姚廣孝不知道丘福放火燒朱明復的事情，他很欣賞朱明復，一直想收爲己用，知道此事後，曾怒氣衝衝去找朱棣。
“殿下，你殺朱明復，爲何不和我說下？”姚廣孝沒有居官職，一直和朱棣以友道相處，所以他可以沒大沒小。
“大師，你聽我說，朱明復是不可能爲我們所用的，再者，我需要他再演一齣戲。”朱棣一直很敬重姚廣孝，就實話實說沒有隱瞞。
“殿下，你想製造建文已死的假象，然後稱帝？”姚廣孝看出了朱棣的意圖。
“大師，不是你一直慫恿我稱帝的嗎？”朱棣質問。
“不錯，但現在不是時候，你沒看出來嗎，我們進入南京，發現建文帝到武昌的時候，我們就沒有了稱帝的機會了，目前的局勢，最好不過是劃江而治，最差是固守燕王的屬地，如果貿然行動可能會輸掉一切的。”姚廣孝好像在訓斥小孩子。
“我們總要最好博一下，我們好不容易纔攻佔了南京。”朱棣雖然信服姚廣孝，但是就此罷休仍然不甘心。
“老僧最近觀星象，紫薇垣中有三顆星最近突然越來越亮，其中一顆還在向中間移動，老僧建議我軍應該撤回江北，派人和建文帝談判，劃江而治。”姚廣孝拿出了他神秘學的看家本領。
“就算大師說的對，我也要打一仗再走。”朱棣顯然無法接受。
“燕王殿下，南京城是不屬於你的，但天下很大，我們可以佔據很多地方去稱王稱帝，殿下以爲你可以殺的了朱明復嗎，老僧看他面相，倒有面南稱尊之相，此人非大富即大貴。”姚廣孝的話總是那麼不容質疑，要不是過去每一次他的判斷都應驗了，朱棣纔不會容忍他呢。
“大師，你雖然是得道高人，但是世事還是靠人爲的，你說朱明復大富大貴是吧，他現在恐怕早是一具焦屍了。”朱棣的火氣實在忍不住了。
“殿下，眼見爲實，老僧到覺得朱明復會長命百歲呢。”姚廣孝閉眼答道。
朱棣一氣之下，趕緊讓丘福去找那具焦屍，當然結果令他很驚愕。
徐輝祖幾天後回到了武昌。
“陛下，臣已成功聯絡了一直奇兵，他們都是民間的忠義之士，他們個個身懷絕技，他們潛入後方策應我軍攻城，皇上不日就可以重回南京奉天殿。”徐輝祖躊躇滿志地向建文帝彙報道。
“沒想到有那麼多民間義士自發來助朕，朕愛民，民也果然愛朕啊，愛卿，你一定替我好好犒勞他們。”
從出南京城以來，建文帝就把軍政大事都交付徐輝祖，徐輝祖說的話令他今天心情特別好，他覺得民心都在自己這邊，夢中他又坐在金陵的奉天殿上，燕王朱棣則則跪在下面不斷磕頭求饒。
十日後，明教兩大分舵頭目千餘人彙集武昌，徐輝祖毫不吝嗇拿出國庫大批的黃金賞給他們，命令他們潛伏燕軍後方，開展多種破壞活動。那時正是燕王朱棣佔領南京的第二天。
五日後，建文帝三十萬大軍分水路兩路同時開拔，在燕王朱棣佔領南京的第二十四天，徐輝祖的大軍開到了南京城下。
同時駐守淮安的駙馬梅殷也出兵五萬策應徐輝祖，甚至江西浙江等地也有數千民衆自發組成的民團加入加入建文帝陣營，其中嘉興知府沈誠還親自帶了百來個衙役趕過來了。
再加上明教出色的破壞活動，燕軍不是飯裡被下了瀉藥，就是戰馬大量暴斃，或者是將領莫名其妙失蹤，因此後世史書上大書特書的建文四年南京反攻戰其實只打了四天。
最後在姚廣孝的建議下朱棣就指揮他的部隊渡江撤退了。建文帝又成了這座偉大城池的主人。
徐輝祖被改封爲越國公，食邑一萬戶，賜帶劍上朝，宮中騎馬，並一人兼任五軍都督府都督。徐輝祖原來世襲了老爸的魏國公爵位，但是沒有封邑。
洪鵬封爲忠敏侯，廖平升爲兵部尚書，封爲子爵，其他有功人員皆有封賞。
戰死的王倫被追授爲勇毅伯，並在南京特建王倫祠，祭奠所有犧牲將士的忠魂。
徐輝祖以爲朱明覆被朱棣殺害了，追認他錦衣衛同知，追贈輕車都尉，這是秘密冊封，只有幾個人知道。
至於胡亂削藩，引起靖難的齊泰、黃子澄則被免職，回家種田去了。
識時務者爲俊傑，朱棣是俊傑，爲保存實力，所以他決定退出南京。他帶着蒐羅到的金銀珠寶，帶着他十幾萬大軍浩浩蕩蕩渡江北歸，當然朱棣其實也留了一手。
他朱棣不能把軍隊耗在南京，他要回到他的大本營去，那裡有無數支持他的人，在這裡打不過建文和徐輝祖，但他回去後至少可以保住自己的老窩。留的青山在，不怕沒柴燒啊。
此時，朱棣仍佔據了北方很多地盤，包括原來燕王和寧王的封地，加上山東的一半，他的軍隊仍然很強。他仍然是不可戰勝的！
姚廣孝告訴朱棣知道現在的形勢佔據天下是不可能的，他所能做的最好結果只能是是劃江而治。
朱棣很痛心，徐輝祖一點不念郎舅之情（朱棣娶了徐輝祖的姐姐），對他絲毫不手軟。
攻打南京本就在於速戰速決，他的失敗從王倫帶軍回城那一刻其實就註定了，徐輝祖太厲害了，建文只是坐享其成而已！
朱棣知道以徐輝祖的精明，他馬上就會和淮安的梅殷一起北進，自己的軍隊接連受挫，士氣大大下降，最好的方式是回家，回家固守原來的屬地和山東，以自己的兵力和能力，徐輝祖想吃掉他，起碼需要十年，因爲朝廷缺乏騎兵，而騎兵正是朱棣的優勢。
於是在和姚光孝商議後，燕軍聰明得慢慢退去，避開徐輝祖的鋒芒，燕軍沿途攻下了山東幾個城池，搬空了城中糧草財物後又迅速離去，最後燕軍主力逐漸在濟南城下集結。濟南這是還在朝廷手裡，濟南之所以不丟是因爲有鐵鉉這個牛人在鎮守。
很快濟南危急的報告放在了建文帝的御案上。
“皇上，臣判斷燕軍想攻下這座城池後，佔據山東、燕趙之地繼續和朝廷周旋。”徐輝祖說。
“燕軍打濟南，乃求生之戰，不打濟南，北平就不保，濟南守軍匱乏，所以濟南肯定守不住的，但是鐵鉉等一干人智勇雙全，乃陛下不可缺之忠臣，一定要接回南京，臣準備安排俠士救他們出城，然後從海路來京，請陛下准奏”
“就如愛卿所言。”建文現在越發對徐輝祖言聽計從。
一個月後，著名的鐵鉉回到了南京，但那時的建文帝已經今非昔比了。當然鐵鉉對這一切並不清楚。
朱棣走了，但是有一羣人留下來了。他們朱棣是最精銳的死士。
撤退前的朱棣給建文帝留下了一個地雷，那是一支埋伏在城外的山中的奇兵，他們準備利用城內倖存的內應，奇襲皇宮，乘機縱火，最後尋機除掉皇帝。他們的指揮就是放火燒朱明復的那個丘福。
現在鎮守金川門有個叫姚富的千總是姚廣孝的族人，姚和尚五年前早已將他策反，姚富後來去了武昌，回來後派駐金川門，姚富用朱棣的銀子將他的五百人的部隊策反了。
丘福和姚富約好，在第三日進城，因爲姚廣孝推算出那天的子時將有大風，子時是守城部隊交接班的時間。
那天子時，西北風突然席捲大地，地上的枯葉被卷的半天高，守城的士兵眼睛都睜不開。
丘福帶領自己的死士門，悄悄來到金川門附近的一處城牆。一個人上前捂着嘴巴喊了幾聲暗號，城牆上的人也回以同樣節的暗號。
姚富接到信號就就馬上城牆上放出二十架軟梯，丘福率領死士部隊一聲不吭的魚貫入城。
城內潛伏的幾百人內應也在這時和丘福的手下會和，他們都僞裝成巡邏的官軍，直接開到皇城。
丘福一聲令下後，一千凶神惡煞如潮水般涌向宮門，守宮門的錦衣衛們不知所措，一下子被砍得七零八落。
這羣人邊走邊防火，皇宮一下子串起了好幾處火苗。
徐輝祖的大部隊火速趕到，包圍了這支小股部隊，不到一個時辰，除了丘福等百餘人逃脫外，其餘的都報銷了。
但他們仍然成功了，皇宮已是一片火海。
徐輝祖望着火焰中的皇宮，突然胸一悶，一口血就噴了出來。
第二天上午，火被撲滅了，由於火勢最嚴重的就是皇帝和皇后貴妃們的寢宮，皇后和幾位妃子都不幸葬身火海，加上太監和宮女，這次大火宮中死傷達數百人之多，但是最關鍵的建文帝卻是活不見人、死不見屍。
不過建文帝的兩個皇子和郭貴妃還在武昌，得以倖免以難。
正躺在病牀上徐輝祖的心情和上次抱着弟弟的屍體時一樣的，那是一種無言的悲涼，那是一種命運的捉弄，那是不解老天爲何如此殘酷！他徐輝祖用高超的計謀收復了南京，現在卻又失去了皇帝，一喜一悲又和朱棣暫時打了個平手。
但是大明帝國不能沒有皇帝，雖然現在大權在徐輝祖手裡，可是如果沒有皇帝，一切都不能名正言順，做大事的人都要找一頂華麗的帽子戴戴的。
所以一定要找一頂叫“皇帝”的帽子。雖然朱棣也可以做皇帝，但徐輝祖知道那個帽子裡有隻毒蠍子，會扎死他的，也會扎死其他很多人的。
徐輝祖想：要是朱明覆在就好了，至少可以頂一陣子。因爲本來準備過幾天就要召開收復南京的大朝會的。
徐輝祖內心對朱明復也頗爲好感，認爲他演皇帝其實演得很好，很傳神，簡直可以以假亂真，這樣的人他願意一直演下去，一直到他徐輝祖的事業圓滿功成。