佩德羅二世簽署退位詔書的消息擴散到皇宮之外，加西亞上將、埃貝爾中校、洛雷託男爵等部分保皇黨軍官察覺到，里約熱內盧城內的局勢已經無法逆轉，因此，以加西亞上將爲首，幾支分散的保皇黨軍隊趁着城內混亂的時機，迅速聚集在一起，護送着巴西帝國皇儲伊莎貝拉公主和她的丈夫伊尤伯爵離開里約熱內盧，然後登上五艘保皇黨控制的軍艦，啓程前往巴西北部地區。…………
軍事政變發生後的第四天上午，共和派、民主派兩方聯合宣佈建立共和政府，推舉豐塞卡爲新政府臨時總統，共和派領袖莫拉伊斯爲議會議長，佩紹託等參與政變的將領和政府官員則分別瓜分剩下的政府要職。
共和建立，莫拉伊斯第一時間拜訪英國駐巴西公使，承諾遵守巴西帝國時期與英國達成的一切政治經濟合作，共和政府的表態贏得了英國政府的認同與讚賞，作爲迴應，英國駐巴西公使奧斯頓宣佈，英國政府尊重巴西人民的意願，承認新政府的合法性，並且願意與巴西政府就兩國的交流與合作，展開更加深入的溝通。
南美第一領土大國在幾天完成了政權的替換，隨着帝國首都政變成功的消息擴散到巴西全境，聖保羅州、巴拉那州、戈亞斯州等重要地區順利落入共和政府手中。
巴西海軍主要軍艦停靠在聖保羅和里約熱內盧兩地，加西亞上將逃離里約熱內盧的時候，利用海軍士兵們對伊莎貝拉公主的效忠，拉攏了兩艘鐵甲艦在內的五艘大型軍艦護送他們離開。
巴西海軍總共擁有五艘鐵甲艦，兩艘排水量總噸位達到7800噸的主力戰艦脫離編制，使得新成立的共和海軍戰鬥力瞬間縮水一半。
海軍是高技術兵種，巴西海軍的中高層軍官百分之八十以上出身上層階級，因爲佩德羅二世不合時宜的改革，大部分地主、貴族放棄了對他的支持，不過面對帝制統治的終結和政治權力遭受嚴重削弱的後果，約四成的海軍官兵選擇效忠帝國皇儲，期望跟隨伊莎貝拉公主打回里約熱內盧，奪回中央政府控制權。
巴西共和政府掌控海軍軍艦的行動不像掌控陸軍那般順利，1879年8月21日，300餘名海軍官兵擅自離開軍港，駕駛兩艘中型護衛艦向北部海域駛去，8月23日，七名中層軍官策劃煽動海軍士兵控制剩餘的三艘鐵甲艦投奔伊莎貝拉，結果被警覺的軍港守備司令發現，及時制止了他們的行動。
海軍人心浮動，主力軍艦噸位流失近一半，中下層軍官流失約七成，大踏步接收中部、南部各地區軍事控制權的共和派政府陡然間，遭遇到一個嚴重的挫折。
海軍實力的流失與削弱，一方面導致共和政府對海軍不信任態度的加劇，大量出身貴族家庭的海軍軍官被勒令禁止登上軍艦，剩餘的三艘鐵甲艦和十餘艘軍艦被集中到里約熱內盧軍港內，由豐塞卡派出的陸軍部隊嚴格把守港口炮臺和出入口，預防海軍投奔北方的事變再次發生。
另一方面，伊莎貝拉公主一行兩千餘人抵達
巴伊亞州首府薩爾瓦多，憑藉伊莎貝拉帝國皇儲的身份和加西亞上將、福羅伯特公爵、埃貝爾中校等保皇黨將領在軍隊中的影響力，駐守薩爾瓦多的一萬五千餘中央軍宣誓效忠伊莎貝拉公主，此後，加西亞上將和福羅伯特公爵將跟隨伊莎貝拉公主從里約熱內盧逃脫出來的軍官分派到一萬五千名士兵中，對薩爾瓦多的軍隊進行重新改編。
8月22日，軍隊修整補充兩日，滯留薩爾瓦多城內的保皇黨軍隊快速擴增到兩萬五千人，當天中午，在福羅伯特公爵主持下，伊莎貝拉公主自行加冕巴西帝國女皇，對外宣稱共和政府爲叛逆，號召巴西各地軍隊效忠帝國，消滅共和政府。
繼位大典上，伊莎貝拉女皇任命福羅伯特公爵爲帝國首相，統理帝國政務，賜封加西亞爲阿卡茹公爵，軍銜提升爲帝國元帥，擔任帝國陸軍總司令職務，賜封埃貝爾中校爲帝國伯爵，同時晉升軍銜爲少將，負責協助加西亞元帥管理軍隊。
匆匆完成帝位繼承大典，加西亞元帥與埃貝爾少將率領一萬四千餘軍隊，乘坐四十餘艘大小軍艦北上整合北部各州的巴西軍隊。
8月24日，分散在塞爾希培州、阿拉戈斯州的中央軍先後加入加西亞所部，8月25日，埃貝爾少將乘坐軍艦在伯南布哥州沿海地區登陸，當天晚上，保皇黨軍隊進入北部重鎮累西腓，6千駐守的中央軍併入埃貝爾所部。
至8月末，皮奧伊州、北里奧格蘭州、馬拉尼昂州等北部地區大部歸順保皇黨，伊莎貝拉政府名下所掌控的地區擴大到九個州，接受保皇黨指揮的巴西軍隊數量達到近6萬人。
政變迭起，共和政府和保皇黨勢力爲圖消滅對方，大肆徵兵擴張軍事實力，9月初，北方保皇黨軍隊數量擴增到8萬人，南方共和政府名下軍隊總量超過15萬。
共和政府控制着里約熱內盧、聖保路等人口密集地區，軍隊總量是保皇黨勢力的近兩倍，不過共和政府直面巴拉圭、漢國威脅。
新政府成立伊始，蓄謀已久的小洛佩斯就傾巢出動4萬軍隊，沿着聖保羅州與米納斯吉拉斯交界處突進，意圖擊潰正面的巴西軍隊，長驅直入里約熱內盧，將巴西帝國核心領土納入巴拉圭轄下統治。
在小洛佩斯孤擲一注的攻擊下，不到兩週時間，共和軍各部總共付出一萬兩千人的代價，6萬餘軍隊被調動到聖保羅州和米納斯吉州，用以阻擊巴拉圭軍隊的持續性突擊。
巴拉那州一線，和談失敗的消息傳出，漢國方面加緊向北部邊疆地區調動兵力，至九月初，巴拉那州、洛州（聖卡塔琳娜州）聚集的兩方兵力總數達到9萬人。
去除被漢國、巴拉圭牽制的兵力，用於應對保皇黨的軍力大概在7萬人左右，單一戰線方面，巴西共和政府並不佔據優勢。
1879年9月3日，保皇黨避開共和政府重點佈防的陸上防線，調派兵力搭乘軍艦直接從海上攻擊里約熱內盧，海上戰鬥呈現一邊倒的狀態，共和政府掌控的海軍與保皇黨艦隊戰鬥不到半個小時，共和政府海軍艦隊就處於絕對的下風，爲了保存共和政府僅存的海軍力量，共和政府命令海軍艦隊退守軍港，同時，根據英國與巴西共和政府的私下協議，英國英國公使奧斯頓命令遠征艦隊出動干涉巴西內戰，阻止保皇黨艦隊繼續深入里約熱內盧近海領域。
英國介入巴西兩派爭端，幫助共和政府暫時解決了保皇黨的海上威脅，但是陸地方向，巴拉圭、漢國的軍事進攻與威懾壓迫得共和政府整日提心吊膽。
9月5日，莫拉伊斯再次拜訪英國公使奧斯頓，懇請英國遠征軍調派兵力，協助共和軍阻擊巴拉圭軍隊，要求被英國公使拒絕後，莫拉伊斯鄭重向奧斯頓提出要求，希望英國政府體諒共和政府的難處，由英國政府出面，逼迫巴拉圭、漢國停止對巴西的敵對行動，重啓停戰談判。
巴西南北分裂，共和政府甫一成立就面臨被瓜分危機，爲了繼續執行南美平衡政策，減小誤判巴西內戰局勢造成的損失，英國政府被迫接受巴西共和政府請求，降低和談條件，主動邀請漢國、巴拉圭兩國參與停戰談判。