橫山勇的私自動用細菌武器的行動不但給了中國空軍使用化學武器的藉口，葬送了3個精銳的日軍師團，而且讓中國派遣軍被推到了風口浪尖。
8月3日白天，日本各大城市陸續被報告陶瓷炸彈碎片，上面有日文編號。東京的陸軍軍醫學校細菌武器研究室派出的技術人員已經確認，這些陶瓷炸彈就是來自哈爾濱的731部隊，很明顯中國人的確做到了他們所說的事情。
每個日本城市都有上百萬的人口，根本無法進行有效的隔離，可想而知當瘟疫爆發的時候一定會很嚴重。政府和軍方知情的高管紛紛命令家人轉移到鄉下去躲避這場災難，不過這個動作讓病毒更廣闊地傳播了。日本政府非常的恐慌，唯一讓他們感到不那麼被動的是由於新聞的嚴密封鎖，大多數民衆還不這個消息，只是在小範圍內傳播。
過了幾天後，各地的疫情無法避免地爆發開來，而且越來越嚴重。天皇下令數個城市進入戒嚴狀態，嚴禁市民進出城，嚴禁上街和串門，連日常的生活都受到了影響。日本本土的駐軍參與到了行動中來，將患病的日本人強行帶到郊外的集中營中，在那裡他們根本得不到應有的救助，只能依靠的抵抗力，日本政府不可能將寶貴的青黴素用到平民的身上。十天後數萬人身亡，一個月後數十萬人因爲各種病毒和併發症死去。日本的各種軍事物資生產受到了嚴重的影響，太平洋戰場、東南亞戰場和緬甸戰場的日軍即不能獲得國內的給養和人員的補充，同時非常擔心的親人在這次惡魔降下的瘟疫中的情況，所以戰鬥力大大下降了。
天皇親自下令要求中國派遣軍司令畑俊六回國解釋情況，對此畑俊六感覺非常的無辜。雖然參與細菌戰的榮字1644部隊確實駐紮在南京陸軍中央醫院，但是他並不橫山勇下達的命令。橫山勇是依靠在關東軍中的關係命令榮字1644部隊幫助第11軍的進攻的，這涉及到各個日本駐軍之間的問題了。
就在畑俊六回到日本之前，他下令斥責了榮字1644部隊的部隊長桔田武夫中佐，後者回到南京陸軍中央醫院後召集副部隊長兼研究課長爲小林賢二少佐等人，說明了情況後切腹自殺，以此來向天皇謝罪，向由於他們的行動導致的三個師團的日軍和數十萬日本居民的死亡謝罪。
畑俊六回到日本之前還嚴令第11軍不能再採取類似的行動，第39師團和獨立第一戰車旅團應儘快退入九江附近，依靠中國居民的掩護躲避毒氣的進攻。而從旅順轉移來的第20軍暫時駐紮在上海和杭州，避免遭到損失。
如此第三次南昌會戰就以第九戰區的勝利而告終，闊別祖國一年之久的南昌回到了國民政府的懷抱。在清理第三和第六師團士兵遺物的時候，了大量的照片、日記記錄的南京大屠殺時候日軍的“武功”。其中一小部分材料被挑出來通過報紙公佈，在中國引起了巨大的效果。日軍大本營雖在南京大屠殺進行後由於國際社會的責難而命令當時的華中派遣軍和上海派遣軍銷燬證據，但是普通的士兵身上還是攜帶了相當多的戰爭紀念品，這三個師團的指揮官可能從來沒有想過會被一鍋端掉，所以對來自大本營的命令並沒有很地執行。
日軍各種殘忍的記錄更加證明了中隊進攻的正義性，原本國內的一小撮反對意見也消亡了，現在誰還敢說對這三個日軍師團太過不仁義的話那他就是漢奸了。
即使在國際社會上，大部分的意見也是擁護中隊的舉動的。及時將人權和國際法很看重的英美兩國對此也沒有表示太多的反對意見，只是通過兩國大使對中隊再次動用化學武器表示了關注。在兩國的國內，則更加關注日軍利用英美的俘虜進行的各種殘忍的試驗，這些報道不斷訴諸報端，讓兩國的軍屬感到非常的擔憂。英國在太平洋戰場上，有數萬的英美士兵被俘虜，對這些士兵的命運的擔憂促使一些人到羅斯福的白宮和丘吉爾的唐寧街進行遊行，要求政府也動用相應的特種武器進行報復，以促使日本遵照日內瓦公約停止虐待和殘殺戰俘。爲了兩國通過中立國向日本提出了最後的通牒，在兩國的武器庫中，大量封存着化學武器和生物武器，這樣的通牒讓日本政府膽戰心驚，趕緊進行回覆保證將戰爭控制在常規的範圍之內。
對於蘇聯則更是直接，斯大林得知日本曾經在諾門罕戰役中動用細菌武器，並利用抓獲的蘇軍戰俘進行活人試驗後，立即命令西伯利亞駐軍將囚禁在戰俘營中的所有日軍戰俘全部槍斃。然後命令在蘇聯游擊隊如果逮住幫助德國人建立僞政府組織的日軍專家一律當場絞死。要不是在西線戰場上騰不出手來，斯大林本人非常樂意將存儲的化學武器通過海參威投擲到日本的本島之上。
隨着日軍縮回了幾個大城市，這一次以中隊勝利的第三次南昌會戰結束了。對於盟軍一方來說，這個勝利雖然出乎大多數人的預料，但是客觀上使得盟軍岌岌可危的局勢變得好看一些。中國奪取了南昌，使得沿着長江深入的第11軍陷入了險境，隨時有被中隊奪回九江而被甕中捉鱉的危險。中國則打通了浙贛線，跟第三戰區的聯繫更加緊密了。
不但如此，關東軍第20軍被吸引到華中地區，使得日軍向東南亞增兵的行動爲之一滯，英聯邦的澳大利亞地區和美國的夏威夷恐怕暫時不會受到威脅了。而且中隊將細菌炸彈投擲到日本城市的上空，破壞了這些人口密集城市對軍事裝備的生產和製造，軍隊訓練速度也受到了影響，同樣從本土抽調部隊的期望也落空了。這使得盟軍的形勢一天天地在好轉。此消彼長，隨着美國的經濟全面轉向戰爭，源源不斷的作戰物資被生產出來，幾條航空母艦同時在建造，美國已經開始制定奪回幾個島嶼的計劃。
所以對於此次的戰果，美英兩國表示非常的高興。羅斯福和丘吉爾分別給蔣介石發來了賀電，恭喜中隊取得的成績，並邀請其參加適時地訪問英國和美國。英美的報刊也將蔣介石恭維爲世界反法西斯的四個巨頭之一，排名甚至在蘇聯的斯大林之前。因爲蘇聯在節節敗退，而中國則在逐步反攻。
當然了，蔣介石也趁機要求更多的援助，無論是飛機、汽車、火炮還是槍支，總之現在中隊如果要進行更多的進攻，那麼還是很缺作戰物資的。對此羅斯福只得答應，能用錢解決的問題是最簡單的問題，只要中國能繼續將日本拖住一年到半年，那麼美國就能在太平洋戰場緩過勁來。於是已經完成擴建施工的滇緬公路（在美國這條公路被命名爲中美公路）上的貨運更加頻繁了，每天都有幾萬輛大卡車開在上面，連帶紅火了許多民營的運輸公司和公路兩旁的各個小鎮。
蔣介石受到勝利的鼓舞，對抗戰出現的轉機欣喜若狂，他命令參謀總長兼軍政部長何應欽和副參謀總長白崇禧負責擬定進一步的作戰計劃，希望能乘機奪回宜昌、武漢，甚至希望能將首都奪回，拋棄南京是他一生都難以忘懷的恥辱。
第五戰區在北，第六戰區在西南，而第九戰區在東面對宜昌、武漢之第11軍形成了半包圍的局面，按道理來說是非常容易拿下的，蔣介石對此非常樂觀。不過身經百戰，成功指揮了臺兒莊會戰和桂南會戰的白崇禧卻了幾個問題。首先第九戰區的勝利離不開空軍的支持，第一航空軍這個中國空軍中的戰略機動力量幾乎全部在支持薛嶽的進攻，一個月的戰鬥已經讓他們耗費了精力，現在要再次輔助進攻如此大規模的區域，無疑是在用疲兵去對付日軍嚴正以待的防線。同樣第九戰區的進攻中損失也很大，給養和人員都待補充，而第六戰區和第五戰區裝備老式，也沒有經過與空軍協同的經歷。所以白崇禧建議暫緩進攻而轉爲蓄積力量，等到秋天再發起攻擊。
白崇禧的話等於給蔣介石熱氣騰騰的心澆了一瓢涼水，不過蔣介石還是堅持命令三個戰區發起一次作戰。白崇禧不得已只好去擬定作戰計劃，心裡面卻腹誹蔣介石這個黃埔軍校的校長在軍中只有做一名團長的眼界。
橫山勇的第11軍雖然在南昌有3個師團被全殲，但是除卻部署在九江的第39師團和獨立戰車第一旅團，在武漢和宜昌等地還有第13、第40、第58、第116師團和獨立混成第17旅團。而且第11軍的軍隊都在防守嚴密的各個據點之內，防空炮火和火炮支援齊全，人員也都休整完畢，就待國民軍來硬碰硬。