忙完戰事的劉浩然開始把注意力放在了內政上。當初東南戰事激烈，糧草軍用流水介地運出去，幾乎將府庫掏空了。爲了保障後勤，劉浩然幾乎連褲子都要當掉去換糧草。幸好有李善長坐鎮，指揮調度，這才勉強應付過來。在此刺激之下，劉浩然決心制定出一個完整的發展計劃來，以後的仗會越打越大，沒點家底怎麼應付。
劉浩然廢除元廷原本非常複雜的路、府、州、縣等諸多的地方編制，行省以下只設府、縣，設知府、知縣主理民政，同知、縣丞爲副，由行中書省管轄，各縣還設巡檢一名，統領巡檢司的巡捕，負責地方緝奸捕盜等治安事務。
在劉浩然的機構體制中，地方是軍政分開，府設都司，縣設縣尉，執掌地方守備防務，由行樞密院直接管轄，都司負責指揮地方守備部隊，而縣尉負責指揮和訓練各縣的民兵。劉浩然以行省丞相的身份頌布了《兵役律》，言明行省治下百姓只需要承擔一種徭役－兵役，凡十八歲以上，四十五歲以下男丁必須接受一段時間的民兵訓練，兵器自備，但是現在爲了減輕百姓負擔，暫時由行省官府供給，凡服五年以上民兵役的青壯就可以抵衝這筆費用，而守備部隊則是從各縣的民兵中挑選，雖然沒有軍餉，但是可以免除一定的賦稅。守備和縣尉目前都是由傷殘退役的定遠軍老兵充任，他們雖然斷了一隻手，或者是失去一隻眼睛，但是不妨礙他們指揮守備部隊和訓練民兵。
劉浩然接着頌布了《勸學律》，在這部律法裡，劉浩然提出了官辦和私辦相結合，普及國民教育的龐大設想。教育機構分四級，童學、縣學、府學和行省一級的高等學府。前三級學府可官辦，也可私辦，但是必須按照行省指定的課程和教材學習，參加官府組織的統一考試。
在《勸學律》中，劉浩然要求從童學開始，學子就必須一邊學習文化知識，一邊接受軍事訓練。而且父母親送兒女讀書是一種義務，不履行義務就要受到律法的懲戒。因爲這個教育計劃耗費巨大，而且在現階段是不可能完全鋪開，但是劉浩然卻決定要堅持下去，先從應天、東南等富庶的地方試行。
儒生文人雖然對劉浩然興學重教表示讚賞，但是也有很多人對學子必須接受軍事訓練提出了異議，他們認爲，學子只要認真讀書就好了，打仗這種事情自有武夫去做。劉浩然卻堅持自己的意見：“遙想漢唐盛世，文人學子能文能武，策馬遊歷天下，一邊放着書，一邊放着劍，所以纔有漢賦唐詩留名千古，雄風遠揚域外。而前宋盛文弱武，文人學子們只知道死讀書，卻鄙視軍人武事，結果先有契丹、西夏，後來女真蒙古，累累荼毒。前車之鑑後事之師，行省的學子文人再也不能讀得一肚子書，卻手無縛雞之力。”
劉浩然更是談到：“學子文人乃國家之棟樑，不但要能治國理政，還要能行軍打仗，現在正是國家危難之際，學子們不接受軍事訓練，不知兵事，如何能行？”
在驅逐韃虜，光復中華以及前宋滅國之痛的大義下，這些儒生文人也只好捏着鼻子接受了，畢竟劉浩然把文人學子當成了國家的主人來看待，否則也不會要求這麼高。
龍鳳二年七月，劉浩然在原御史行臺府第設江寧學堂，請李習爲學正，聘各名士文人爲教授，廣收學子。並隨即在應天府、太平府、平江府、湖州府、杭州府開始推行國民普及教育。
同月，劉浩然在原集慶路達魯花赤府設江寧陸軍學堂，自任學正，以馮國用爲教務，暫設步兵科，騎兵科。計劃所有的將領都必須回來輪流學習，一邊當學生，一邊當教師，總結自己的前期作戰經驗，並教給輪流前來學習的軍官們。
劉浩然又開始籌備開辦江寧水師學堂，準備自任學正，以俞廷玉爲教務，暫設海防科、海事科。
在陸軍學堂裡有一批特殊的學生，他們就是童子營。這些以各地孤兒和軍中遺孤組成、視劉浩然爲父兄的童子忠誠度是無可置疑的，而且他們絕大部分都選擇了從軍。劉浩然根據他們的特長和意向，選擇了十二歲到十八歲的一批人送入陸軍學堂學習，這些人將來是劉浩然控制軍隊的骨幹。
而受此影響，軍中各將領們也要求將子弟送入陸軍學堂學習，而且很多文官也是聞風而動，要求將家中的老二、老三安排進陸軍學堂。他們的算盤都很精，現在這年頭正是軍興，而且江南的實力擺在那裡，鐵了心的官員們留下長子讀書繼承家業就好了，其他兒子送去從軍，雖然危險性很大，可是一旦立下軍功，那麼家族有文武功勳支撐，想不興旺都不行。
劉浩然順勢設立了江寧陸軍童學，專門接受將領官員十二歲以上的兒子前來就讀，然後直升陸軍學堂。
劉浩然又設置了江寧工匠學堂，專門學習冶煉、鍛造、機造等技術，對於儒生文人的一些非議，劉浩然回答道：“行省大行教育，而讀書出來能考入高等學府，併成才做官只有少數。而國家正是用人之際，不能讓大部分學子白白浪費，必須給他們也謀個出路。
儒生學子們也不好反駁，他們知道，就算是行省重開科舉，那錄取的人也太少了，要想讓行省一邊打仗，一邊養着一大堆的讀書人，這也不太現實。而且這些儒生學子在心裡也認爲，讓大部分科舉無望的學子去學習工匠這樣“賤業”，正好與他們這些“高級知識分子”劃清了界限，突出了他們的重要性。不過劉浩然就要花費更多的力氣去鼓勵學子們不要再往獨木橋上擠，改爲學習工匠技術。
劉浩然接着開始整頓土地政策，經過戰亂，有些地方的地主被席捲一空，有些地主卻依然擁有大量的土地。爲了鞏固自己的政權，劉浩然沒有打土豪分田地，而只是找了些曾經與蒙古人、色目人狼狽爲奸、禍害鄉里、民憤極大的地主豪強出來鎮壓了一番，把他們的良田家產沒收，以平民憤，還有元廷賜給江南各地寺廟的大量田地，也被找了藉口沒收，只留下少量田地讓寺廟維持生計。但是這些人數太少，獲得的良田也足以分配，劉浩然就大力開耕荒地，丈量無主田地，把治下的大批流民和貧窮百姓安置下來。
對於大部分依然保持現狀的地主豪強，劉浩然從幾方面入手，首先他確定了最高田租，保證佃農們的生計，而且劉浩然廢除了按人丁收稅，確定賦稅按田地畝數收取，確保了國家能夠最大限度從田產獲利，所以江南行省雖然賦稅定得低，但是收上來的總數卻不低。
劉浩然接着又頌布了《贖奴律》，宣佈行省出錢從地主豪強手裡贖買因爲戰亂而賣身淪爲奴僕的百姓，價錢比市價高三成，不過是分五年付清。而自願被官府贖買的百姓可以分得田地，用糧食支付一半的贖買費用後就可獲得自由，與一般百姓無異。劉浩然明白，經濟的發展必須要解放一大批勞動力，讓他們直接爲自己的政權輸送物產糧食。
按照行省陸續頌布的律法，行省境內的礦產、茶葉、瓷器、絲綢、棉等物資暫時必須或有官府開辦，或由官府監管，私人不得隨意出售。當然了，行省不會讓各商戶地主吃虧，大家都需要獲利。在官府的統一管理下，這些東西獲得了壟斷地位，避免了惡性競爭，外地商旅或者海商必須付出高價才能購買這些物產，而這些東西在北方、在海外可都是暴利，商旅們爲了能拿到貨，價高也只好認了。於是行省官府獲得了大量賦稅，商戶、地主們也獲得頗豐的盈利。
江南行省在境內實行關稅制度，也就是除了購買和出售，商賈不用交以前數目繁多的苛捐雜稅，一下子降低了他們的成本，使得他們趨利而至，雲集江南。而行省可以利用不同物產的關稅不同，控制物產的流入和流出。例如最重要的糧食，“出口稅”居然比瓷器、茶葉還要貴上好幾倍，運出去幾乎沒有任何盈利，而“進口稅”卻極低，甚至還有補貼。只要能從日本、暹羅、越陳收集糧食運到江南，就能收穫頗豐，然後再收購瓷器、絲綢回去，又是一筆利潤。而在規劃中做爲劉浩然戰略扶植的棉花出口稅就定得很高，而成品棉布卻定得極低，而且還有越來越低，有退稅補貼的趨向，算上賦稅，收購棉花還不如直接採購棉布。劉浩然相信，逐利而生的商人會算清楚這筆帳的。
在劉浩然的指導下，江南行省的工匠，加上張士誠送過來的精英工匠，江寧、當塗兩地的工場發展得越來越好，鋼鐵工場開始成型，大批機械被研製出來。尤其是劉浩然關注的紡織機，經過近兩年的研發，終於獲得了成功。在前宋和現在所用的幾十錠水力大紡車的基礎上，加上劉浩然對機械的指點，將紗錠由橫向改爲自立，並立了上百個紗錠，不但效率提高，紡出的棉紗質量又好。而跟進研製出來水力織布機更是把棉布織造提上了一個新的臺階。
劉浩然將松江府確定爲棉布織造的重點區域，這個出黃道婆的地區，不但出產大量的棉花，棉紡歷史也悠久。行省將民間的織工集中起來，在河邊擇地修建了巨大的廠房，應用新技術新機器，開始棉紡織業的迅速發展。
隨後還有新開設的水力榨油場、水力絲綢紡織場、水力造紙場、水力印刷場等等相繼在江南各地開設，看着這些工場源源不斷輸出的產品，然後換成滾滾的錢財，衆多的地主富商把這些工場看成了聚寶盆。
看到把大家的饞勁都勾引起來後，劉浩然宣佈這些民用品工場官府準備全部放開，交由民間經營，只要遵守官府的關稅制度和監管就好了。聽到這個好消息，地主富商們蜂擁而至，紛紛要求分一杯羹。但是入股的條件卻讓他們有點躊躇，行省官府不要錢財，只接受田地折價入股。
幾經猶豫和爭論，有些開明的地主富商咬着牙轉讓了很大一部分田地，入股這些工場，而更多的地主富商卻在繼續猶豫着，畢竟在中國傳統思想裡，土地是最重要的。過了幾年，隨着南北海路的開通，棉布、絲綢、紙張等物品需求大增，入股的地主富商數錢數得手軟，而堅守土地的地主富商由於行省慢慢恢復了元氣，加上各處荒地大量開耕和軍屯，糧食、棉花等農作物連連豐收，糧價、棉花價格持續下降，他們的收入反而降低了。
有了教訓和例子，在行省新一輪增設工場的時機，大批地主富商紛紛轉讓良田，入股工場，就這樣，在劉浩然揮動的經濟大棒下，江南各地開始向資本社會的雛形轉變，數量巨大的工場主、大商家涌現出來，形成了一個新的龐大羣體，開始向傳統的地主羣體發起挑戰。
龍鳳二年十月，劉浩然頌布《權利律法》，宣佈所有爲行省交納賦稅的人，包括普通百姓、地主、工場主、商人都是在爲國家做奉獻，他們用自己的賦稅和義務支援着驅逐韃虜、光復中華的大業，所以也應當享有相應的權利，而這些權利包括享有人身安全和財產的保護權、享有對官府支配賦稅的知情權等等。在這部律法中，劉浩然首先明確提出了權利、義務和責任等概念，他指出，如今各地義軍紛起，爲得就是推翻元廷殘暴的統治，如果行省不重視和保護民衆的權利，那麼與元廷舊有的體制又有什麼區別。
這一律法在大江南北掀起巨瀾，有說好，有說不好，議論紛紛。而劉浩然利用一批御用文人，在新設的《江南邸報》上撰文，評論前唐宋和元廷的體制不同，指出唐宋朝時政治清明，權利制衡，百姓享有充分的自由和權利，而元廷完全以一種奴隸主和奴隸的關係和思想統治天下，蒙古人以外，無不是其奴隸，談什麼自由和權利。
在國家、民族大義上，堅持舊思想的儒生文人就不好正面反駁了，只好從君臣、父子倫理上進行辯論，這下又被御用文人抓住把柄了，他們撰文指出行省的《權利律法》不是要建立一個無君無父的體制，而是要恢復被元廷廢棄的民重思想。他們高舉聖人旗號，尤其是孟聖，開口閉口就是“民爲貴，社稷次之，君爲輕”，說江南行省的《權利律法》正是在執行和貫徹這一思想，而開口閉口君臣倫理，剝奪他人權利和自由的簡直就是在爲蒙古韃虜搖旗吶喊，爲他們招魂。
這頂大帽子扣下去，把那些保守儒生文人打得暈頭轉向。現在願意出山的儒生文人都清楚現在的元廷殘暴無德，已經失去天下民心，在這種形勢下被扣上元廷走狗的帽子，的確讓他們覺得自己有點冤。
做爲幕後主使人的劉浩然卻以這是學術爭論，堅決不表態支持哪一方，其實在心裡卻暗自偷樂。現在正是風雲激盪、改朝換代的年代，必須要抓住這一時機，在大家思想混亂的時候把有利於自己的思想廣播開來，他不願意走上歷史上朱元璋的老路，蒙古韃虜趕跑了，卻繼承了不少糟粕，結果搞得朱明王朝又被一幫奴隸主給滅了。