等到拂曉的時候，搜索隊和村民自衛隊紛紛傳來消息，沒有發現任何可疑人物。小蘭、曉月、千尋已經熬不住睏意，爬在桌上睡着了。柯南和千鈞、毛利還在耐心地等待消息，最後的結果讓人失望。不過，由於沒有船隻，任何人都無法離開，可以證明兇手還在島上。老警察下令，“請守夜的人留下，其他人都回自己家休息。”小五郎指着地圖，提醒他，“這個地方還沒找過呢！”老警察的臉色不太好看，“這個地方，還是不用找了吧，那裡是水軍洞穴！這個島上的居民，沒有人敢靠近那裡的！”
老警察繼續辯解，“光靠我一個人也不行啊！”三上武男很生氣，“你是我們村子的警察，怎麼可以說出這麼沒出息的話！”老警察惱怒，“那村長你自己去好了！反正我這個警察也該退休了。”三上村長色厲內荏，“胡說八道，爲什麼要我自己去？”毛利和千鈞一起搖頭，這都什麼人啊！
天亮了，太陽跳出了海平面，霞光萬道照射着敷島。柯南卻覺得自己的推理有些問題，千鈞疑惑，柯南解釋，如果上原殺了浜田，應該已經把金塊所在地問出來了，“可是爲什麼昨天晚上他還要到浜田的房間東翻西找呢？”千鈞皺眉，“那我們再去龍神號現場看看吧，也許能發現什麼。”柯南點頭同意。
千鈞打暈看守後，二人進入倉庫，柯南在船上發現了青苔，這是敷島特有的一種青苔。柯南斷定這艘船果然沒有沉到海底去，“這7年來，它是怎麼躲過村民們的耳目，而隱藏得這麼好呢？”柯南看到遠處的燈塔，恍然大悟。隨後二人來到燈塔，千鈞抱起柯南，讓柯南通過架子上的望遠鏡觀看遠處，果然看到了水軍洞穴。千鈞笑道，“如果是那裡，自然就沒有人肯靠近……”柯南大驚，“難道……上原從這裡觀看的話，就很清楚了，所以他根本沒有拷問浜田的必要。”
二人匆忙離開燈塔，打算前往水軍洞穴。然而，所有的路口都被村民把守住了，千鈞試着上前交涉，但村民們拒絕任何人去打擾水軍的靈魂。柯南躲在灌木叢後着急，三上鈴從身後突然出現，用小手輕輕敲打柯南的肩頭，嚇了柯南一跳，柯南迴過頭，不屑，“原來是你啊！”三上鈴很生氣，“你這是什麼口氣啊！你不是想到水軍洞穴去嗎？”柯南點頭，沒好氣地說，“你難道有辦法？”三上鈴很得意，“不用擔心，我可以告訴你捷徑。”
柯南大喜，“真的嗎？怎麼走，快點告訴我！”三上鈴開始拿喬，“什麼啊，你這樣子也是求人的態度嗎？”柯南忍住氣，“小鈴，求求你了！”三上鈴不滿意，“就這樣啊？”柯南火大，“要不然，你還讓我說什麼？”三上鈴轉過身，指了指自己嘴脣，張了張嘴。柯南臉紅，大驚，“幹嘛？你在想什麼啊！”三上鈴冷笑，“不願意就算了，我要走了。”柯南頭疼，“煩死了！”三上鈴主動讓步，指了指自己的臉蛋，“親這裡也可以，來……”柯南無奈，只好親吻了三上鈴的臉頰。三上鈴高興萬分，決定馬上帶柯南去水軍洞穴。柯南惱怒，“這傢伙真過分！”
經過多次交涉失敗後，千鈞不得已放倒路口的所有守衛村民，卻發現柯南不見了。此時柯南和三上鈴穿過捷徑，抵達了水軍洞穴。三上鈴露出懼色，“你不會真的要進去吧？”柯南無所謂，“我當然要進去了。”“可是……”柯南好笑，“你不是不相信大家說的那些迷信嗎？”三上鈴嘴硬，“那當然了，我只是身爲你的保護者，警告你而已！”柯南笑道，“你要是害怕，就留在這裡吧！”
柯南信步向裡走去，三上鈴猶豫一下還是追了上去，“等一下，大家說的那些全都是迷信吧？”柯南哼了一聲，鑽過攔線，和三上鈴走入洞穴，洞口卻閃現一個黑色的人影。三上鈴緊緊攬着柯南的肩膀，來到洞穴深處，發現點着蠟燭的神位。三上鈴道，“被殺死的浜田就是在這裡照顧水軍的。”這時，突然起風了，吹入洞穴發出嗚嗚地淒厲聲。三上鈴害怕極了，捂着耳朵蹲在地上，“水軍的靈魂生氣了！”柯南發現了破綻，走過去推動木製的神位。三上鈴大驚，“柯南，你等一下！”
柯南推開神位後，發現後面又是一個洞穴。“剛纔那陣風根本不是水軍的靈魂生氣了，是從縫隙中吹進去的風在洞穴裡面引起了共鳴。”三上鈴很是佩服，“要進去嗎？”柯南嗯了一聲，二人順着階梯走下去，柯南發現這個階梯不是自然形成的，而是什麼人特意堆壘而成的。三上鈴發現前面有亮光，二人向前跑去，但是階梯突然崩潰倒塌了，二人驚叫着向裡面滾去。
幸好，下面已經不是很深了，二人爬在了階梯磚塊上。三上鈴抱怨，“這是什麼階梯啊，做的時候這麼馬虎！”柯南揉了揉頭部，真的很痛，撿起一塊青磚，發現這磚很重，上面的青苔果然是島上特有的。洞穴的前面出口，正對着外面的大海，碧藍的海水輕輕地拍打在洞口的岩石上，發出清脆的水聲。三上鈴跑過去，很是開心，“柯南，這裡好漂亮啊！”柯南跑過去觀察旁邊的巖壁，上面沒有青苔，證明這個地方崩塌沒有多久。“對了，就是因爲颱風，這裡纔開了口子。”
柯南很快發現旁邊有一處很大地方，似乎被什麼東西磨過，看來龍神號果然是藏在這裡的，這個出口在龍神號進來之後被封住了，又因爲颱風，讓龍神號重見天日。三上鈴突然發出尖叫聲，柯南急忙跑過去，上原康夫渾身是血倒斃在另一側巖壁旁邊。柯南走過去檢查，看樣子不像是自殺，這麼說兇手是……這時，一個人從後面悄然出現……
村公館，老警察接到了電話，“如果這樣的話，太感激你們了。”老警察掛斷電話，告知毛利偵探，村民們組成自衛隊，現在從海岸那邊開始包圍水軍洞穴了。小五郎大喜，“我們走，小蘭！”小蘭急忙道，“等一下，柯南不見了！你有沒有看到？”小五郎生氣，“我哪裡知道他跑到什麼地方去了，八成跟千鈞那個小子在一起！或者跟那個小女孩去玩了！好了，快點走了！”小蘭只好跟上，曉月和千尋卻笑嘻嘻地走向來時的海岸碼頭，海上自衛隊的人應該到了。
走進洞穴的人是木下五郎，他認爲上原是因爲逃不出去而畏罪自殺的，“我是看見你們進來，才追上來的。來，我們回村子去吧！”三上鈴答應一聲就要走過去，柯南伸手攔住她。木下奇怪，“哪裡不對嗎？”柯南淡然，“我認爲這個人根本不是自殺，他是被人殺死的。”木下驚疑，柯南指了指上原康夫的傷口，比起他左邊太陽穴的傷口，右邊太陽穴的傷口要大得多，“這就是子彈從左邊進去右邊出來的最好證據。可上原先生的手槍卻是握在右手。右手握槍從左邊太陽穴開槍自殺，太不合常理了吧！”
木下五郎大驚失色，露出猙獰的笑容，“事情到了這個地方，也沒有隱瞞的必要了。”說話間，木下已經從死去的上原手中取下手槍，對準了柯南和三上鈴。三上鈴驚駭，“爲什麼？”木下奇怪，“柯南，看你的樣子，一點也不覺得驚訝？”柯南冷笑，“你手臂上的傷是你自己開槍射的吧！”木下一愣，“怎麼你連這件事情也注意到了？”柯南哼了一聲，“千鈞哥哥也發現了。那個時候你襯衫上有燒焦的痕跡，那就表示你把槍口壓住襯衫開槍的，但是你卻說是上原開槍射的，如果是突然開槍，絕不會把槍口抵近開槍。你騙騙無知的村民和糊塗警察還行，卻絕對騙不過千鈞和我！”
木下五郎歎服，“你這孩子果然有一套！”“殺死浜田的人也是你吧？”木下大笑，“你說得沒錯。”原來，木下五郎從很久前就覺得浜田幸二不簡單了，所以常常想趁浜田不在燈塔的時候去調查，後來他發現瞭望遠鏡。木下本來打算自己慢慢找出金塊到底藏在哪裡，沒想到貪心的村長卻開始妨礙木下的事情，還找來了毛利偵探。三上鈴惱怒，“我爸爸一點也不貪心！你自己還不是偷了鄉公所裡面的公款！爸爸都告訴我了。”
木下哼了一聲，“我的確是心急了，沒有錯，毛利小五郎是聞名天下的名偵探，知道他要開始調查，我就打定了主意，只要我先把金塊找到就行了。除此之外，還可以把這個有野心的上原康夫一起解決掉。”柯南明白了，“所以你爲了這個原因，故意把毛利叔叔引入殺害浜田的陷阱裡。”木下點頭，“我做的最錯的地方，就是低估了同來那個怪偵探。”柯南冷笑，“不是低估了，是你的伎倆太幼稚了，是個有頭腦的人都能看穿你的手法。如此說來，你已經從浜田口中知道了金塊的下落了？”
木下沒有否認，在他的嚴刑逼供下，浜田不得已說出了這個地方。浜田的確在龍神號上待過，另外一個人就是上原。7年前，浜田爲了獨吞金塊，將船主和上原等船員都丟進了大海。而浜田的真實姓氏就是青木，他爲了躲避颱風，就把龍神號開進了洞穴，沒想到7年後也因爲颱風，使得入口的岩石崩塌了。這也許歸咎於他的計算失誤，但是除了這裡也沒有別的隱蔽地方了。
而島上的村民因爲害怕水軍作祟不敢靠近。5年前，那些大學教授來這裡調查，爲了讓村民們以爲這裡有水軍作祟，他就穿上水軍盔甲把那些教授和學生們都殺了。浜田的臉是他自己燒傷的，因爲他擔心被以前相識的人認出來。柯南聽完了木下的敘述，“你之所以會在旅館裡面假裝被上原射傷，爲的就是讓他逃跑，對不對？因爲如果他被捕的話，你殺害浜田，還有金塊的所在地就都會曝光。”
木下哈哈大笑，“你說得沒錯，上原也漸漸察覺到這個地方了。”那把槍也是上原的，當時在賓館，木下把千鈞騙到樓上查找，而木下直接去房間找到上原，告知了他外面的危險情況，讓他趕緊逃跑。上原覺得有些奇怪，還是相信了木下。木下從上原那裡拿過手槍，理由是，如果被人發現逃跑的上原身上佩戴手槍的話，就更加百口莫辯了。上原道謝後，跳窗離開，木下就用手槍上演了《尼羅河慘案》的戲碼。然後，在大家開始搜索的時候，木下繞到這個洞穴，用手槍將上原擊斃。
木下講解加上柯南的推理，事情很快都說明白了。木下大笑，“你還真厲害啊，被你猜中了八九。好了，我們的談話也該結束了。你們兩個小鬼就算死在這個地方，也不會有人發現你們的，永遠不會！”三上鈴害怕極了，緊緊抓着柯南。柯南暗暗叫苦，“你不想知道哪些金塊的下落嗎？”木下不以爲然，“反正那些金塊一定被埋在這裡，我只要等風聲鬆了後，再來尋找就行了。”柯南哈哈大笑，木下惱怒，“有什麼可笑的？”柯南止住笑聲，“靠你這點智商，我看就算花一百年也找不到金塊的。”“你說什麼？”“你還不知道嗎？”
木下大驚，“難道你已經知道了？”柯南露出招牌笑容，“沒錯，金塊就在你的腳下。”木下低身查看，柯南立即啓動鞋子，踢飛磚頭，攻擊木下。木下的反應很快，斜斜閃避，但還是被擊中了肩頭，木下發出慘叫，大怒之下，右手舉起手槍，柯南大驚。這時，一道光芒閃過，木下手中的槍斷成2截，掉在地上。千鈞手持七夕劍出現，飛起一腳踢飛了木下，木下慘叫倒在地上昏了過去。柯南惱怒，“你怎麼現在纔過來？剛纔真是危險至極……”千鈞微笑，“沒有啊，我一直跟在木下五郎身後，只不過你們沒有發覺罷了，我的追蹤術是不是又進步了，哈哈……對了，你說那些金塊……”
柯南撿起地上的磚塊，“這些金塊早已經被做成階梯了，所以才這麼重！”三上鈴大呼，“柯南，你太厲害了！我喜歡你！”三上鈴衝上來摟住柯南，柯南無可奈何，千鈞撿起磚塊，搖頭，“不對啊，柯南，這些磚塊很正常啊，不是很重啊！”柯南一愣，“那是因爲你力氣比較大吧？”千鈞好笑，“不是，磚塊跟普通的磚塊沒什麼區別。因爲你是小孩，所以覺得磚塊很重。如果真是黃金，你絕對踢不動的。”說完，千鈞隨手劈斷了磚塊，裡面不是黃金，依然是青磚。柯南疑惑，“奇怪，那金塊到底藏在哪裡呢？”“我怎麼知道？”三上鈴發出歡快的笑聲，“反正就在這裡，一起找找看……”
說話間，洞穴開始坍塌，落石吩咐墜下。三人無不大驚，千鈞擊碎幾塊落石，大叫，“快走，那邊有一艘簡易木船，是浜田準備逃跑用的。你們先到出口那裡，我來帶木下和上原的屍體。”在緊張的氣氛中，千鈞拽着木下和死去的上原登上了木船，巨大的洞穴完全坍塌，上面的山崖都掉落下來。木船向大海劃去，柯南嘆息，“那些隨着這座山一起崩塌的金塊，以後也許再沒有出土的那一天。因爲爲了十億元的金塊，必須花費超過十億元以上的金錢，纔有可能挖出來，太不划算了。”就這樣，引起人類潛在慾望的金塊，就伴隨着水軍作祟的陰影，全都沉到海底深處去了。
三人努力向大海划動，遠處出現巨大的軍艦，還有很多巡邏艇。千尋和曉月都在軍艦上，看到千鈞他們，二女在軍艦上大聲揮手歡呼着。海軍自衛隊的兵馬終於趕到了，他們還在海上找到了所有失蹤的船隻，那些船隻被綁在在一起，一起拋錨在敷島北方不遠之處。毛利和村長、老警察等人弄醒被打暈的看守村民後，也來到洞穴附近。看着洞穴的塌陷，徹底失望了。毛利小五郎也推斷出金塊應該就在裡面，三上武男後悔極了，他怎麼也沒想到自己夢寐以求的金塊，一直就在這裡，可是現在根本拿不出來了。
敷島上，大家在碼頭會合，毛利偵探非常生氣，痛扁了柯南，“可惡，居然自己亂跑，要不是千鈞過去救你們的話，還不知道會怎麼呢？”柯南捂着頭喊痛，三上鈴大怒，走過去，“你竟敢欺負我的柯南！”一腳擊中毛利偵探的下方要害，大叔臉色劇變……小蘭、千尋、曉月都目瞪口呆，千鈞哈哈大笑，柯南嚇得冷汗直冒，“這個丫頭，嚇死人了！”
毛利一行人和老警察押着木下五郎，帶着上原和浜田的屍體，離開敷島，前去東京警視廳，將案件正式移交給目暮警官。柯南和三上鈴依依惜別，三上武男面對強勢的海上自衛隊，不得不低頭，咬牙出了重金才贖回了所有的船隻，還被迫將島嶼的東部港口留給自衛隊做了海軍中轉站，海軍自衛隊這邊自然是皆大歡喜。千尋和曉月對那些黃金不能取出來，覺得太可惜了，這次敷島之行沒有達到預期的收穫。
到了東京，前往警視廳路上，柯南好笑，“三上村長這次耍無賴撞上鐵板了，賠了夫人又折兵啊！千尋的爺爺還真是厲害啊！”千尋搖頭，“其實爺爺也沒有那麼誇張的勢力，關鍵還是利益，自衛隊應該一直在偷偷打敷島的主意，這次的事件不過是個契機而已！”曉月也說，“依然軍中傳統習慣，如果沒有我們這次敷島之行的話，他們也會想辦法制造出意外事件來達成目的，這叫以下克上！”大家都汗，日軍的“優良傳統”一直這樣保存下來了啊！
柯南也笑起來，低聲對千鈞道，“原來，你那天晚上出去那麼久，把敷島所有的船隻都弄到了海上，又通知了海軍自衛隊來接收。”千鈞露出笑容，“我可是良好市民，最遵紀守法的，這個也許是水軍作祟吧，哈哈……”柯南汗，這傢伙還真是一點虧都不肯吃啊。柯南還有些疑惑，“那個洞穴坍塌的有些奇怪，感覺好像裡面被掏空了一樣，太巧了，剛好是我們在那裡的時候……”千鈞皺眉，“也許是海水長期的侵蝕，再加上臺風的作用吧。”柯南點頭，“大概是這樣吧！”
然而真實的情況，只有千鈞自己才知道。那天晚上，他就找到了洞穴裡的所有金塊，本着雁過拔毛的心態，千鈞將金塊都放置到了最大儲物空間裡，然後才進行了船隻失蹤行動，所以才耽誤了更多的時間。洞穴的坍塌，也是因爲千鈞取走了黃金，導致巖壁中空，在海水潮起潮落衝擊下，已經搖搖欲墜。柯南他們的到來，階梯又崩潰了，這都加速了洞穴山壁的最後坍陷。
當天，從警視廳回去後，千鈞照樣將金塊取出來，分成3份存放，因爲雞蛋最好不要放在一個籃子裡。一份放在千鈞宅花園的地下空間中，另一份放到秘密基地的森林之下，剩下的那份交給藤野先生作爲儲備金放入公司的保密金庫中，幾乎所有的大公司都有儲備金，因爲日元貶值是很厲害的。正如mks所說，金銀天然不是貨幣，但貨幣天然是金銀。當然，前2個儲存地方，只有千鈞自己知道，千鈞都加了各種自然能量保護，只要有人侵入，下場會非常悽慘的。藤野先生的金庫那邊，也有非常安全的各種設置，外人幾乎不可能侵入，除非是魯邦三世和怪盜基德這樣的超級高手，當然，千鈞在裡面也做了些手腳，就算他們兩個進入公司金庫，也夠他們喝一壺的。
尾聲，木下五郎爲了黃金殘忍殺害浜田幸二嫁禍給毛利小五郎、殺害上原康夫，意圖殺死柯南和三上鈴滅口，並挪用敷島公款，被法庭判處30年徒刑，恐怕要在監獄中度過餘生了。浜田幸二殺害昔日船主船員、水軍教授等人，罪行重大，但因爲人已經死亡，法庭不再追究。千鈞抓獲木下五郎，查明瞭案件的真相，警視廳給以a級獎勵。毛利小五郎非常惱火，因爲風頭被千鈞給搶走了。
警視廳在公佈幽靈船案件的同時，還向媒體公佈了7年前幽靈船失蹤之謎，5年前水軍教授消失之謎，這2案的結果，引起了巨大的轟動。那些遇難的水軍教授和學生們的家人，頻頻向政府抗議，不斷舉行示威遊行。媒體也指責政府在事件發生後，毫無作爲，只是將這些人列爲失蹤人口。政府承受了很大壓力，最後不得已賠償了那些遇難者家屬大批的撫卹金，事情纔算結束。
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