在正德十四年嘉靖的父親興獻王死去，小嘉靖以世子的身份繼理王府的事宜。雖然王府事務繁雜，但他在母親和府中官僚的輔助之下處理得也是井井有條。在兩年之後，他正式繼承了父親的王位。如果按照他現在的生活方式繼續生活下去的話，小嘉靖可能會是一個不錯的王位繼續人。但就在這一年的三月十四日，遠在北京裡發生了一件大事，這件事的出現改變了小嘉靖的後半生的命運。就在這一天，荒嬉怠政十六年的明武宗朱厚照，死於他的豹房之中。儘管他一生玩弄女性，後宮裡妃嬪成千，卻沒有爲他留下一個子女。而武宗臨終之前，也沒有對由誰來繼承帝位作出安排，只是告訴他身邊的內侍，一切由他的母親慈壽太后與輔政大臣商議決定。對此，許多大臣主張從皇族的子侄輩中選擇一人過繼到武宗的名下，成爲皇太子，然後再行帝位，而當時秉政的內閣首輔楊廷和力排衆議，他從袖中摸出早已準備好的《明皇祖訓》提出：兄終弟及，是大明的一貫制度，並提出應仿英宗被俘，景泰帝繼統的故事，將興獻王長子迎放宮中入嗣帝統。慈壽後太后對楊廷和的意見沒有表示反對，其他大臣也不便爭執下去，於是迎立興獻王長子便成爲了定議。
明武宗生前雖然沒有留下遺詔，但楊廷和與慈壽皇太后所商議的結果，必須以遺詔的名義頒佈，其中有這樣一段話是：皇考孝宗敬皇帝親弟、興獻王長子厚熜，聰明仁孝，德器宿成，倫序當立，已遵奉祖訓兄終弟及之文告於宗廟，請於慈壽皇太后與內外文武羣臣，合謀同詞，即日遣官迎取來京，嗣皇帝位。四月二十二日，十五歲的小嘉靖告別了母親，在大學士樑儲和太監谷大用一行的陪同之下，風塵僕僕地由安陸趕到了京郊，內閣爲他安排了莊嚴和氣派的入都儀式，禮部官員也將登極的儀注呈給了小嘉靖。小嘉靖打開仔細的觀看了
一番，儀注上寫明讓他由東華門而非由大明門入居文華殿，憑他掌握的皇家禮儀知識，他知道這意味着什麼。當即他的臉上就表現了一種非常不滿的表情，並命手下人打道回府，不進京去了。他的這一舉動，使得本來喜氣洋洋的歡迎儀式出現了尷尬的場面，把各位大臣也嚇住了。左長史袁宗臬趕忙上前叩問拒入的理由，嘉靖不由得朗聲說道：“遺詔上明明寫着我是根據兄終弟及的祖訓來繼承皇位的，而你們卻按照太子的嗣禮來迎接本王，本王來這裡並不是要來做太子的。”這時在一旁的楊廷和眼見出了岔子，趕忙上前親自解釋，企圖說服年小的喜靖按照原來的計劃入城，然而嘉靖對自己的身份問題是毫不讓步。正在雙方僵持不下的時候，皇太后親自出面，決定尊重嘉靖的意見，率文武百官三次上表勸進，嘉靖才於中午時分動身入宮，並於當天在奉天殿舉行的即位大典。嘉靖就是他爲自己選取的年號，希望平亂求治，光大自己的大明帝國。
嘉靖在剛即皇帝位的時候，一切朝政大事主要是由楊廷和等輔政大臣處理，武宗遺留下來的許多弊政，如設置的豹房、宣府等，以及用於玩耍的珍禽異獸，或者革除，或者放逐，一些奸佞小人也受到了懲罰，使得政局煥然一新，一時天下之人無不稱頌天子之德。但這種新的景象僅僅維持了一年的光景就因爲大禮儀之爭而終止了。嘉靖雖然做爲孝宗朱佑堂的繼承人，但是他是以藩王的身份入登帝位的，按照慣例，每當新帝即位，都要推尊自己的父母，他應該推尊孝宗爲皇父，還是應該推尊自己的生父獻王爲皇父呢？從血緣關係上面看，嘉靖當然希望自己的父親能夠被追尊爲明朝的正宗皇帝。他雖然擁有號令天下，爲所欲爲的權力，但在這個問題上，他卻並沒有敢貿然的行事，而是下旨令羣臣來商議決定。針對這個問題，朝臣中出現了兩大派
，以楊廷和爲首的多數人認爲，嘉靖應該尊孝宗爲皇考，以保證大明帝王的統嗣不致於中斷。而以張璁爲首的少數人則迎合嘉靖的意圖，認爲應該追尊生父，稱孝宗爲皇伯考，只繼大統而不做子嗣。兩派先後急診了長達三年半之久，雙方是各執一理，互不相讓，最終以有嘉靖支持的那一方取勝。而張璁本人也因甚合聖意而倍受寵信，做到了內閣首輔的高官；楊廷和和毛澄則被迫辭官，楊派在一次激烈的抗爭當中，有一百三十多人被廷杖，其中因爲十六人傷勢過重而身死，另有一大批的官員被貶被奪俸祿。嘉靖帝也如願以償的將他的父親追封爲皇帝，並將其附祭於明朝的太廟，牌位居於武宗之上。
嘉靖在這場爭論當中明白了許多的道理，他雖然沒有得到羣臣的支持，但卻憑藉着手中的權力達到了自己的根本目的，這使他感到朝臣們也不過是他手中可以任意玩耍的棋子，一切全都由他任意擺佈，他可以爲所欲爲，羣臣的諫諍根本就傷不了他的一根毫毛。這次爭論還使得他變得更加的剛愎自用，同時，這次棒杖加高壓的方法，讓他使用得那麼得心應手，以後還怕有誰敢反對嗎？在他看來，朝臣的廷議是形同虛設，一切皆由他一人決斷，於是他對朝政是越來越不關心，只是隨意下令處理各種朝政，到了後來連早朝也不上了，大臣們有的甚至幾年也見不到皇帝的一面了，久而久之，便形成了奸臣專權，朝政混亂的局面。其實他的那位皇伯父孝宗皇帝能夠當上皇帝也是相當的不容易的，孝宗的父親憲宗皇帝在大婚之後，並不貪戀吳皇后的青春美色，而是常常宿在嬪妃萬氏的宮中，這使得吳皇后是又氣又羞，她不明白，自己是哪一點兒比不上徐娘半老的萬妃，無論是姿色才學還是門第修養？她更不明白的是，比皇帝年齡大十九歲之多的萬妃是用什麼手段把皇帝的心死死栓住的呢？
（本章完）