在朱由崧的劍要落下來的時候，有一人突然跪倒在朱由崧面前爲錢謙益求情，此人非別，正是無端被他的老師迫害的鄭大木，黃宗羲、鄭鴻逵等人愕然。
朱由崧心一動沒往下落這一劍，這時鄭大木道：“陛下，師徒如父子，雖然老師犯下不赦之罪，但大木斗膽，請陛下高擡貴手，留老師一命，如果可以，大木願意代老師受過。”
都認爲此時最恨錢謙益的應該是鄭大木了，然而關鍵時刻鄭大木卻出面爲錢謙益求情，而且願意代師受過，代師受過，這可不是說着玩呢，當着皇的面，那是願意替錢謙益掉腦袋、坐牢！
這是衆人始料未及的，特別是知道內情的東林骨幹們，一時間對這個國子監的學生、二十歲的年輕人，全都肅然起敬。
此時學生和老師，人品之高下，猶如雲泥。
此時心裡最感動和負罪的當然是錢謙益了，錢謙益老淚縱橫，無地自容了。
在場的人感動之餘，全都看向朱由崧，但朱由崧的劍還是落下來了，東林黨人包括柳如是在內，把眼一閉，認爲錢謙益必死無疑。
但是朱由崧這一劍下來後，並沒有鮮血迸流，腦袋骨碌在地的情景。
衆人仔細一看，朱由崧這一劍只是把錢謙益的烏紗帽掃去了一半，只剩一個圈和兩邊的翅還戴在頭，像個沒頂的草帽一樣，由於劍鋒吹毛利刃，錢謙益發髻被斬落大半，露出腦瓜皮，像是被剃了頭一樣，錢謙益頓時魂飛魄散暈倒在地。
一瓢冷水錢謙益又醒了過來，狼狽不堪的他驚魂甫定後，趕緊叩頭謝恩。
朱由崧將寶劍還匣，對錢謙益道：“朕看在大木的份不殺你，但也絕不再啓用你，朕賜你出家。”
這樣，錢謙益被革除了一切功名，朱由崧擢任吳偉業爲禮部尚書，不久南京城紫荊山下的一座小廟，錢謙益和柳如是把女兒小如是交給了朱由崧，一個落髮爲僧，一個削髮爲尼。
隨後朱由崧從錢府裡搜出大量的書信，主要是與左良玉來往的信，有真信還有僞信，還有幾封是與鄭芝龍的來往信，由於錢謙益等人均已招供，因此，這些信朱由崧看都沒看，全部當衆焚燬。
方以知、陳貞慧、冒襄、李香君、董小宛等，這些東林復社的骨幹才女們也全都被免除了死罪，這些人感念皇恩，連同黃宗羲在內都願意認罪歸順朝廷，朱由崧甚至連大牢也沒讓他們蹲，朱由崧的理由是，既然連錢謙益這樣的罪魁禍首都赦免了，何況是這些人呢？
在賀宣嬌等人陪同下，朱由崧扯着小柳是，從錢府回到謹身殿西暖閣，朱由崧讓金皇后負責照看小如是，面對如山的舉策論試卷，盧九德請示如何處理，朱由崧一笑：“如期爲衆舉子開榜，至於這些策論嘛朕也不用一個個再細看了，但也別浪費，天氣這麼冷，當柴火吧。”
“陛下聖明，這玩意兒好燒，還沒煙，正適合取暖。”盧九德也不敢樂，躬着身子應諾着。
接下來東林書院被拆除了，說是拆除其實是換了招牌，是爲朱由崧提名王鐸執筆的“皇家書院”，皇家書院與國子監齊名，書院除了清洗後的東林學子外，還招收落弟的貢生繼續讀。
新成立的皇家書院隸屬於禮部，學院具體事務由儒學大師劉宗周負責，在裡面講學做學問的除了劉宗周本人之外，主要還有黃宗羲、方以知、陳貞慧、冒襄、李香君、董小宛，等等。
劉宗周和新任的禮部尚書吳偉業商討之後，爲學院擬定了院規和院訓，只做學問，不談政治。
朱由崧也時常抽時間來這裡聽他們講學說道，每次朱由崧駕臨皇院書院，李香君和董小宛都要爲朱由崧或吹拉彈唱，或琴棋書畫地獻絕技，以這種方式感念皇恩浩蕩。
東林黨的事這樣被朱由崧用這種方式擺平了，朝野震動。
現在只有一個侯方域尚在武漢左良玉那裡，盧九德等人建議把侯方域的父親侯恂等一家人全部抓起來投入大牢，然後問罪左良玉。
朱由崧沒那麼做，因爲左良玉現在還沒有什麼跡像，侯家的事以後再說，且時間已經進入十一月旬，接下來武科取士要開始了。
經過十天的初試或者叫會試之後，進入殿試或者叫廷試的程序，名單逞給朱由崧，朱由崧一看，四川石柱的馬氏兄妹、玉面公子陸校、神箭少年張玲均在列，朱由崧滿意地點點頭，把李全叫過來，問這些天悅朋客棧之事。
“陛下容稟，”李全施禮後湊過來道，“自那日一別，那幾位小英雄除了習練武，無一天不念叨陛下的，他們都說這次武科取士，武狀元非陛下莫屬。”
朱由崧哈哈大笑，李全和盧九德都笑了，李全繼續道：“陛下，還有呢，那位才貌俱佳的馬小姐……”李全剛說到這裡，看賀宣嬌兩隻秀目向他瞪圓了，趕緊打住。
朱由崧笑着看了賀宣嬌一眼道：“嬌兒，想你那位乾妹妹了吧，明天能見着他們了。”
賀宣嬌把小嘴一抿，嗔道：“奴家纔不想她呢，怕是有人在想呢！”
“金花跟嬌兒一樣，如此巾幗棟樑之才，朕豈能不想呢，復興大明，驅虜討賊全指望着你們呢！”朱由崧說着，把賀宣嬌攬入懷，李全、盧九德等太監宮女們趕緊識趣地退出去了。
第二天巳時，朱由崧便端座在武科場點將臺，金皇后帶着小柳是與賀宣嬌左右相陪，武百官環於左右而坐，今天天氣也好，微微有些風，冬日的暖陽盡情地爲他們君臣驅散着嚴寒，照在人身覺得特別舒服，下面偌大的武科場一覽無餘。
四周圍是站得整整齊齊的甲衣將士，陽光下明盔亮甲，槍械閃光，全都顯得精神抖擻。
主考官是當年的武進士現任五軍都督府軍大都督的鄭鴻逵，副考官則是御營統領劉肇基，二將滿是甲衣，全副武裝，在武科場考官席坐。
這時，武貢士們全都騎着馬有序地來到梅花圈前排隊等候，鄭鴻逵指令下達，梅花圈開放，排在前面的兩名武貢士揹着弓箭縱馬衝進了武場。
這時，馬金花、馬萬年、陸校和張環四員小將坐在馬東張西望，他們正在尋找一個人。