四川的情況遠比朱玉德想象的要複雜很多，能夠戰亂這麼多年，不管是北伐勢力，還是革命勢力，或者是滇軍唐繼堯勢力，都始終不能夠在這塊地方取得絕對優勢，不是沒有理由的。
四川會黨勢力衆多，錯綜複雜，人民彪悍，當年爲了保路，都敢跟清政府幹，別說幾萬自治軍了，而且地形複雜山地衆多，打散的川軍立刻鑽山爲匪，等候時機招安再次崛起。本來朱玉德還想着要把四川土匪清剿個乾淨呢，可是發現這裡的土匪比過去的川軍人數還多，而且戰鬥意志比川軍也更強，自己幾次剿匪損失比打正規仗還大，加上佔據的地方太多了，還沒有穩定下來，因此才最終放棄了徹底的剿匪計劃。
穩住收編的五個師的川軍是要務，朱玉德第一次勉強自己跟這些兵油子虛與委蛇，結交拉攏，才總算是讓這些新歸降部隊安分下來，可是經常卻會幹一些偷雞摸狗的事情，在街道上吃小販幾個瓜不給錢了，打死農民幾隻雞打牙祭了，這樣的事情層出不窮，讓朱玉德既看不慣也頭疼不已，此時看看自己帶領的自治軍，才第一次對治下的部隊感到無比的滿意。
這些兵痞是必須裁撤的，就算是他們現在的軍官，也必須換掉。
但是前提是，先一統四川。川東還盤踞這三股數量龐大的川軍呢，袁祖銘被劉湘趕走後，帶領殘兵逃到了湖北。此時湖北的實際統治者已經編成了吳佩孚。
吳佩孚在去年被奉系和馮玉祥倒戈一擊擊敗後，幾乎成了喪家之犬，本來逃回洛陽打算東山再起，結果陝西軍閥劉振華趁着河南虛弱，帶兵出通關襲擊洛陽，吳佩孚無力抵擋，再次難逃。先是想在湖北站住腳跟，湖北督軍蕭耀南曾是吳佩孚提攜起來的，本以爲蕭耀南會幫自己一把，豈料蕭暗示不許任何外軍進入湖北。最後是湖南的趙恆錫接納了吳佩孚，趙恆錫跟吳佩孚政見向來不同，一個主張武力統一，一個主張聯省自治，但是吳佩孚當年在湖南起家的時候，對湖南卻不錯，沒有縱兵劫掠等事情發生，因此儘管政見不和，但是吳佩孚和趙恆錫私交卻不錯。就在沒人接納吳佩孚，老吳整天浪跡在船上的時候，趙恆錫邀請吳佩孚到湖南，給了他十足的面子。
但是吳佩孚起家還是在湖北，北京的馮玉祥受不了奉系的壓力，開始跟吳密談，要藉助吳的名望和舊部抗衡奉系，支持吳佩孚出山。結果吳佩孚在湖北出山，很快得到了許多舊部的支持，其中最強大的則是孫傳芳，佔據了長江下游數省的孫傳芳。一下子吳佩孚再次成爲了中國炙手可熱的人物。但是手裡的兵卻不強，恰逢此時袁祖銘投奔，豈有不接納的道理。
袁祖銘出川后，四川就僅剩了四股勢力，佔據了大部分西川的朱玉德自治軍勢力，自貢內江一線的鄧錫侯勢力，瀘州徐州地區的劉文輝勢力，還有重慶的劉湘。
這三股勢力，朱玉德自然是要除掉的，除掉這些勢力，評定四川后，他纔會進行大裁軍，進行大剿匪行動，但是對這三股勢力朱玉德卻計劃採取不同的方法，對於鄧錫侯是一定要消滅的，此人佔據了自貢依靠自流井財力勢力恢復很快，而劉文輝則有可能說降，劉文輝的瀘胥地區，緊挨着雲南，容易被兩面夾攻地位很不穩固，而劉湘則可以暫時保留，用重慶把四川和湖北隔開，從而不跟北洋勢力接觸，可以安心的穩定地方。
做了這個計劃後，朱玉德上報趙澤勇，希望得到趙澤勇的幫助。
趙澤勇立刻派王崇陽去遊說劉湘，在對劉湘保證，自治軍不入重慶，保證重慶的獨立地位，而且留下白紙黑字的條約後，劉湘派人勸說劉文輝放棄了瀘敘地區，帶兵到重慶投靠自己的堂侄去了。就只剩下了一個鄧錫侯，大勢已去了。
朱玉德從西主攻，自治軍新編軍隊從東佯攻，幾天時間就壓迫的鄧錫侯部倒戈的倒戈，潰散的潰散，最後鄧錫侯以交出殘部的條件，換取了他平安離開四川的權力。
至此四川全境除了重慶外，全都納入自治軍的管轄之下。
完成軍事行動之後，朱玉德立刻把五個師新編自治軍中的四個師調往四川，讓自己的兵力達到了八萬，這時候纔開始對那些川軍降兵進行裁撤，老弱士兵一律裁撤，發給路費讓回家種地去，青壯則讓他們選擇由政府安排工作，還是回家。最後是軍官，統一送入陸軍大學學習，合格的才能回軍中，考覈不通過的幾年後在說，那時候他們就翻不了天了。
解決了幾萬降兵問題不難，難的是更多數量的落草爲寇的川軍潰兵，還有原本的頑匪，以及幫會分子，更難的是，這三股勢力都是地頭蛇相互勾連，極爲難辦。但是朱玉德剿匪的決心十分大，在四川駐紮了八萬軍隊，不把土匪清除乾淨誓不罷休。爲此已經給趙澤勇發電報，說這隻軍隊怕是要經年累月在四川作戰了，希望趙澤勇大力支持，至於聯省的防衛，要求趙澤勇再次組建一隻新軍。
此時熊克武也已經組建完成自己的政府，立刻宣佈就職四川省長一職，並且拉攏一大批名望鄉紳支持自己，接着宣佈四川自治，加入滇黔桂聯省，成立滇黔桂川聯省政府。
同時派出一大批代表到昆明，談判四川地位問題。
根據聯省憲法，加盟省份地位平等，雲南、貴州和廣西都是平等的，聯省政府從來沒有干涉過這幾個省的內政，其實說白了，管理各省的還是各省政府，至於所謂的聯省政府，基本上還是個空架子，總共的官員不超過五十個，而且大多數是兼任，連趙澤勇這樣的督軍，和岑春煊這樣的聯省主席都是兼任的，就更不用說其他了。
熊克武的意願正是，要立法確立四川的地位，要求明確在憲法中寫明，四川行使政黨政治，聯省不得干涉。
而此時呢，張澈組建雲南政府的進程基本上已經完成了，在大量美國顧問的幫助下，基本上到縣級政府，各個政府機關，各種工作程序，業務流程和制度，都已經現代化了，也培養出了足夠的吏員，張澈建議乾脆藉此機會，成立真正的能起到實際作用聯省聯合政府。