經過士民再三勸進，秦牧終於同意接受擁立稱王.
此時楊芷母子也已接到武昌，同來的還的楊廷麟一家
。
因洛陽之戰已打響，東取江南更須緊鑼密鼓的籌備，沒有時間耗費，是以一切體制多按明制設立。
由司馬安、諸葛敏、李源三人入閣爲輔臣；何亮掌兵部，楊廷麟掌吏部，劉伯全掌戶部，宋應星掌工部，堵胤錫掌禮部，白鐵掌刑部，邵華掌都察院，顧炎武掌翰林院，以楊慎掌大理寺，以宋獻策掌太常寺，以吳有性掌太醫院，以湯若望掌欽天監；
以顧君恩、吳晉錫、喻大猷、卞狄、謝凡、田一畝、吳有才、林清和、王守素、覃秋白、餘杭生等等分任侍郎、寺卿、主事等官職；
另以蒙軻、劉猛、馬永貞、李過、分任中、左、右、前、後五軍都督府大都督，其中後軍都督府大都督一職暫時空缺，秦牧故意沒有任命。
原來負責賞功罰過，貫徹秦牧意志的軍事僉事官劃歸兵部管轄。
同時秦牧利用此次機會，進一步強幹弱枝，將整編的關寧軍、蘇謹、李九、以及原李自成餘部的百戰精卒一同充入劉猛的中軍都督府。
相對於蒙軻、馬永貞、李過三人，劉猛粗中有細，是秦牧一手帶出來的悍將，向來忠心不二，由他掌握最強盛的中軍，秦牧才能放心。
體制和官職議定之後，緊要的便是議定國號了，此事其實是最早議及的，但因各人意見不同，一時僵持不下，秦牧本着先易後難的原則，把國號留到了後。
以諸葛敏爲首的一方。認爲秦牧起於荊楚，當以“楚”爲國號。
顧炎武卻站出來反對道：“凡立國定祚，皆須大義之名。大明兩京雖然已經淪陷，但魯王、唐王已同時宣稱繼位。大人本是明臣，此時以楚立國，則難佔大義之名；
秦氏本源於嬴氏，始皇帝橫掃六合，鑄我中華一統之基，漢代秦之後，始皇帝子孫遂以國爲姓。稱爲秦氏。
大人生爲始皇帝后代子孫，豈能以楚爲號，自應迴歸本源，繼承始皇帝之大統。以秦爲國號，如此才能正本清源，統合天一。”
顧炎武一席，讓各人豁然開朗，不錯。秦牧繼承的不是明朝國祚，不管取什麼樣的國號，都難免落個不臣之名。
如今要爭得大義之名，只有追本溯源。始皇帝是第一個統一中國的皇帝，當此民族存亡之際。秦牧以始皇帝后代子孫之名，起起繼承始皇帝道統，只有這樣，在大義名份上才勉強站得住腳。
想通了這一點，衆人再無異議，遂議定國號爲“秦”。
唯一遺憾的是目前沒有得到始皇帝的傳國璽，若是得到傳國玉璽，一切就更加名正言順了。
七月初一，武昌舉行隆重的開國議式，秦牧被奉爲秦王；並於登位之時頒佈秦王詔：
予嘗聞，易姓改號，謂之亡國；仁義充塞，而至於率獸食人，人將相食，謂之亡天下
。
自明祚傾移，兩京淪陷，億兆生民水火加身，妻離子散，已飽經亡國之痛；
又有建州韃虜，窺我華夏。其攝政多爾袞者，與僞皇太后叔嫂通姦，恬不知恥；其僞禮親王代善者，與庶母亂倫，開同禽獸；此禽獸之國，豺狼之邦，入關以來，復壞我綱常，毀我衣冠，乃至留髮不留頭，留頭不留髮；不剃髮者抓至軍門，朝至朝斬，夕至夕斬，泱泱華夏，竟成遍地羶腥。
胡兵過處，燒殺淫掠，無惡不作。揚州十日火光滿城，殺聲盈宇，婦女長索繫頸，累累如珠，一步一蹶。嬰骸遍地，或襯馬蹄，或籍人足，肝腦塗地；一溝一地，堆屍貯積，手足相枕，塘爲之平。至於紛紛子女，百口交啼，哀鳴動地，耳所難聞，目不忍睹。數十萬生靈，枉死韃虜刀下，春風十里揚州路，但聞孤魂野鬼哭；
當此天下存亡之際，朱明子孫不思救民於水火，但求苟且偷生；潞王者，人道賢明，然監國兩日而降清；魯王、唐王者，至外敵於不顧，同室操戈，互相攻奸，嗚呼！天下仁人志士，無不爲之心寒。
予生爲秦氏，本始皇帝后裔，治理一方，平顧賊於贛南，驅張逆於湖廣，拒韃虜於荊襄，一心爲民，未敢作非分之想；
然明祚衰絕，人力難以迴天，朱明子弟，難覓賢明；而衆將文武羣臣軍民耆老合詞勸進，懇請再三，予不忍天下淪亡於胡虜，乃以今年七月初一，祗告天地，承始皇帝國號大秦........
予治湖廣江右之地，革積弊，興文教、農桑工商並舉，民稍安，食稍足，兵稍精，控弦執戈，目視我中原之民陷於羶腥，深用疚心；予恭承天命，罔敢自安，即舉大義之旗，起兵驅除胡虜，拯生民於塗炭，復華夏之衣冠。
天下興亡，匹夫有責！凡華夏兒女，炎黃子孫，值此天下存亡之際，當聚我義旗之下，衆志成城，共御外辱；
予號令嚴肅，無秋毫之犯，兵至士民勿避，歸我者永安於中華，揹我者自棄於狄虜，蓋我中國之民，天必命我中國之人以安之，夷狄何得而治哉！
這首詔書一經頒佈，頓時轟動天下。就象一揚巨大臺風過境，士民奔走相告，議論紛紛，秦牧稱王與魯王、唐王等稱監國完全是兩回事；
魯王、唐王手下無一兵一卒，秦牧如今手下已有幾十萬勁旅，實力雄厚，又剛剛大敗阿濟格，殲敵十萬，大明自永樂之後，就沒取得過如此輝煌的勝利。天下多數百姓都將他視作抵抗胡虜的唯一希望。
而秦牧詔書主要包含了四個方面：一是宣告大明已經滅亡，朱家子孫不肖，不足以拯救天下；
二是指出韃子禽獸不如，控訴韃子的暴行，激發天下人同仇敵愾之心；
三是明確自己繼承的是始皇帝的道統，名正言順；
四是號召天下人團結到自己的義旗之下，驅除韃虜
。恢復中華。
尤其是詔書中首次提出“天下興亡，匹夫有責。”這樣的口號，引起了極大的反響。
而韃子屠殺揚州那慘絕人寰的情景。對應出魯王、唐王不顧外敵，同室操戈的齷齪；另一方面。也映襯出秦牧始終站在抵抗韃虜第一線，大敗阿濟格的壯行義舉。
本來秦牧設置六部官衙，大部分職位還空缺着，這道詔書一出，前來投奔者頓時擁塞於途；
尤其是韃子佔領區的官吏，許多人不願剃髮異服，不甘做滿清的奴才。又怕朱家子孫清算他們的舊帳，現在有了秦牧這個選擇，便紛紛棄官南逃，投奔武昌而來。
對於這些主動來投的官吏。秦牧一律不計前嫌，着吏部酌才敘用。
對於各地來投的讀書人，則令禮部籌備科舉，通過正途銓選，但私下裡。秦牧卻再三叮囑禮尚書堵胤錫，凡東林黨人儘量少錄取，秦牧可不想剛則立國，就毀於黨爭。
秦牧的詔書傳遍了天下，正處在風口浪尖上的江陰城裡也有人將詔書貼出。並傳誦着秦牧大敗阿濟格，殲滅十萬韃虜大捷消息。
自六月初在典史陳明遇、諸生許用等人帶領下，江陰義民擒拿清知縣方亨，斬殺清差，樹起反清義旗，至今已過一月時間；
其間常州知府宗灝派三百兵丁趕來鎮壓，被義民全殲於秦望山下。
南京的黃連山接到消息後，毅然派出李重陽等二十名有戰陣經驗的夜不收成員趕到江陰，助義軍作戰，在李重陽等人的組織訓練下，義軍多次打退小股清軍的進攻。
清貝勒博洛大怒之下，派降將劉良佐統四萬重兵圍城，並作招降書射入城中，江陰軍民公議後，回書拒絕，同時派人前往紹興向魯王求援。
劉良佐見勸降無效，便四處捕殺城外義兵，企圖斷絕城內軍民外援，同時開始攻城。
城中嚴密防禦，清兵箭如雨注，城上義民一手拿鍋蓋遮蔽，一手接箭，每天能得到十多萬支箭。
但戰爭畢竟不是兒戲，城上義民雖經李重陽等人組織，但時間太短，難以成軍，在劉良佐猛攻之下，江陰形勢日益嚴峻，派往紹興的人又回報魯王拒絕派兵增援，使得城中士氣大損。
在這生死存亡之際，李重陽勸陳明遇改樹秦軍義旗，以鼓民意，同時承諾會盡快聯絡秦牧，派兵來援。
陳明遇與許用、黃略等人商議之後，同意李重陽提議，換上秦軍旗幟。
城中百姓得知能聯繫到大敗韃子的秦軍之後，一時信心大增，士氣高漲。
城裡有個叫程璧的富紳更是首捐二萬五千金，在他帶領下一時捐資者雲集。
士氣雖然再次鼓舞起來了，但陳明遇深知秦軍來援總還需要些時間，同時自感缺乏軍事組織才能，於是想起了智勇雙全的前典吏閻應元，經過衆人同意之後，便專門委派十六人連夜出城，到閻應元住所請他出山
。
閻應元從所請，率家丁四十人，夜馳入城。
閻應元以江陰在着崇高的威望，這一點是李重陽等人萬不能及的。崇禎十四年，有江盜乘船百艘來犯江陰，縣令、縣丞、主簿都嚇得棄城而逃，江陰百姓驚恐萬分；
唯獨武藝高強的閻應元帶刀衝出，躍馬於市疾聲大呼：“好男子，從我殺賊護家室！”一時從者數千，聽從號令佈列於江岸，將江盜擊退。
閻應元方一入城，立即得到了江陰百姓熱烈的擁護。
形勢危急，閻應元讓每戶出一男丁守城，以武舉人黃略守東門，以李重陽守南門，陳明遇守西門，閻應元自守北門，以李重陽帶來的二十人在城內對兵丁輪番訓練，與清軍展開了殊死大戰。
劉良佐令四萬大軍造浮橋十條，一齊渡過外城河，分十處登雲梯上城。閻應元指揮城上用磚石擲下，以長槍拒敵；一時間亂石紛飛，炮火連綿，雙方死亡不計其數。
滿人大將阿巴赦自恃勇猛，穿着三層甲，腰懸兩把刀，背上還背兩把刀，手執兩把刀，親登雲梯，跨上城垛，執刀亂砍。
城上守軍用棺木抵擋，以槍刺其身，竟不能入。
有人喊道：“刺他的臉。”於是衆人紛紛刺其面，一湯姓童子，持鐵鉤鐮，用力鉤斷其喉管，竹匠姚邇割下他的頭，滿將身子墮落城下。清兵齊來搶屍，城上梆鼓齊鳴，磚石小箭如雨點，清兵又傷亡數百人。
江陰的戰況以飛鴿傳書的方式，很快傳到了武昌，秦牧接報之後，着令三軍加速備戰；
並令水師都督狄中行整合洞庭和鄱陽兩湖水師，準備奪取“制江權”，同時命兵部徵調大量民船用於運兵運糧；
江陰就位於長江邊，一但能控制住長江水道，也就等於有了增援江陰的能力。
江陰是第一座樹起秦軍旗幟的城池，保住江陰有着軍事有政治雙重意義；
首先軍事上，可用江陰爲橋頭堡，挺進整個江南，對南京形成兩面夾擊；
在政治上，魯王拒絕增援江陰，而秦軍千里相救，這對爭取整個江南的民心將起到不可估量的作用。
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