樹林，阿飛與鼬密會，宇智波鼬道，“今晚就行動。”阿飛道，“好吧，按照約定，我幫你。”鼬道，“那咱們就按說好的辦。”阿飛道，“我之所以幫你殲滅宇智波，不光爲了復仇，還有別的目的。這些你就當做沒看見吧！”阿飛的目的與團藏大同小異，都是爲了得到更多的寫輪眼。鼬道，“你讓我別用寫輪眼記下你的行動？”
阿飛道，“是的，這也是我放你弟弟一條生路的證明。我不需要沒有寫輪眼的小孩。”鼬道，“所以我大可放心，是嗎？我除了相信你，已經沒有其他出路。”阿飛道，“如果你走投無路，可以來我的組織。”鼬一愣，“你的組織？”阿飛道，“名字是曉。”
木葉上空，飛鷹傳訊。阿斯瑪、夕日紅、不知火玄間、邁特凱等上忍都看到了這一幕。暗部在緊張地做着戰鬥準備，雖然他們並不知道對手是誰。大和道，“這是第一級警戒態勢。”卡卡西下令，“立刻準備出動！”
晚上，阿飛憑空出現在警備隊。宇智波守衛大驚，“你是誰？”阿飛冷笑着發動了殺戮，鮮血染紅了臺階。同時，宇智波鼬也採取了行動，一些族人倒在他的刀下。之後，月光下，宇智波鼬蹲在電線杆上，目睹佐助跑回來那一幕。
猿飛與團藏同時下令暗部出動，團藏道，“我的根部去木葉警務部隊本部！”猿飛道，“我的直轄暗部去宇智波地區！”卡卡西有不祥的預感。
等到暗部來到宇智波街區，發現街上、房間到處都是宇智波族人的屍體，一路上的狀況，只能用慘不忍睹來形容。暗部們議論紛紛，“到底發生了什麼事情？”猿飛臉色難看，“趕快搜尋倖存者！”卯月夕顏發現了昏倒在地的佐助，報告給了火影。猿飛道，“馬上送去醫療班。”卡卡西檢查完畢後，“其他人都遇害了。”猿飛道，“回收全部的遺體。聽好了，是全部！房間裡面的也別漏了。”
卡卡西非常震驚，“這是什麼人乾的？竟然能輕易殺死擁有寫輪眼的宇智波衆忍者！”大和也覺得不可思議，這些死去的人中可是有相當數量的上忍。團藏處理完警備隊的屍體後，來到了這裡，“是宇智波鼬乾的！鼬對他的族人充滿了厭惡和憎恨，所以殺害了宇智波止水並奪走了他的眼睛，引發了宇智波同胞的紛爭。並且最終……釀成了這般慘劇。”卡卡西一愣，“鼬嗎？怎麼會……”
當三代帶着部下趕往宇智波地區時他們看到的卻是滿地的屍體，除了佐助之外宇智波一族無人倖免，而造成這慘劇之夜的便是宇智波鼬。
猿飛催促，“別磨蹭，快乾活！”暗部們都離去了。團藏道，“這樣一切都解決了。”猿飛忍無可忍，“解決了什麼？這像一根粗大的骨頭刺入了我們的喉嚨。你難道不明白嗎？沒有宇智波的寫輪眼，我們木葉的防務會變得很脆弱。”團藏不以爲意，“一根小骨頭而已。”猿飛道，“團藏，我不能再對你的獨斷專行視如無睹了，從現在起解除你火影輔佐一職。”團藏辯解，“可是猿飛，我……”
猿飛道，“如果說是爲了村子，可宇智波一族也是村子的成員。另外解散你手下的根部！很快我會正式決定對你的處置，在此之前，罰你禁閉！”團藏雖然生氣，但沒辦法，畢竟猿飛纔是火影。團藏也並非一無所獲，他得到了相當數量的寫輪眼。團藏向回走，兩個根部忍者來報告，“團藏大人，遺體數量不對。”團藏一愣，“什麼？”根部忍者道，“有一些屍體莫名其妙地不見了。”
團藏有些疑惑，“除了我，還有別人收集寫輪眼嗎？”猛然他發現旁邊那個根部忍者的眼睛竟然是寫輪眼，那人是鼬，“我全看到了，並且今後也會繼續看着！”另一個根部忍者已經中了鼬的幻術，一動不動。團藏咬牙，不敢輕舉妄動。鼬的眼睛變成了大風車的萬花筒形狀，“只要你敢對佐助下手，我就把村子的機密全部泄露給別的國家，還有你做的這些事情。”然後鼬變成烏鴉消失了，是鴉分身。團藏大罵混蛋，卻對鼬的威脅毫無辦法。
卡卡西等人收集完宇智波一族的遺體，佈滿了長長的街道。大和道，“如果說這是宇智波鼬的憎恨，他恨得也太深了！”夕顏道，“倖存者只有一個人。”卡卡西下令，“把屍體都搬出去吧！”部下們答應。卡卡西道，“雖然說是暗部，但這任務也太殘酷了！”那天的夜晚是滿月，月光訴說着宇智波的悲劇。
宇智波家出事後，晶臧和鳴人都發現佐助變得更加沉默了，連以往臉上的高傲都變成了冷傲。鳴人道，“這傢伙怎麼了？”晶臧道，“好像有什麼事情發生……”這時有幾個孩子向鳴人和晶臧挑釁，兩人的注意力被轉移走了。佐助獨自坐在地上發呆。
學校樓上某個房間，阿凱與阿斯瑪談話，阿斯瑪道，“聽說宇智波一族被趕盡殺絕了。”阿凱道，“沒有趕盡殺絕，據說還留下一個孩子。”阿斯瑪道，“這不一樣嗎？宇智波全族被滅，兇手只有一個人。”
暗部，大和與卡卡西翻看叛忍通緝手冊。大和道，“真沒想到會有把宇智波鼬列爲通緝犯的一天，而且一下子就是s級。畢竟他殺害了那麼多同胞。怎麼了，前輩？”卡卡西道，“也就是說，到頭來，我對他還是一無所知啊！對他完全不瞭解。”大和道，“聽說宇智波地區要被拆除一部分。畢竟那裡出了那麼大的事情，保持原樣的話，誰還敢靠近啊！”
聽說宇智波區要拆除改造，卡卡西就來到帶土的故宅，“帶土，在那以後……我究竟做了些什麼啊？我真是一無是處，沒有保護好琳，也沒有保護好你的族人，現在連你的故居都……”
晚上，三代火影單獨接見了宇智波鼬。猿飛道，“你來這裡，是有話對我說吧？我把其他人都支開了。”鼬道，“讓你費心了！”猿飛道，“首先我得感謝你，這樣一來木葉避免了內戰，村子守住了和平。但我一直覺得很遺憾，因爲實在沒能找到其他辦法。”鼬道，“非常抱歉！”猿飛道，“該道歉的是我。我想如果是水門和金宇在，也許就不會弄到這一步。從今往後，木葉不得不視你爲殺害全族的叛逃忍者。你會被通緝，對你的抓捕不論生死。今後你打算怎麼辦？”
鼬道，“我藉助一個自稱是曉的組織的力量，我決定留在那人身邊，防止他違背誓言。”猿飛道，“也就是說，你要加入曉嗎？”鼬道，“爲了保護佐助的生命，能否請三代也給我一個承諾呢？”猿飛道，“你的弟弟將繼續維持現狀，與其他孩子一樣上學，成長爲木葉的忍者。宇智波家留下的財產都由他繼承，我可以保證他生活無憂。可他對你的仇恨，我真的無能爲力了。”
鼬道，“我做好了揹負這些憎恨的心理準備。”猿飛道，“走吧！包圍村子的結界術式不會改變，擔心佐助的話，可以隨時潛回來看看，記住別讓其他人發現。”鼬感動，“謝謝三代目！很遺憾，宇智波的人們理解不了你這番好意。”猿飛道，“哪裡，是我太天真了，所以引發了這場悲劇。”
宇智波事變後，猿飛臨時解散了團藏的根部，將其整編入直轄暗部，把更多的人員調到其他崗位上。小春建議成立新的警務部隊，可是沒有了宇智波一族，警務部隊只好廣招人才。門炎認爲這樣一來新的警備隊的戰鬥力肯定會大幅度下降。猿飛道，“爲了村子的將來，必須適材適所才行。”
——————數年後——————
又過了數年後，三代火影召見卡卡西，“你進入暗部多少年了？”卡卡西道，“我從四代那時進入暗部，屈指算來，已經有十年了。”猿飛道，“原本是爲了讓你抹去心中的黑暗，水門纔將你調入暗部，爲的是把你放在他身邊。”卡卡西道，“這我明白。”
——————卡卡西的下忍考覈——————
當琳、卡卡西與指導老師水門匯合後，帶土才姍姍來遲。卡卡西譏諷，“帶土，動作真慢啊！”水門笑道，“終於來了，你就是帶土嗎？”琳笑道，“等你好久了呢！”帶土戴着護目鏡大口喘氣，“終於趕上了！”卡卡西冷哼，“遲到好久了！”水門打圓場，“他們都做完自我介紹了，就差你了。”帶土一副臭屁的樣子，“我是將來要成爲火影的……宇智波帶土！所以呢，刻我火影巖的時候，我的標誌性風鏡，還有寫輪眼可千萬不能漏掉啊！我要帶着它們傲視羣雄！讓其他村子在我的火影巖寫輪眼的怒視下，嚇得膽戰心驚，不敢輕舉妄動！”
卡卡西捂住額頭，“笨蛋，這些要求等你當上火影或者開啓寫輪眼後再提吧！況且，你帶着風鏡，怎麼刻寫輪眼啊！”帶土惱羞成怒，“刻在風鏡上面不就行了？”琳莞爾，“那樣看起來，就好像眼珠子彈出來似得。”帶土腦海浮現自己滑稽的雕像，當場菜了。水門露出溫和笑容，“總而言之，很高興收到了和我擁有相同夢想的部下。我叫波風水門，從今天起就是你的上司了。多多關照！”帶土高興地伸出大拇指。
水門很滿意，“總之，咱們4個先開始第一次演習吧！”琳大聲答應。水門站在前面，卡卡西3人站成一排。水門道，“演習的目的是看你們的團隊合作……”卡卡西與帶土互相瞄了一眼，頭上都滴漏汗珠。
水門取出兩個鈴鐺，“只要從我手中搶走這兩個鈴鐺演習就算結束，很簡單吧！”卡卡西道，“只有兩個鈴鐺，意味着……”水門笑道，“沒錯。”琳也明白了，帶土還一頭霧水，“什麼意思？”卡卡西大罵蠢豬，“三個人裡會有一個人不及格！”帶土大叫起來。
水門笑道，“真聰明！好吧，開始了！”其實這個時候的卡卡西壓根就沒想過什麼團隊合作，而且水門似乎也沒有意識到這點。演習當中，卡卡西佯裝與帶土、琳進行團隊合作，巧妙地利用了兩個同伴。從一開始，數次搶奪失敗後，卡卡西就明白了水門的級數高出他們這些下忍太多，用正常的方法是無論如何也搶不到鈴鐺的，靠一個人根本不能達成目的。帶土和琳也陷入了同樣的困境，他們根本摸不到水門的衣角，水門彷彿永遠站在那裡不動一樣。
卡卡西發現水門會根據對手來調整放水的程度，水門與帶土、琳交手的時候相較於卡卡西交手的時候，明顯放水的手法不一樣。卡卡西是天才，實力遠超過同班的帶土與琳，所以水門才採取了這樣的戰術。卡卡西思索，“這樣下去，百分百搶不到鈴鐺。爲了完成任務……帶土、琳，用學校裡學的第一個陣型！”帶土撇嘴，“哈？”琳道，“但我不認爲那麼簡單的陣型，能對水門老師奏效。”
卡卡西道，“聽我的！”琳道，“總得試試，對吧！”帶土只好同意，“總比什麼都不做強。你的計劃，我參加了！”水門露出嘉許的神色，鼓勵三人行動。三人圍着水門繞圈子跑動，卡卡西在等待水門露出破綻的那一刻，“只要利用他們兩個當誘餌，就能製造機會攻擊那個破綻。”
在演習結束後，水門就讓3人全部通過了考覈。卡卡西、帶土、野原琳三人累得如同死狗，坐在地上喘氣，汗水打溼了全身。當時水門的考覈也是相當嚴格的。水門道，“就像這樣，繼續加強團隊協作。”琳和帶土一起應諾。卡卡西只是低頭看了看手中的一個鈴鐺，後怕不已。如果當時水門判斷卡卡西缺乏團隊協作素養，被排除的人就是卡卡西了。
——————————卡卡西的下忍考覈故事結束————