《紀效新書》是戚繼光在東南沿海平倭戰爭期間練兵和治軍經驗的總結。他在《自序）中說：“數年間，予承乏浙東，乃知孫武之法，綱領精微莫加矣。第於下手詳細節目，則無一及焉。猶禪家所謂上乘之教也，下學者何由以措。於是乃集所練士卒條目，自選*畝民丁以至號令、戰法、行營、武藝、守哨、水戰，間擇其實用有效者，分別教練，先後次第之，各爲一卷，以海諸三軍俾習焉。顧苦於繕寫之難也，愛授粹人。客爲題曰：《紀效新書》。夫曰‘紀效’，明非口耳空言；曰‘新書’，所以明其出於法而非泥於法，合時措之宜也。”這段話說明了撰寫本書的目的、成書的時代、背境和主要內容、特點，以及書名的來歷和含意。但未言及具體成書年代。據《戚少保年譜耆編》卷二記載：“嘉靖三十九年，……春正月，創鴛鴦陣，著《紀效新書》。”說明《紀效新書》當寫成於戚繼光調任浙江抗倭的第六年即嘉靖三十九年（1560年）。
《紀效新書》原本十八卷，卷首一卷。具體篇目如下：卷首包括“任臨觀請創立兵營公移”、“新任臺金嚴請任事公移”、“紀效或問”三篇。正文分：束伍篇第一、操令篇第二、陣令篇第三、諭兵篇第四、法禁篇第五、比較篇第六、行營篇第七、操練篇第八、出征篇第九、長兵篇第十、牌筅篇第十一、短兵篇第十二、射法篇第十三、拳經篇第十四、諸器篇第十五、旌旗篇第十六、守哨篇第十七、水兵篇第十八，共十八篇十八卷。另外，戚繼光被調廣州鎮粵時，曾“復取《紀效新書》讎校，梓于軍中。”（《戚少保年譜耆編》卷十二“孝思詞祝文”）此本共十四卷。不僅卷數與十八卷本不同，而且篇目和內容也有差異。卷前有明王世貞《戚將軍紀效新書序》和與《練兵實紀·凡例》大致相同的“教習次第”。這裡不仿將其篇目也抄錄於下：束伍篇第一、耳目篇第二、手足篇第三、手足篇第四、手足篇馬附第五、比較篇第六、營陣篇第七、行營篇第八、野營篇第九、實戰篇第十、膽氣篇第十一、舟師篇第十二、守哨篇第十三、練將篇第十四，共十四篇十四卷。十四卷本是戚繼光晚年的手校本，吸收了《練兵實紀》的精華，補充了新的內容，值得重視。《紀效新書》（十八卷本）總序中的“公移”緊密結合東南沿海的地形、我情與倭情，論述了練兵的必要性和重要性，提出了一套較爲完整的練兵理論和計劃。《紀效或問》則對重要問題，尤其是最急需解決的事情進行申明和論辨，以防疑惑不解，他自注說：“柬伍既有成法，必信於衆，則令可申。苟一字之種疑，則百法之是廢，故歷述所急與可辨者，爲或問以明之。”正文十八卷詳細而又具體他講述了兵員的選拔和編伍、水陸訓練、作戰和陣圖、各種律令和賞罰規走、諸種軍誡兵器及火藥的製造和使用、烽堠報警和旗語信號等建軍作戰的各個方面，並有大量形象逼真的兵器、旗幟、陣法、習藝姿勢等插圖。書中還詳細記述了戚繼光發明的鴛鴦陣，即一種以牌爲前導，筅與長槍，長槍與短兵互防互救，雙雙成對的陣法。
《紀效新書》語言通俗，“其詞率如口語，不復潤飾”（《四庫全書總目提要》），結合士卒實際講道理，情深意切，易學易記，如在《禁令篇》對士卒說：“凡你們當兵之日，雖颳風下雨，袖手高坐，也少不得你一日三分。這銀分毫都是官府徵派你地方百姓辦納來的。你在家那個不是耕種的百姓，你肯思量在家種田時辦納的苦楚艱難，即當思量今日食銀容易，又不用你耕種擔作，養了一年，不過望你一二陣殺勝。你不肯殺賊保障他，養你何用？就是軍法漏網，天也假手於人殺你。”
《紀效新書》“乃集所練土卒條目”彙輯而成，類似軍中各種條例條令的彙編。在這些條款中，比較充分地反映了戚繼光在東南沿海抗倭時練兵、作戰的思想。他針對當時“浙兵”腐敗，戰鬥力低下的狀況，首先強調要從嚴治軍，提出了創立兵營、選兵、練兵的三步曲，並制定了整頓軍隊的六條措施：“一曰首正名分，使指揮千百戶旗軍丁舍，秩然有序，而衛所之號令，必行於上下；二曰拿治剝軍貪官，以蘇久困之卒，使士氣漸裕；三曰重治刁軍刁官，使衛所之官，敢於任事；四曰禁所伍越序文移，無印白呈，以肅軍政；五曰諭以忠義，厚恤戰亡，以勸親上使長之念；六曰清磨戶口，均編差役，以養荷戈之力。”（《新任臺金嚴請任事公移》）他主張“恩威兼著，情法相融。中有梗玩者，重治以警其餘。”（《紀效或問》）他還形象的把威嚴比作舟，把恩信比作舵，認爲“載人者舟之功，而可以使之載者則舵也。”（《柬伍篇》）
《紀效新書》特別重視選兵，開篇第一句話就是“兵之貴選。”（《束伍篇》）認爲選兵“其法惟在精”（《柬伍篇》），反對“用城市遊滑之人”，“奸巧之人”，主張用“鄉野老實之人”。對於選兵的具體標準，認爲“豐偉”、“武藝”、“力大”、“伶俐”四條既不可廢，亦不可專恃，“惟素負有膽之氣，使其再加力大，豐偉伶俐，而複習以武藝，此爲錦上添花。”（《束伍篇》）然而這樣的人不易選到，相比之下，最主要的條件是“必精神力貌兼收”，因爲武藝差可以教習。對於選來的士卒，要根據各自不同的特點發給他們兵器，“皆當因其材力而授習不同”，“如藤牌宜於少壯便健，狼筅長牌宜於健大雄偉，長槍短兵宜於精敏有殺氣之人。”（《束伍篇》）
在練兵方面，《紀效新書》特別強調按實戰要求從難從嚴訓練，反對只圖好看的花架子。認爲“設使平日所習所學的號令營藝，都是照臨陣的一般，及至臨陣，就以平日所習者用之，則於操一日，必有一日之效，一件熟，便得一件之利。”（《紀效或問》）並批評不按實戰要求的訓練方法是“虛套”，“就操一千年，便有何用，臨時還是生的。”尖銳指出“各色器技營陣殺人的勾當，豈是好看的。”（《紀效或問》）“凡武藝，不是答應官府的公事，是你來當兵防身立功殺賊救命本身上貼骨的勾當。你武藝高，決殺了賊，賊如何又會殺你。你武藝不如他，也決殺了你。若不學武藝，是不要性命的呆子。書中規定：“凡比較武藝，務要俱照示學習實敵本事，真可對搏打者，不許仍學習花槍等法，徒支虛架，以圖人前美觀。”（《比較篇》）重視號令訓練，規定：“各便宜簡明號令，合行刊給，各於長夜，每隊相聚一處，識字者自讀，不識字者就聽本隊識字之人教涌解說，務要記熟。”要求將士“耳只聽金鼓，眼只看旗幟”，“大家共作一個眼，共作一個耳，共作一個心。”（《號令篇》）重視平時養成訓練，認爲“操兵之道，不獨執旗走陣於場肆而後謂之操，雖閒居坐睡嬉戲亦操也。”（《紀效或問》）他還認爲，訓練畢竟與實戰有所差別，平日十分武藝，臨時如用得五分，便可成功。“開大陣，對大敵，比場中較藝擒捕小賊不同。堂堂之陣，千百人列隊而前，勇者不得先，怯者不得後，叢槍戳來，叢槍戳去，亂刀砍來，亂殺還他，只是一齊擁進，轉手皆難，焉能容得左右動跳；一人回頭，大衆同疑，一人轉移寸步，大衆亦要奪心，焉能容得或迸或退。”（《紀效或問》）
《紀效新書》要求將帥不僅要有帶兵制敵的文韜武略，而且要精通各種技藝，要作士卒的表率；不僅戰時與士卒患難與共，而且平時也要處處與士卒同甘共苦。指出：“爲將之道，所謂身先士卒者，非獨臨陣身先，件件苦處，要當身先。
所謂同滋味者，非獨患難時同滋味，平處時亦要同滋味，而況技藝豈可獨使士卒該習，主將不屑習乎？”（《紀效或問》）
《紀效新書》特別強調賞罰在治軍中的作用，主張賞罰要公正，賞不避仇，罰不避親，指出：“凡賞罰，軍中要柄。
若該賞處，就是平時要害我的冤家，有功也是賞，有患難也是扶持看顧；若犯軍令，就是我的親子侄，也要依法施行，決不干預恩仇。”（《禁令篇》）戚繼光言行一致，帶頭執法，後來以臨陣回顧，斬其長子。書中還制定了許多具體的訓練紀律，各項賞格罰條、連坐法等。制訂了嚴格的民衆紀律，如規定：“砍伐人樹株，作踐人田產，燒人屋房，**作盜，割取亡兵的死頭，殺被擄的男子，污被擄的婦人，甚至妄殺平民，假稱賊級，天理不容，王法不宥者，有犯，決以軍法從事抵命。”（《禁令篇》）
《紀效新書》重視兵器在戰爭中的作用，認爲：“器械不利，以卒予敵也；手無博殺之方，徒驅之以刑，是魚肉乎吾士也。”（《長兵篇》）書中以大量篇幅記述了各種兵器的製造、形制、樣式、作用、習法等。並對長短兵器的使用進行了較爲深入的探討，認爲“長則謂之勢險，短則謂之節短。”（《長兵篇》）主張長兵短用，短兵長用，即用長兵器要在較近的有效距離攻擊；短兵則先用標槍襲敵，然後乘敵躲閃之機殺入。書中還記述了戚繼光就地取材而發明的新兵器“狼筅”，即用節密枝堅的竹子削制而成的一種兵器，戚繼光稱其爲“行伍之藩籬，一軍之門戶”（《牌筅篇》）。
《紀效新書》是明代著明兵書。它出於抗倭名將之手，所述內容具體實用，既是抗倭中練兵實戰的經驗總結，又反映了明代訓練和作戰的特點，尤其是反映了火器發展一定階段上作戰形式的變化。具有較高的軍事學術價值。但是，《紀效新書》作爲一部當時實用的兵書，隨着軍事技術的發展，許多條款早已不適用了，同時裡面也夾雜着一些糟粕，如用所謂
“相法”選士，“忌凶死之形，重福氣之相”；用陰陽五行八卦之說解釋旗幟顏色；認爲士卒是愚人等，這是我們在肯定它的價值的時候特別需要指出的。