剿滅了僞帝朱由榔和孫可望等反朝廷勢力，在孟休城，新任緬莽白以最隆重的儀式接見了朱由崧，並排擺酒宴，載歌載舞，在那裡朱由崧美美地享受了一番域外風情.數日之後，朱由崧帶着數萬大隊別了莽白，搬師還國，緬王又親備禮品相送.
朱由崧表示感謝，然而他的大軍剛到雲南，接到了廣東來的奏摺，這奏摺是李自成寫來的.
朱由崧折展開一看，不由得拍案而起:”好狡猾的鄭芝龍，朕這次非端了你的老巢穴!”
武衆將還不知道是怎麼回事，朱由崧把奏摺之事向衆將說了一遍，衆將這才清楚，原來是明軍在廣東戰事不利.鄭家叔侄了鄭芝龍的當，被囚於金門島，李自成沒有水師，請旨定奪.
鄭鴻逵和鄭成功叔侄帶着一支人馬，討伐唐王朱聿鍵，朱聿鍵主要是得到了大海盜鄭芝龍的支持，佔據福建和大半個廣東，與朝廷對抗，當時由於朱由崧要親征討伐李自成和張獻忠，才傳旨讓鄭家叔侄爲徵南大元師和副元帥平定叛亂.把原來的操江水師劉如派給他們叔侄當副將.
這一仗打了兩年多，雙方各有勝負.數日之前，朱由崧平定了西南的匪亂，鄭鴻逵和鄭成功這路人馬也打了勝仗，朱由崧坐鎮廣西時，爲了加速唐王的滅亡，派出李自成帶兵十萬配合鄭鴻逵，從側翼攻擊唐王的人馬.
李自成實力強大，統兵有方，攻必取，戰必克，很快把拿下了整個廣東，把唐王和鄭芝龍的鄭家軍趕到了福建.
因李自成連打勝仗，鄭鴻逵和鄭成功的仗也好打了，在福建北部也是節節勝利，唐王這兵馬根本抵不住明軍這兩路大軍的進攻，以鄭芝龍爲首的鄭家軍兩面受敵，節節敗退，一下子被逼到了福建南部沿海一帶.
從最強盛的兩個省，地盤現在只剩下了漳州，泉州，福州等幾地，人馬從十幾萬，現在只剩下不足五萬人.面對明軍咄咄逼人之勢，唐王朱聿鍵一籌莫展.和太子太保兵部尚書鄭芝龍\內閣首黃宗羲等所謂一幫武臣僚商議對策.
鄭芝龍現在也沒了脾氣，被親兄弟和親兒子打得沒脾氣，主張退往海島，仗憑他的海實力與明軍周旋.
黃宗羲搖了搖頭，現在朱由崧的實力越來越強大，李自成和張獻忠都歸順了大明，一個強大的大明帝王呼之欲出了，他建議向東聯繫魯王朱以海，另一方面要開闢新的根據地，進駐臺灣.如果能佔領了臺灣，他們可以憑海的優勢高枕無憂了.海島靠近大陸，根本避不了多大風浪.
朱聿鍵也想佔領這個地方，但是他知道現在臺灣被荷蘭人霸佔，荷蘭有強大的海軍，他們這些木船如何對付了荷蘭的船堅炮利?
還沒商量出個具體可行的戰略，福州守將背叛了他們投降了大明，鄭鴻逵和鄭成功的大軍兵不血刃佔據了福州，大兵進逼泉州.與此同時，李自成的人馬逼近漳州，形勢相當危急.
最後鄭芝龍一咬牙.想出一個狠招.建議朱聿鍵假意投降.鄭芝龍和李自成張獻忠一樣，善於用詐降計對付崇禎，今天迫於無奈，又把一招擡出來了.
朱聿鍵現在是江郎才盡，黃宗羲只是一個空談誤國的書生，不能治國，武不能統兵，現在全指望着鄭芝龍了.因此對鄭芝龍言聽計從.
朱聿鍵和鄭芝龍等人寫了投降書，派人送交鄭鴻逵，鄭鴻逵和鄭成功一看，高興了，他等着鄭芝龍投降呢，如果真要投降了朝廷，他們還是一家人.
但是事關重大，鄭鴻逵不敢擅自作主，派人向朱由崧行請示，當時朱由崧正在緬甸大興兵馬，追殲朱由榔和孫可望等人，公來往很需要一些時間，雙方此休兵罷戰，等待朱由崧的旨意裁決.
哪知鄭鴻逵和鄭成功被老奸巨猾的鄭芝龍給耍了，鄭鴻逵和鄭成功派出給朱由崧行的人，途被鄭芝龍派人伏擊，被搜出了鄭鴻逵和鄭成功送給朱由崧的請示公.
鄭芝龍和黃宗羲大喜，威逼利誘之下，這些人投降了唐王，唐王也很高興，按照事先預定之計緊鑼密鼓地進行，但鄭鴻逵叔侄還矇在鼓裡，在這裡按兵不動，一直等待他們陛下朱由崧的消息.
數日之後，朱由崧的批果然來了，說是准予唐王和鄭芝龍投降，讓鄭鴻逵和鄭成功地接收唐王的兵馬，進行改編.唐王和鄭芝龍仍然官復原職，其犯罪責一律赦免，既往不咎.
這道旨意當然是僞造的，是出自於大才子黃宗羲之手，他模仿朱由崧的筆跡，也完全符合朱由崧的處世風格，以前他對待李自成和張獻忠等判匪的投降歸順都是這麼處理的，然後僞造了玉印，什麼都做的天衣無縫，很容易地瞞過了鄭鴻逵叔侄.
他們叔侄按旨意而行，放鬆了對鄭芝龍的警惕，以後是一家人了，鄭芝龍和鄭鴻逵，鄭成功還私下去見了幾次面，三個一家親初次見面還抱頭痛哭，接下來打算接收鄭芝龍的軍隊，按朱由崧的意思進行改編.
哪知道這時突然接到老家來的消息，說是鄭芝龍的年邁的老母突然重病，鄭芝龍當時哭了，打算立即回去南安老家看望孃親，來向鄭鴻逵和鄭成功辭行.因爲儘管是他大哥是父親，但是現在他是降將.
鄭鴻逵和鄭成功這兩個徵南大元帥一聽如晴天霹靂，因爲鄭芝龍的孃親也是鄭鴻逵的孃親，是鄭成功的奶奶，因此二人也要隨鄭芝龍一同回老家探親，這下正鄭芝龍的下懷.
簡單安排了軍事務，把手下數萬人馬給了副將劉召統領，讓他進安改編鄭芝龍的人馬，他們二將僅帶着一支親兵衛隊，跟着鄭芝龍離開了軍營，一行人快馬加鞭直奔南安老家而來.
行至半路，鄭鴻逵和鄭成功覺得不對了，福建南安老家應該往東南走，鄭芝龍卻帶着他們往西南走.這叔侄二人表示疑問.鄭芝龍告訴他們有些事臨時要辦，先繞個道.這叔侄也沒多想，只好一直跟着走，鄭芝龍把他們叔侄騙到一荒野勸他們投降唐王，共圖大事，二人一聽急了，一家三口再次反臉.這時伏兵四起，叔侄二人這才知道了大哥（父親）的奸當.
一場混戰，鄭鴻逵和鄭成功被擒，鄭芝龍也沒捨得殺他們叔侄，畢竟是親骨肉，但是狠狠抽了他們倆一頓鞭子，然後把他們囚於金門島.接下來的一場蓄謀之戰，兩路明軍大敗，鄭鴻逵和鄭成功的這路人馬幾乎全軍覆沒，副將劉召被殺，李自成的人馬也了鄭芝龍的煙幕彈，損失了萬人馬.又丟了大片地盤，後退一百多裡.
後來李自成收集了鄭鴻逵和鄭成功的殘部，二次進攻鄭芝龍，一面加緊向朱由崧行，這次朱由崧接到真實的奏報了，惱怒之餘，親率十萬大軍奔廣東而來