石門橋阻擊戰整整進行了一個白天，當晚的二更時分，殲滅戰便打響了。!
朱由崧所料不差，來的正是宋獻策所率領的明軍主力。
別看這支明軍的主力現在只有不足8萬人，但是殲滅20多萬大軍已經綽綽有餘了。
當初鳳凰山下的明軍大營，不算五萬水師營共有十三萬人馬。朱由崧拉出五萬，東拒李定國之後，折向西南詐開城門，閃電般拿下了大西京師成都，然後出兵在石門橋鎮修築工事，阻斷大西軍回防成都，最終目的是爲了把大西軍拖一圈，拖得疲憊不堪，然後與宋獻策的主力在這一帶殲滅大西軍的主力。
雖然阻擊戰打的代價有點大，但是這一戰略目的達到了，一切都是按照朱有鬆的計劃進行，這個計劃是朱鬆當初定下的，滅亡大西的分佈推進計劃。
宋獻策率領近8萬大軍，向東撤退。以潰退的假象引得二十五萬大西軍，水陸並進，圍追堵截，局部的小戰爭也是有的，斷後的戰鬥加搶奪陣地的戰鬥，這期間明軍也損失了幾千人馬。
但是這一天，大西軍便知道大禍臨頭了。
京城丟了，20多萬大西軍成了喪家之犬惶惶不可終日，不只是高級將領，一些層將領、基層將領乃至一些普通將士，他們很多人的家都在京城一帶，現在京師被朱由崧端了，家沒了，後院起火，他們只盼趕緊回師，連夜急行軍，奪回京師，保護他們的家小。
因此這20多萬大西軍被朱由崧阻擊在石門橋鎮一帶時，全都是疲憊之師，只有精神在支撐着他們。張獻忠的權威聖旨相對來說對他們則是次要的。
然而朱由崧一天的阻擊戰又把他們打垮了，這個時候宋獻策帶領準確的數是七萬明軍突然出現在其後方，20多萬大軍徹底崩潰了。
宋獻策這七萬大軍該睡睡，該吃吃，該跑跑。先是撤退，後是追擊，這兩天把大西軍拖得精疲力盡，相對這些大西軍來說，宋獻策他們精力較充沛。
他們接到朱由崧的旨意，轉入反攻，追擊大西軍。
這兩隻軍隊遭遇，一個是疲憊不堪，一個是精力充沛，一個是潰散之師，一個是追敵之軍，因此雙方這一對，勝負立分。
別看數量，大西軍佔用絕對優勢。但是他們敗局已定，軍心大散。兵無鬥志，指揮失靈，四散奔逃。逃不了的，被斬殺在當場，有的集團體繳械投降。
一場幾乎是一邊倒的大戰，從是夜二更過後一直持續到天亮。
最後孫可望和王尚禮帶着殘兵敗將，終於殺出重圍，後來黔國公沐天波帶着滇軍也跟了來。
三員主將，兵合一處。看看後面明軍沒有追來，他們停下來喘息，白天急行軍，晚打了一宿，鐵打的人估計也受不了，包括主將在內存都累壞了。
查點人數，三員主將合在一塊一共25萬人馬，經過這不到兩天的時間，現在連零頭都沒剩下，加沐天波的滇軍，只有三萬七千多人。
再看這3萬多殘兵敗將，從將領到兵卒，一個個焦頭爛額，甲衣不整，有的頭盔和戰靴都丟了，那張臉黑烏藍青，跟從竈坑裡鑽出來差不多。
這一仗敗的太慘了。三員主將從來沒有吃過這樣的敗仗，尤其平東王是孫可望，更是第一次遭遇如此的慘敗。
他覺得無顏面回去見張獻忠交代，拔出腰的寶劍要自殺，被親兵勸住，王尚禮奪下了他的寶劍。
冷靜下來，三員主將商議之後，帶着殘兵敗將，回鳳凰山，向張獻忠交旨請罪去了。
石門橋大捷，明軍以多勝少，取得了重大勝利，朱由崧帶着李全和幾名錦衣衛與宋獻策的人馬勝利會師。
這一天與他離開鳳凰山大營，滿打滿算，只有一個月零八天。短短的不足40天時間，朱由崧活捉了李定國，智取了大西京師，成功阻擊了20多萬大西軍，最後打了一個漂亮的殲滅戰。
這幾仗打的一個一個漂亮，算李定國的幾萬人馬和大西京師的人馬，一共殲滅大西軍35萬，只那一晚殲滅大西軍21萬多人，其俘虜了7萬餘衆，連白天的阻擊戰到晚的殲滅戰，共打死打傷大西軍九9萬多，其餘的下落不明。
現在大西軍的主力已經被殲滅，只剩下5萬左右的殘餘勢力躲在鳳凰山。
不過戰爭從來都是一把雙刃劍，再漂亮的戰爭，不會只有一方傷亡，傷亡都是雙方的，不過有多有少而已。
那種不戰而屈人之兵，兵不血刃，這種情況也常有，但是嚴格說來，這是不能稱爲戰爭的，因爲沒有戰也沒有爭，何來戰爭之說？這隻能算是和平解決戰事。
明軍阻擊戰和殲滅戰，這前後緊密相連的歷時兩天的兩場戰鬥，明軍的傷亡也超過4萬人馬。
朱由鬆和宋獻策勝利會師之後，明軍清點人數，還有兵馬五萬一千。
在石門橋一帶朱由崧休整兵馬長達十天。這十天時間，把明軍將士也忙得不輕。
只清掃戰場，掩埋屍體，打理戰利品，專門派出兩萬大軍，這兩萬人馬整整忙活了三天。
剩餘的3萬人馬當然也沒閒着，他們看押俘虜，救治傷號，登記戰功，向附近的老百姓宣揚明軍的政策。
這幾天，朱由崧在營帳之長出了一口氣。他的滅亡大西的戰略計劃已經接近尾聲了，接下來該到鳳凰山掃尾了。
這十天，朱由崧看望慰問了受傷的將士，傷好的最快的要數李全了。沐天波那一丸藥無疑起了很大作用，加軍醫的精心治療，李全那麼重的傷，沒出五天沒有大礙了。
現在萬縣一帶的人馬可以調過來了。先給他留下一萬明軍，加改遍的，願意投降從軍的李定國的俘虜，萬縣縣城現有明軍兩萬三餘人。
朱由崧傳旨給馬萬年，留下3000人馬守城，萬縣已經成了大後方了，一名副總兵帶3000人馬守城，維持秩序，綽綽有餘。
讓馬萬年親自帶領兩萬人馬，把李定國，張虎和張勝三將押過來。
其他的事宜主要是俘虜的事，交給宋獻策負責處理，由大太監李國輔助和李全協助。
接下來朱由崧由馬金花，賀宣嬌，慧梅三位美妃陪着，好好放鬆了一下。白天飲酒，舞劍，觀景，晚自然有帝王豐富的夜生活。
十天之後，馬萬年的兩萬人馬跟朱由崧兵合一處，帶着九萬大軍（含有改編進去的近2萬大西軍俘虜），押着李定國張勝張虎三將，因爲他們三個仍然不願意投降，張勝張虎的傷早都好了，對外號稱10萬大軍浩浩蕩蕩進開往鳳凰山。
數天之後，十萬明軍重新開到了鳳凰山下安營下寨，鐵臂蒼龍賀兆雄的五萬水師也打敗了劉秀的水師，劉秀帶着殘餘沿水路退回鳳凰山。
賀兆雄指揮的水師在鳳凰灣下寨。
這樣鳳凰山下的明軍，連水師算，總兵力超過了十三萬。
現在朱由崧積極準備着鳳凰山一戰，調兵遣將，籌備糧草，運送彈藥，打算這一戰徹底滅亡大西政權。
這時喜訊傳來，兵部尚書劉肇基，兵部侍郎堵胤錫，採取迂迴包抄的方式已經將李定國留在九江一帶斷後的大西軍吃掉，14萬明軍正在趕往鳳凰山勤王。