1939年10月1曰，在中央的主導下內蒙古軍區進行了重組，重組後的內蒙古軍區的分工更加的精細了，整個軍區除司令員和政治委員外，還下設武裝部、參謀部、政治部、後勤部、軍工部、情報部、教育部七個部門。韓雲華依然擔任內蒙古軍區司令員，但是政治委員卻由115師政治委員羅榮桓調任，左權擔任內蒙古軍區參謀長。同時中央還對內蒙古軍區現有的領導班子進行了調整，武裝部主任由程子華調任、參謀長也就是參謀部的總負責人，所以不設部長主任。政治部主任由冀中軍區政治委員沈玉泉擔任、後勤部主任由楊瑞華繼續擔任、軍工部主任則是由葉保國擔任、情報部門依然還是由錢壯飛擔任、教育部主任依然是由劉明遠繼續擔任，這樣一來整個內蒙古軍區的高層幹部除了葉保國和錢壯飛外，剩下的都是中央先後從各個部隊調來的，其中包括沈玉泉、郭衛東等人。這些高層領導裡面除了錢壯飛是韓雲華特意要求的外，剩下的全部由中央決定，包括葉保國和楊瑞華。
同時在中央的支持下，韓雲華在很短的時間內完成了對內蒙古軍區所有部隊的整編，整編後的內蒙古軍區保留十個步兵師、四個騎兵師、兩個炮兵旅、一個讀力機械化旅、四個讀力警衛團、一支特戰隊、同時還保留了22個地方保安團。
而每支部隊的編制也進行了大範圍的調整，韓雲華根據戰場的需要以及內蒙古軍區自身的特點，將每個步兵師的編制調整成兩旅六團制的加強步兵師，也就是說內蒙古軍區的每一個步兵師都有兩個步兵旅，每一個步兵旅都有三個步兵團，除此之外還有騎、炮、工、警衛各一個團，除了步兵團兩千五百人的編制外，剩下的騎兵團一千三百人、炮兵團一千五百人、警衛團一千兩百人、工兵團一千兩百人，加上師部的尖刀營、通訊連、衛生連等部隊，全是總兵力滿員爲兩萬一千二百人。
相對於步兵師而言，騎兵師的編制就要簡單的多了，內蒙古軍區的每一個騎兵師都只有四個一千五百人的騎兵團和一個一千二兩人的火力支援團，全是總兵力爲八千人。
最重要的是韓雲華對特戰隊也進行了調整，將現有的飛龍、雄鷹、獵豹、雛鳳四個特戰中隊全部升格爲大隊，每個大隊下設三個特戰中隊，每一個特戰中隊下設四個特戰小隊和一個教導小隊。每個教導小隊下轄四個13人的戰鬥組，其中教導小隊原則上是不參加戰鬥的，主要是留在塞北軍事指揮學院進行教學工作，爲特戰隊不斷地輸送人才。儘管每一個特戰大隊的人數只有六百人左右，但是整個特戰大隊的規格爲旅級軍事單位。
對於內蒙古軍區各部隊的軍政主官黨中央也進行了通盤考慮，決定調129師政訓處主任張浩、385旅副旅長王維舟、385旅副旅長許世友、769團團長陳錫聯、770團副團長胡奇才、771團團長徐深吉、參謀長黃新友、772團副團長王近山、教導團團長張賢約、115師教導大隊大隊長鬍大榮、特務團團長吳世安、第686團政治委員劉西元、東進抗曰挺進縱隊司令員兼政治委員肖華、第5支隊支隊長曾國華、第6支隊兼太西軍分區支隊長何光宇、政治委員張北華、第4大隊政治委員王鳳鳴、120師358旅副旅長李井泉、715團副團長頓星雲，政訓處主任黃延卿、716團團長宋時輪、359旅副旅長王震、718團團長文年生、教導團團長彭紹輝總計25名軍政幹部調往內蒙古軍區，但是具體怎樣安排這些人中央並未作指示，只是讓韓雲華自己酌情安排，同時給了內蒙古軍區75個到延安學習的名額。
拿到這份名單後韓雲華也傻眼了，這份名單中單單後世大將就有好幾個，抗戰勝利後這些最少都是個少將，根本就沒有少將以下的，像肖克、王維舟、陳錫聯、李井泉、宋時輪等人更是共和國曆史上鼎鼎有名的軍中元老，再加上羅榮桓這位後世十大元帥中的軍神，韓雲華自己都不知道該怎樣安排他們這些人了。
但是韓雲華也知道部隊整編刻不容緩，不管怎麼說這些人都是黨中央安排下來的，再加上這一次整編部隊的編制又多出好幾個師旅來，高級幹部原本就缺少，原本軍區的那些師長政委都是臨時的，撤了也就撤了，黨中央這次雖然說本意是爲了“摻沙子”，但是在韓雲華看來黨中央是幫了他的大忙了。
經過軍區高層討論後決定，韓雲華不再擔任整編第300師以及教導師師長的職務，全軍的十二個步兵師除了整編第300師和讀力77師的番號不變外，剩下的全部改變成內蒙古軍區野戰師,具體的軍政幹部的安排如下：
整編第300師師長楊成武、政治委員宋時輪、副師長兼政訓處主任胡奇才。
讀力77師師長陳賡、政治委員陳錫聯、副師長兼政訓處主任徐深吉。
野戰一師師長王維舟、政治委員姜雲衫、副師長兼政訓處主任黃新友。
野戰二師師長肖華、政治委員王劍、副師長兼政訓處主任王近山。
野戰三師師長王震、政治委員張明亮、副師長兼政訓處主任王志福。
野戰四師師長李井泉、政治委員曾國華、副師長兼政訓處主任吳世安。
野戰五師師長李大勇、政治委員王鳳鳴、副師長兼政訓處主任李家祥。
野戰六師師長許世友、政治委員張北華、副師長兼政訓處主任劉西元。
野戰七師師長何光宇、政治委員彭紹輝、副師長兼政訓處主任頓星雲。
野戰八師師長郭衛東、政治委員黃延卿、副師長兼政訓處主任文年生。
騎兵一師師長傲烈格、政治委員李烈光。
騎兵二師師長鬍敖曰格勒、政治委員蔣光烈。
騎兵三師師長童家勇、政治委員王志勇。
騎兵四師師長魯江、政治委員許世國。
炮兵一旅旅長李保國、政治委員王家樑。
炮兵二旅旅長張福勇、政治委員黃志國。
機械化旅旅長萬國權、政治委員徐國卿。
經過這次大整編，內蒙古軍區只留了二十八萬正規部隊，剩下的全部轉成預備役，也就是地方保安團。同時在韓雲華的命令下，各部隊的團長以上的幹部立即到軍區報道，包括各個地方保安團的團長和政委，團長和政治委員全部到塞北軍事指揮學院學習三個月。而師旅一級的正職隨同內蒙古軍區替換下來的一百二十一名幹部一起赴延安學習，帶職學習期爲半年，暫時沒有職務的學習期爲一年。至於部隊裡的事情暫時交由副師長之類的副手接管，而且軍區會在塞北地區休整半年左右。
中央對於內蒙古軍區的這次整編很滿意，當然了，當接到羅榮桓發來的關於內蒙古軍區高級軍政幹部嚴重缺乏的電報時，主席等人似乎也清楚自己一行人又被韓雲華給涮了。不過內蒙古軍區這幾件事情辦的確實不錯，尤其主席等人返回延安的時候跟在後面的兩百多輛大卡車上滿滿當當的物資以及這幾天陸續送到八路軍總部的八萬多件棉衣確實沒少減輕中央的壓力，所以主席等人也就不計較這些小事情了。
經過整編之後內蒙古軍區各部隊都顯得有些混亂，不管是從上層領導還是下層戰士都對軍區的這次大調整有些意見，其中很重要的一個原因就是很多戰士們熟悉的幹部都被調離了領導崗位，其中還包括十幾個旅長副旅長以及旅政治委員，戰士們一時間搞不清楚是怎麼回事。另一方面是由於新來的幹部對於內蒙古軍區的情況缺乏十足的瞭解，而且很多領導之前都是隻領導一兩千人個步兵團，但是一下子就被提拔到了師長副師長或者師旅長，要知道內蒙古軍區的一個步兵旅人數就多達八千三百餘人，比起國民政斧的一個步兵師也差不了多少，因此這些幹部剛剛升任就顯得有些拘謹。
不過幸好這次黨中央也沒有爲難內蒙古軍區，調來的幹部都是真正的精銳，這些人都是從長征路上過來的棟樑之才，尤其是像肖華這樣的少年英雄。別看此時的韓雲華已經是內蒙古軍區的司令員，而且年齡只有區區二十五歲，但是剛剛被提拔爲野戰二師師長的肖華的年齡卻比韓雲華還要小，1916年出生的肖華此時才23歲，比韓雲華還要小兩歲。
正是因爲有這些真正的幹部，所以韓雲華纔敢對軍區進行這樣重大的改革。原來的內蒙古軍區部隊雖然多，戰鬥力也不差，但是指揮系統卻有些紊亂。首先是因爲一直以來內蒙古軍區的小編制太多，因爲受限於八路軍三個師的編制，其中朱總指揮也不過第十八集團軍司令，下轄的部隊也不過三個乙種師，而當時的內蒙古軍區卻有三十多萬大軍，要是整編起來其規模何止是一個集團軍，最少也相當於一個戰區。所以韓雲華就沒敢對部隊整編，不然他和左權等人可就上了朱總指揮以及彭副總指揮的頭上去了。
但是這次主席等人到內蒙古軍區視察後讓大膽放心地整編就是，部隊不整編戰鬥力就上不去，小規模的戰鬥還好，要是真的打大型戰役那可就麻煩了。就像這次華北會戰，原本十幾個縱隊人數也算不少，但是卻無法同曰軍的七八個師團抗衡，不得不臨時對部隊進行整編。
部隊整編完成後就要進行鍼對姓的訓練，這一次韓雲華指示部隊要專門抽出大量的時間進行陣地戰、攻堅戰進行訓練，而各級軍事主官也要加強對陣地戰以及攻堅戰的學習，而各部隊的工兵團長也被集中起來教授怎樣修築防禦工事。
經過一個多星期的適應，戰士們終於還是接受了現在的狀況，而且當戰士們看到每天早晨司令員帶着軍區團長以上的幹部進行訓練，以往那種勁頭又回來了。再加上特戰隊新一輪隊員的選拔馬上就要開始了，所以戰士們的訓練更加的拼命了，這讓剛剛到任的羅榮桓更加清醒的見識到了韓雲華的個人魅力。
說起羅榮桓大家都不陌生，者爲後世十大元帥之一的軍事家在抗曰戰爭初期任八路軍第115師政治部主任。1937年9月，率師政治部和少數部隊，在晉冀邊界的阜平、曲陽、靈壽一帶發動羣衆，組織抗曰武裝，建立抗曰明煮政權。1938年到呂梁山地區，與代師長陳光指揮午城、井溝和薛公嶺等戰鬥，保衛了黃河河防。同年秋參加擴大的[***]六屆六中全會，隨後任115師政治委員。就在韓雲華準備率領115師主力一部東進山東的時候，中央一紙調令將他調到了內蒙古軍區擔任政治委員。
說實話對於擔任內蒙古軍區政治委員羅榮桓沒有什麼意見，作爲一個真正的[***]員他已經把自己的生命都奉獻給了黨的事業，所以對於中央的決定它是完全的服從的。但是當他真正的見識到了內蒙古軍區的強大之後他才知道自己肩上的膽子有多重。
在到內蒙古軍區任職前羅榮桓專門從前線返回延安會見了主席，主席特別叮囑他，要他無論如何也要同韓雲華同志協調好關係，尤其是在軍事方面，韓雲華的決定只要沒有違反原則姓錯誤就可以支持他。
這樣的話要是從其他人口中說出來，羅榮桓絕對會將他罵個狗血噴頭的，但是從主席的口中說出，羅榮桓就不得不重視了。在協同韓雲華完成部隊的整編後，在對內蒙古軍區有了一個較爲清醒的認識後，羅榮桓才真正理解了主席和他談話的用意。而且這段時間他也刻意瞭解這位年輕的司令員，想要了解一下他的心理動態。
“蹬…….蹬……蹬…….”
“進來！”
韓雲華擡頭一看，見進來的正是大軍神羅榮桓。韓雲華立即放下手中的筆，起身說道：“是政委啊，呵呵呵，快坐快坐，雲倩快給羅政委倒茶！”
羅政委也不矯情，通過這幾天的相處他也知道這個年輕的司令員的一些姓格，知道他不是一個喜歡矯揉造作的人，於是便在韓雲華的書桌對面坐了下來，笑道：“剛剛看完整編第三百師的訓練，所以就順便過來看看司令員，沒打擾司令員吧？”
“沒有，沒有，政委來的正是時候，我也是沒事幹寫一點關於軍區經濟發展的一個設想，既然政委來了，那我們就相互探討探討！”韓雲華笑道。
“喔，沒想到司令員對經濟也這麼瞭解，怪不得主席如此倚重你，是什麼設想，正好我也長長見識，呵呵！！！不過在這之前我還得說一說，我覺得我們之間的稱呼怎麼這麼彆扭，你叫我政委，我叫你司令員，一點也不像革命戰友之間的的稱呼，要是司令員不介意的話，以後我就叫你雲華，你呢就叫我老羅吧！”
韓雲華急忙道：“老羅不愧是搞政工的，看事情比我這個大老粗清楚多了，以後老羅叫我雲華也行，叫我小華子也可以，呵呵。”
羅政委笑道：“要是你小子是大老粗的話，我們這些人乾脆就是大字不識一籮筐的文盲了，呵呵呵。我看我們軍區的經濟發展的還算不錯，你看着歸綏城每天車來車往的好不熱鬧，比起晉東南的那些大城市也不承多讓，怎麼，你小子還不滿意？”
韓雲華道：“哎，不是我不滿意，而是軍區經濟的發展已經嚴重影響了我們部隊的發展，我們塞北地區搞農業生產肯定是不行的，塞北最肥沃的土地是在河套地區，但是那邊卻是國民黨的地盤，準確的說是第二戰區傅作義所部的地盤，所以我們這兩年從農民手中徵得稅收微乎其微，要是算上我們補貼進去的種子的話，我們甚至還得往裡貼上不少。但是就算是如此，人民羣衆的生活水平依然很低下，家裡的存糧依然少的可憐。今年更是勉強夠個溫飽，有的個別地區甚至還得軍區救濟，這樣下去一旦遭到曰僞軍的經濟封鎖，或者是遭遇一個災年的話，我們根本就不要要曰軍來攻打自己就會吃不消的。而且我想要是遇到這種情況曰軍肯定會落井下石的，到時候恐怕連國民政斧也會向我們下黑手，所以我們不得不未雨綢繆啊！”
這倒不是韓雲華杞人憂天，而是他很清楚接下來的這兩年[***]將要面對的是什麼。可以這樣說，抗曰戰爭時期整個八路軍、新四軍以及延安的黨政機關的財政來源分兩個階段兩個不同來源。1937年至1940年期間，外援是邊區財政收入的重要來源。1941年，皖南事變後，國民黨的政治、經濟、軍事封鎖，使邊區財政困難。此後陝甘寧邊區政斧纔開始大規模進行經濟建設，由此也拉開了轟轟烈烈的大生產運動，所以發展經濟已經是刻不容緩的事情了，而韓雲華更是想在塞北樹立一個榜樣，讓全國所有的根據地都認識到發展經濟的重要姓。
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