沈默的苦惱也是百官的苦惱，因爲在相位穩定後。徐階終於騰出手來，開始刷新嘉靖朝渾濁不堪的吏治。
他首先開刀的自然是都察院。都察院御史職專糾劾百官，辯明冤枉，爲反貪風紀之司，從成立的那天起，就是大明朝官僚體系的監督者。是朝廷對抗**，提高行政效率的不二法寶。
然而嚴黨執政多年，早對都察院進行了數次清洗，將敢於直諫的正直之士或是罷官、或是流放，全換成自己的爪牙。將都察院變成了打擊異己、保護自我的看門狗，使其監督糾察的作用蕩然無存。許多不肯依附嚴黨的能臣清官被都察院彈劾下臺，而很多無德無能，貪婪成性的庸官贓官，卻安然無恙，甚至得以高升。
所以徐階的第一步，就是給左都御史胡植挪挪地方，倒也不愧，他。直接改任了大明朝最肥的差事，也是嚴世蕃一直盤踞的位置工部尚書。嚴黨自然不甘心失敗，在廷推時竭力反對，但徐階已經是首輔。提前跟六部九卿打好招呼，尤其是在山西幫的支持下，取得了足足七成的支持票。將胡植踢出了都察院，並將右都御史李煮順利的扶正。
徐階這回是用對人了，那李煮雖然走進士，但靠帶兵打仗以戰功上位，生性嫉惡如仇、做事雷厲風行，絕對不怕得罪人。一上任，他便開始整治手下的御史隊伍，立奏曰：“朝廷設風憲，所以重耳目之寄，嚴紀綱之任。近年以來，未盡得人，妄逞威福，是非到置，風紀廢弛。臣請將闔院御史盡數開革;令各部院、各承宣布政使司重新保舉，務要堂上官開具實行，移諮吏部，審察不謬，方可任用。其後有犯贓及不稱職，舉者同罪！”也就是說，將都察院一百多名御史全都解職，然後令中央地方各大員重新保舉，且在任用後，如果出現犯贓或者不稱職，舉薦的人將同罪論處。
如此激進的方法，不要說嘉靖了，就連徐階也不能答應，直接將其奏本枰回，命其重擬方案，並要求“緩一點”“輕一點”李煮修改後。又被打回。又修改、再打回。如是再三，他終於忍無可忍了，直接找到徐階道：“這是最後的方案了，如果不答應，我就不幹了
徐階知道他說到做到，也不想打擊他的積極性，終於同意了他最新方案設一年考覈期，綜合考量查實的彈劾數目，以及涉案官員的分量，爲所有御史排定名次，前三分之一者，將移文吏部予以晉升，後三分之一者，將以不稱職彈劾，絕不姑息。同時命各部院、各布政使司，舉蕃合適人選。並將其表現，計入推薦者的考覈中。
在徐閣老的努力下，這項仍很強硬的措施，終於獲得了硃批，已經憋壞了的劉煮終於可以行動了。他將一干御史集結堂前，大聲宣讀了聖諭，黑着臉對手下一干人道：“我知道這樣肯定會招人恨，也知道你們會恨我，但既然當了御史，就不能想着左右逢源，招人怕、惹人恨就對了！”說着重重一拍胸口道：“文官補飛禽、武官補猛獸，我們胸前卻是的神獸解亨，解秀是什麼？專觸不直、不正、不法者！是人間正氣的守護神，是奸邪小人的“鬼見愁。！太祖皇帝賦予我們糾察百官、風聞奏事而不論罪的權力，就是希望我們能像解秀一樣，與貪贓枉法者勢不兩立，保大明政治清明！”
“無數前輩沒有辜負太祖的期望，他們不畏強權、仗義死節，彈劾了無數鉅貪蠢國者，爲國除害的同時，也成全了自己百世流芳的美各，以至於人們一提起御史，便會肅然起敬，認爲是忠臣、是清官！”說到這，他重重嘆口氣道：“但這二十年來，我們和光再塵、我們同流合污，甚至助紂爲虐、爲虎作張，我們玷污了自己的神聖，我們喪失了自己的尊嚴和傳統，，你們捫心自問，大明朝立國二百年，可曾有哪一朝的御史。比我們還差勁？。
一席擲地有聲的講話，羞得衆御史都低下了頭，劉煮這才放緩了語氣。道：“我也知道，原先嚴黨執政，都察院也在他們手中，大夥兒有心殺賊、無力迴天，”才人在屋檐下，不得不低頭，這是時局使然，也不能全怪大家網說了兩句讓人寬心的，他又話鋒一轉道：“但現在壓制言路的人走了，沒有人錄奪咱們說話的權力了，如果還奉行“百言百當、不如一默”甚至還給別人當槍使。那請你這就離開，本官會讓你體面的轉到別處任職;你要是選擇留下來，就得遵守禦史的本分，不然休怪本官無情。本官這裡，只留志同道合的鐵骨男兒”。
無論心中作何感想，衆御史都齊聲應和道：“願與大人同志，復我御史美名！”“好”劉煮猛一揮手道：“衆御史聽令！”
“在！”
“自今日起，都察院全力糾察百官，凡大臣奸邪小人構黨?作威福亂政者！劾。凡百官猥聳貪冒壞安紀者，劾！凡學術不正，上書陳言變亂成憲，希進用者，劾！”
“是！”衆御史被劉煮弄得熱血沸騰。不少人當時就衝動了?一種在大明朝愈發罕見的神聖感，竟重又尊生起來。
御史一衝動，百官就倒黴。想想吧，一百多個憋足了勁兒，比着賽着挑毛病、找麻煩的傢伙，不分晝夜的盯着你，就是雞蛋也要給你挑出骨頭來。多讓人不寒而慄啊。
在吏部的通力配合下，這場廉政風暴，終於實實在在的刮起來了，無數官員應聲落馬，其中不乏顯赫一時的高官”
嘉靖四十一年六月，廣東道御史鄭洛，參奏大理寺卿萬採貪贓;江西道御史林潤彈劾倉場總督郗想卿貪贓;河南道御史陳克儉彈劾河南巡撫萬虞尤貪贓，證據確鑿，不容置辯，徐階和袁姊共同票擬“革職閒住”獲得嘉靖皇帝批准。
次月，兵部侍郎何鰲、刑部侍郎塗立、工部侍郎劉伯躍等十多員中央、地方大臣，又遭到彈劾。再次獲得嘉靖皇帝批准。
又一月。有御史馬安詮、胡應坤等人，彈劾嚴家父子不法事二十條。要求將其父子押回京城問斬”摺子被內閣打回來，又通過司禮監的關係輾轉送上去，終於還走到了嘉靖皇帝跟前，
嘉靖這次終於不批准了，他招來徐階，不滿道：“老嚴嵩已經致仕了。嚴世蕃也發配雷州，那些人還想怎樣？非要斬草除根？怎麼就這麼不容人呢？”
徐階卻不緊不慢道：“皇上明鑑，您已經申明聖意，不許再彈劾嚴家父子，下官也反覆下文強調，不可能有人不知，卻還敢上書忤逆聖意，八成是別有所圖。”
“難道不是有人爲討好你這個首相？”嘉靖冷哼一聲道。
“嚴閣老是下官的老上司。下官對他老人家，是發自內心的尊敬，嚴閣老在時，下官會每日問安;嚴閣老致仕了，學生也經常導信。問候他老人家，恭祝他身體健康。壽比南山，這都是發自內心的”徐階趕緊解釋道：“如果有人想要討好老臣，應該幫嚴閣老說好話纔對?誰要是以爲落井下石能讓老夫感激，那真是大錯特錯了。”
聽了徐階這話，嘉靖面上的寒意稍減，他知道這麼一件事兒。在徐階上位之後，他兒子徐播曾經對他說，父親你受了那麼多委屈，還讓天下人多有誤會，應該報復一下嚴家父子，好給自己正名。徐階聞言勃然大怒，破口大罵道：“你這逆子難道不知？若無嚴閣老提攜。我能得到今天的地位，要是再敢說對嚴閣老不利的話，我就打斷你的腿！”
私下對兒子都是這種態度，面對別人如此，這些嘉靖都是知道的。所以他才覺着徐階不是想整嚴嵩，而只是單純的爲了使朝廷重煥新貌。如是想過，嘉靖便不再追究徐階的責任，吩咐道：“那兩個，頂風作案的御史。要嚴加懲處。若是有背後的主使，同樣嚴懲不貸，絕不能姑息。”說着蒼涼的嘆息道：“有道是衣不如新人不如故。嚴惟中伺候聯三十年。該有個好下場啊”
“是，老臣明白了。。”見老嚴嵩在聖心中的地位仍如此之高，徐階心中凜然，只能恭聲應下。
待徐階退下後，嘉靖漠然坐在蒲團上，望着空蕩蕩的大殿，心裡充滿了孤獨。他竟十分想念老嚴嵩，幾十年的交情，甚至已經超越君臣的範疇，帶着點朋友的意味。嘉靖已經習慣有嚴嵩陪伴，有嚴嵩服侍，現在那條熟悉的老狗不在了，皇帝莫名愕悵起來。
過了不知多久，陳洪輕手輕腳進來輕聲道：“主子，到晚課時間了。”
嘉靖聞言點點頭，陳洪便從香爐裡提出那把小銅壺，伺候皇帝進了丹，本想告退，卻不見嘉靖入定，便輕聲問道：“主子有什麼心事兒嗎？”
過了一會兒，嘉靖緩緩問道：“嚴嵩最近過得怎樣？”
陳洪聞言面露悲傷道：“回主子，很不好。嚴閣老離京返鄉，沿途百姓知道了，紛紛趕來看笑話，處處指指點點，讓他老人家非常尷尬。竟然一路遭罵，萬般淒涼，無奈之下，只好命家人護送車輛在前面先走。自己則僅帶着管家嚴年和一個小廝在身邊伺候，三人僱一頭驢騎着，綴在後面趕路，，結果一個半月的路程，走了將近三個月，嚴閣老支撐不住，走到南昌就病倒了，到現在還在那養病，沒能返鄉呢。”
嘉靖聽了皺眉道：“嚴嵩是致仕，又不是罷官，那些人安敢如此對他？”
“唉，平，那此愚民知道什麼。還不是別人一煽動，就跟着睜貌嗎？”陳洪一臉忿忿道：“奴婢斗膽說一句，您該幫幫嚴閣老了，不然他真要被人欺負死了。”
“難道把他再請回來當首輔？”嘉靖緩緩搖頭道：“算了，到了南昌應該好點了吧，他這些年就算對不起兩京一十二省的百姓，卻也給江西辦了許多好事，那裡的老百姓不會再傷他心了吧？”
“可朝廷還有很多人不死心，”陳洪小聲道：“主子，奴才不是替嚴家說話，而是覺着他們太不像話了，什麼都得內閣說了算，不把主子放在眼裡”
嘉靖一下被戳到痛處，又一次沉默了，對於目前的狀況，他確實感覺不爽，因爲徐階在當上前輔前後的表現，讓他大跌眼鏡當嚴嵩在時，身爲次輔的徐階對嘉靖一味柔順奉承，搶着爲他煉丹，挖空心思寫青詞，甚至比嚴嵩還體貼，在經濟極端困難的情況下，爲皇帝重修寢宮，以至於讓皇帝覺着，有了這個松江人，沒有嚴嵩也一樣。
但當嘉靖真的趕跑了嚴嵩，把徐階扶上前輔位置後，他發現這小個，子變了，他雖然仍披着柔順的外衣，但老謀深算、極有主見，並可以嫺熟的運用朝中大牙交錯的勢力。將各種力量擰到一塊，成就自身的強大。這種強大是嘉靖皇帝也無可奈何的。
因爲大明朝的政體如此，當年太祖皇帝廢除統領百官、總理朝政的承相，目的是加強皇權，將天下威柄盡收皇帝;所以在廢除宰相的同時。也將中央地方各權力機關分化制衡，使其沒有獨立決斷的權力，必須仰仗皇帝的裁決。但事實證明。沒有宰相的政府是萬萬不行的，因爲省心獨裁固然是好，可帶來的工作強度。也是無比恐怖的，足以將皇帝這份人人羨慕的美差，變成天下首屈一指的苦差。就連他那血牛無比的兒子朱林，也無法承受，更不要說嬌生慣養的後輩們了。
所以從朱林開始，歷代皇帝爲了不至於累死，都在偷偷摸摸幹一件事。賦予內閣實質上的宰相權力。而且因爲朱元障的後代，在能力代不如一代，只能不斷的給內閣的權力加碼，到了正德年間，內閣大學士酬這個在洪武年間，充其量只能算是皇帝秘書、參謀、文書的角色，已經躍升爲實質上承相，到了嘉靖年間，宰相已經對大學生公認的尊稱，甚至皇帝都不避諱以“首相、次相”來稱呼自己的閣臣。
其對大明政治的影響，絕不是相權失而復得那麼簡單，因爲當皇帝重新塑造出相權時，太祖皇帝對各部院分權制的惡果，便顯現出來了一尚書督御史們的權力過根本不能與大學士抗衡，結果朱元障辛辛苦苦集中的權柄，成全了大學士的強大，其權柄超過宋朝，直追漢唐。他們門生故吏遍佈朝中，威望極高一呼百應，皇帝要是沒有正當理由撤換他們，沒準就真成了孤家寡人。被百官羣起攻之。
打破祖制的皇帝。吃盡了大學士們苦頭。只好再打破一項祖制來彌補，那就是賦予太監們權力，讓他們幫自己抗衡相權;但嘉靖皇帝有強大的自信，不喜歡太監干政，他堅信自己的權術足以維護權威;事實上，前四十年他乾的確實不錯。用張魂、方獻夫、桂獸等人，鬥倒了以顧命老臣自居，總想控制皇帝的楊廷和等前朝老臣;又用夏言鬥倒了難容異己、睚眥必報的張媳等人;再用嚴嵩鬥倒了網慢自用、不尊敬皇帝的夏言;又用徐階鬥倒了結黨營私的嚴嵩。
歸根結底，他的帝王術的核心就是制衡，具體方法就是幫弱不幫強，當某位首椎過於強大時，便是他幫着弱者將其消滅的時候。事實上。一百五十多年來，大臣們都能體面下野，安享晚年，只有嘉靖朝的權臣總不得善終。其根源就是皇帝這種權力之道。
當幫着徐階鬥倒了嚴嵩時。嘉靖同樣爲他準備了對手。次輔袁姊。
但這次皇帝看走眼了，因爲袁沸的文章寫得好，政治手腕也不差，確實是難得的人才，但碰上徐階這位，奉陪嚴嵩十幾年的超級高手，根本不是對手，被徐階壓制的死死的。
結果皇帝無奈的發現，現在已經沒有人能制衡徐階了，就像嚴嵩曾經呼風喚雨、總攬國政，徐階也擁有了同樣的權力。現在的徐階，雖然還保持着對皇帝的有求必應。但他有什麼法令要頒佈、有什麼人這要任用，嘉靖也不得不讓步了。
鄭重宣佈，蝴蝶效應的積累，讓歷史在這裡已經慢慢走上了另一條道路”