隨着中華帝國皇家陸軍逼近日本京都府地區，在京都的日本寬永天皇如坐鍼氈，跟中華帝國的談判毫無進展，只好調集全國各地幕府軍勤王。
隨着德川家光在山口會戰中戰敗，實力大損，但是依然有十幾萬軍隊。只不過在撤退途中丟盔棄甲，武器戰損嚴重，得不到補給。
寬永天皇將德川家光的部隊要了過去，然後將京都兵庫縣僅存的武器發放給他們，加上其他大小幕府軍，在京都地區保衛京畿安全的幕府軍達到了二十七萬餘人。
雖然這二十七萬軍隊數量龐大，但是武器裝備低劣，基本上都是冷兵器，同時這支軍隊由十六個幕府軍組成，各個幕府之間勾心鬥角，戰鬥力大打折扣，但寬永依然下決心同中華帝國進行最後決戰。
神武十一年初春，隨着冬季的結束，積雪融化，休整了五個月的中華帝隊再次出動，大規模向京都府和大阪府進軍。
二月三日，朝鮮僕從軍兵分三路。一路沿着青睞山，兵力七萬餘人，從北面包抄京都府後方，準備進佔琵琶湖附近城鎮，切斷日軍退路。第二路兵力十一萬餘人，從正面向南丹發動攻擊，牽制日軍主力。第三路兵力約四萬餘人，從劍尾山天魔嶺悄悄繞向南丹左翼後方，突襲日軍後方補給線。
而中華帝國皇家陸軍七十四師和七十五師則在皇家海軍東海艦隊的運送下，攻擊大阪府。
大阪府是京都府的沿海門戶，日軍駐紮有三個師團，兵力超六萬餘人，加上此時日本上下國民都感覺到了國破滅亡的危機，深受中華帝國鴉片貿易的危害，奮起反擊，大約有超過十二萬日本平民加入了大阪府保衛戰當中。
中華帝國皇家海軍東海艦隊幾十艘戰艦在大阪灣內遊弋，輪番炮擊大阪府，先後摧毀了神戶、明石、高石等縣，大阪府從去年冬天開始就是一片火海，幾乎被燒成瓦礫。大阪府的日本軍民衣不遮體、食不果腹，每天都付出超過數千人的陣亡，更有數千人死於疾病傳染、飢餓等非戰鬥減員。
截止到神武十一年二月份，大阪府僅存不足兩萬守軍，平民幾乎死傷殆盡。
五日，中華帝國皇家陸軍七十四師和七十五師從大阪灣秒間島出發，在東海艦隊的掩護下，在無人防守的和田西北海灘實施登陸。
大阪灣地域遼闊，適合登陸的海灘太多，使得日軍防不勝防。七十四師率先完成登陸，立即朝着大阪府進軍，一路上遭到日軍頑強抵抗，但都很快被清除。七十五師在第二天完成登陸，但並沒有開往大阪府方向，而是直接向京都府進軍。
七日，七十四師在大阪府同日軍殘餘軍隊進行了一場歷時二十五分鐘的戰鬥，骨瘦如柴，幾乎淪爲乞丐樣子的日軍，拿着五花八門的武器朝着中華帝衝鋒，結果被屠殺的一乾二淨。
七十四師當日佔領了大阪府，佔領了一座廢墟城市，什麼都沒有得到。
得知七十五師已經向京都府開拔後，七十四師急忙放棄這座廢墟城市，沿着京都道向京都快速前進。
此時，日軍主力被二十多萬朝鮮僕從軍牽制在南丹地區，無暇調兵增援。寬永天皇不得不動用最後的禁軍，死守京都。
京都上下一片人心惶惶，日本文武大臣們天天唉聲嘆氣，即想着勸說寬永投降，又害怕背上亡國的罪名。
京都禁軍主力早在山口會戰中便消耗殆盡，此時的一萬餘人組成的禁軍都是臨時強徵的。不但戰鬥力低下，軍心最是不穩。因爲在京都地區都是王公貴族和官宦子弟，讓他們平時吃喝玩樂，欺男霸女倒是可以，但讓這些嬌貴的子弟打仗卻是太爲難他們了。不但如此，京都的王公大臣們都知道國破在即，不希望自家子孫當炮灰戰死，因此暗地裡都是千叮嚀萬囑咐，打仗不可以死心眼兒，該跑時還得跑。
這種氣氛下組成的禁軍，已經名存實亡了。
可笑的是，寬永天皇還特別犒賞了這一萬禁軍子弟，讚揚他們作爲官宦世家子弟在國家最危難的時候，能夠挺身而出，決死一戰。而前線打仗的日軍將領們同樣大口稱讚他們，表示他們只需要堅守一天，前線的援軍便可以趕到增援。
二月十日，中華帝國皇家陸軍七十四師和七十五師兵臨城下，很快包圍了整個京都城，並在附近高地上架起了炮兵陣地。每個城門外布了兩個炮兵營，共計四十門火炮。兩個師直屬炮兵營並沒有部署，而是準備應對來自南丹方向日軍援軍部隊的。
中華帝剛剛抵達，京都城上的日軍便開炮開槍，似乎想要震懾敵人一般。
然而，他們的槍炮聲極其不齊，雜亂無章，大多數都是射向天空的。彈丸最後彷彿下雹子一樣，落到中華帝國士兵的帽檐上發出啪嗒聲，沒有任何的威脅力。
“這是打仗嗎？我怎麼感覺是他們在放禮炮歡迎咱們的？”
龐冊一句話，頓時惹得全軍將士們轟然大笑，頓時讓對面城頭上的日軍士兵們感到丟人現眼到家了。
很快，日軍似乎覺得槍炮不起作用，竟然改用弓箭射擊。
一輪密集的箭矢射出後，最遠不過十米，可是他們忘記了中華帝隊還沒有發動進攻，並不在他們的射程之內，這種戰法已經顯示出他們心中極度的恐慌。
看到箭矢落地距離對方還有相當於的距離後，不少日軍軍官方纔意識到是他們太過緊張的緣故，急忙喝令停止射擊。
十一點左右，中華帝隊埋鍋造飯，十二點整進行午餐。城頭上的日軍見對方吃午飯了，也感覺到了飢餓。
然而，就在京都守軍就餐時，四周頓時傳來了猛烈的炮聲。
剎那間，無數炮彈呼嘯着砸向城頭，碎石崩裂，塵土飛揚，整個京都城陷入一片混濁，彷彿剛剛遭到沙塵暴襲擊一樣。
還沒等吃到嘴裡，日軍急忙登城防禦。然而，猛烈的炮擊令城頭成了恐怖的死亡區，登上去的日軍士兵不是被掀飛率落城下，便是被高速飛行的碎石射殺，沒有什麼實戰經驗的京都禁衛軍頓時死傷慘重。
到處都是屍體，血肉橫飛的場景隨處可見，戰爭的殘酷令日軍哀嚎遍野，恐懼在蔓延。
而在外面的中華帝國士兵，除了炮兵之外，步兵都在悠閒的吃着午餐，炮聲對於他們來說，就是健胃消食片。
炮擊半個小時後，京都城陷入一片硝煙塵土當中，咫尺難見。
接着炮聲停止，步兵方陣開始組合，以連排爲基礎單位，組成一個個小方陣，彷彿是被齊刷刷切開的豆腐狀一樣。
京都守軍認爲中華帝準備步兵攻城了，急忙登城防禦。但害怕對方炮火攻擊，紛紛躲在女牆後面，暗中窺視。
然而，這時的中華帝國各個連排卻是在進行方陣之間的來回演變，進行戰鬥前熱身。小方陣變成大方陣，大方陣再變成小方陣，看的城頭上的日軍心理直發毛，不知道對方是什麼意思。
半個小時後，步兵熱身完畢，炮兵也吃完了午餐，再次就位。
“總攻擊開始”
命令下達後，中華帝國的各個炮兵陣地上頓時開火，一門門神武步兵炮發出怒吼，無數炮彈再次朝着京都城傾瀉下來，頓時一片硝煙瀰漫，土石飛濺。
之前的炮擊過程中，京都日軍守城炮兵還能還幾炮。此時京都城上的火炮基本上啞火，即使還有完整的火炮，也被中華帝國的炮火所壓制住，無法進行有效反擊。
鼓號聲揚起，中華帝國的各個步兵連隊排着整齊的方陣，步伐有序的朝着京都城前進。方陣直之間的過道上，有的是火炮隨後跟進，準備近距離轟擊京都城牆。有的則是長長的雲梯，準備攀城。
四個城門同時發起攻擊，令日軍顧頭不顧腚，顧東不顧西，疲於奔命。
雖然京都城內的禁衛軍大多數屬於新兵，但是在國破在即之時，依然有很多士兵奮力應戰。只是，他們面對中華帝國的強大軍事攻擊變得有心無力。
一個小時的猛烈攻擊下，北城東段城牆被擊毀，七十五師的騎兵連隊率先破城。
騎兵連衝入城中，戰馬肆意踐踏城內東奔西走的日軍士兵，戰刀左右劈砍，頓時打亂了日軍的防禦部署，牽連整個北城整體防禦系統失靈。
隨後，七十五師的幾個步兵營蜂擁而入，中日兩隊頓時在硝煙當中展開激烈的白刃戰。
中華帝隊打了十多年戰爭了，大大小小戰鬥上千次，士兵的戰鬥能力極高，不是日軍新兵蛋子所能抵擋的。
很快，北城的日軍預備隊被擊潰，整個北城防禦體系宣告瓦解，日軍四散奔逃，要麼躲入民宅，要麼逃回宮城。
京都北城陷落後，東城、南城和西城接連失陷，日軍全線潰敗，數萬軍民戰死在外城作戰當中，僅有幾千殘兵敗將逃回宮城，更有不少士兵直接脫下軍裝扔掉武器躲入家裡當老百姓。
爲了確保全部擒獲日本天皇和文武大臣，龐冊下令部隊穩紮穩打，不急於求成，先控制住外城，防止任何一個日本人逃出去。
兩個小時後，中華帝國士兵槍殺了最後一個抵抗的日軍士兵，京都外城完全淪陷。
外城淪陷後，龐冊命令炮兵將火炮拉到城頭上，朝着城內進行炮擊。京都城的規模很小，雖然是日本首都，但是常年大權落入江戶的德川幕府手裡，使得京都城從建城後一直沒有擴大規模，中華帝國的火炮從外城上可以直接將炮彈射入日本宮城內。
當第一發炮彈落入皇宮當中時，日本寬永天皇便坐不住了，他想着逃跑，但是外面被團團圍住，他根本跑不掉。
他也想過喬裝改扮成平民活命，但是那些更加怕死的日本文武官員們根本不讓，美其名曰天皇不能這樣窩囊，實際上是害怕天皇跑了，中華帝隊拿不到天皇會屠殺他們這些官員。
總之，基於各種原因，寬永天皇想要自殺都不成，無奈之下只好下令投降。
五點十分，正當中華帝國士兵將火炮對準宮城城門，準備破門而入時，寬永天皇宣佈投降。
二十分鐘後，宮門打開，寬永天皇帶着一百多個大臣，哆哆嗦嗦的走了出來。
龐冊接過寬永天皇手中的玉璽，宣告着歷經千年的日本國的滅亡，而且還是首次被外族入侵而滅亡。中華帝國的鐵蹄從此在日本國民心裡永遠的烙上了奴役的烙印。
寬永投降後，龐冊專門將寬永天皇一家子鎖上入囚車押解回帝國，交給帝國皇帝處置。接着將日本文武百官單獨囚禁在一起，然後下令全軍洗劫京都。
龐冊規定日本皇宮的全部搶掠財產歸中華帝國皇室所有，京都日本王公大臣和官員們的家產歸七十四師和七十五師軍官們所有，京都商鋪、錢莊，以及平民財產歸帝國士兵們所有。
然而，剛剛搶掠了一天，前線打仗的日軍官兵們得知京都陷落，天皇投降被俘後，再也沒有心思抵抗，全線潰敗。帝國朝鮮僕從軍乘勝追擊，於第二天下午抵達京都。
此時京都正處於搶掠當中，朝鮮僕從軍一到，頓時擴大了搶掠規模。龐冊還指望這朝鮮僕從軍繼續賣命給帝國，因此只好分出一些有油水給他們。
不過，朝鮮僕從軍對於京都的日本人恨之入骨，因爲當年壬辰戰爭時期，日軍同樣洗劫了朝鮮漢城皇宮，作爲報復，朝鮮僕從軍在搶劫的同時，例行公事般的展開了屠殺。
龐冊很是無奈，暗道人都殺光了以後還怎麼賣鴉片收稅？對於朝鮮僕從軍，龐冊只能苦笑着搖頭。有道是皇帝不差餓兵，帝國政府希望朝鮮僕從軍賣命，就必須給他們好處。
二十多萬軍隊在京都，以及京都府附近州縣燒殺搶掠了一個多月，使得原本一個人口高達百萬的京都府最後只剩下不足五萬人，還都只是日本年輕女子，因爲要把她們賣到國內賺錢才留她們性命。（據幾百年後的日本產經社報道：他們從京都北郊的比壑山中發現了幾個野人，據說是當年京都大屠殺中逃生出來的人後代。不過，中華帝國政府堅決予以否認，並幫助朝鮮辯護，表示當年京都地區鬧瘟疫，這幾個野人估計是當年的一些患有瘟疫遺留後遺症人的後代。）
京都府遭到血腥洗劫後，變成了一片廢墟。但凡能夠帶走的值錢的東西全部被二十多萬帝人瓜分，帶不走的則統統被焚燬，藉以掩蓋事實真相。
日本國庫雖然資金不多，但是日本的王公大臣們和文武百官們的家中卻是富得流油，全日本八成財富都掌握在這些極少數人當中，因此帝國東征軍獲得的財富數額巨大，總價值超過兩億銀元。這些財富七成被七十四師和七十五師官兵所控制，而二十多萬朝鮮僕從軍僅僅獲得其餘三成左右。不過，對於他們來說，已經相當不錯了。
寬永天皇和他的家族成員數百人被押解到北京後，神武大帝鄧浩楠直接下旨午門斬首示衆。
四月一日，隨着寬永天皇的人頭落地，日本千年來的王國宣告滅亡。同時也結束了日本封建統治，從此日本進入了長達數百年的奴隸社會時代。
京都陷落，寬永被砍，德川家光痛心疾首，並率領殘餘日軍繼續在以江戶爲中心的地區進行抵抗。
不過，中華帝力強大，海陸軍並進，德川家光很快便戰敗身亡。
神武十一年冬，江戶陷落，德川家光砍殺家中所有女子，然後自盡。中華帝國東征軍同樣對江戶實施了大規模搶掠行動，搶掠之後，一座繁華的江戶變成了一座死氣沉沉的地獄。
神武十二年夏，中華帝國東征軍佔領日本全境。七月三日，東征軍北伐蝦夷國，蝦夷國國主主動投降。自此，中華帝國佔領整個日本列島。
在日本列島劃分上，中華帝國神武大帝將九州列爲朝鮮族自治區實行單獨殖民統治，將四國和本州化爲一個殖民地，將蝦夷國單獨列爲一處殖民地。
之所以這樣做，是鄧浩楠耍的一個小詭計。因爲鄧浩楠知道，殖民地不可能永遠臣服中華帝國的統治，將來早晚有一天日本會獨立。但是，鄧浩楠將日本列島劃分成三個不同殖民地，分別實施不同殖民統治，將來日本列島就會變成三個勢力，永遠尿不到一個壺裡。就像當年英國劃分印度一樣，將印度分成巴基斯坦和印度兩個部分，這樣變會造成兩個國家的長期對立。而鄧浩楠的想法基本上就是這個目的，一個長遠的目的，沒有人能夠想到鄧浩楠會看的那麼遠。
日本淪陷，成爲中華帝國殖民地後，帝國鴉片貿易公司重返日本，變本加厲的大規模傾銷鴉片，要把之前損失的全部撈回來。
同樣，日本淪陷後，帝國政府完全控制了東亞和北太平洋地區，從此帝國的戰略重心開始轉移，向東南亞、南亞和美洲傾斜，殖民戰爭規模和範圍進一步擴大，打造中華日不落帝國的進程加速。