天啓皇帝朱由校隨即批令各部：“如議，著實遵守，如或仍前怠玩，視爲虛者，聽言官指名參劾。”
對丁紹軾的疏奏，首輔顧秉謙認爲是挾皇帝令諸臣，頗爲不悅。
這時期朝中有人倡議至浙江雲霧山採伐大木，用作修葺宮殿，紹軾又上疏勸阻，停止採伐。
御史趙允昌彈劾紹軾，紹軾上疏求退。
熹宗認爲紹軾心直口快，婉言挽留，紹軾再辭、三辭，帝仍不準。
這時又有御史吳裕中彈劾紹軾爲大奸，惡語極致。
魏忠賢察言觀色，見熹宗欣賞紹軾，以吳裕中報復紹軾之由，罷了吳裕中官職，廷杖一百。
紹軾聞知此事，立即上疏爲吳求救，疏上，吳裕中已被杖死。
紹軾認爲吳裕中死得冤屈，但礙於魏忠賢的淫威，深覺愧疚，而又有口難言。
禮部侍郎馮銓欲追論前朝三大疑案，一是“移宮案”，泰昌元年光宗死，熹宗朱由校當立。撫養他的李選侍與心腹魏忠賢，想利用熹宗年幼的機會，把持政權，據乾清宮。朝臣楊漣、左光斗等不讓她與熹宗同居一宮，迫使其遷至噦鸞宮，然後引太子還乾清宮舉行即位儀式。
二是“梃擊案”，萬曆四十三年手執棗木棍，闖入光宗朱常洛住的慈慶宮，打傷幾個守門太監。被執後供系鄭貴妃手下太監龐保、劉成引進。時人懷疑鄭貴妃欲謀殺太子。神宗與太子不願追究，以瘋癲奸徒罪殺張差於市，並斃龐保、劉成於內廷了案。
三是“紅丸案”，泰昌元年光宗即位後沉湎酒色，不久病重。司禮監秉筆兼掌御藥房太監崔文昇下瀉藥，病益重。鴻盧寺丞李可灼連進紅丸，自稱仙方，光宗服藥後即死去。
當時有人疑是神宗寵妃鄭貴妃指使下的毒，引來許多爭議。
結果崔文昇遣南京，李可灼遣戍。魏忠賢專權時翻案，免李可灼遣戍，擢崔文昇總督漕運。
諸多朝臣不滿魏忠賢妄爲，要將三案主要責任的姓名勒於碑上，永遠不能翻案。
紹軾擔心此事引起諸多朝臣驚恐，極力勸阻不可妄行，使此建議未能實施。
滿洲兵侵犯山海關，關門兵少餉浮，熹宗準備下旨遣內臣坐鎮指揮，新設一管理機構，負責清兵清餉。
紹軾與諸閣臣以爲不妥，同上密揭，述其理由有四。
其一，考察古今，揣度利害，遣內臣坐鎮邊關一線幾乎沒有成功者，反而多出禍亂。因爲內臣是皇上近臣，代表皇帝說話，一言一行，前方將吏誰敢不聽，使臣一到將吏們圍着他們轉，分散將吏精力，無暇謀劃戰略戰術。
其二，無才者皇帝不會派遣，稍有才智者，往往下車伊始，亂髮一番言論。
前線遼東經略熊廷弼主張守，而遼東巡撫王化貞主張戰，使臣不熟悉地形地貌和前期戰況，支持誰的觀點呢？若導致戰爭失利，責任由誰來負？
其三，文與文、文與武不和導致戰爭失敗的事例，屢見不鮮。
而今將吏不和已是客觀存在。
今派使臣赴前線，使臣就成了“憑中”。
文臣武將都要表述彼此是非，“憑中”若不能辨別對錯，輕易表態，輕則加深矛盾，重則造成內訌。
既然有如此之弊端，皇上爲何要派內臣坐鎮山海關呢？
其四，清兵清餉是件好事，然而戰爭在亟之時能清出多少餉來？而增設一衙門要增加多少供應，並增加多少護衛，這是利少而弊多呀。疏上。
熹宗遣使臣坐鎮山海關的敕書已草成，準備發行。
他閱覽紹軾與諸臣密揭後，覺得言之成理，下旨暫停發敕書。
數日後，熹宗在魏忠賢、顧秉謙等人唆使下，下旨逮捕東林黨人，要將他們一網打盡，朝廷上下一片沸騰。
紹軾上言勸阻，毫無效果，便託病不出。
結果左副都御史楊漣、左僉都御史左光斗、御史黃尊素、文選員外郎周順昌等慘遭殺害。
就在此時，禁衛吏役在蘇州亂抓人，激起民憤，顧秉謙認爲是亂黨作祟，要強力鎮壓。
紹軾以爲不可打擊面太寬，顧秉謙聽了他的建議，只懲治了爲首者，脅從者一律得以寬恕。
這年四月，熹宗晉紹軾少保兼太子太保，改戶部尚書、武英殿大學士，蔭一子錦衣衛副千戶世襲，復賜銀幣坐蟒，照新銜給應。
得誥命，紹軾即上辭謝疏。
丁紹軾爲官雖近二十年，實際在職僅十年左右。
他性素謹密，忠於國家，爲了國家安定，敢於、善於向皇帝直言進諫；處處息事寧人，與同僚和諧相處，視朝中同鄉爲知己，多方關心他們。
對親友尊敬，對伯叔兄弟敬愛。
在居家守喪和病休的八年時間裡，拿出自己薪俸爲鄉黨修堤築墩，建造三座寶塔，加固水口，立會莊田以贍後學，並對家庭梓里之間的困難、矛盾，竭力支助，悉心調解，人人稱頌其賢德。
“韋爵爺，你對我說句實話，你想開放通商口岸，想控制大明所有水師，究竟想幹什麼？是不是想培植自己的勢力，成爲有足夠兵權與朝廷對抗的地方實權派？”丁紹軾問道。
“這個話題，我不想多談，我說絕對沒有，丁大人你相信嗎？”韋寶道：“將大明水師全部收編在一起，可以進一步裁撤軍隊，現在大明水師的兵額是十萬，這還是我主動裁掉了一半登萊水師之後的數字！否則還得更多。一旦合兵一處，實力能得到加強，兵餉能得到縮減，豈不是兩全其美？至於開放通商口岸，對地主們有一定的衝擊，但是對老百姓，對大明朝廷，一定是有益處的！這一點，相信你們都能想明白。至於我個人，請您看看這道奏本。”
韋寶說罷，直接將要拿給顧秉謙，讓顧秉謙具名上呈的奏本拿給了丁紹軾看。
丁紹軾看了一遍，“你請陛下委任海防總督衙門大臣？你不想當海防總督嗎？眼下海防總督衙門未曾設置總督，就等於是你當家啊，這是多少人眼紅的衙門。”
丁紹軾不解的看着韋寶。
韋寶微微一笑：“我自然想當海防總督衙門的總督，不想纔是虛僞。但是比起大明社稷，我個人的升遷不算什麼，我即便現在稱病回家，十年八年不出山，再過十年，我也不過只有二十五歲，不出問題，我仍然是侯爵，仍然是大明的正三品大員，三十歲之前，閉着眼睛也能入閣。”
丁紹軾點了點頭，韋寶說的不錯，“這麼說，韋爵爺果然是無私，是爲大明朝廷着想的，真是讓人敬佩！那你爲什麼不具名？”
“我打算讓首輔大人具名，以首輔大人的名義呈報給陛下。”韋寶笑道。
丁紹軾一怔，立馬明白了韋寶的意圖，也笑了，“你覺得首輔大人會做這種事嗎？這是要擔天下人的罵名的！哪家當官的家裡沒有許多田畝？只要開海，外面的糧食，金銀進來，大明做買賣的人多了起來，就一定會對有田畝的人造成衝擊。”
韋寶笑着點頭，看樣子，這幫飽學鴻儒並不是書呆子，他們也是什麼都清楚的。
“若是首輔大人不肯幫忙，我就算了，不理這件事了，因爲我人微言輕。”韋寶道：“我是聽聞陛下爲今年的鉅額兵餉空缺煩惱，纔想着幫朝廷獻策。獻策的目的已經達到，做的太多，反而容易引起猜忌。”
“這件事，一定會引起非議。若是我上呈陛下，有人會反對。若是那頭的人上呈陛下，東林官員一定會羣起反對，不要以爲你控制了大理寺和都察院，控制了言官就能霸佔視聽。”丁紹軾道：“韋爵爺，我個人來說，是贊成你這麼做的，覺得這是一個不錯的法子，對大明利大於弊。”
韋寶明白丁紹軾說的那頭指的是閹黨，只是這裡不方便明說罷了。
“多謝丁大人！我真沒有想到你能這麼寬宏大量。”韋寶道。
“我也知道，有時候兩邊，純粹是爲了反對而反對，耽誤了很多事情，但你不要以爲我們都是什麼都不明白的人。”丁紹軾道：“好了，這件事，如果爵爺能讓首輔上奏陛下，我會暗中相助一二。”
“多謝丁大人。”韋寶再次感謝，並且向丁紹軾施禮。
顧秉謙等人很快到了。
韋寶辭別了丁紹軾，便請顧秉謙給自己一點時間，要與顧秉謙單獨說點事。
顧秉謙答應之後，韋寶向魏廣微，黃立極和馮銓稍微解釋了一下，說他們等會就會知道是什麼事。
本來魏廣微、黃立極和馮銓覺得韋寶有什麼事情揹着他們做，有些不高興，但是韋寶解釋了一下，幾個人又連忙說沒關係。
顧秉謙知道韋寶找自己什麼事，到了他的值房，首先便道：“爵爺是想說開放通商口岸和統一大明各地水師的事兒吧？”
韋寶笑着點頭：“首輔大人厲害，什麼都瞞不過首輔大人。”
“這事問我沒用，不管我答不答應，都無關大局，毫無可能，你明白嗎？首先，水師分散各地，便於相互制衡，以免出現一家獨大的局面。其次，開放那麼多通商口岸，怎麼可能？各地有田畝的人家，豈不都要將你視爲死敵？陛下和九千歲也不會答應的。”顧秉謙道。
“我是想請首輔大人具名，幫着將這份奏本上奏給陛下。若是首輔大人不肯，就當我沒有提過。”韋寶說着，將昨晚上寫好的奏本拿給顧秉謙看。
顧秉謙驚奇的瞪大了眼睛，像是看鬼一樣的看着韋寶，狐疑的接過了韋寶遞過來的奏本看了看，與韋寶昨天說的別無二致，“你讓我具名，讓我上奏朝廷？豈不等於讓我揹負天下的罵名？你怎麼想出來的，覺得我很傻？”
“首輔大人冤枉了，我怎麼敢認爲首輔大人傻？首輔大人是我官場上的引路人，是我半個座師啊。”韋寶道：“我讓首輔大人上奏朝廷，呈送給陛下，是想將留名青史的美差留給首輔大人！我的奏本上面寫的很清楚，請陛下委任大員擔任海防總督衙門總督一職務，而這個人肯定不是海防總督衙門已經有的人，所以絕對不是我。我做這一切，都是爲了朝廷着想，爲了陛下着想，毫無私心。所以，由首輔大人上呈給陛下，天下人也會這麼看首輔大人，是受到萬民敬仰重要，還是區區一些有土地的人給的罵名重要？孰輕孰重，相信以首輔大人高超的智慧，一定能立刻想明白的。”
顧秉謙苦笑着搖了搖頭：“爵爺，我知道你的口才好，死的都能說成活的，但是放在我這裡真的沒用。老夫不可能做這種事，這種留名青史的機會，老夫不需要。當初提議隆慶爺開放月港的大臣，他留下美名了嗎？”
韋寶見顧秉謙態度堅決，也不着急，淡然道：“既然如此，那就當我沒有說過吧。”
顧秉謙有點不高興，可你已經對我說過這事情了呀，只要做過，就可能被人知道，你這不是把火球扔我懷裡了嗎？
等下陛下和九千歲知道了這件事的始末，還不得怨恨我不想爲朝廷出力？
“你就不該告訴我這事，要上奏，你自己上奏，行了吧？老夫保證支持，這總行了吧？”顧秉謙無奈道。
“我不是怕擔罵名，而是我上奏沒用，我才幾天的官場資歷？這事一定會引起東林黨的反彈，我又沒有能力號召人支持我，一大幫東林黨再彈劾我一下，就算我本人沒事，這項方案也一定流產了。”韋寶道。
顧秉謙覺得韋寶的分析很有道理，可還是連連擺手：“我是絕不可能具名的。你要是嫌自己分量不夠，大可以找你家老丈人上奏。你老丈人可是比我有分量。”
“我想過，那樣的話，陛下和魏公公都不見得會答應。”韋寶道：“倒是東林黨們很有可能會贊成，那更要流產了。”
顧秉謙覺得韋寶用的流產這個詞挺好笑的，卻笑不出來，只是不肯答應。
“那算了吧，這件事我絕對不會對旁人說起的。”韋寶說着便要撕了奏本。
“哎，你幹什麼？別撕了啊。”顧秉謙道：“你再問一問魏廣微、黃立極和馮銓三位大人的意思啊，他們肯上奏，也是可以的。”
其實顧秉謙也希望能找到解決巨大兵餉口子的方法，如果這個時候，京營和邊軍同時缺餉銀，情況是很糟糕的，本來各地就已經有民變的跡象，再要是讓一大幫行伍出身的人加入民變，民變的火焰一定會越燒越旺盛，會動搖大明的根本的。
作爲首輔，到時候這些事肯定算是他擔責任，而且，他很有可能成爲背黑鍋的那個人。
“這個本子，只能由首輔大人上呈，別人都沒有那個分量。”韋寶道：“要不然就當我沒說過。”
顧秉謙重重嘆口氣，“你這不是爲難我嗎？”
顧秉謙說罷，去將魏廣微、黃立極和馮銓三人也叫到了自己的值房，將韋寶的奏本給三人看了，“現在韋爵爺讓我具名，以的名義重報給陛下，你們怎麼看？”
他們四個都是閹黨大臣，同在內閣，屬於命運共同體，一榮俱榮，一損俱損。
魏廣微、黃立極和馮銓都驚訝的看了眼韋寶，自從昨天晚上韋寶在酒桌上提出來，他們就記下了這件事，本來以爲韋寶會獨立向陛下上奏本，他們就只當什麼都不知道就行了。
卻沒有想到韋寶這麼厲害，居然會抓首輔大人上奏本，這不是找首輔大人當替罪羊嗎？
大明還沒有聽說過哪個下官能抓首輔大人當替罪羊的先例。
顧秉謙深鎖眉頭，非常不安。
其實顧秉謙不能說多有能力的人，也不能說是多果斷的人，甚至都不能算是鐵桿的閹黨，坐上首輔這個位置，是很多因素造成的。
顧秉謙是萬曆二十三年（公元1595年）進士，歷任編修，累官禮部右侍郎。
天啓元年晉禮部尚書，掌詹事府事。
第二年魏忠賢掌權，他率先趨附，史稱爲人“庸塵無恥”，“曲奉忠賢，若奴役然”。
天啓三年兼東閣大學士，入參機務。
五年正月晉少傅、太子太師、吏部尚書，改建極殿大學士。九月晉少師。
葉向高、韓爌罷免後，他繼任首輔。
顧秉謙起草聖旨，每事都順從魏忠賢的旨意。
先前他假傳聖旨將主考官王乾學治罪，又起草聖旨殺害楊漣、左光斗等人。
只有周順昌、李應升等人被投進詔獄，顧秉謙請將他們移交法司，不讓他們死得不合法。
時人說：“我聞今相國崑山顧秉謙，嚴相國儔也。”
又充《三朝要典》總裁。
宦官出去鎮守，顧秉謙撰寫皇上諭告，過後又與丁紹軾請求停罷此事。
兩事前後稍有矛盾。馮銓既已入閣，他們同黨中日夜傾軋，羣小們也各自支持一方。
顧秉謙心中不安，屢次上疏請求退休。
這些都看的出來，顧秉謙其實不願意當這個燙手的首輔大人了。