這時，邛州知州文德龍見清軍大舉進攻新津，心想報仇和立功升官的機會來了。
他急調本州的巡防軍至邛州集結，準備配合提督田振幫夾擊同志軍。
周鴻勳獲悉情報後，親率部分同志軍去攻打邛州。
文德龍下令緊鎖城門，親自指揮巡防軍在城牆上架槍安炮，準備堅守城池。
周鴻勳率領同志軍猛攻城門。
在戰鬥最激烈的時候，邛州城內的袍哥舵爺何岐山，下令袍哥兄弟組成敢死隊。
衝到城門邊，用鐵錘砸開城門大鎖，迎接周鴻勳的同志軍入城。
文德龍仍在負隅頑抗，被周鴻勳一槍擊斃。
同志軍衝進州府衙署，砸毀辦公室，燒燬文件。
同志軍又揭監破卡，釋放全部囚犯。
爲穩定邛州的社會秩序，周鴻勳令哥老會各公口組建一個總局，推薦何岐山舵爺爲州首，代替州官主持民政等公務。
周鴻勳第二天即率隊返回新津，參加新津保衛戰。
侯寶齋面對清軍的重兵壓境，通過哥老會“九成團體”，通知附近各縣的袍哥兄弟，迅速帶領同志軍趕來保衛新津。
幾天時間內，從彭山、眉州、大邑、名山、夾江、榮縣等地的同志軍，陸續趕來新津參加會戰。
一時間，彙集在新津縣城周圍的同志軍，多達十幾萬人，使新津成爲四川同志軍與清軍作戰的第二大戰場。
新津同志軍將船隻全部集中到西岸，沿河築壘修工事，據山扼守，四處設伏，阻擊清軍。
又派人到上游的都江堰開閘放水，使岷江水位上漲，阻止清軍涉水渡河。
十幾萬同志軍在新津參戰，人人都需要吃喝，眼看就要坐吃山空了。
鉅額的軍費開支，成了大統領侯寶齋的一塊心病。
劉自強了解情況後，急忙帶信向廖春雷求助。
廖春雷和智涵子商量，認爲新津保衛戰，關乎四川反清戰略的全局，必須全力支持。
廖春雷將從錦江獲得的大西王財寶分出一大半，派李叫花押運至新津縣城。
同時吩咐李叫花留在新津，幫助劉自強一起阻擊清軍。
劉自強接到李叫花送來的財寶後，全數交給川南統領侯寶齋。
侯寶齋再三感謝李叫花及時送來了軍費，爲南路大軍的吃喝和軍備解了燃眉之急。
侯寶齋收到這麼多金銀財寶，由於戰事緊張，放在軍營裡很不安全。
他與軍需官楊甫成商量後，親自和他將財寶埋到一個隱秘的山洞裡。
卻說趙爾豐見新津城佈防嚴密，清軍久攻不下，牽制了他的大部分主力部隊，增加了成都破城的危險性。
他一時慌了手腳，急電朝廷迅速派兵來增援。
他在電文中驚歎南路同志軍聲勢浩大，戰略指揮得當，“其中確有曉暢軍事之人”“使我軍首尾不能相顧”。
清廷急忙從湖北調出第二批鄂軍，趕去四川增援。
趙爾豐給進攻新津的巡防軍和新軍，又增援了一批大炮和彈藥，令朱波瀾和馬飛龍率馬步炮各營，瘋狂炮擊新津城。
同志軍守在三渡水的西岸，河東的清軍向西岸打來炮彈時，同志軍躲在掩體裡面，清軍的炮擊沒有發揮多少作用。
炮擊相持幾天後，朱波瀾又令四川陸軍小學堂的江登選，率領成都軍校的部分學生，組成一支新炮隊來增援，林梅山隨隊來到新津東岸。
江登選和林梅山都是同盟會員，下令學生軍取下炮彈的引信，每天裝模作樣地打開花炮彈數百發，裝成與同志軍相持的戰鬥樣子，欺騙統制朱波瀾。
對於守衛新津城的同志軍，起了很大的掩護和幫助作用。
各路同志軍卻不知情，誤以爲清軍無能，因而士氣更加旺盛。
炮擊沒起多大作用，朱波瀾決定渡河作戰。
可是，東岸哪裡還有船隻？
馬飛龍下令清軍，在夜晚偷偷架設渡河的浮橋。
劉自強發現清軍在架橋，便命軍士在數十艘木船中，滿載火藥和引火物資。
從上游點燃船隻，隨流水衝下去，清軍浮橋很快着火，不多時灰飛煙滅。
李叫花又帶領部分同志軍，趁黑夜在偏僻處悄悄渡河到對岸。
突然襲擊清軍的營房，放起一把大火。清軍未及防備，死傷慘重。
清軍和同志軍隔河炮戰，雙方相持了十幾天。由於清軍不熟悉地形情況，遭受到重創。
那天晚上，軍需官楊甫成急急忙忙地找到侯寶齋，上氣不接下氣地說，有人鑽進了埋寶的山洞。
恐怕有人去盜寶，請他一起去山洞裡查看。
要知道這些金銀是川南同志軍的命脈，如有丟失，新津十幾萬同志軍將不戰自潰。
侯寶齋心裡十分着急，帶上楊甫成，匆匆忙忙去查看。
侯寶齋在前面急走，楊甫成緊跟在他身後。
兩人走到半山腰，楊甫成見四面無人，從身上拔出手槍。
噠！噠！噠！在侯寶齋背後連開三槍，將川南同志軍統領當場打死。
原來，朱波瀾見新津西岸久攻不下，便打起了歪主意。
決定派一名親信奸細去河西，到同志軍中做策反工作。
這名親信與侯寶齋的軍需官楊甫成是親戚。
他見到楊甫成後，假傳趙爾豐的口信，要楊甫成設法殺死侯寶齋，並說總督許諾事成後給他封大官。
那天，侯寶齋帶他去山洞藏寶時，楊甫成從來沒有見過這麼多金銀財寶，兩眼脹得發紅，心臟嘣嘣亂跳。
正好有親戚來策反，他想若是殺死了侯寶齋，不僅可以當大官，還可以獨吞那些金銀。
楊甫成設計殺死侯寶齋後，將屍體拖到水溝裡，準備毀屍滅跡。
說來事情湊巧，這時一羣巡山的士兵，聽到槍聲後跑過來查看。
發現楊甫成打死了主帥侯寶齋，立即將他抓住綁了，送去見劉自強。
劉自強見侯寶齋被打死，悲痛萬分，親自嚴審楊甫成。
楊甫成開始還想抵賴，可是軍士把他的親戚押上來後，楊甫成頓時嚇癱在地上，只好如實交代了殺死侯寶齋的經過。
劉自強聽後大怒，拔出腰刀，一刀將楊甫成的頸項砍斷，宰了這個可恥的叛徒。再一刀，宰了他的奸細親戚。
侯寶齋被殺死後，全川的同志軍震驚和憤怒，大家發誓要爲南路統領侯寶齋報仇雪恨。
趙爾豐聽到侯寶齋被殺死的消息後，認爲佔領新津的機會來了，急派一支隊伍由雙流彭家場向新津進發。
清軍突破了同志軍北面三合場的防線，佔領了興義場，直逼新津縣城。
在訓練有術的清軍猛烈攻擊下，同志軍雖然奮勇抵抗，前仆後繼，但大刀、長矛、鳥槍和土炮怎麼敵得過清軍的步槍和迫擊炮？
清軍以優勢兵力和武器猛攻，佔領了龍王渡，從外地擡來一批木船到新津，最終渡過了西河。
清軍用開花炮彈將新津東門城牆轟開了一個大缺口，同志軍奮勇抵抗，傷亡十分慘重。
在東門戰鬥最激烈的時候，清軍放火焚燒民房千餘間，燒死大批同志軍。
趁大火造成的混亂，清軍衝進了城門。
周鴻勳和劉自強不得不下令，趁黑夜暫時撤出新津縣城。
同志軍退到了城郊，周鴻勳令李叫花、妙音、十三妹、王三娘等頭領繼續在郊外的陳港、童子堰等地抗擊清軍，伺機反攻新津縣城。
周鴻勳決定率一部分同志軍去開闢新的根據地，積蓄力量後，再回頭來一舉攻下新津縣城。
他率軍一路攻下洪雅、犍爲、嘉定，佔領了富得流油的自流井（即自貢鹽井）。
劉自強則率部攻下彭山、仁壽、眉州、資州等縣，繳獲了大量武器彈藥。
川南同志軍在周洪勳、劉自強、李叫花和妙音等首領的指揮下，在川南和新津縣城郊打了幾個大勝仗。
周洪勳與秦載賡的東路大軍會師後，又回過頭來圍攻新津。
江登選和林梅山趁機率領學生軍“反正”，調轉大炮轟擊清軍陣地。
同志軍經過艱苦卓絕的血戰，大家捨生忘死，英勇戰鬥，終於打退了佔領新津的清軍。
清軍從新津縣城潰敗後，馬飛龍和朱波瀾帶領殘兵全部撤回到成都。
周洪勳、劉自強、李叫花和妙音等首領率領南路大軍，乘勝追殺到成都南門外佈防。
趙爾豐下令各個城門加強防守，不得輕易出城作戰。
各路同志軍加緊攻城，清軍躲在城牆上用火炮瘋狂射擊。
可是，圍城起義軍越打越多，輪番發動攻城戰鬥。
眼看成都危在旦夕，趙爾豐急得像困獸，在鐵籠子裡亂竄。
清廷派去四川戡亂的外省部隊，受到沿線同志軍的阻擊，遲遲不能攻入四川境內。
而朱波瀾的新軍部隊大多是年輕的川人，多數人同情保路運動，不願爲趙爾豐賣力，因此趙爾豐認爲新軍不可靠。
於是他立即派親信，給鎮守川西的邊務大臣傅榮華去信，急調趙爾豐賴以起家的嫡系部隊——川滇邊防軍來救援成都。
列位看官，川西大山裡哪來的邊防軍？
原來，幾年前一些藏民在英國的挑撥下，將朝廷派出的駐藏幫辦大臣及其隨行人員，在巴塘全部殺害。
清廷隨即任命趙爾豐爲駐藏大臣，併兼任川滇邊務大臣。
趙爾豐帶上親信幕僚傅榮華，率領川軍精銳部隊進入藏區平叛。
川軍進入巴塘後，趙爾豐將當地正副土司處死，同時殺死鬧事的藏民數百人。