許多糧食和藥品及一些物資都被泡在了積水中，更糟糕的情況是，由於戰鬥過於激烈化，聯合國糧農組織和國際紅十字會的救援人員已經不敢進入城內，雖然中國人給與了這些人道主義組織以妥善的安排，但是畢竟現在的雅加達是交戰區，除了一些志願者之外，許多組織現在都嚴禁貿然進入城內。不過總算還好的是，城外，國際紅十字會和紅新月會等救援組織已經在中隊的幫助下建立了難民營。
那些難民營是由中國政府和軍隊建立起來的，國際紅十字會和紅新月會以及一些民間團體及聯合國組織幫助設立的，那裡還開設了臨時醫療點，主要用來幫助那些逃出戰火的平民，應該說是聯合國組織、中國政府以及人道主義組織都已經做到位了，能夠想到的都已經想到了，只是他們沒有想到的是，建立了這些難民營，卻是沒有難民來入住，這是什麼樣的一種情況。
不過就算是城外已經設立了難民營，可是卻並沒有多少城內的難民逃出去，除了附近城市的一些難民被安置入其內之外，雅加達城內的難民其實並沒有多少得以逃離這座“發生着本世紀最大一場人道主義災難”的城市。之所以出現這種現象，原因有多種，一個是最高統帥當局依然嚴謹難民離開原來的位置，爲了能夠充分地利用這些‘人肉盾牌’，最高統帥當局建立了較爲完善的區域管理制度，大批的軍警控制着每一個區域，這種制度就類似於沿革的保甲制一樣，軍事部門是嚴禁那些難民們任意流竄的，他們幾乎每一處地區都被嚴格地劃分了治安管理區域，這些以主要街道爲劃分區域線的管理區域，其內採取着較爲鬆散的管理方式，但是其外卻是嚴格封鎖，因爲最高統帥當局發佈的戒嚴命令便是“任何一條街道上出現的任何敵對軍隊或者非戰鬥武裝人員都將遭到射殺”，之所以這樣做，一來是爲了可以有效的利用每一片區域，採用平民與軍隊混雜的方式來遲滯中隊的進攻，二來，嚴格封鎖街道，杜絕一切非印度尼西亞及盟友軍事人員出沒，可以有效的防止中隊的小股特殊戰鬥部隊的流竄，那些神出鬼沒的中國特種作戰部隊的確是讓雅加達的最高統帥當局頭疼不已。
除了嚴格的難民管理制度之外，第二個原因便是如果想要出城，首先便是要經過交戰地帶，現在東南西北方向都是交戰，到處都是巨大的爆炸和密集的槍戰，就算是有平民逃出管理區，也沒有辦法經過交戰地帶。第一重阻隔便是印尼軍隊設立的防禦線，逃難的平民想要穿過那些防禦線實在是太難了，有着戒嚴命令上的那一條“射殺任何出沒在街道上的非印尼及盟友軍隊人員”，就足夠使得那片難民無法穿過印尼軍隊的防禦線了。而第二重阻隔則是交火區，現在中隊正在猛烈的進攻着印尼衛戍部隊防禦的陣地，幾乎各個方向上，尤其是進出城市的主要幹道上都在發生着激烈交火，槍林彈雨，炮彈橫飛，子彈飛竄，要想活着穿過這片充斥着死亡的交火區域兵不容易。
至於第三個原因便是中隊的沿革審查了，凡是對於從城內逃出的戰鬥人員及被俘人員，中隊反倒是很好處理，直接解除武裝，然後送入到戰俘營，而那些平民卻恰恰是最爲讓中隊頭疼的問題所在。一些印尼狂熱武裝分子，他們往往化裝成難民，然後在防禦部隊的‘關照’下，得以‘艱難’地‘逃’出城南，這些瘋狂的傢伙往往身綁炸藥、裝做急需要救助的模樣，趁着警戒的中國士兵放鬆警惕的時候拉響捆縛在身上的炸藥。
印尼人的這些行爲使得中隊承受了很多本不該承受的傷亡，最初的時候，當最高統帥當局挾持大量的平民龜縮在城市裡進行抵抗的時候，的確是一場讓中隊都感到頭疼不已的‘人道主義災難’，畢竟殘酷的巷戰讓交戰雙方死傷都很是慘重的同時，戰火中無法躲避的平民也同樣是死傷累累。這種情況在印尼政府的‘悲情牌’下，在西方的媒體別有用心的渲染下，‘雅加達的人道主義危機’使得綠黨、人權組織這樣的普世價值觀者開始打着民主的旗幟，嚷嚷着所謂人道主義的口號，開始對着北京高層大噴口水，指責中國人制造了這樣的‘人道主義危機’，是有組織、有預謀的‘種族滅絕’，並揚言要一紙訴狀送上海牙國際法庭，讓這個國際審判組織受理‘雅加達的危機’。
不過也有一些西方人士指出“首先捆綁難民”的並不是中隊，而是雅加達的政府和軍隊高層，首先是他們捆綁了平民，這才造成了隨後的圍城戰中人道主義危機的出現。但是這些理智者的話語並不是主流，在倫敦、在巴黎，在柏林，在紐約聯合國總部前，人們紛紛起來遊行示威，圍堵中國大使館、領事館，一時間，印尼人的確達到了他們預期的目的。使得中國政府在國際社會上頗爲被動。
然而誰也想不到的是，一件意外，卻是突然發生了，這起意外的發生一時之間竟然使得印度尼西亞政府高層所做的一切都付之東流，使得在國際社會上被動的角色驟然換成了印尼人。這場變故是誰也沒有想到的，也許真是如同英國著名首相-溫斯頓-丘吉爾在《第一次世界大戰回憶錄》中所寫到的那樣：“當人們看到引起大國間戰爭和許多糾紛的細小起因時，容易誤認爲是秘密外交的過失。當然這樣的小事僅僅是危險疾病的症狀，只有從這一點上說小事纔是重要的。在症狀後面存在着強大民族的利害、激情和命運。長期的對抗以瑣屑小事表現出來。從前有人說過，‘大規模的騷動由小事引起，但與小事無關。’老式外交的拿手好戲是使小事情不生禍害，此外別無能耐。”