朱棣遷都北京後，南京雖然被冷落了，但南京的皇宮還是保存的非常好，周皇后等人進城後，也就在各項設施依然完備的南京皇宮中住了下來。
而南京的官員們則沒有任何閒着，誰都知道接下來他們的日子不可能清閒，也不好過了。很多人心裡忐忑，但也有很多人充滿了期待。亂世出英豪，原本被髮配到南京任職的他們，或許將告別失意的日子，重新走向歷史的舞臺。因此，他們都在忙事，忙着打聽情況，併爲自己的前程努力。
在將事務初步安定後，曹越、孫傳庭、高弘圖、史可法、馬士英等南京主要官員和權貴，也就新君人選問題及經後的國事安排進行了討論。
在擁立何人即位的問題上，史可法和高弘圖沒猶豫就提了定王朱慈炯的名，隨後老奸巨滑的孫傳庭也額首同意了這個提意，最後表態的曹越，當然沒有異議。其實誰都知道，擁立定王朱慈炯是所有人不二的選擇，如果誰提出其他人選，也肯定不能說服天下人。
擁立定王朱慈炯爲新君這事定下後，朝中官員人選也成了任何人不可迴避的問題。不過，這一切都要由皇帝說了算，雖然新即位的皇帝朱慈炯年幼，沒辦法親政，但姿態還是要做的。
因爲局勢緊急，在商定擁立朱慈炯爲大明新君後，朱慈炯也就在後面某一個黃道吉日在南京奉天殿即使稱帝。朱慈炯即位後，依然以崇禎爲年號，並向天下明誓，等流寇平定、建奴被滅，還都北京的時候，再更改年號。
朱慈炯在即位登基的時候，也宣佈了對其父崇禎皇帝的追贈。追贈詔令中盛讚了一番崇禎皇帝的豐功偉績及其最後的堅貞不屈後，贈其諡號紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝，廟號爲懷宗，將其下葬於紫金山明孝陵近側。陵寢名爲“思陵”，舉國爲其舉哀，並大赦天下。
隨即，戰戰兢兢還沒完全進入狀態的朱慈炯主持朝會。討論朝廷官員的人選問題。在朝會舉行之前，周皇后、曹越、孫傳庭三人和朱慈炯進行了一番密議，最終朱慈炯聽從了三個大人的吩咐。
討論國政大事及朝廷官員人選的朝會在朱慈炯即位後的當日就進行，首先是討論內閣首輔的人選問題。
“我覺得孫大人最有資格當大明的首輔，”曹越在衆人之前。就把自己的意見陳述了，“孫大人的謀略想必大家都佩服，如果先皇早給機會，讓他主持朝務和軍務，說不定流寇早就被平定了。這次如果沒有在他遭遇暫時的失敗後換將，流寇也不可能就此做大。”
“下官也覺得孫大人是首輔的不二人選！”高弘圖在曹越表態之後，馬上就發表了自己的意見，說跟在曹越後面，盛選了一番孫傳庭的才幹。
史可法在沉思了一會後，也同意了曹越所提。支持讓孫傳庭出任首輔之職。見高弘圖和史可法都這樣表示了，安王朱統鉕、魏國公徐宏基、忻城伯趙之龍、誠意伯劉孔昭及得幸逃出北京的右僉都御史高倬都跟着附和。原本想爭首輔之位的馬士英，見曹越這麼明目張膽地支持孫傳庭，其他官員沒有一人站出來反對，也不敢直言相爭，最終不情願地同意了讓孫傳庭出任首輔。
孫傳庭假意推辭了幾下，最終也接受了下來，表示一定會鞠躬盡瘁，爲大明的繁盛、爲光臨大明萬里河山、爲崇禎皇帝報仇死而後已。
首輔人選初定，次輔人選成了衆官員接着要討論的一個問題。孫傳庭提議讓馬士英和高弘圖、史可法出任內閣次輔。這個提議馬上得到了曹越的支持，其他官員都沒有這三人這般有聲望，最終也在極少的異議中得到了所有人的認可，馬士英、高弘圖、史可法三人在謙讓一番後。也就接受了此務。
接着又討論六部的人選，六部人選的問題爭執就比較激烈了，主要是因爲一直以來東林黨和復社及朝中其他勢力相爭很激烈，東林黨經常成爲衆矢之的的緣故，一些東林黨人人選遭到了其他人的攻擊。還好在回南京途中，曹越和孫傳庭就這個問題仔細討論過。
因爲研讀過不了有關明末的書籍。曹越對明末時候的時政情況也比較瞭解，對東林黨、復社等政治團體之爭，還有明末這些官員的能力、品性都有一點了解，爲了權力的平衡，他在和孫傳庭討論後，說了自己的意見，並最終說服了孫傳庭。
最後爭論的結果和曹越當初所提其他沒有變化。
吏部尚書由史可法兼任，戶部尚書依然由高弘圖擔心，刑部尚書之位被高倬所得，黃道周任工部尚書之職，禮部尚書之職決定讓東林黨元老錢謙益出任，兵部尚書之位落在了曹越推薦的張煌言身上，王鐸任都察院左都御史，瞿式耜任右都御史。
因爲時局危急，爲了應對局勢的變化，統籌調度天下軍隊，小皇帝朱慈炯決定重設大都督府，以曹越爲大都督，掌管天下兵馬。
重設大都督府，主管天下兵馬，曹越出任大都督，並由其提議名下五軍都督府左、右都督的人選，這個決定一由朱慈炯宣佈，馬上在朝堂上引起了軒然大波。大部的人都知道，出任此職意味着什麼，馬士英、錢謙益、王鐸等人不顧一切地跳出來，反對此議。
讓曹越沒料到的是，那些被他掌握了短處甚至命脈的官員，如高弘圖、朱統鉕、徐宏基、趙之龍、劉孔昭等人，並沒站出來支持他，連史可法也是一樣，保持了沉默。
出來反駁馬士英、錢謙益等人的是孫傳庭，他以時局危急，非常時候要行非常之事，不然大明還是一盤散沙爲由，強烈要求連戰皆勝的曹越主管天下軍隊，將全部軍隊通過曹越掌握在朝廷的手裡，統一調度，不然沒辦法抵抗流寇和建奴，更無從說起復國和爲崇禎皇帝報仇。
小皇帝朱慈炯也當然一再表示支持曹越出任此職，在南下的途中，他已經被曹越洗腦，再加上曹越一直以來的英勇表現，把這位姐夫當作偶像一樣崇拜，更知道自己能得到皇位全賴曹越支持的他，在沒明白政治鬥爭的殘酷和黑暗之前，還不會站出來和曹越唱對臺戲。
不過反對的官員依然很強硬，最終這件事並沒最終定論，朝會可以說不歡而散。。