之後，團藏埋葬了大和的那些實驗體同伴，足足有59個墳墓。團藏感嘆，“1/60，爲了培養出木遁忍者，其他59個孩子失去了性命。甲，你要珍惜自己的生命！”大和大聲答應。那個墓區長出了幼小的樹苗，大和淚流滿面，“我去了，大家！我會成爲木葉的根。”
後來，大和加入了根部的訓練，在那裡他初步認識了山中風等人。大和逐漸能夠熟練使用水遁等忍術，團藏很滿意，“你對查克拉的掌控變得嫺熟了。”看到時機成熟了，團藏決定親自訓練大和。聽到團藏要親自指導大和，其他根部忍者都吃驚非小，各個都露出羨慕神色。
團藏帶着大和來到那個墓區附近，團藏道，“我曾親眼看到過初代火影的戰鬥……樹界降誕、花樹海降臨……每一種都是強力的木遁忍術，繼承他細胞的你，也應該能辦得到。必須同時使用土遁和水遁性質的變化……”按照團藏的指點，大和結印，發動木遁忍術，大地鑽出三根彎曲的樹枝，搖搖晃晃。團藏露出失望神色，“還是不行嗎？”大和道歉，“對不起，團藏大人。”
團藏道，“沒辦法，你畢竟不是初代大人的完整複製體。”團藏取成一個藍紫色卷軸遞給大和，“這是柱間大人留下的木遁忍術書，裡面都是我用不了的忍術。但換成是你，應該能學會。”大和接過來，“我來學習團藏大人不會的忍術嗎？”團藏道，“忍者世界的力量分爲很多種，無法只靠一種力量來抗衡。必須融合多種力量，再依靠這力量設法統一混亂的忍者世界。我很期待你的木遁忍術！”大和鄭重點頭，對團藏佩服得五體投地。
——————大和的回憶結束——————————
卡卡西的聲音打斷了大和的思緒，“甲、甲……喂，甲！”大和問怎麼了，卡卡西沒好氣，“走了！”兩人開始檢查下一個實驗室，來到門前，照例卡卡西上前開門，“這裡上鎖了呢！”大和道，“讓我來！”大和結印，把手指伸入鑰匙孔中，木遁鑰匙形成了，打開了那道門。卡卡西歎服，“這個木葉村失傳多年的忍術，你是從哪裡學到的呢？”大和說保密。
兩人進入實驗室，卡卡西道，“木遁忍術而言，對木葉村有着特殊的意義。這你明白嗎？”大和說不清楚。兩人翻看這個房間的實驗冊子，卡卡西道，“木葉有九尾人柱力，木遁術是能控制九尾的力量之一。”大和道，“我知道另一種力量是寫輪眼。”卡卡西道，“你的木遁術不只對根，甚至對整個木葉村都大有益處。我知道團藏大人想把你留在身邊，但照理來說，你更應該成爲火影直系。你要不要離開根，去能夠照耀到陽光的地方呢？”大和沒有答話。
兩人向下一個房間走去，這個房間有兩個大型的玻璃器皿，器皿的表面是模糊的玻璃，不知道里面是什麼。卡卡西上前查看，“這是什麼？”卡卡西擦拭玻璃，玻璃變亮了，剛好反射出大和手持苦無衝過來的圖像。卡卡西急忙側身閃避，苦無劃傷了卡卡西的肩膀。卡卡西穩住身形，“你幹什麼，甲？”大和並不答話，繼續用苦無攻擊。卡卡西拔出苦無，磕飛了大和的苦無。
隨後，兩人拔出背後的短刀，短兵相接，激烈地戰鬥在一起。卡卡西怒道，“你是認真的嗎？”趁着卡卡西手臂受傷，大和揮刀擊飛卡卡西的短刀，“是認真的！”卡卡西急退，大和緊追而上，併發出了木遁忍術，木柱擊飛了卡卡西。卡卡西落在地上，打開了寫輪眼。大和吃驚，急忙用手遮蔽自己的眼睛，防止寫輪眼幻術。兩人都是精英，互相忌憚對方的忍術，各自閃避到暗處，準備下一步的廝殺。
大和躲在器皿後，“佔上風的是我，接下來……”卡卡西躲在另外一個地方，“那傢伙知道對付寫輪眼的方法，從一開始就痛下殺手。”卡卡西用急救包處理好肩臂傷口，“甲，既然你真打算殺我，那我也會動真格的。我們這是自相殘殺啊！我是認真的……”根據聲音，大和找到了卡卡西的位置，突然發動木遁忍術，用木條將卡卡西束縛在柱子上。大和舉起長刀刺向卡卡西，“我真的是來殺你的！”
大和的刀子刺入了卡卡西的身體，卡卡西消失了，是影分身。一排手裡劍射過來，準確擊中了大和的左臂。卡卡西從後面出現，苦無貼住大和的脖子，“到此爲止了！爲什麼殺我？”大和道，“這是任務！”卡卡西怒道，“哪有任務會要求殺死同伴的呢？”大和道，“這話真奇怪，殺死了同伴的卡卡西居然這麼問！”趁着卡卡西愣神的功夫，大和完成了木分身替換，本體逃了出去。
卡卡西急忙捨棄木分身，回身格擋。大和的刀子砍下來，被卡卡西的苦無架住。兩人激戰兩合，卡卡西后退到大型玻璃器皿前，“木遁分身嗎？身手比3年前好了不少。”大和道，“所以你也動真格的吧！”卡卡西道，“我不會對同伴下手。”大和煩躁，“你不用客氣！”卡卡西勸大和放棄任務，大和拒絕，拿刀上前攻擊，卡卡西只好奮力招架。大和道，“對忍者而言，任務是絕對的！”
激鬥中，大和再次突發木遁，用木柱頂飛卡卡西。卡卡西后退時，順手甩出苦無，擊傷了大和的大腿。卡卡西跌倒在地，大和腿部受傷，也只好先躲到暗處。卡卡西道，“任務不是絕對的，如果殺死同伴是你的任務，這說明任務本身就是錯的。命令你執行這個任務的人一定有問題。”大和躲在暗處，取出腿上的苦無，“團藏大人是錯的？不，團藏大人沒錯！”
大和鼓起鬥志，再次發動攻擊，與卡卡西激戰。兩人的兵刃不斷碰撞出火花，混戰中，大和磕飛卡卡西射出的手裡劍，手裡劍反彈出去，擊破了後面的玻璃器皿，但是兩人都沒有注意。大和道，“我必須完成任務！”卡卡西喝道，“你的任務到底是什麼？我再說一遍，不存在必須殺死同伴的任務。”大和冷笑，“那你爲什麼殺了她？”卡卡西吃驚，“什麼？”兩人拉開距離，盯着對方。
大和道，“你爲什麼殺死野原琳？”卡卡西露出難過的神色。回想起自己曾經的遭遇和團藏對自己的教導，這些讓甲對自己的同伴痛下殺手。不想傷害同伴的卡卡西勸甲放棄任務，但甲的反問卻觸及了卡卡西的痛處。
趁着卡卡西走神，大和結印，發動木遁忍術，襲擊卡卡西。卡卡西被木柱擊中，受傷流血。卡卡西咬牙奮力用苦無劈開那些木柱。大和冷冷道，“你爲什麼殺死她？還不是任務才殺死她的嗎？”大和的木遁忍術繼續襲來，核桃木遁屋子鎖住了卡卡西。卡卡西手中閃現雷光，用雷切擊破了木屋牢籠，“別隨便提起琳的名字！我確實爲了暗部的任務，處置過很多木葉叛忍和叛徒，被人叫做同胞殺手卡卡西也在所難免。”
卡卡西滿腔怒火衝向大和，“但是……”大和也進行結印，“木遁，木劍！”地面升起大量木劍，阻攔卡卡西的攻勢。卡卡西的雷切橫掃木劍陣，衝過來殺向大和。卡卡西速度極快，“我本來沒打算殺她……”卡卡西摁倒了來不及躲避的大和，“我沒能拯救同伴，所以琳死了。就死在我的千鳥之下，沒能保護……沒能保護她……”想起實驗室那些死去的同伴，大和似乎有點了解卡卡西了。
大和道，“你要殺死我嗎？”卡卡西道，“你是木葉的同胞，還是叛徒？”大和道，“我不是叛徒。”卡卡西道，“那你是什麼？”大和道，“我是根部的忍者甲！”卡卡西道，“那麼甲，放棄根的任務。”大和卻說辦不到，卡卡西道，“那我只能把你抓起來交給火影大人了。”大和無奈，“隨你便！”卡卡西沒有注意到，玻璃器皿裡的一條巨蛇甦醒過來，睜開了可怕的眼睛。
卡卡西用繩子捆住大和，讓他站起來。大和站起來，卡卡西道，“走了。”大和道，“任務怎麼辦，卡卡西？你的任務不是調查這裡嗎？”卡卡西沒好氣，“因爲你的緣故，中斷了。”大和道，“你可以不用管我。”卡卡西怒道，“是你想要我的命，開什麼玩笑！”大和道，“我沒有開玩笑……”卡卡西沒耐心了，推了推大和，“快走！”
兩人沿着通道前行，卡卡西道，“聽說根部的訓練是必須拋棄一切感情，你也一樣嗎？”大和道，“不只是感情，還必須拋棄名字、過去和未來，一切只爲了任務。”卡卡西道，“你的任務失敗了……”話未說完，後面傳來玻璃破碎的聲音，兩人一起回頭。卡卡西開啓寫輪眼，注視之前的玻璃器皿。大和想要過去看看，卡卡西喝止，“站在那別動！”
卡卡西拿着苦無謹慎地來到破裂的玻璃器皿前面，沒有發現異物。但卡卡西身經百戰，還是感受到了濃烈的殺氣，以及空氣中傳來的危險氣息。大和傳來驚叫聲，卡卡西回頭看去，一羣小白蛇圍困住了大和。大和的雙手被捆，無法抵禦。蛇首酷似大蛇丸的巨蛇出現在卡卡西身後，卡卡西馬上回身。巨蛇襲向卡卡西，卡卡西及時跳起躲避，地上被巨蛇鑿出大坑。
卡卡西快速轉移到大和身邊，大和道，“這些蛇是怎麼回事？還有那個大傢伙。”卡卡西道，“不是普通的蛇，是大蛇丸的實驗體嗎？”巨蛇張開血盆大口，噴出了大量小白蛇，涌向卡卡西與大和這邊。卡卡西急忙發動雷遁，抵禦白蛇。可是這些小白蛇數量太多了，還是很快落滿在二人身上。巨蛇趁機遊動過來，卡卡西向巨蛇蛇首射出苦無，蛇首化成小白蛇鬆散形態，苦無穿過蛇首，落在後面的柱子上，攻擊無效。
大和因爲行動不便，被白蛇完全包裹住。巨蛇襲擊過來，卡卡西奮力躲開，大和卻被吞入腹中。卡卡西大驚失色，“甲！”巨蛇吞下大和後，馬上潛入黑暗處躲藏起來。卡卡西用寫輪眼仔細查找，很快找到了巨蛇的身形，畢竟這麼大的蛇類還是不容易躲藏的。卡卡西大叫着發動了千鳥，巨蛇也察覺危險，奮力撲向卡卡西……寫輪眼加上雷切，切斷了巨蛇的蛇身。
被巨蛇吞入腹中的大和，感受到了死亡的危險，想起了昔日的那些實驗體同伴。卡卡西的聲音傳來，“還活着嗎？”大和睜開眼睛，卡卡西站在旁邊，“你沒事吧，甲？”大和坐起來，看到了身邊斷成兩截的巨蛇，“我還活着啊！爲什麼？你爲什麼救我？”卡卡西解開大和的繩子，“當然不能看着你死了。”大和道，“對於敵人，就算是見死不救也是正常的吧？”卡卡西道，“你想死嗎？”
大和道，“不，我不想死。我一點也不想死！”卡卡西道，“那就慶幸自己還活着吧！”大和道，“啊，慶幸還活着？”卡卡西正要說話，那條死去的巨蛇的蛇身開始變化了，體液流在外面，冒出奇怪的氣體。大和道，“蛇的體液……”卡卡西急忙道，“這是……別吸進去，有毒！快跑！”大和也察覺不妙，“是！”
大和站起來向外跑，但卡卡西已經吸入了毒氣，身體不聽使喚，栽倒在地。大和急忙回身，背起卡卡西向外跑。之後，大和帶着卡卡西躲入了洞窟中的一個密室，大和把入口的門封死，防止毒氣滲透進來。
確認沒有問題後，大和檢查卡卡西的狀況。猛然想起這次任務之前，團藏交給他的解毒劑。團藏自然知道大蛇丸實驗室的危險性，所以才把解毒劑交給甲乙二人。大和取出試管，將解毒劑注入卡卡西體內。