公牛隊在今年的常規賽中除個別場次出現偏差以外，大部分進行的都像喬丹預料的那樣順利。常規賽還差20場就要結束之時，公牛隊的戰績是45勝17負，整個聯盟中只有開拓者隊和凱爾特人隊的成績比公牛隊要好。但喬丹並不關注這些，他的目標就是能夠順利在東區出線並進入總決賽。
但在進入總決賽之前，喬丹與公牛隊卻要必須要完成兩個任務:首先在東區聯盟中要拿到最好的成績，就算不能取得更好成績，起碼也要在進入東區決賽之前確保自己的主場比賽優先權。對有主場龍之稱的公牛隊來說，如果可以取得主場優先權就幾乎等於奔向總決賽的大門已經打開了;另一項任務就是要在作客底特律時戰勝宿敵活塞隊，如果包括89賽季的六場比賽的話，公牛隊已經在底特律連續輸了八場比賽。
如果從87年開始算起，公牛、活塞兩隊的相互的戰績爲5勝15敗，公牛絕對處於下風。季後賽對於公牛隊來說是非常重要的，而且他們很有可能在季後賽中又一次面對活塞隊，只有在客場戰勝對手才能令自己隊伍有信心在季後賽中再一次戰勝活塞，所以說在常規賽季中在底特律取得勝利是當務之急，哪怕是一場也好。
那個賽季中，公牛首場作客底特律的比賽在12月19日開打，但公牛還是沒有打破自己的宿命，縱然是面對狀態低沉，而且損兵折將的活塞隊，喬丹和公牛隊仍是勝不了他們。沒辦法，喬丹只得等待第二次機會。公牛隊第二次出擊底特律是在2月7日，而這天剛好是全明星賽之前的最後一場常規賽。
“今天這場比賽不單隻爲了排位和主場的優先權，最重要的是我要讓人們知道，我們真正有力量能夠打敗那些傢伙們的!”在比賽前，喬丹信誓旦旦地向公衆和底特律活塞隊發出挑戰宣言，而公牛隊的其他的球員也是抱着同一心態。果然，喬丹這一次並沒有食言，他全場個人獨得30分，最終帶領公牛隊以95比93客場戰勝了活塞，雖然活塞的隊長托馬斯因手傷沒有上場，而且喬丹當時的狀態更是好得不得了，但公牛還是在喬丹的手中結束了自己在底特律不勝的歷史，並且樹立了極大的信心。
“這場比賽的勝利令我們感覺到總冠軍已經已在前面伸手可及的地方。”喬丹賽後顯得很激動，並反覆說着這句話，由此可見這次勝利對公牛隊的重要性。由於這次在客場戰勝了宿敵，公牛隊的氣勢大漲，此後不久，自信心十足的公牛從活塞的手上奪得中區第一的寶座。
到了三月份，公牛的成績又超越大西洋區的第一名凱爾特人，併成爲真正的東方不敗。到了常規賽季結束時，公牛隊共獲得61場勝利，位列東區第一名，完成了另一個目標，這和傑克遜的預期是完全一樣的。在整個常規賽季中，喬丹的出場時間被減少了，這帶來的結果就是其平均31.5的得分成爲了他自近三年以來最低的數字。但即使是這樣，連續第五年成爲聯盟的得分王仍然是綽綽有餘。
雖然得分下降，但其投籃的命中率卻是53.9%，這是一個相當不錯的成績，其原因就是公牛隊採用了三角進攻的戰術。這樣，整支球隊就成爲了全聯盟手頭最準的球隊。除了球隊的榮譽以外，喬丹今年也有相當不錯收穫，不光拿到常規賽MVP和最佳得分手兩項桂冠，而且NBA最佳陣容和最佳防守陣容的名單中均留下了喬丹的名字。在領取常規賽MVP獎盃時，喬丹和自己隊友一起步入球場中心，並在他們的包圍下從大衛.斯坦恩主席的手中接過獎盃。
“今年能取得MVP是因爲整支球隊變得十分成功，因爲有隊友們的協助我才能取得這座MVP獎盃，所以我想和大家一起接受這座MVP。”喬丹在說這句話時眼中閃出了微微淚光，這完全可以說是公牛隊和喬丹本個常規賽季的重要場面。
當球隊進入到季後賽以後，喬丹變得更加小心了，因爲他深知季後賽的殘酷性和偶然性，只要稍有不慎就極有可能進入到萬劫不復的境地。爲了展示球隊團結的新氣象，公牛全隊由以往的白色球鞋全部換穿爲黑色球鞋，而傑克遜教練也特別戴上73年他在尼克斯隊擔任前鋒時的總冠軍戒指，所有發生的這一切令全部球迷意識到，這個賽季將有可能成爲公牛隊光輝的里程碑。
在季後賽首輪，公牛隊遇上的對手就是傑克遜的老東家尼克斯隊。在公牛隊與尼克斯隊的首場大戰中，傑克遜指揮公牛隊用上了早就制定好的尤因戰術來對抗對方強大的中鋒尤因。這一高招徹底令紐約人在比賽中行動受制，尤因在這場比賽中只能取得可憐的6分，從而打破了自己季後賽的最低得分紀錄，而公牛隊則以126比85， 41分的巨大優勢擊敗紐約尼克斯隊。
“這一招真是太高了，我很明白此刻尤因的心情，因爲我也曾經有過與之類似的的經歷。當你被大量對方球員包圍時，而且自己的犯規又增加了的時候，隊友此時的活躍是最大幫助，今天我們的防守就很巧妙地控制了對手。”喬丹賽後說。就這樣，公牛隊在首輪中連勝三場，順利進入第二輪的東區半決賽。公牛隊的下一個對手，就是剛剛淘汰雄鹿隊，並且同樣是直落三局取勝的76人。
76人的超級明星球員巴克利是喬丹的好朋友，他們二人是在84年洛杉磯奧運會國家隊集訓營中認識的，由於兩人興趣相仿，所以在每天晚上兩人也一起玩撲克。論兩人的關係，喬丹和巴克利可不是一般的交情，兩人就像學校裡的不良學生和優等生一樣對照，巴克利是個頭腦相當簡單的傢伙，而且腦袋裡想起什麼就會說什麼，相反喬丹則處處爲他人設想，甚至還會爲巴克利辯護。
“在巴克利的面前我可以做回一個普通的邁克爾。”喬丹總是這樣評價與巴克利的友誼。雖然兩人是親密無間的好朋友，但一旦到了球場，上他們就會變得敵我分明，毫不留情。在公牛決戰之前，巴克利就曾揚言在第五場比賽內就可以將公牛隊送回老家。但是，在第五場比賽結束後，提早放暑假的並非他所說的公牛隊，而是自己所率領的76人。
在東區半決賽的第三場比賽開始前，喬丹感到自己的腿很痛，但他仍然堅持上場比賽。忍受、着膝關節發炎的痛楚，喬丹依然拿到全場最高的點46分。不過，就在比賽結束之前76人的金斯投中的三分球令公牛隊以2分之差敗給費城76人，而公牛隊也吃到了季後賽的首場敗仗。
不過在兩天之後的第四場比賽中，拿到25分和12個助攻的喬丹率領公牛隊憑着出衆的攻擊和無懈可擊的防守客場將76人大卸八塊。當回到芝加哥主場以後，公牛更憑一口氣便把對手解決。在這場比賽中，喬丹個人獨得38分，特別是在最後的6分鐘內取得12分。除此之外，他也搶下19個籃板球，打破了季後賽自己最高的紀錄。與此同時，他的膝患也隨之消失了。
“爲了比賽的勝利，我可以不惜一切，但始終一人的力量是有限的，大多數情況下隊友的作用是最大的。我很同情查爾斯，而且我也很瞭解他，因爲我過去也曾和他一樣沮喪。”喬丹非常同情自己的好友，但他只能用過去式來形容失敗的苦痛是一件令人感到喜悅的事情。
公牛率先進入東區決賽，而當時他們的決賽的對手還未確定。最近的幾年裡，一直都是東區相當強的兩支球隊凱爾特人隊和活塞隊在進行激戰，爲得是爭取到和公牛決戰的資格。對公牛隊來說，與凱爾特人隊作賽要比和活塞隊作戰輕鬆得多，但公牛隊中的每一位成員都希望能夠再次和老冤家活塞在東區決賽中決一雌雄。
“其實和哪一隊比賽都可以，但我的競爭心卻對我自己說它希望能夠與活塞決戰。現在的活塞仍是衛冕冠軍，要取得他們手上的東西，就應該直接從他們手上拿走。”這就是喬丹的挑戰宣言喬丹和公牛隊終於又一次如願以償了，他們的對手是底特律人，而且也是連續三年出現活塞對公牛的東部大戰，但與前兩年不同的是，這次公牛隊的成績要比活塞好，而且這次公牛更是擁有主場的優勢，公牛勝的機會終於來了。
“過去三年中，擊敗公牛隊的球隊都是活塞，這回輪到我們了，報仇的時間終於都來臨了。”喬丹在得到決戰對手是活塞隊的消息以後，顯得很冷靜。另一方面，活塞隊的中堅托馬斯也露出自信的微笑道:“在常規賽季中，公牛隊曾多次提及想和活塞作戰，現在也如他們所願，我們決戰的時候到了。”
在與活塞的第戰中，充滿報復心的喬丹一直在球場上忍耐着，因爲他要將傑克遜教練的團隊戰術貫徹到底。雖然在比賽中，喬丹的表現有所收斂，但他卻幫助皮蓬等球員投中關鍵時刻的進球，公牛以94比83主場擊退活塞隊。“今天隊友們表現不錯，特別是在控制球賽方面大家做得實在是太出色。只要這樣，我們才能完成我們的理想。”在比賽後，喬丹對自己的隊友大加讚賞。
兩天後的這個時間，喬丹已經駕着黑色的寶馬車從芝加哥體育館回家了，而此時公牛隊已經得到對活塞隊兩連勝的優勢。此役，喬丹個人獨得35分，公牛隊則以105:97再次擊敗這支活塞隊。“不要說活塞隊連勝四場，我現在只想着如何能勝一場比賽。”在比賽後會見記者的時候，活塞隊的戴利主教練在回答底特律記者翻盤的可能性的問題時說過這樣的話。
活塞隊以前在與公牛隊的比賽中一直擅打的喬丹規則此時已經徹底地宣告破產，公牛隊雖是一支以喬丹爲中心的球隊，但這個中心已經變得和以前不相同了，即使喬丹未能取得太多的分數，其他球員如皮蓬也能在此時出現，而且公牛隊的半場防守也把活塞的進攻完全控制於股掌內。當活塞碰上這類情況時，不免會表現出混亂的心態，有時甚至會使用粗暴的作戰手法，但公牛隊就像什麼事也沒有發生似的繼續比賽。公牛隊的冷靜就這樣讓粗野的活塞俯手稱臣。