雖然在進攻南京的問題上，面臨着左右兩難的問題，但是在十一月初，帕特里奇仍然批准了進攻計劃。
顯然，這不是出於軍事上的考慮，而是政治因素起了決定性作用。
不管怎麼說，到十一月初，隨着美臺聯軍在汕頭方向上的進攻行動偃旗息鼓，其他兩個次要方向上的戰鬥也暫時告以段落，東南戰場上，總兵力已經超過一百萬的美臺聯軍面臨着無仗可打的尷尬局面。
因爲美國當局已經承諾在東北戰場上取得重大突破之後，發動進攻南京的作戰行動，而臺灣當局又將這一承諾當成一回事，所以在帕特里奇猶豫着要不要打南京的時候，美國當局替他做出了決定。
南京必須打，只是沒有規定一定要打下來。
由此可見，起到主導作用的仍然是軍事因素，而不是政治因素。
在這一點上，美國當局的做法相當開明，沒有給帕特里奇太大的壓力，也沒有讓政治因素干擾軍事決策。
以當時的情況，發動進攻的主要目的還是爲了平息臺灣當局的不滿。
受此影響，在部署進攻南京的作戰行動時，帕特里奇就顯得非常保守了。
因爲美臺聯軍已經在石臼湖東岸站穩了腳跟，而且爲進攻南京準備了好幾個月，所以帕特里奇將此設爲主攻方向。
問題是，中國軍隊的防禦部署也主要針對盤踞在溧水縣南面的美臺聯軍。
如果能夠輕易突破中國軍隊設在南京城區南面的防線，美臺聯軍早就發起了進攻，也早就打下了南京。
爲此，在部署進攻的時候，帕特里奇還選擇了兩路輔攻方向。
一是讓之間攻打安慶的部隊從蕪湖出發，北上攻佔當塗縣，再沿着長江南岸，向馬鞍山推進，最後攻入南京。二是讓佔領了上海的部隊向鎮江集結，做出渡江攻打揚州的樣子，迫使中國軍隊在長江北岸部署更多的防禦部隊。
問題是，這兩路進攻部隊的兵力都非常有限。
因爲要守衛銅棱市，擋住華中戰區的中國軍隊，所以能夠從蕪湖出發，攻打馬鞍山市的美軍只有兩個主力師與兩個國民警衛隊師，即便算上協同作戰的十個臺軍旅，總兵力也不會超過十五萬。更要命的是，陳必時復職之後，仿照羅耀武在東北戰區採用的辦法，依靠當地民衆組建了大批敵後游擊隊。就算美臺聯軍能夠出動十五萬大軍，真正能夠用在進攻上的也就只有兩個美軍主力師。
從鎮江出發的部隊更加麻煩。雖然陳必時主動放棄了上海，沒有讓這座遠東最大的城市遭受炮火摧殘，但是中國軍隊並沒放棄在長江南岸的抵抗行動，幾個月來，大批中國軍隊零散渡江，在長江南岸與美臺聯軍周旋。加上在該地區活動的游擊隊，帕特里奇放在該方向上的三個美軍師與十個臺軍旅別說渡過長江攻打揚州，能不能在進軍南京的作戰行動中發揮積極作用都是個問題。
針對帕特里奇的這一部署，陳必時採取的戰術也很簡單。
西面，中國軍隊的底線就是守住馬鞍山市，並且儘量將美臺聯軍擋在當塗縣南面，阻止美臺聯軍經三四一省道攻入溧水縣，確保南面正面防線的安全，從而確保主要戰場上的防禦作戰不受影響。
東面，陳必時的辦法更加簡單。因爲斷定美軍不會在佔領南京之前渡江，也沒有能力渡過長江，所以陳必時將一個民兵大隊擺在了揚州南面，做出了拱衛揚州的架勢，從而迫使美臺聯軍放棄北上的想法。
與美日聯軍的部署一樣，陳必時也將守軍的主力放在南京南面。
溧水縣是南京主城區的最後一道防線，如果讓美日聯軍在該方向上取得突破，就算陳必時動員再多的作戰人員，也無法將敵人擋在南京城外。
雖然在部署防禦的時候，陳必時未雨綢繆，幾個月來，一直在加強主城區的防禦，特別是南面的江陵區與東面的棲霞區。但是從根本上講，南京是一座位於長江沖積平原上的特大城市，主城區內，除了密集的建築物之外，基本上無險可守。如果發展到與美日聯軍打巷戰的地步，守住南京的希望將非常渺茫。
可以說，陳必時沒有選擇，必須竭盡全力將敵人當在城外。
爲此，數個月來，南京守軍一直在想方設法的加強防禦部署。
幸運的是，南京是長江中下游的中心城市，雖然長江南岸的主要城鎮均落入了美臺聯軍手中，但是長江北岸仍然在中國軍隊的控制之中，而這些城市幾乎都是現代化工業城市，擁有大量工業設施。比如在揚州與淮安就有不少鋼鐵廠與化工廠，在鹽城還有江南地區最大的水泥生產基地，而在安徽天長則有幾座鋼鐵廠。這些工廠都對守軍加強南京的防禦部署提供了巨大幫助。
幾個月下來，南京的防禦可以用固若金湯來形容。
比如在此之前，守軍在溧水縣到江陵區修建了上萬個臨時火力點。爲了增強這些火力點的生存能力，陳必時不但動員了數十萬民工，挖掘了總長度超過五千公里的戰壕，還分三層修建了密如蛛網般的地下坑道系統，並且用鋼筋混凝土將所有火力點加固，使其成爲永備防禦工事。
雖然美臺聯軍擁有空中優勢，要想在短期內摧毀上萬個永備工事，幾乎是不可能的事情。
再說了，美軍炸得厲害，中國軍隊的工程修復能力也非常厲害。在八月到十月的三個月中，美軍平均每天摧毀近三百個永備工事點，而中國軍隊不但能夠修復被炸燬的工事，平均每天還能新建近百個永備工事。
相對而言，真正讓美臺聯軍頭痛的還是地下防禦系統。
實戰證明，面對擁有絕對制空權的美軍，只有完善的地下防禦工事才能發揮作用。
在東北戰場上，東北軍能在不佔任何優勢的情況下守住防線，幾乎全部依靠提前構築的地下防禦體系。爲此，中國軍隊還專門開發了好幾種用來修建地下工事的設備，大的需要用坦克推動，小的則可以手工操作。
因爲在南京方向上沒有爆發大規模的戰鬥，所以陳必時有充足的時間部署防禦。
在南京南面近百公里的防禦範圍內，中國軍隊構築的地下坑道總長度超過十萬公里，能繞地球赤道兩圈半。這些坑道不但將所有永備工事聯繫在一起，還連接着數以萬計的臨時火力點，並且分爲上中下三層，足以抵抗美軍使用得最多的小直徑炸彈，對付大口徑炮彈更不在話下。
更重要的是，除了坑道之外，中國軍隊還構築了足以容納五十萬官兵的地下掩體，以及足夠部署五個主力集團軍的地下基地。也就是說，不但官兵能夠藏在地下，連坦克、戰車與火炮都能藏在地下，甚至連防空系統都能設置在地下。
這些地下基地，每一個都有好幾個出口。如果是供炮兵使用的地下基地，附近還有數個到十多個炮兵陣地，讓自行火炮能在開火之後迅速撤入地下基地，避免遭到美軍轟炸。如果是提供給裝甲兵的地下基地，則會設置十多個機動火力點，讓坦克戰車等具有反裝甲作戰能力的主戰武器能夠在防禦作戰中充當流動火力點。當然，這些專門爲裝甲兵準備的地下基地四通八達，方便在必要的時候集結出擊。
用美軍指揮官的話來說，爲了守住南京，陳必時指揮下的百萬軍民完成了人類歷史上最偉大的軍事工程。
僅從南京的防禦工程施工土方量來說，三個月之內，一百多萬南京軍民的工作量就相當於構築了一條東方的馬其諾防線。與那條根本沒有發揮作用的防線相比，南京的防禦部署不但具有現實意義，而且不是一條單一的防線，而是一條縱深近一百公里，面積超過一萬平方公里的防區。
可以說，南京已經不再是一座城市，而是一座軍事要塞。
守衛這座要塞的，除了近百萬官兵之外，還有陳必時動員起來的數十萬民衆。如果有必要的話，陳必時甚至能夠在近千萬南京市民中再動員一百多萬戰鬥人員與勞動人員，使這座要塞變得堅不可摧。
正是如此，幾個月間，美軍一直沒有做出攻打南京的決定。
按照帕特里奇的估計，如果強攻南京，除了要花費兩到三個月的時間之外，還得準備好幾萬條裹屍袋。因爲臺軍的戰鬥力相當有限，甚至不比已經退下舞臺的韓軍好多少，所以只能由美軍充當主力，美軍的傷亡就不會小到哪裡去。
如果可以選擇，帕特里奇更願意繞到長江北岸，以包圍的方式來攻佔南京。
可惜的是，繞過南京比強攻南京還要困難。
從登陸作戰來說，因爲江蘇沿海地區沒有深水良港，近海的水文情況非常複雜，沒有適合登陸的地點，要上岸就只能借道山東，這就等於開闢新的戰場。
即便強渡長江，也只能選擇在南京上游，而不是下游。
在不得不攻打南京的情況下，帕特里奇別無選擇，只能按照美國當局的指示，用一場算不上賣力的進攻來敷衍臺灣當局。
這也就註定了美臺聯軍進攻南京的作戰行動不會收到好的結果。