各路官軍好不容易纔算是控制了登州城，可是等他們拼死拼活奪佔了各個要地之後，打開庫房才發現，裡面基本上是空空如也，除了找到了一些叛軍來不及轉移的糧食之外，金銀珠寶基本上沒找到多少，倒是他們這兩天的激戰下來，死傷慘重，這點所獲，根本不夠他們塞牙縫的。
於是他們這才意識到，又上了於孝天的惡當了，於孝天哪兒是拱手相讓，根本就是提前預料到了叛軍會將城中大批財貨轉移到水城之中，所以才讓他們到前面跟叛軍死磕。
這一下倒好，他們是打掉牙也只能和血朝肚子裡面咽，啞巴吃黃連有苦自知，一個個暗自大呼上當，但是卻也拿於孝天沒有辦法。
朱大典得知登州城已經被官軍控制，這才移入到登州城中，坐鎮指揮攻打登州水城，朱大典也找於孝天問及爲何他的水師到現在還沒有堵上登州水門，給叛軍來個關門打狗。
於孝天於是便編了一套謊話，說他的水師只到了一部分，還有部分水師現如今還在路上，而且叛軍在海上還派出了不少戰船，堵截他的水師，現在他的水師過不來。
朱大典雖然感覺着於孝天似乎沒說實話，但是卻也無法考證，於是只得選擇相信於孝天的話。
可是這麼坐等下去也不是辦法，現如今有人已經告知他，叛軍這兩天連日在水門外面鑿冰，已經鑿開了水門外的海冰，打通了出海的通道，他也猜得出叛軍肯定要走水路出逃了，與其坐等下去，倒還不如儘快攻克水城，看看能不能把叛軍堵在水城之中一部分。
於是他立即調兵遣將，開始佈置攻打水城，各部都領命下去，開始安排攻城之事。
於孝天也領命負責一段城牆的進攻，從東面主城牆攻打水城，他派出部分兵力，開始按照朱大典的要求動手，可是叛軍這會兒正在安排撤退，抵抗的十分頑強，加之他也沒有打算拼命的進攻，激戰兩天下來，水城也沒有能被他們攻克。
倒是當他們準備繼續強攻的時候，大批叛軍連夜登船，開始坐船連夜衝出了水城，朝着長島逃去。
等官軍天亮攻入水城的時候，水城裡面的叛軍已經是逃了個一乾二淨，僅剩下一些被他們拋棄的老弱病殘，至於財貨則基本上啥也沒有留下，只要能裝船運走的，叛軍都裝上了船帶離了水城。
雖然這一戰官軍算是獲得了大捷，可是美中不足的是官軍卻並未將叛軍全殲在了登州城中，令朱大典不由得有些扼腕嘆息，但是卻也無可奈何。
他也知道，叛軍一旦遁入海中，想要再堵住他們，就不容易了，就算是於孝天的水師這時候趕來，也恐怕無法全殲叛軍。
他思量了一下之後，認爲叛軍眼下已經無路可逃，唯有退回到東江鎮那邊，於是他便立即派人乘坐小船趕往東江鎮，着令目前的東江鎮總兵黃龍，在東江鎮那邊嚴防死守，一旦發現叛軍船隊試圖在東江鎮登陸，便立即圍追堵截，務求要把叛軍消滅在東江鎮，不能讓叛軍在東江鎮那邊再次坐大。
安排過這件事之後，他便立即派人趕往京師奏捷，不管怎麼說，這一次他基本上算是完滿的解決了登萊叛軍的麻煩，總算是可以給皇上交代了。
消息以每小時數十里的速度，趕往了京師，兩天之後官軍克復整個登州城的消息便報到了京師的皇宮之中。
爲了登萊之亂，已經煩心了一年多的崇禎，在得知這個消息之後，果真是大喜過望，看罷了戰報之後，得知又是於孝天率軍首先攻入的登州城之中，頓時龍顏大悅，當即下旨授於孝天爲定國將軍。
本來像這種授予散官稱號的事情，就算是給，也一般要先給個鎮國將軍，升一級的時候纔是定國將軍，再升一級，纔是奉國將軍，勳護軍，可是崇禎這次心情大好，居然直接便給了於孝天一個定國將軍的名號，也算是特別嘉獎了。
另外崇禎令朱大典，儘快恢復登萊飽受戰禍的地面，清剿殘餘叛軍潰兵，這種事就不再多說了。
可是他們卻遲遲沒有收到東江鎮黃龍那邊，傳回來任何叛軍的消息，叛軍逃出登州水城之後，便如同石沉大海了一般，再也沒有了消息，很長一段時間之後，纔有人傳言，說叛軍在逃入海中之後，並未立即乘船趕往東江鎮那邊，而是先臨時在廟島羣島之中的龜島，也就是後世說的砣磯島停駐。
在叛軍逃出登州城的時候，原本他們是想要先退往距離登州城不太遠的長島上停駐的，可是當他們到了長島之後，發現長島已經被於家軍的水師攻佔，而且見到於家軍水師戰船很大，數量也不少，叛軍新敗之下，無心戀戰，立即逃往了龜島。
隨後他們剛到龜島，還沒有得以喘息，大批於家軍水師便銜尾追到了龜島，孔有德無奈之下，率部與之在海上激戰一場，可是叛軍水師根本不是於家軍水師的對手，被接連幹沉了不少條船之後，叛軍只好逃回島上。
結果被拋棄在岸邊或者灣子裡面的叛軍戰船，被於家軍盡數摧毀或者是被繳獲，孔有德率領的一萬多叛軍，就這麼被困在了龜島上，成了甕中之鱉。
於家軍水師包圍了龜島，但是卻並未立即攻島，而是僵持幾日之後，派人約孔有德談判。
孔有德知道自己完蛋了，現在被困在龜島上，是叫天天不應叫地地不靈，上天無路入地無門，只能任憑人家宰割了，於是只得應聲和於家軍派去的人進行談判。
孔有德要求也不高，只希望能保住命，讓於家軍放他一條生路，對此於孝天派去的林易陽立即滿口答應了下來。
於孝天要求很簡單，那就是要孔有德放棄抵抗，率領叛軍向他投降，注意！林易陽說的很清楚，也非常明白，是孔有德率叛軍向於孝天投降，而不是向官府朝廷投降。
開始孔有德還犯糊塗，覺得投降於孝天，跟投降官府朝廷又有什麼不同之處，可是林易陽反覆強調，是投降於孝天，而不是投降朝廷，孔有德這才明白過來，於是立即答應了下來。
因爲孔有德也是個聰明人，他要是連這個都聽不明白的話，那就真成了傻子了，這投降於孝天和投降朝廷，可不是一個概念。
現在他要是投降朝廷，被解送進京的話，鐵定要被當今皇上千刀萬剮，死的不能再死了，他在這次登萊之亂之中，殺人無數，朝野對他都可以說是恨之入骨，想要不死可以說是做夢。
但是投降於孝天，就不一樣了，他和於孝天算不上有深仇大恨，雖然兩軍陣前兩軍交兵，各有損傷，可是這是戰場上打仗，不可能不死人，更何況這麼長時候，都是於孝天騎着他揍，他只有捱揍的份，於孝天談不上對他有什麼仇恨。
現在於孝天的手下，給他保證，只要他投降，就可以保他不死，那麼他還有什麼可以猶豫的？
至於孔有德起初還想要繼續控制他的叛軍，留在軍中，以後投效於孝天，這個想法當即便被林易陽斷然拒絕。
林易陽的理由很充分，他孔有德現在乃是朝廷通緝之罪臣，就算是投降了於孝天，於孝天現在也不敢用他，充其量也就是給他換個身份，找個地方讓他偷偷摸摸的活下去，保證不害他就不錯了，留着他繼續領兵，那是絕對不可能的。
除了他不行之外，他手下的那些叛將也都必須脫離軍中，於孝天可以保證不殺他們，給他們留一條活路，可以讓他們活下去。
孔有德思前想後，回去和手下商量這件事，起初他的手下還不樂意，覺得他們這幫人要是沒了兵的話，就什麼都不是，這軍權無論如何都不能交出去，要不然的話他們投降了之後，就成了俎上之肉，任人宰割了。
孔有德爲此很是猶豫，想要拒絕於孝天的要求，林易陽也不催逼他，在海上等了他三天時間，三天時間到了之後，孔有德還沒有做出決定，於是海軍三十多條各型戰船，便圍住了龜島，開始炮擊叛軍在島上的兵營。
幾十條船上裝載了大量的火炮，這些火炮之中不乏重型艦炮，威力極大，射程也不近，瞬間便朝着叛軍營地傾瀉了大批彈藥，打的叛軍人仰馬翻，逼得叛軍只得逃出兵營，逃到島上山林之中躲避。
叛兵們現在已經知道了於家軍的要求，各個暗恨這些當官的不考慮他們的生死，只顧着他們自己，不肯放棄兵權，導致他們要在這兒被於家軍狠揍，於是乎便開始醞釀着進行暴動，乾脆幹掉這些叛將，他們投降於孝天拉倒，跟誰當兵不是當兵？
更何況他們都聽聞了說跟着於孝天當兵，可以吃的非常好，看看人家於家軍的兵將們，那臉色，那身板，肯定吃的很不錯。
而且林易陽趁亂，還放了一批先前他們俘獲的叛軍兵卒，讓他們潛入到了叛兵之中，繪聲繪色的給這些叛兵們描述他們在於家軍營中，各種所見所聞。
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