李淵看到橋公山和爾朱煥的奏摺後，頓時大怒，立即以別的事情爲藉口，寫了親筆詔書傳召李建成，讓他前往仁智宮。
李建成這時已從妃嬪處得知，他這時被橋公山和爾朱煥告發了，所以心中害怕，不敢前去。
太子舍人徐師謨這時勸李建成佔據京城，發兵起事，但詹事主簿趙弘智卻勸李建成免去太子的車駕章服，屏除隨從人員，主動到李淵那裡去承認罪責。
李建成在思考多時後，最終還是決定前往仁智宮，發兵舉事這種事，風險實在太大，在這倉促之下，李建成覺得勝算太小，所以纔沒有採納。
還沒有走完六十里的路程，李建成便將所屬官員，全部留在沿途的堡柵中，只帶了十多個人騎馬前去進見李淵，向李淵伏地叩頭，承認罪責，期間把身子猛然用力撞了出去，弄得幾乎暈死過去。
但是，李淵的怒氣仍然沒有消除。這一天夜裡，李淵將他放在帳篷裡，給他麥飯充飢，讓殿中監陳福看守着他，派遣司農卿宇文穎速去傳召楊文幹。
同時，李建成也讓殿中監陳福派人向楊文幹傳信，讓楊文幹稍安勿躁，等過幾天后，他讓李淵的怒氣消了之後，一切便都好說。李淵的性情如何，李建成的心裡是十分清楚的。
然而陳福派去的信使卻走在半路之時，將信件莫名的丟失了，所騎之馬也被馬賊所偷，所以許久後未能到達慶州。
而司農卿宇文穎來到慶州後，將事情的原委全都告訴了楊文幹，並向楊文幹道：“陛下召楊都督前去仁智宮，肯定是要將楊都督關押候審的，而太子又已被囚禁了，傳聞陛下似乎有了廢東宮而立晉王的意思，楊都督與東宮的前途已是相當的不妙啊！”
楊文幹臉色一陣鐵青，然後一拳擊在了桌面上，然後叫人將宇文穎帶了下去，隨後升帳召集將領，沉聲道：“陛下昏庸，現在打算行廢黜之事，太子地位不保，我們都是從東宮出來的人，不能坐視不理，爲今之計，唯有起兵清君之側了！”
武德四年四月，楊文幹於慶州起兵造反。消息傳到仁智宮後，李淵立即就先行派遣了左武衛將軍錢九隴和靈州都督楊師道進擊楊文幹。
四月十六日，李淵傳召李隱商量楊文幹叛亂之事。
李隱道：“楊文幹這豎子竟敢做這種狂妄叛逆的勾當，想來他幕府的僚屬應當已經將他擒獲並殺掉了。如果不是這樣，就應當派遣一員將領去討伐他。”
李淵道：“不能這樣，楊文乾的事情關連着建成，朕恐怕響應他的人爲數衆多，你最好親自前往平叛。”
李隱聽後，便答應了下來，準備親自率兵馬去討伐楊文幹。
仁智宮建造在山中，李淵擔心楊文乾的亂兵會突然發難而至，便連夜率領擔任警衛的軍隊從南面開出山來。
走了數十里地的時候，太子東宮所屬的官員相繼到來，李淵讓大家一概以三十人爲一隊，分派軍隊包圍、看守着他們，第二天，李淵才又返回仁智宮。
楊文乾造反後，突然襲擊並攻陷了寧州，驅趕劫掠官吏與百姓出城，佔據了百家堡，聲勢很是不小。
這時的楊文幹，有兵馬近兩萬多人，一時間只覺得天下的事情，自己皆可爲之。
然而，當李隱親自的軍隊來到寧州以後，楊文乾的軍心便立即動搖了。
李隱是誰？他可是大唐的軍神！
薛舉、李軌、劉武周、竇建德、王世充這些割據一方，威震天下的人物，可都全都是栽在他的手上的，楊文幹能比得了薛舉、李軌、劉武周等人？
沒有一個人相信楊文幹勝得了晉王李隱。
這天，李隱派人到楊文幹軍營附近喊道：“主動離棄楊文乾的，晉王可以既往不咎，若是誰繼續執迷不悟的，就將承受晉王的怒火！”
此言落下後，楊文乾的軍營先是沉默了一小會，接着部衆便紛紛潰散，楊文幹拼命制止而不得，最後反被自己的部下殺死。
李隱於是就這樣沒動一兵一卒，就輕鬆的平定了這場楊文幹之亂。
李隱派人將楊文乾的頭顱傳送京城後，接近了被楊文幹軟禁起來的宇文穎，若不是宇文穎的出言相激，楊文幹這傢伙也沒不會這麼草草起兵造反了……
當李隱帶兵出發前去平楊文干時，李元吉與宮中的嬪妃輪番替李建成講情，封德彝又在外朝設法解救李建成。
於是，李淵改變了原意，又讓李建成回去駐守京城，只以兄弟關係不睦責備他，將其中的罪責全都推給了太子中允王珪、左衛率韋挺和東宮兵曹參軍杜淹，將他們一併流放到了洺州。
杜淹是杜如晦的叔父。
杜如晦的叔父杜淹一開始是在洛陽效忠於王世充的，杜淹與杜如晦兄弟一向不和，還進讒言殺了杜如晦的兄長，之後又把杜如晦的弟弟杜楚客關了起來，幾乎餓死，但杜楚客卻始終沒有怨恨。
待到平定了洛陽，杜淹應當處死，杜楚客痛哭流涕請杜如晦救杜淹，杜如晦不答應。
杜楚客說：“過去叔父已經殺子大哥，如今兄長又要殺叔父，一家人自相殘殺而死光，豈不令人痛心！”說着要自殺，於是杜如晦替他向李世民請求，杜淹因此這才免於一死。
而在那之後，杜淹覺得待在洛陽無升遷機會，於是就到了長安，投入了東宮門下，擔任東宮兵曹參軍一職位，以爲從此官途一片光明，誰知卻在這時莫名的做了替罪羊。
楊文幹事件，雖然最後的結果是不了了之，但李建成的威信卻就此大受打擊，而且損失了鎮守一方的親信，軍事力量也大爲減弱，而短時間內，李淵只怕是不會再同意讓屬於東宮的人鎮守在長安附近的了。
而且楊文幹事件，也是將李氏兄弟之間你死我活的局面，徹底的擺在了有心人的面前，百官站隊黨爭也開始愈演愈烈了。