此時錦衣衛的第一批使者攜帶孟養、孟密土司的家信抵達了緬撾省。相對於袁化中的溫和改土歸流，錦衣衛的抵達就預示着以前的溫和的改土歸流將會被徹底地拋棄。
第一批來的錦衣衛的任務只是宣導要將各地土司的家眷送往京師，同時暗查土司家眷們的反應。一個月之後，孫雲鶴和帕雅攬章攜帶朱由校的聖旨抵達了緬撾省。
孫雲鶴的到來使得緬撾省的血雨腥風拉開了序幕。孫雲鶴在歷史上就是魏忠賢的“五彪”之一，做事心狠手辣。田爾耕升任錦衣衛指揮使之後，孫雲鶴也得到重用，此次田爾耕特派他最得力的助手來緬撾處理此事。
僅僅一個月的時間，孫雲鶴就在緬撾省殺了上萬人。孫雲鶴完全奉行“留地不留人”的策略，一時間，緬撾省不停出現暴亂的事情。袁化中、魏大中、甚至孫傳庭都上奏彈劾孫雲鶴。但都被朱由校留中不發。
“袁撫臺，你爲官多年，難道還不明白聖意嗎？陛下要的是土地，陛下曾言帝國的每一寸土地也不允許丟失，此地的亂民不除，何日才能出兵東籲？東籲不滅，緬撾不安。袁撫臺要當好人，那惡人就只能由我來當了，待我犁過一遍之後，袁撫臺的改土歸流自然就水到渠成了。大亂之後纔有大治！”孫雲鶴微笑着說道。
“你……”袁化中被孫雲鶴氣得都說不出話了，過了好一會才說道，“本官一定會再次上奏的。”
“哈哈……”孫雲鶴大笑道，“袁撫臺，我就在等聖旨好了，可不要等我回了京師，聖旨還沒到。”
“孫提督，本官希望你暫時能阻止孫雲鶴調動軍隊。”袁化中現在暫時只有寄希望於孫傳庭了。
“撫臺大人，孫僉事手持陛下的聖旨，末將真的無能爲力。乞活軍軍規規定，抗旨不遵者，立斬。”孫傳庭無奈地說道。
……
朱由校的縱容，使得孫雲鶴手段更加兇狠，投毒，放火，連坐等等手段無所不用其極。僅僅半年時間，孟養、孟密兩地人口就縮減了一半。緬撾的百姓談孫雲鶴色變，小兒聞之不敢夜啼。孫雲鶴手持聖旨辦事，袁化中根本拿他沒有辦法，而且現在緬撾、山西、河北三地的巡撫都已經沒有了兵權。袁化中見事不可爲，甚至向朱由校請辭。
袁化中的手段太過溫和，的確不適合治理緬撾省這樣的地方，袁化中的請辭，朱由校毫不猶豫就同意了。繆昌期被派出接任緬撾巡撫一職。繆昌期東林後七君子之一，在五十三歲才考中進士，後與東林黨人來往密切，成爲東林黨中的一員。在歷史上，繆昌期在監獄中受盡酷刑而死，其死狀在明朝兩百七十年餘年曆史裡翰林院詞臣中最爲慘烈。
朱由校之所以派繆昌期前往緬撾省，他知道待繆昌期抵達緬撾省之時，孫雲鶴的事情已經辦得差不多了，正好讓繆昌期來實施改土歸流。
果然在繆昌期抵達緬撾省的時候，孫雲鶴已經啓程回京師了。整個緬撾省百姓最少在表面上已經被孫雲鶴殺得像羔羊一樣溫順了。孟養、孟密兩地的人口驟減，使得繆昌期一到緬撾省，就不得不請求從四川移民。
孫雲鶴走了，卻給繆昌期留下一筆鉅額的財富，這筆財富就是女人。這批女人原本是要發配到四川去的，但是孫雲鶴在緬撾省所作所爲，讓雲川兩省的巡撫都不願意配合，最後這批女人全部被留在了緬撾省。在這個男女比例已經失衡到令人髮指的年代，女人的確比金銀對男人更有誘惑力。這讓繆昌期的移民計劃實施得還算順利。
帕雅攬章也被孫雲鶴的血腥舉動給嚇到了，在帕雅攬章的心中，大明帝國一直都是溫文爾雅的，這是他第一次見識到大明帝國的雷霆手段。這使得孫傳庭對老撾宣慰司的軍隊整改得到了他全力配合。帕雅攬章還親自負責老撾宣慰司的改土歸流。
孫傳庭在緬撾省組建了大明第一支十萬人的山地軍，軍隊千總及以上的官員都來源於乞活軍，而軍隊的組成主要來源於緬撾、雲南、四川三省的漢族及少數民族。其中少數民族佔了六成。提督一職由新軍中成長起來的姚元軍擔任。
天啓八年四月十一日，南贛起義軍奪天王，建號永興元年，率衆攻破安遠縣城，劫庫放囚。巡撫洪瞻祖報聞。
朱由校收到這個消息的時候，心裡是極其不爽的，明亡實際上就是亡於這些起義軍的手裡。他拼命的推行新政，就是想杜絕這類事件發生，可沒想到最後還是發生了。
“南贛賊人作亂之事，衆位愛卿有什麼看法？”朱由校問道。
“南贛賊人作亂已經被巡撫洪瞻祖平息，此乃是芥蘚之疾而已，不足爲慮。”魏廣微說道。
“又是芥蘚之疾，什麼都是芥蘚之疾？難道不知道芥蘚之疾有時候也有要命的嗎？”朱由校氣憤地說道。
“請陛下息怒，臣失語了。”魏廣微沒想到朱由校突然間會暴跳如雷，他跪倒在地說道。
“起來吧！”朱由校冷聲說道，“朕以爲新政之事不能再拖了，尤其是削藩之事，不能再拖了。朕都主動繳稅了，這些藩王到現在居然都沒有一個主動繳稅的，真是不知死活。”
“陛下，臣以爲此事需從長計議，此事實施不當，定會招致各地藩王的反彈，甚至可能會引起造反。”高攀龍站出來說道。
“從長計議，又是從長計議！再計議下去，不是藩王造反，而是這天下的百姓要造反了。”朱由校氣憤地說道。