鄭成功起兵之初，其麾下多爲鄭氏族人及其父鄭芝龍舊部海寇和走私集團私軍，將領多爲鄭氏老人。
永曆四年，鄭成功殺其族兄鄭聯、驅逐鄭彩取了廈門。永曆六年，清軍攻破廈門，鄭成功殺其堂叔鄭芝莞，逼其叔父鄭鴻逵下野，至此完成了對鄭軍的完全掌控。
鄭成功治軍嚴苛，這在當時的情況下實施嚴刑峻法本來也是無可厚非，但他錯就錯在擅殺、亂殺。他一生大小戰役上百次，誅殺臨陣脫逃者、作戰不利者不計其數，並且牽連全家。
鄭成功殺下屬不但喜歡殺其全家，而且在他的控制區域內不服從號令的城寨，也是動不動就屠城屠寨，老少不留！
時廈門同安人阮旻錫在所著的《海上見聞錄》中對他的評論：用法嚴峻，果於誅殺，於是人心惶恐，諸將解體。這確實就是對他的真實寫照。
總的說來，鄭軍麾下將士對鄭成功只有懼怕而根本沒有出自內心的尊重。
後世歷史上鄭成功北伐南京，清軍挨個攻打鄭軍各部，總兵力遠多於清軍的鄭軍因爲沒有得到鄭成功的命令而不敢救援，眼睜睜看着友軍被消滅而導致最終全軍潰敗！
到了收復大員之後，鄭經通姦事發，鄭成功派人賜死鄭經，卻遭到留守金廈的將領羣起抗命，其中就包括黃廷、王秀奇等自他起兵之初就跟隨多年的老將。
此時大興軍大兵壓境，鄭成功詢問應對之策，滿堂文武竟無一人應答，一則大興軍和清兵不同，本身同屬漢人軍隊，而且兵力強盛，根本不是鄭軍所能抗衡。
但最主要的還是衆人都清楚鄭成功的性格，施琅就是前車之鑑，鄭成功不但不採納他的諫言反而將他革職，後來更是殺其父兄逼反了他。這種情況之下，誰還敢跳出來自觸黴頭？
“國姓！下官以爲降大興軍也未嘗不可！”
一聽此話，衆人都吃了一驚，在這關頭勸國姓爺投降，那豈不是找死？不過大家擡頭一看，卻又放下心來——原來說話的是張煌言。
張煌言屬於魯監國浙東一系，雖然現在寄居金廈，但他現在還掛着永曆帝所封的監軍兼兵部左侍郎的職銜，鄭成功既奉永曆帝爲主，也不好明目張膽地斬殺這麼一位“朝廷重臣”。
不過鄭成功也沒有好臉色給他看，他瞟了張煌言一眼道：“此非降戰之議！”意思就是說今日不是商議降與不降，而是如何應戰的問題。
張煌言本是浙江鄞縣（今寧波市鄞州區）人，他出身於前明官宦之家。清軍入關，南京失守之後，與錢肅樂等起兵抗清，後與張名振等奉魯王朱以海轉戰於浙東沿海，入據舟山，清軍攻陷舟山後，二張又奉魯王跑到福建依附於鄭成功。
永曆九年，張名振與張煌言合兵三入長江，抵燕子磯，因兵力單弱無功而返，於是又會同鄭成功部甘輝、陳六御等收復舟山。張名振死後，原本遺囑由張煌言統領其軍，而鄭成功卻下令由陳六御接掌。
次年清軍再度佔領舟山，陳六御陣亡，張煌言率領殘部逃回廈門繼續依附鄭成功，鄭成功令其率軍駐金門。
張煌言奉魯監國爲主，但魯王朱以海已經於永曆七年自去“監國”號，如今魯王監國一系文官武將基本都被鄭成功收買拉攏，只有張煌言不願投效於他。
大明已亡，但漢人還沒有死絕，韃子早晚要被趕出中原，可最有希望完成這個壯舉的不是鄭成功，而是漢王！
在張煌言看來，晉王李定國英雄了得，尚且投於漢王門下，可見漢王絕非浪得虛名之輩，況且大興軍兵強馬壯，坐擁七省之地，連韃子都要避其鋒芒。
鄭成功卻負隅頑抗，此舉無異於螳臂當車，還不如降了大興軍，一同對付韃子纔是上策。
但鄭成功可沒有投降的想法。李元利在廣東之時，便給鄭成功連發三信勸他投降，要是他願降，又怎會等到現在？
“降賊之事，休要再提！”鄭成功一聲厲喝，將衆人有些恍惚的心思震了回來。
然而還是沒有人對如何應戰大興軍發出建言，這令鄭成功心下更是震怒，他看着一衆文武將官指名問道：“華明！你且先來說說。”
話聲響過，一員壯碩的武將出列拱手道：“國姓！末將只知衝鋒陷陣、用命殺敵，該當如何行事，但憑國姓吩咐就是！”
此人姓黃名廷，年約三十五六，早些年也拉了一支小隊伍抗清，鄭成功起事之後便率部來投，深得鄭成功信重，現任前提督一職，是鄭軍中的重要將領。
黃廷雖勇武有力，但卻非魯莽之輩，他深知鄭成功的性格，所以此時只是一味附和。
果然此舉對鄭成功來說最是妥當，他輕輕頜首道：“兩軍相逢勇者勝！若衆將士同華明一般有此心，大興賊便休想踏上廈門島一步！”
衆將齊在心內暗罵黃廷“卑鄙無恥”，只有右提督馬信出列奏道：“國姓，大興賊兵甲犀利，更有鐵甲戰艦十數艘，此番傾巢而出，來勢兇猛，然我軍困處孤島，不得不戰！”
這馬信原本是前明浙江台州（治今浙江臨海縣）總兵，清軍陷浙江後降清，永曆九年又率部歸隊了鄭成功，被任命爲右提督。
滿堂文武官吏之中，只有他對鄭成功的性格不甚瞭解，此時見衆將都拿不出一個主張，便想跳出來出個風頭，以搏國姓爺賞識。
“我軍駐於鼓浪嶼，大興賊定然會從島南進軍。以末將之見，當集重兵於島南以抗賊軍，只要能擋住大興賊水師攻勢，廈門便可安然無恙！”
鄭成功聽了此話卻道：“大興軍水師集於島南，步卒集於島北，兩面夾攻，若我軍只於島南拒敵，大興賊於島北登岸又當如何？”
“我聞大興賊步卒強悍，作戰時以一當十，連韃子也不能相抗，若他們一上島，又有何人能夠抵擋？唯一之計，只有在海上用戰船阻之登岸方爲上策！”
“國姓，大興賊集於島南之水師，光鐵甲戰艦就有十二艘之多，特別是其中一艘萬石鉅艦，非我軍戰船所能抵擋，國姓若再分兵，廈門危急也！”