隋大業（605～618）中，遊蜀中峨眉。隋亡，隱於終南山，與高僧道宣相友善。
唐太宗李世民即位，召至京師，以其“有道”，授予爵位，固辭不受，再入峨眉煉“太一神精丹”。顯慶三年（658），唐高宗又徵召至京，居於鄱陽公主廢府。翌年，高宗召見，拜諫議大夫，仍固辭不受。咸亨四年（673），高宗患疾，令其隨御。上元元年（674），辭疾還山，高宗賜良馬，假鄱陽公主邑司以屬之。
永淳元年卒，遺令薄葬，不藏明器，祭去牲牢。
宋徽宗崇寧二年（1103）追封爲妙應真人。
孫思邈7歲時讀書，就能“日誦千言”。每天能背誦上千字的文章，到了20歲，就能侃侃而談老子、莊子的學說，並對佛家的經典著作十分精通，被人稱爲“聖童”。但他認爲走仕途，做高官太過世故，不能隨意，就多次辭謝了朝廷的封賜。隋文帝讓他做國子博士，他也稱病不做。唐太宗即位後，召他入京，見到他50多歲的人竟能容貌氣色、身形步態皆如同少年一般，十分感嘆，便道：“所以說，有道之人真是值得人尊敬呀！像羨門、廣成子這樣的神仙人物原來世上竟是有的，怎麼會是虛言呢？”皇帝還想授予他爵位，但仍是被孫思邈拒絕了。高宗繼位後，又邀他做諫議大夫，也未被允。孫思邈歸隱的時候，高宗又賜他良駒，還有已故的鄱陽公主的宅邸居住，就連當時的名士宋令文、孟詵、盧照鄰等文學大家都十分尊敬他，以待師長的禮數來侍奉他。
玄武門之變發生於唐高祖武德九年（626年）。唐太宗即位之後怎麼也應該在627年後召見的孫思邈。按傳說孫思邈出生於541年的話，此時的他應該已經80多歲高齡了。再者二十三年五月，太宗去世，李治即位，是爲唐高宗，時年二十二歲。次年（650年）改元永徽。這時高宗怎麼可能邀請一百多歲高齡的孫思邈做諫議大夫？所以說傳說生於541年死於682年是不成立的。據推算應該是生於570年左右，死於740年左右。
一次，盧照鄰問了老師一個問題：“名醫能治癒疑難的疾病，是什麼原因呢？”孫思邈的回答十分精彩，也足見其醫學上的造詣頗深。他答道：“對天道變化了如指掌的人，必然可以參政於人事；對人體疾病了解透徹的人也必須根源於天道變化的規律。天候有四季，有五行，相互更替，猶似輪轉。那麼又是如何運轉呢？天道之氣和順而爲雨；憤怒起來便化爲風；凝結而成霜霧；張揚發散就是彩虹。這是天道規律，人也相對應於四肢五臟，晝行夜寢，呼吸精氣，吐故納新。人身之氣流注周身而成營氣、衛氣；彰顯於志則顯現於氣色精神；發於外則爲音聲，這就是人身的自然規律。陰陽之道，天人相應，人身的陰陽與自然界並沒什麼差別。人身的陰陽失去常度時，人體氣血上衝則發熱；氣血不通則生寒；氣血蓄結生成瘤及贅物；氣血下陷成癰疽；氣血狂越奔騰就是氣喘乏力；氣血枯竭就會精神衰竭。各種徵候都顯現在外，氣血的變化也表現在形貌上，天地不也是如此嗎？”
孫思邈還對良醫的診病方法做了總結：“膽欲大而心欲小，智欲圓而行欲方。”“膽大”是要有如赳赳武夫般自信而有氣質；“心小”是要如同在薄冰上行走，在峭壁邊落足一樣時時小心謹慎；“智圓”是指遇事圓活機變，不得拘泥，須有制敵機先的能力；“行方”是指不貪名、不奪利，心中自有坦蕩天地。這就是孫思邈對於良醫的要求。其實，何止於醫者，僅從爲人的角度上來講，恐怕要做一個有氣度、有擔當的人，也不悖此道吧！
孫思邈是古今醫德醫術堪稱一流的名家，尤其對醫德的強調，爲後世的習醫、業醫者傳爲佳話。他的名著《千金方》中，也把“大醫精誠”的醫德規範放在了極其重要的位置上來專門立題，重點討論。而他本人，也是以德養性、以德養身、德藝雙馨的代表人物之一，成爲歷代醫家和百姓尊崇倍至的偉大人物。
唐代名醫孫思邈被尊爲藥王，他卻不用動物入藥。他說：
“自古名賢治病，多用生命以濟危急，雖曰賤畜貴人，至於愛命人畜一也。損彼益己，物情同患，況於人呼！夫殺生求生，去生更遠。吾今此方所以不用生命爲藥者，良由此也。”（《備急千金要方》）孫思邈一生著作80餘部，除了《千金要方》、《千金翼方》外，還有《老子注》、《莊子注》、《枕中素書》1卷、《會三教論》1卷、《福祿論》3卷、《攝生真錄》1卷、《龜經》2卷等。
【理念與貢獻】孫思邈把醫爲仁術的精神具體化。他在其所著的《大醫精誠》一書中寫道：“凡大醫治病，必當安神定志，無慾無求，先發大慈惻隱之心，誓願普救含靈之苦，若有疾厄來求救者，不得問其貴賤貧富，長幼妍蚩，怨親善友，華夷愚智，普同一等，皆如至親之想。亦不得瞻前顧後，自慮吉凶，護借身命。見彼苦惱，若已有之，深心悽愴，勿避險惡，晝夜寒暑，飢渴疲勞，一心赴救，無作功夫形跡之心。如此可爲蒼生大醫，反此則是含靈巨賊。夫大醫之體……又到病家，縱綺羅滿目，勿左右顧眄；絲竹湊耳，無得似有所娛；珍羞迭薦，食如無味；醞祿兼陳，看有若無。夫爲醫之法，不得多語調笑，談謔喧譁，道說是非，議論人物，炫耀聲名，訾毀諸醫，自矜己德，偶然治瘥一病，則昂頭戴面，而有自許之貌，謂天下無雙，此醫人之膏肓也。”上述的寥寥片語，已將孫思邈的高尚醫德情操，展示在人們面前。
據傳孫思邈擅長陰陽、推步，妙解數術。終身不仕，隱於山林。親自採製藥物，爲人治病。他蒐集民間驗方、秘方，總結臨牀經驗及前代醫學理論，爲醫學和藥物學作出重要貢獻。後世尊其爲“藥王”。他汲取《黃帝內經》關於臟腑的學說，在《千金要方》中第一次完整地提出了以臟腑寒熱虛實爲中心的雜病分類辨治法；在整理和研究張仲景《傷寒論》後，將傷寒歸爲十二論，提出傷寒禁忌十五條，頗爲後世傷寒學家所重視。他蒐集了東漢至唐以前許多醫論、醫方以及用藥、鍼灸等經驗，兼及服餌、食療、導引、按摩等養生方法，著《千金要方》三十卷，分二百三十二門，已接近現代臨牀醫學的分類方法。全書合方、論五千三百首，集方廣泛，內容豐富，是我國唐代醫學發展中具有代表性的鉅著，對後世醫學特別是方劑學的發展，有着明顯的影響和貢獻；並對日本、朝鮮醫學之發展也有積極的作用。《千金翼方》三十卷，屬其晚年作品，系對《千金要方》的全面補充。全書分一百八十九門，合方、論、法二千九百餘首，記載藥物八百多種，尤以治療傷寒、中風、雜病和瘡癰最見療效。
他堅持辨證施治的方法，認爲人若善攝生，當可免於病。只要“良醫導之以藥石，救之以針劑”，“體形有可愈之疾，天地有可消之災”。他重視醫德，不分“貴賤貧富，長幼妍蚩，怨親善友，華夷愚智”，皆一視同仁。聲言“人命至重，有貴千金”。他極爲重視婦幼保健，著《婦人方》三卷，《少小嬰孺方》二卷，置於《千金要方》之首。
孫氏認爲“人命至重，有貴千金，一方濟之，德逾於此”，故將他自己的兩部著作均冠以“千金”二宇，名《千金要方》和《千金翼方》。這兩部書的成就在於：首先對張仲景的《傷寒雜病論》有很深的研究，爲後世研究《傷寒雜病論》提供了可*的門徑，尤其對廣義傷寒增加了更具體的內容。他創立了從方、證、治三方面研究《傷寒雜病論》的方法，開後世以方類證的先河。《千金要方》是我國最早的醫學百科全書，從基礎理論到臨牀各科，理、法、方、藥齊備。一類是典籍資料，一類是民間單方驗方。廣泛吸收各方面之長，雅俗共賞，緩急相宜，時至今日。很多內容仍起着指導作用，有極高的學術價值，確實是價值千金的中醫瑰寶。《千金要方》是對方劑學發展的巨大貢獻。書中收集了從張仲景時代直至孫思邈的臨牀經驗，歷數百年的方劑成就，在閱讀仲景書方後，再讀《千金方》，真能大開眼界，拓寬思路，特別是源流各異的方劑用藥，顯示出孫思邈的博極醫源和精湛醫技。後人稱《千金方》爲方書之祖。
《千金要方》在食療、養生、養老方面做出了巨大貢獻。孫氏能壽逾百歲高齡，就是他在積極倡導這些方面的理論與其自身實踐相結合的效果。孫思邈的輝煌成就，生前就受到了人們的崇敬。人稱“藥王”，“真人”，“藥聖”，隋、唐兩代都很器重他，知名人士亦多對他以禮事之。他去世後，人們在其故居的鑑山畔，虞誠奉祀。喬世寧序中雲：“鑑山香火，於關中爲盛，雖華嶽吳鎮弗逮焉。”孫思邈在日本也享有盛譽，尤其是日本名醫丹波康賴和小島尚質等對他十分崇拜。
在藥物學研究方面，孫思邈傾注了大量的心血。從藥物的採集、炮製到性能認識，從方藥的組合配伍到臨牀治療，孫思邈參考前人的醫藥文獻，並結合自己數十年的臨證心得，寫成了我國醫學發展史上具有重要學術價值的兩部醫學鉅著——《千金要方》和《千金翼方》。其中《千金要方》載方5000多首，書中內容既有診法、證候等醫學理論，又有內、外、婦、兒等臨牀各科；既涉及解毒、急救、養生、食療，又涉及鍼灸、按摩、導引、吐納，可謂是對唐代以前中醫學發展的一次很好的總結。而《千金翼方》載方近3000首，書中內容涉及本草、婦人、傷寒、小兒、養性、補益、中風、雜病、瘡癰、色脈以及鍼灸等各個方面，對《千金要方》作了必要而有益的補充。書中收載的800餘種藥物當中，有200餘種詳細介紹了有關藥物的採集和炮製等相關知識。尤其值得一提的是，書中將晉唐時期已經散失到民間的《傷寒論》條文收錄其中，單獨構成九、十兩卷，竟成爲唐代僅有的《傷寒論》研究性著作，對於《傷寒論》條文的保存和流傳起到了積極的推動作用。
在臨牀實踐中，孫思邈總結出了許多寶貴的經驗，如“阿是穴”和“以痛爲腧”的取穴法，用動物的肝臟治療夜盲症，用羊的甲狀腺治療地方性甲狀腺腫，用牛ru、豆類、穀皮等防治腳氣病；對於孕婦，提出住處要清潔安靜，心情要保持舒暢，臨產時不要緊張；對於嬰兒，提出餵奶要定時定量，平時要多見風日，衣服不可穿得過多……這些主張，在今天看來，仍然有其一定的現實意義。
孫思邈崇尚養生，並身體力行，正由於他通曉養生之術，才能年過百歲而視聽不衰。他將儒家、道家以及外來古印度佛家的養生思想與中醫學的養生理論相結合，提出的許多切實可行的養生方法，時至今日，還在指導着人們的日常生活，如心態要保持平衡，不要一味追求名利；飲食應有所節制，不要過於暴飲暴食；氣血應注意流通，不要懶惰呆滯不動；生活要起居有常，不要違反自然規律……
由於《千金要方》及《千金翼方》的影響極大，因此這兩部著作被譽爲我國古代的醫學百科全書，起到了上承漢魏，下接宋元的歷史作用。兩書問世後，倍受世人矚目，甚至飄揚過海，廣爲流傳。日本在天寶、萬治、天明、嘉永及寬政年間，都曾經出版過《千金要方》，其影響可見一斑。孫思邈死後，人們將他隱居過的“五臺山”改名爲“藥王山”，並在山上爲他建廟塑像，樹碑立傳。每年農曆二月初三，當地羣衆都要舉行廟會，以經念孫思邈爲我國醫學所作出的巨大貢獻。廟會時間長達半月之久，前來遊覽、憑弔的八方來客絡繹不絕。
史載其著作計三十餘種，唯多亡佚。現存之《千金要方》和《千金翼方》各三十卷，系我國著名醫學著作。其他如《攝養論》《太清丹經要訣》《枕中方》等數種，尚有部分佚文可見。
孫思邈又是世界上導尿術的發明者。據記載：有一個病人得了尿瀦留病，撒不出尿來。孫思邈看到病人憋得難受的樣子，他想：“吃藥來不及了。如果想辦法用根管子插進尿道，尿或許會流出來。”他看見鄰居的孩子拿一根蔥管在吹着玩兒，蔥管尖尖的，又細又軟，孫思邈決定用蔥管來試一試，於是他挑選出一根適宜的蔥管，在火上輕輕燒了燒，切去尖的一頭，然後小心翼翼地插進病人的尿道里，再用力一吹，不一會兒尿果然順着蔥管流了出來。病人的小肚子慢慢癟了下去，病也就好了。
在他的《丹經》一書中，第一次把火藥的配方記錄下來。
藥王孫思邈在西魏時代出生，相傳活到141歲才仙逝，其長壽心得必有過人之處。但事實上幼時的孫思邈體弱多病，所以才因病學醫，總結了唐代以前的臨牀經驗和醫學理論，編成兩部醫學鉅著———《千金藥方》和《千金翼方》。孫思邈的養生之法相信會對您有所裨益