故事應該從很久很久以前說起......
億萬年前的上古時代，人族與萬族在經歷了開天戰爭後終於成功封印了上古之神。古神被封印後，陰陽二氣開始不斷分離，人族與萬族也迎來了最初的和平發展時期。
萬族的力量來自靈魂，崇尚靈力的他們將棲息地安置在了森林，山脈，湖泊，洞穴等自然之中。人族的力量則來自肉體，雖然在開天戰爭中有數百位人類突破了肉體的極限取得了遠超萬族靈魂的力量，但付出的代價實在是太大了。這種突破肉體極限的概率本就不大，再加上極高的致死率。深思熟慮後，人族作出了發展科技放棄肉體突破的決定並將棲息地安置在了平原。
上古時代共有六位聖人，那是在開天戰爭中帶領兩族取得勝利的核心人物，也是兩族中最爲強大的存在。在古神封印結束後，六位聖人根據生活方式的不同建立了不同體制。人族這邊，在人皇伏羲，妖皇女媧，地皇后土三位聖人的幫助下成立了世界政府。萬族這邊，則在東皇太一，天皇帝俊，鳳皇羲和三位聖人的授意下組建了最高評議會。
世界政府，最高評議會分別代表了兩族最高的權力機構。組織中的天才數不勝數，個個都是層層篩選出的精英。他們的目的只有一個，那就是快速發展自己的部族。蒸汽時代，原子時代，信息時代，生物時代......在兩族天才們的努力下，科技鏈出現了一次又一次的技術爆炸。
正所謂屠龍者終究會成爲惡龍，兩族在經歷了數百年的和平發展後，野心與慾望開始逐漸膨脹。
首先是對武器的研究，起初是爲了做好應對‘古神的封印解除’，到後來的‘防止外星人入侵’......兩組織在某個條約的約束下開始在外星球實驗那些凝聚了兩族頂尖科技的超時代武器。
當時的地球人已經具備了可以在太陽系航行的能力，爲了不波及到地球同時又能即時地接收實驗結果，兩族將實驗基地放在了太陽系的第五顆恆星‘法厄同’上。
前期的實驗都很順利，無論是反物質武器，靈魂武器。還是兩者相結合的魂器都遠遠得超出了預想結果。可漸漸地，被慾望矇蔽雙眼的組織高層竟妄圖染指被封印的古神。於是，在一個月黑風高的夜晚，世界政府與最高評議會派出刺客潛入了古神聖殿並在神不知鬼不覺下偷偷盜取出了三大古神的碎塊。
可能是時間沖淡了人們對古神的畏懼，要知道，那可是統治了地球整個上古時期，六大聖人聯手付出了巨大代價才勉強將其封印，絕對混沌的存在。即便是碎塊，也是極爲恐怖的存在。果然，實驗當天，悲劇發生了。已經失去活力的古神碎塊突然開始生長並腐蝕了在場的全部科研人員......
那是一場極其慘痛的科研事故，法厄同行星被炸得粉碎，行星的碎塊變成了未來的小行星帶，星球上的科研人員無一生還。這還不算完，死去的靈魂與肉體在古神碎塊的影響下逐漸變成一團名爲‘阿撒託斯’的恐怖造物。直到人皇伏羲的到來，纔將其驅逐出太陽系。
法厄同事故的嚴重性甚至驚動了聖人，萬族爲首的三個聖人直接廢除了最高評議會並處決了全部長老。東皇太一，天皇帝俊，鳳皇羲和，萬族的三位聖人聲稱將會成立代行組織以替代被抹去的最高評議會。至於代行組織的成員，他們會從旅途中找到。沒多久，萬族的三位聖人便開始了他們長達數個世紀的旅行。
人族這邊卻截然相反，世界政府雖然揹着聖人們染指古神，然而經過數百年的變遷，人類對世界政府的忠誠度已經完全高於人族的三位聖人......即便這些聖人曾帶領他們的祖先取得開天戰爭的勝利，即便這些聖人曾帶領他們的祖先擺脫古神的奴役，取得了自由......
最終，在輿論聲中，世界政府的處決不了了之。其實，沒有人注意到的是，兩族在盜取古神碎塊時，已經在無意間沾染了古神的氣息。這種氣息就像病毒一樣，無聲無息地開始在棲息地裡傳播並慢慢放大兩族心中的慾望......
時間有陸陸續續地過了幾百年，人族與萬族雖還在繼續發展，但萬族因爲失去了三位聖人與最高評議會，沒多久便被人族超越。科技差距的拉開，也讓某些人心中的黑暗逐漸浮出水面。
時歷上古時代末期，萬族的三位聖人終於從長途中歸來。與三聖一同回到萬族聖地的還有一位名叫通天的男人。萬族人對通天並不陌生。雖然在開天戰爭中是由人族與萬族的六位聖人帶領兩族取得了勝利，但兩族中不乏有着僅次於六位聖人的能人志士。像祝融，共工，鯤鵬等都是赫赫有名的強者。三清之一的通天更是其中的佼佼者，在開天戰爭時憑其獨創的誅仙劍陣立下了無數戰功。據說如果不是戰爭結束，通天也許會成爲第七位聖人。
據萬族三聖所說他們在通天的身上看到了萬族的未來並決定要讓通天成爲代行組織的首領。萬族的其他人卻不這麼認爲。三聖已經離去了幾個世紀，在這幾百年中人類的發展已經遠遠超過萬族。在實力的絕對碾壓下已經發生了無數次萬族同胞慘遭不平等對待甚至是被殺害的事件。通天即便再強大，本質也是人類，如果讓其成爲代行組織的首領，萬族很有可能將會在未來的某天被人族徹底消滅。討論一時陷入了僵局......不曾想，還沒等萬族討論出結果，通天就做出了一件改變世界的事。
通天自幼父母雙亡，少年時解救了三個萬族女孩。女孩們雖然是在古神的滋養下長大的異族，但心地善良的通天還是收留了她們併爲三人分別取名爲雲霄，瓊霄，碧霄，也就是後來的三霄。兄妹四人一起生活，一同戰鬥，直到封印上古之神。通天終於成爲了三清之一，三霄也長成了亭亭玉立的美人。本以爲古神被封印後兄妹四人會迎來和平安寧的生活，不曾想，通天旅途歸來後三霄竟然出事了......
等通天趕到時，雲霄正在豐都城最大的一座青樓中**着。據知情者透露，雲霄被拐賣到豐都城後遭受了無數非人的虐待並被訓練成了第一名妓。瓊霄與碧霄則被賣給了世界政府的研究機構。年紀最小的碧霄最爲機靈，以一對翅膀的代價從機構中逃了出來。而瓊霄......各個器官已經被肢解出體外的瓊霄竟然沒有死去，身上的管子正不停地從體外的臟器中抽着什麼液體，據說這種痛苦已經持續了幾十年......
通天爆發了......盛怒之下的通天屠殺了整座豐都城，主謀們更是被通天抽出靈魂釘在柱上焚燒。靈魂燃燒的哀嚎聲響徹豐都，據說直到百年後靈魂纔會燃燒殆盡，而豐都城最終也變爲了鬼城酆都。
然而，通天的憤怒並沒有平息，尤其在看到瓊霄的慘狀後，通天徹底失控了。雖然旅行的一路上他也見到了人類所做的殘忍之事，但他怎麼也想不到人心竟然可以黑暗到這種程度，他開始覺得自己當初拯救人族擺脫古神的奴役是否正確。尤其一想到妹妹們這些年的慘狀，這股對人類的恨意便更爲突出。
滔天的能量席捲了整個盤古大陸，失控的能量直接以世界政府爲中心撕碎了盤古大陸。是的，大陸板塊在億萬年前確實是連在一起的。只不過在這次衝擊下被撕裂成六大板塊，又經過了數億年的板塊漂移，纔有瞭如今地球七大洲的模樣。
這是一場毀滅性的事件，人族三聖一齊出手才制止住了失控的通天。人類雖然沒有滅亡，但在這場衝擊下文明直接倒退回了農耕時代。爲了留住人類文明種子，在冰河期到來前人族三聖耗盡最後的能量，將人類基因埋藏在海洋後陷入了長眠。萬族三聖則將未受波及的萬族帶到了他們旅行中發現的一處與世隔絕的靜寂之所，也就是後來的陰間。
三霄靈魂的特殊性不會破滅，遲早有一天會再度轉世。爲了能再次遇到她們，恢復理智的通天選擇了隱姓埋名，沒入塵世......
上古時代結束了，人類的文明又從海洋中重新開始。單細胞生物，兩棲類，人猿，智人，古代人......雖然出現了幾億年的文明斷層，但憑藉基因中對祖先的記憶人類還是重新發展了起來。
而通天，在等待漫長歲月後通天終於等到了三霄的轉世。不曾想四人的相遇竟又是以悲劇收尾，只不過，這次，是通天選擇了犧牲自己......
上古時代......
古代......
近代與現代......
通天與三霄的靈魂繾綣旖旎，據說直到現在，他們的靈魂仍舊糾纏不清......