鼓浪嶼大海戰，空前慘烈，持續時間也較長，前後超過了兩天，最後明軍險勝鄭家軍。
朱由崧打破鄭家軍的攔海防護，破了他的魚加魚叉陣，雙方傷亡都很大，最後主將劉國軒被活捉。
他率領的這支近萬人的鄭家軍水師，經過海的激戰，損失了一半以，剩下的3000餘人和160多艘大小戰船，全部成了明軍的俘虜和戰利品。
劉國軒仍然立而不跪，只求一死。朱由崧仍然沒有殺他，要讓他腦袋搬家不至於等到現在，千軍易得，一將難求，朱由崧不願意前功盡棄。覺得劉國軒的確是個將帥之才，第二，他更重要的價值在於營救鄭鴻逵和鄭成功這方面。
因此朱由崧纔對他表現出極大的耐性。
綁繩鬆開之後，朱由崧仍然讓他走。朱由鬆對他說的明白，也很大度，什麼時候投降，什麼時候算。不服再來戰，一直打到他投降爲止，朕有的是信心和決心。
劉國軒提着大戟又走了，不過他覺得這個大明帝王實在與衆不同，第一次放了他，這已經是第二次了。他走到半路，考慮再三又回來了。覺得自己陸，水均不是對手，按說他已經死兩回了，弘光大帝真是恩澤齊天，放着這樣的堯舜之君不保，自己要保誰呢？
自古以來是大將保明主，俊鳥登高枝。對唐王朱聿鍵，再看看他的老主人鄭芝龍，簡直沒法。最終劉國軒感念朱由崧的恩德，回到朱由崧的營帳跪伏在地請罪。
“哈哈哈哈，”朱由鬆大笑，親自把他攙了起來，“識時務者乃爲俊傑，浪子回頭金不換，朕話復前言，赦你無罪，加封卿爲大將軍之職。”
朱由崧一句話，不但赦免了他的死罪，反而官復原職，劉國軒感激涕零，再次跪倒謝恩，恨不得現在爲自己的陛下鞠躬盡瘁，死而後已。
有一些將官當時還有些不解，爲了收一個劉國軒，付出的代價也太大了吧?兩擒兩縱，從路到海，這兩場大戰損失了數萬兵馬，數百條戰船，爲一個劉國軒，這值得嗎？
後來他們才知道自己的目光太短淺了，劉國軒的價值不僅僅是一個將帥之才，陛下這麼做，太英明瞭。
接下來朱由崧，從劉國軒的嘴裡得到了很多有價值的軍事情報。如隆武帝的軍力，鄭家海軍的實力部署，以及大小金門等海島的兵力防守情況。
最重要的是，他進一步證實了鄭鴻逵和鄭成功的確被關押在金門島。
對於如何解救這叔侄二人，朱由崧拿出了自己的策略，是讓劉國軒去當臥底，帶領一部分將到金門島去詐島，然後裡應外合，可破金門島。
劉國軒完全贊同朱由崧的策略，並慨然應允，他立即要前往，免得夜長夢多。
朱由崧也知道，這種事宜早不宜遲，劉國軒投降大明之事，現在鄭家軍還都不知道，如果以當萬一走漏了風聲前功盡棄，也會給劉國軒此行帶來很大的風險。
因此朱由崧從水師營立即撥給他500水師精英，人多了容易引起懷疑，但是過少又怕不夠用。爲了穩妥起見，朱由崧讓李全和柳春紅夫婦也混到當，協助他救人，讓他們化裝成鄭家軍的殘兵敗將，乘坐做幾首船趕往小金門島，然後再趕往大金門。
一切準備緒之後，劉國軒和李全，柳春紅率500殘兵敗將，分成幾隻大小戰船，從鼓浪嶼海灣出來，狼狽逃亡小金門方向。
等他們走出幾裡地之後，朱由崧還裝模作樣地派出劉秀給率一支船隊吶喊着追趕了一陣，還放了幾炮，然後看他們走遠了才收兵回來，猛攻廈門島。
這時朱由崧率領一支船隊，在鼓浪嶼稍事休整之後，已經對廈門島展開了進攻。
朱由崧和劉秀率兩路水師數百隻大小戰船從一北一南兩個方向猛攻廈門島。
鼓浪嶼離廈門島，不足十里地，哪架的住這兩路水師的猛攻？而且現在對鄭家軍最爲不利的是，鼓浪嶼海戰失利，劉國軒的人馬幾乎全軍覆沒，他設下攔海防護的也被破壞，有人說劉國軒已經狼狽而逃。
這些情況對於島的主將鄭芝莞來說無異於判了死刑，知道這座島肯定守不住了，岸也回不去了，全都是大明的軍隊，他唯一能去的地方是帶着殘兵敗將坐船回金門。
隆隆的炮聲，朱由崧和劉秀的兩支水師艦隊很快靠了岸，明軍水師棄船登岸，守島的兵將全線潰退，明軍登島之後，開始追殲鄭家軍的人馬。
有的追之後被斬殺，有的棄械投降，有的四散奔逃，被弓箭射倒的，被炮彈炸飛的，難以計數。
這些潰散的明軍將士僥倖逃得一條活命者，從島的東線潰逃到島的南向和西線，他們夢想着遇到鄭芝莞派來的援兵，救了他們，然後再殺回去。
然而這一切都註定是奢望，當他們逃到海邊的時候，鄭芝莞數十艘大型戰船已經起航了，船裝的滿滿的，都是鄭芝莞的親兵衛隊和他的妻妾子女，根本沒這些人的事兒。
這數千兵將絕望了，在海邊跳腳罵，有的跳海自殺，有的乾脆選擇了棄械投降，跪在海邊，恭迎明軍將士。
這樣，朱由崧的人馬一舉攻佔了廈門島。
看押俘虜，清掃戰場，打撈戰船（這些受損教輕的戰船打撈來，修整以後仍然能夠交付水師繼續使用），救治傷病號，這些戰後事宜，不用朱由崧過多操心，劉肇基，劉秀等人已經安排妥當了。
朱由崧的御營安在廈門島，很快統計數字報來了，這次大海戰，兩萬水師損失了6000餘衆，損傷大小戰船300多艘。這一戰雖然打勝了，明軍付出的代價不算小。
不過一下子殲滅了鄭家軍萬餘人，攻下了鼓浪嶼和廈門島，戰果也算是很豐盛了，特別是朱由鬆認爲這一戰最大的成功是收降了名將劉國軒，使他營救鄭鴻逵和鄭成功的計劃得以實施。