1993年，王立軍升任鐵嶺公安局副局長，主管刑偵工作。他有個口號：“跟我上”。他甚至要求法醫在出事現場時，不許戴口罩和手套，理由是會“影響嗅覺和觸覺”。他本人曾經親自跳進齊腰深的水塘，抱出一具腐爛的屍體。
王立軍敢於打大仗，打別人不敢打的硬仗。他震懾着犯罪分子，被人們稱爲“東北虎的鐵掌”。1997年，他被國際司法組織授予“打擊有組織犯罪”和“犯罪心理學”成就獎。
但是，他的成功引起一些人的嫉妒。老資格的副局長王海洲就是不服，他大王立軍15歲，在王立軍還是普通民警時，已經是副局長了。
1999年3月，一名人力車伕狀告王立軍當街動手打人。最後，法院裁定：駁回原告的訴訟要求，王立軍無罪。“雖贏猶輸”，這是王立軍對自己這場官司的評價。4個月後，王立軍又被告上法庭，這次的罪名是刑訊*供致人死命。控告信甚至郵到了中紀委副書記手中。鐵嶺市紀委與遼寧省公安廳紀委組成聯合調查組，對王立軍實施審查。結果是，控告信所反映的問題全部失實。當年9月30日，已調任市司法局局長的王海洲被逮捕。對他的指控是：王立軍遭遇的數次誣告，他都是幕後推手。
還有人在社會上到處散佈謠言：“只顧打黑的王立軍其實非常可憐，妻子、女兒被黑社會殺害、剝皮！並把殺害場面拍成錄像寄給他本人……只有一把手槍和一身防彈衣與他形影不離。”這時候，他一家人的確承受了很大壓力。但是王立軍還是堅挺了過來，他相信法律，相信組織。最後，王海洲被判處有期徒刑兩年，緩刑三年。
贏了官司，更加給王立軍帶來振奮的情緒。他雖然前後四次被調查、兩次被立案偵查，甚至連公安部對授予他全國一級英模稱號的審批暫緩了，但是在這些調查結束之後立即給予了他。
1999年11月16日，以王立軍爲原型的電視連續劇《鐵血警魂》在上海電視臺播出後，廣大觀衆對他產生了濃厚的興趣，非常想知道，這些天裡王立軍又立下了哪些戰功。
也就是該劇開播的那一天，王立軍率領刑警們，偵破了一起殺人案。
10日下午4點許，刑警隊接到市種畜場秦家崗分場居民張偉新報案：其妻何亞榮被殺死在家中二樓的客廳裡。王立軍親自趕往案發現場，指揮偵察員開展偵破工作。王立軍根據被害人家中財物未遭洗劫，門窗也未被撬的情況，作出判斷：作案歹徒與被害人相識，且系近鄰。
偵察員經過周密調查，發現被害人鄰居王海軍有重大作案嫌疑，遂將其抓獲。王海軍交待，他系何亞榮的鄰居，10日下午，見何家的房門開着，何的丈夫又不在家，邪念頓起，便來到何的臥室，要求與其媾合，結果遭到何的反抗。王海軍喪心病狂地用磚頭猛砸其頭部，並用剪刀將其刺死。
當然最爲人津津樂道的是，王立軍1994年在鐵嶺的打黑行動。可以說，王立軍是鐵嶺掃黑，一戰成名。
這一年年，他親自出馬，指揮了驚天動地的“9.19”掃黑行動。
鐵嶺市以楊俊富、張洪俊、肖建軍、何晶爲首的四大流氓惡勢力團伙，豢養了一批打手，劃區割據，橫行鄉里，魚肉百姓。這些黑社會勢力滲透到了國家機關內部，有了保護傘，他們更加肆無忌憚。
1994年9月19日，“掃黑行動”開始。行動前夕，王立軍寫好遺書，交給戰友。鐵嶺市委和市局確定了“秘抓秘捕”的行動方針，抓捕名單隻有市委書記、公安局長和副局長王立軍三人知道。然而纔剛剛秘密抓捕了張洪俊，王立軍便日夜不得安寧了。他走到哪兒，電話和人就跟到哪兒，都是替嫌犯說情的。
一天，一位社會名流來訪，臨走時說他有幾本書明天讓人送來。第二天，果真有人送書來了，王立軍打開紙包一看，全是百元面額的現金，足有幾十捆。那人轉身要走，王立軍把他喝住：“你立即把錢拿走，不然我把你也抓起來！”
軟的不行來硬的，一個團伙的爪牙給王立軍打來電話，威脅說：“幾十萬你不要，那命還要不要？”王立軍義正辭嚴地說：“我王立軍從當警察那天起，就沒把自個兒百八十斤當回事！你要讓我抓住，我肯定幹掉你！”
見王立軍軟硬不吃，黑社會頭目以20萬元的鉅款到本溪僱來殺手，準備伏擊並炸燬王立軍的汽車。那天深夜，王立軍駕車從市郊“打黑”指揮部返回市內，在體育場轉彎處，馬路對面突然有人向他開槍射擊，王立軍即刻停車舉槍還擊。交火幾梭子後，殺手自感槍法不如王立軍，倉惶逃走。
當王立軍趕去抓捕何晶時，他已得知風聲逃逸了，一個月後才潛回住地。王立軍得到情報後，爲防止走漏風聲，只帶了一名警員，開着其他城市牌照的車趕到幾十公里外何晶所開的奧林公司進行追捕。在樓下，王立軍一眼就認出了何晶的“標緻”505轎車。而此時，在樓上的何晶也發現了這輛陌生的汽車，他預感不妙，先讓兩名保鏢上車發動引擎，隨後自己突然從樓裡衝出鑽進車裡，開足馬力迅速逃跑。王立軍立即發動車子死死地咬住他。這時，一輛拖拉機擋住了何晶的車，王立軍知道機會來了，跳出車子追了上去。王立軍先向何晶的兩名保鏢腿部連續打了兩槍，最終用槍封住二人，制服他們。
就在兩名保鏢被制服的時候，何晶閃到王立軍的身後，一把將其握搶的手狠狠抓住。兩人在僵持中，王立軍把槍倒到左手，狠砸何晶頭部，一下就打開了花。由於用力過大，槍脫手了，何晶趁勢向王立軍面部猛打幾拳。王立軍的右腮裡側被牙齒完全硌爛，眼角開裂。何晶雙手掐住王立軍的脖子壓在車上，沉重的窒息，讓王立軍第一次感覺離死神如此之近。也許自知佔了上風而求勝心切，也許是王立軍滿臉鮮血的影響，就在王立軍逐漸喪失意識的時刻，何晶的雙手突然打滑鬆脫。王立軍抓住這一線生機，瞬間做了一個翻身動作，將何晶扣在身下，將之生擒。
戰友們趕到後，王立軍把何晶的下頜端過來仔細看了一下。“當時我有兩種想法，第一我終於把你拿下了。第二我心裡在想，你確實很厲害。”王立軍事後回憶說。
在抓捕何晶之前，楊俊富已在銀州大酒店落網；3個月後，肖建軍也被捉拿歸案。“9.19掃黑大行動”取得了決定性的勝利，抓獲了主要案犯及團伙成員110人，其中7人被判處死刑，繳獲贓款200餘萬元。而涉案的19名國家機關內部的蠹蟲，也被一網打盡。
一役讓王立軍威震全國警界，他被評爲“全國十大傑出民警”，時任鐵嶺市長的李士文稱他是“鐵嶺的鎮市之寶”。
在鐵嶺任職近二十年，王立軍從一名普通民警成爲派出所所長、公安局局長，他和他的戰友一共把800多名犯罪分子送上了刑場。這讓王立軍成爲黑惡勢力的眼中釘，黑社會曾出價500萬買其人頭。王立軍身上貫通傷、骨折等傷有20多處，是中國公安界僅有的幾位還活着的一級英模之一。最嚴重的一次，他頭部受傷昏迷了10多天，單位把花圈悼詞都準備好了。他的家人也飽受恐嚇，甚至有傳言說他“早年因爲打黑，妻子、女兒被黑社會殺害，並把殺害場面拍成錄像寄給他本人”。這雖然純屬捏造，但也反映了犯罪分子對王立軍的仇恨。
王立軍不僅是打黑除惡的急先鋒，還是一個足智多謀、沉着應變的指揮員。2002年冬天，王立軍帶領他的戰友來到一個他並不直接管轄的城市，抓獲了十多名黑社會成員。就在他們對這些人進行突審的時候，王立軍突然接到上級的情報，這個團伙的另外20餘名成員，攜帶衝鋒槍，正急速趕往他們駐紮的酒店。王立軍當機立斷，安排其他戰友押送嫌犯先走，這時，那些歹徒已經到了酒店的後門，跳下車準備向酒店撲來。王立軍帶着他的助手，神情自若地從酒店四樓下到大堂，在咖啡廳旁的一張桌子旁坐了下來。
其實，這夥歹徒的內線已經提前趕到了酒店，爲他們通風報信。王立軍一到咖啡廳就意識到服務員是歹徒的同夥，他與助手交換了一個眼神，隨後說道，“樓上20多人準備的怎麼樣了？樓的兩側要注意，防止歹徒衝上去，要做到一個人對一個人。”助手回答：“沒問題。”王立軍這樣說，就是故意讓歹徒知道酒店裡已經做好了埋伏。王立軍聽到那個服務員往外打電話：“先不要往裡衝，裡面有準備！”窗外，正準備從馬路對面衝過來的歹徒，被人推了回去。他感覺到與助手演的空城計奏效了，於是繼續說到：“你馬上掛一個電話，看那20多人到了沒有，還有多遠距離？爲什麼這麼慢？”這一招更奏效，馬路對面的歹徒立即上車逃跑。