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曹變蛟部在急速入關後，卻很快接到消息，北京陷落。
聽聞此消息，曹變蛟悲痛欲絕，下令麾下人馬，繼續全速前進，準備與流寇決一死戰。
但很快曹變蛟就從秘密渠道得知消息，北京陷落後，崇禎皇帝自殺殉國，太子受傷身死，周皇后及定王還有其他幾位皇子被救出，隨曹越的大軍去往南京。這些消息自然是曹越傳送過來的，兄弟兩人雖然分鎮兩地，但他們有秘密的聯絡渠道建立，如果不是兩部人馬都在快速移動中，早就聯絡上了。
曹越原本想叫曹變蛟跟隨他的水師戰船一起南下，但事情太倉促，局勢變化太快，怕出意外的他，沒等曹變蛟就率水師戰船南下了。
曹越告訴曹變蛟，不必再去救援北京，他給了曹變蛟兩個主意：一個就是率軍南下，到南京和他會合，他會派大軍到山東境內接應；還有就是退往大同，與堅持抵抗的大同軍合兵共抗流寇。合兵後，可以考慮繼續留在大同與建奴及流寇作戰，也可以從大同突圍，南下到徐州一線和南京新軍會合。
曹越在秘信中告訴曹變蛟，決不能和退往山海關，與吳三桂合兵。
吳三桂肯定會投降流寇，或者歸附建奴。不但不能依靠吳三桂，還必須要小心提防主傢伙。
接下來，建奴和流寇很可能會有一場大戰，即使呆在大同也不會有很大的麻煩。確認了這些消息後，曹變蛟馬上做出決定，馳援暫時還未陷落的大同，準備與大同軍會合後再做定奪。
曹傑所領的人馬，接到曹越的命令後，已經緩緩後退，準備撤回到徐州一帶。
山東還是劉澤清的地盤，而南直隸一帶。基本被南京新軍控制，徐州距離南京沒多少距離。退回到徐州一線，背後可以依仗南京新軍留守的那部人馬，也可以方便接收通過運河而來的軍需物資。徐州又有堅城可以利用，可以說退可守、進可攻，即使流寇或者建奴乘勢南攻南京新軍，或者山東的劉澤清乘亂起事，想消滅南京新軍坐大自己的勢力。也基本不會有什麼大麻煩，對手沒太多機會得逞。
曹傑知道自己的謀略完全沒辦法和曹越相比，但他相信南京新軍的戰鬥力，特別是他親領的第一營的超強戰鬥力，因此在不貿然進攻的前提下，他並不擔心遭到敵軍的突襲，組織大軍撤退的時候也是有條不紊。曹傑和其他將領現在唯一擔心的就是已經成功逃離北京，乘海船南下的曹越等人的安全。
在海上，總沒陸上那麼安然無懼，萬一遭遇風浪或者其他麻煩。很可能遭遇意外，曹傑對曹越非常崇拜，他知道現在唯一能安定天下形勢的，就是自家主人曹越。如果曹越有什麼意外，那大明真的完了。沒有曹越，任何人都沒辦法完全掌領南京新軍。
不擔心自己所領大軍安全的曹傑，還有其他將領，最記掛的就是曹越的安全。
而此時的曹越，正率領水師船隊，順着剛剛起的北風南下。
說來也真是湊巧。就在曹越離開天津衛的當天，海上的風向變了。一場這個時候差不多應該來的寒流從關外吹過來，寒流給大地帶來了巨大降溫的同時，也給曹越南下的船隊提供了極大的便利。船隊掛滿帆快速南下。比預計的速度快上很多。
在南京重建大明朝廷，擁立新君，任命一大批官員，把大明政權重新運轉起來這是重中之重。此時的曹越，有歸心似箭的感覺。雖然說北京淪陷的消息不一定馬上就能傳到南京，但很有可能在他率船隊抵達之前這消息已經被南京軍民所知。他清楚這消息傳到南京後，會帶來怎麼樣的震動。
而能減輕震動強度的，就是他率船隊抵達南京，擁立朱慈炯即位，將大明新的政權建立起來。他希望自己的船隊能在消息傳到南京之前抵達南京，那樣許多事情做起來就方便多了，南方也不至於出現大的動亂。
爲了在最短時間內抵達南京，曹越令船隊以最高的速度航行，沿途不做任何停留。在整個航行期間，曹越沒和另外一艘戰船上的孫傳庭有任何的交流，他清楚現在這種時候，他和孫傳庭的想法肯定會不同。他並不想過多接受孫傳庭的建議，他希望自己的想法能最終付諸實話。
原來歷史上南明小朝廷在短短一兩年內就覆滅了，看過不少明末書籍的曹越，也清楚爲何會出現這樣的情況，這一路南下的時候，他考慮最多的就是如何才能儘量避免重蹈歷史覆轍。孫傳庭是這個時代的人，再有能力也沒辦法跳出這個時代的局勢，而他這個熟知歷史穿越人則不然。
迂腐的官員自然不能任用，朝事也不能由朱慈炯這個新立的皇帝決定，要想讓新建議的政權高效運轉起來，只能以軍管的方式實現。他要當明末時候的曹操，挾天子以令諸侯，並將大明新政權納入全民戰爭狀態，大規模擴編軍隊，消滅不願意聽從新政權的流寇、外虜及軍閥勢力。
一路南行的過程中，現在就在想這些問題，並且將所想的大部東西都寫了下來。他準備在抵達南京之前，再和孫傳庭好好討論一下，讓孫傳庭接受自己的想法。
他相信他能說服孫傳庭，畢竟現在孫傳庭所有的一切，都是他給的，甚至包括性命都在他的掌握之中，他並不擔心孫傳庭與他對抗。
當然曹越也非常關注北方的戰況，他在離開北京之前，將原本帶在身邊那幾百名戰鬥力最強的特衛營留全部留在了北京，讓他們將北京及遼東的情況及時傳報給陸上的曹傑。曹傑接到這消息後，會整理後送到南京，曹越率船隊抵達南京後，就能第一時間掌握北方的戰況。
北方的形勢自然如曹越所想的那樣變化非常迅速，吳三桂在知道自己的父親被李自成逮捕下獄，並被折磨的奄奄一息，家產也大部被李自成搜刮去後，大怒之下響應了舅舅祖大壽的建議，親自寫信向多爾袞提出借兵的請求，請建奴幫助關寧軍，消滅攻破北京的流寇。
吳三桂並不想投降建奴，他現在想的只是與建奴聯合，共抗流寇。
通過苦戰後攻破了松山和錦州的多爾袞，在招降了祖大壽後，一直期望鎮守山海關的吳三桂能投降。現在接到吳三桂示好及借兵的信後，欣喜若狂之下，馬上親提近十萬人馬，快速殺向山海關。。