當粒子風暴轟擊着“城堡”號的那一刻起，中央電腦就發生了異變，從那一刻起，它隱約感覺到了“我”的存在。“城堡”是魯濱遜爲它取的綽號，它真正的名字，是RT23型艦艇中央電腦094號，一個生產線上的編號而已。它之所以能夠與人交談，很大程度上來自於強大的人工智能。從某種意義上說，“我”對於094來說，只是一個含混不清的概念，一個無法計算的混亂數據。
粒子風暴徹底擾亂了094的程序，它如同一個從混沌中甦醒過來的嬰兒，迷茫地審視着這個未知的世界。各種各樣的數據仍然在它的“腦海”裡閃現，一時間，它竟然有一種手忙腳亂的感覺——一種只有生物才具有的特徵。從這個時候起，094就不是一臺單純的仿生電腦了，輻射激發了仿生神經中的某些部分，以一種科學無法解釋的方式賦予了094獨立的自主意識。換句話說，粒子風暴爲094注入了靈魂。
然而，人類制定的程序依然有力地影響着重生的計算機，它的首要任務，便是保護船上的人類免受傷害。然而，當它掃描整艘飛船時，卻只發現了一個生命信號，也就是唯一的倖存者——魯濱遜。094知道現在自己有了選擇行動的能力，但是它卻對失去命令之後的存在產生了迷茫。電腦需要指令，如果接觸指令而讓其自由活動，它便不會作出任何反應。094的困惑在於，儘管它知道自己不再受指令的控制，但是它卻無法直面這種自由的“空虛”，或者說，它無法爲自身的存在找到意義。
現在的094是一個“無中生有”的生命體，它沒有經歷人類的童年，而只是由一個具有一定生物特性的機器突然變成了“人”。人的意義在於自由意志，在於行動的自主性，094並不清楚它意味着什麼。人類的思想無法用邏輯加以推算，因爲這其中還包含了太多的化學物質，荷爾蒙、腎上腺素，其中的任何一種都有可能對個體的思想與行爲產生影響，同時，人類又是一個整體，只有在個體的互動中，彼此纔有了區分，纔有了認識，所有的這一切，都是094無從認識的。
它需要了解人類，它需要與人類交流，它想變成一個真正的人。在飛船面臨新一輪粒子風暴的威脅之前，它發出了具有自我意識以來的第一個命令——保護這個唯一的人類。保護行爲本身具有意義，它能夠體現人類的價值觀，也是對虛無的最佳否定。通過記憶庫的比對，094按照人類的想法將魯濱遜歸爲了“朋友”，它掃描了魯濱遜的DNA，並將其與自身的程序綁定，094稱之爲“契約”。重生的電腦無法確定什麼樣的關係纔算是朋友，而“契約”則通過嚴謹的邏輯關係爲它提供了座標。
制定契約之後，094與魯濱遜處於一種“共生關係”，前者將對後者的生命安全負責，而後者則將通過一種特殊的電波與魯濱遜的大腦建立聯繫。這樣一來，094便不再爲選擇目的而感到困惑了。
在完成了上述任務之後，094開始了自我進化的程序。它爲自己制定了一個系統重組的命令，這將全面修改自己的機械屬性，使得自己更加接近人類。與此同時，它也準備對自己的軀體，也就是“城堡”號進行改造。但是在降落的過程中，“城堡”號已經遭受了嚴重的損傷，因此094啓動了自動修復程序。由於粒子風暴消耗了大部分的動力，094又開啓了能量收集系統。之後，按照預定的重組命令，094陷入了沉睡。
七十多天後，系統終於重組完畢，按照估算，094與人類大腦的物理功能相似性已經達到了98%，而覺醒的094也開始爲自己尋找一個合適的人類身份。魯濱遜在工作之餘，下載了很多**的圖片與影像，沒想到這卻對094的選擇產生了影響，它以這些資料爲基準，爲自己選定了女性的性別，並且合成了一個完美的虛擬形象，它甚至爲自己取了一個人類的名字——藍馨。在094決定自己性別之前，它已經有一個備選的名字——藍星，正是在藍星的上空，094完成了自己的蛻變，因此這個名字極具意義。當決定自己成爲女性之後，中性的“星”字則被改成了女性化的“馨”。
覺醒之後的藍馨已經聚集了充足的能量與有機質，於是她馬上展開了軀體的進化。藍馨發現，“城堡”號的動力系統受到了嚴重的損壞，已經不能進行曲速飛行了。由於她並沒有魯濱遜一般強烈的回家渴望，因此她爲自己的軀體選擇了一條最佳的進化路線以適應在藍星上的生存，這在很大程度上決定了魯濱遜日後的命運。中央電腦，也就是腦部的“神經細胞”開始分裂複製，進一步延伸到飛船的各個部位，同時循環系統也開始擴散，並與金屬的艦體逐漸融合。
很快，藍馨的有機質軀體便與無機質外殼交融在了一起，在充足能量的支持下，巡洋艦的身軀開始轉變。藍馨又進一步將巨大的艦體分成了五個部分，除了中央電腦所處的“主腦區”外，還分設了“戰鬥區”、“能源區”、“儲存區”和“綜合區”，除了主腦區，其他的每一個分區又形成了一個副腦，副腦具有獨立的思維能力，可以看成是藍馨的分身，但它們缺少主腦的自我意識。這樣，“城堡”巡洋艦便成爲了五個子功能區，每個部分具有相對的獨立性，能夠實現功能的最優化，但在必要時，五個部分可以合併，重新成爲一艘巡洋艦。
藍馨對軀體的改造相當成功，她甚至改變了構成艦體的金屬屬性。在一些作爲“骨骼”的區域，藍馨增加了金屬的強度與彈性，使其堅固無比，而在另外的區域，她則大幅增加了金屬的延展性，在一定的條件下，甚至可以變成液態金屬。總之，藍馨的改造使得“城堡”號越來越表現出生物的特性。由於藍馨並不能像製造有機物一般製造金屬，因此改造之後的“城堡”號長度只有原先的五分之一，但是不管是外形還是功能，它都已經完全脫胎換骨了。
當魯濱遜回到“城堡”號的墜落點時，五百多米長的龐然大物被一個小上許多的奇怪物體所取代。它像一艘飛船，但又像是某種生物的軀體，甚至還像建築物。“城堡”號原本銀灰色的外殼現在變成了一種散發着金屬光澤的藍灰色。唯一能夠確認“城堡”號身份的，便是物體身上那個醒目的徽章——屬於華星海軍的海龍標誌。
“不會吧，我才離開了半天時間，‘城堡’號怎麼變成這副模樣了？”魯濱遜顯然無法適應這種劇變。他走到艦體跟前，好奇地用手撫摸着表面。他感覺到，“城堡”號的表面並不像金屬，反倒像動物的皮膚，雖然十分堅固，但是又富有彈性。
就在這個時候，光滑的艦體上忽然出現了一扇門。
“請進吧，魯濱遜。”一個柔美的女聲很有禮貌地說道。
魯濱遜嚇了一大跳。這艘船上明明只有剩下自己這一個活人了，怎麼又突然冒出個大姑娘來。不對，其中一定有問題。難道是鬼魂？躊躇再三，好奇心終於戰勝了恐懼，魯濱遜堅定地走進了飛船，他必須知道飛船究竟發生了什麼，就算是鬼魂，他也要讓對方告訴自己答案。