在益州大力辦學的同時，劉琦嘗試在益州進行經濟改革，提升益州的經濟實力，以增加未來諸侯爭霸的勝算，歷史上蜀國雖然有諸葛亮這樣的內政高手，但是由於連年北伐之後，益州人民民不聊生，最後益州世族一直渴望將劉備集團連根從益州拔出。
作爲穿越者，劉琦絕對不能讓這種悲劇發生在自己身上，在思慮良久後，劉琦決定先從土地改革角度上着手。
在東漢末年，因爲地主土地兼併嚴重，一邊是朱門酒肉臭，另外一邊是路有凍死骨，廣大人民缺衣少料，故在張角通過畫符欺騙下，黃巾軍席捲全國。
在北方，黃巾軍過處，不是地主豪強被殺，就是白骨千里，廖無人煙。
益州雖然遭受黃巾軍影響較少，但是因爲與少數民族接壤，在最近二十年也多次爆發戰爭，如靈帝光和五年（公元182年）班蠻人入寇巴郡，與官軍作戰多年，最後在朝廷招安。
靈帝中平五年（公元188年），益州人馬相、趙祗等在綿竹起兵，自稱爲“黃巾”，殺死刺史儉，進攻巴郡、犍爲，不過一個月，連破三郡，有部衆數萬人，馬相自稱天子，最後在益州世族豪強起兵攻打下，馬相才兵敗被殺。
建安四年（公元200）年，益州人趙韙利用士民對東洲兵的恐懼，起兵作亂，禍亂蜀郡、廣漢、鍵爲，最後竟然一度圍攻成都，該動亂長達一年，影響極大。
再加上張魯叛亂，劉琦從漢中直接打到成都，如此益州土地荒廢非常嚴重，遊蕩太多的流民。
劉琦最初將自己打扮爲一個喜愛益州的士人，通過大力提拔益州人士，大力興辦教育，教化百姓獲得益州士林的好感，在感情上認同劉琦，不再將其視爲外來人。
在這之後，就是解決流民問題，劉琦與諸葛亮、張鬆、法正、徐庶等人議定之後，決定在全益州重新丈量土地，沒收那些戰爭中無主之地。
爲了勸人農桑，以州牧府功曹劉巴爲主，督導各州郡開渠道，引江水進入平日多旱的地方。且每年由州府撥出一定財物以作開渠之用。而所開水渠主要是農田，不是世家豪族的田地，如此政府財政資源作爲一種投資引導作用。
劉琦讓各地官府收攏流民，將其安置在無主之地上，逐步建立屯田制，在官府發放種糧與耕牛後，讓其耕種土地，而官府按照其收成五五分成。
爲了將這些流民常年綁在土地上，使其不再成爲流民，爲害一方，劉琦通過官府下令，流民耕種屯田十年以上後，耕種田地歸其所有，不再額外的向官府繳納賦稅。
如此之下，流民大減，從光和五年開始的益州混亂狀況逐步得以解決，那些流蕩在益州各地的流民，逐步絕跡。
前世經驗告知劉琦，上有政策下有對策，若是不建立屯田制，就不能使益州大治，如此北伐只能是空中樓閣。
如此在接獲各地郡縣都已建立大小不等的屯田，用以安置流民後，劉琦一合計，當即帶領數百鐵衛化作一般士人，巡視各郡縣，親自檢查屯田落實狀況，如此在罷黜幾個陽奉陰違的官員之後，屯田制才真正建立。
巡視完數州之後，看到很多往日流民，在勤奮耕種之後，收穫頗豐，不再像往日那樣過着有上頓沒下頓的日子，不再像往日那樣刀尖上過日子，劉琦心情大悅。
這一日到了漢安郡相如縣，也就是劉琦前世的故鄉，劉琦心情特別舒暢，近鄉人更怯吧，何況是兩世爲人。
但是山河鉅變，與往日模樣大相徑庭，劉琦在文君臺前探詢數日，終沒有找到前世出生的那個小山村，不由得黯然神傷，最後方在文君臺前立一無字碑，以減輕自己對前世故鄉的懷念。
依依不捨，依依不捨，劉琦坐在馬車上，久久的凝視着曾經熟悉的山川，腦中憶起兒時模樣。
但就在嘉陵江渡口，思緒被一陣熟悉的聲音打斷，一問，原來是兩個商人在鬥富，以圖迎娶伍姓望族跛腳女子爲妻。
劉琦大驚，想不到兩個所謂的成功人士，居然爭相迎娶一坡腳女子，如此看來此女子必然爲奇女子亦，當即讓劉坤停車，讓人找來兩個士子模樣的人，一問大呼不可思議。
原來伍姓豪強有一女，幼時玩耍不慎，摔斷大腿，但因三國時醫術落後，終落下殘疾。
看作這個跛腳女，伍大頗爲心痛。自從小女跛腳之後，自己不但沒有因其跛腳而輕視於她，反而百般寵愛，引以爲掌上明珠。
隨着時間推移，跛腳女已經長大成人，婚配就成了問題。一般世族家公子，三妻四妾，怎麼會看上自己這個跛腳女子，若是強配於世家公子，必然受盡虐待。
看着自己由一個跛腳小孩變爲一個跛腳大姑娘，這個跛腳女也豁出去了，聲言只要愛她，不管什麼門第高地。
如此消息放出後，引起各地商人暴發戶青睞，原來在東漢時，世族庶民等級森嚴，去歲劉琦在益州酒店就遇到世族庶民不同桌的現象。
爲了改變自己尷尬身份，這些商人紛紛託人上門求婚，如此之下，跛腳女竟然成爲香餑餑，讓人歎爲觀止。
劉琦對隨行的徐庶說道：“元直，想不到商人竟然如此熱衷於這一世族身份。”
徐庶笑道：“自古以來，商人雖然富有，但是地位非常卑賤，與販夫走卒一般，因此纔有商人每旬到官學院給錢演講這回事。”
劉琦笑道：“自古到今，重農抑商的政策看來也應該稍稍改變下。”
當即與徐庶耳語數聲，徐庶一聽，先是連連搖頭，最後在劉琦耐心解說下，方稍稍點頭。
如此，劉琦星夜兼程回到成都，這一日議事，徐庶建議道，如今天下紛紛擾擾數年，國家已經疲憊，人民已經疲憊，本着有錢出錢，有力出力的原則，建議徵收個人所得稅。
“個人所得稅？”堂中衆人一聽，議論紛紛。
徐庶見狀，說道：“如今天下土地多在豪強手中，天下財富多在豪強手中，如此朱門酒肉臭，路有凍死骨。如此纔有數年前班蠻人入寇，纔會有馬相暴亂，纔有趙韙叛亂，究其原因，實因衆人沒有財富，沒有生計亦。”
“天下興亡，匹夫有責。在這亂世中，大家要保存自己，就應該有錢出錢，有力出力。年入兩千擔以上的豪強商人，須將自己年入的10%繳納給官府，如此亦盡到士人的最基本責任。”
徐庶這一建議一經提出，當即遭到衆人反對，特別是那些世族領袖，認爲自己已經貢獻頗多，怎麼還需要繳納如此高的賦稅。
但對商人、豪強繳納個人所得稅，這些世族領袖就根本不加以反對，反而大聲呼好。這些世族領袖，早就看不慣那些商人、豪強，憑藉自己巧取豪奪，聚斂了雄厚的財富，常常在自己身邊耍闊，真是疏可忍，是不可忍。
當即劉琦諭令各郡縣，對商人、豪強徵收10%的個人所得稅，作爲條件，大封這些稅收大戶爲紳士。如個人所得稅超過500擔的，由縣令授予其爲銅章紳士。個人所得稅在一千擔以上的，授予其銀章紳士。個人所得稅超過五千擔的，授予其金章紳士。
紳士與世族在政治上唯一區別就是不能獲徵孝廉，不能世襲相傳，若三年之內沒達到相應標準的，則取消其紳士頭銜。
想不到這些商人、豪強在繳納鉅額個人所得稅後，居然能夠獲得如此大的好處，當即引起益州世族領袖集體反對。
但是東漢本來就有賣官的傳統，漢靈帝就公開賣官，上至朝廷三公，下至一般太守縣令，都可以公開買賣。
董卓、曹操等人爲了籌集軍餉，曾經挖掘帝陵，如此看來，劉琦給予商人、豪強政治上好處，是小巫見大巫。這些繳獲鉅額個人所得稅的商人、豪強，雖然獲得一定政治地位，但只是在自以爲傲的世族隊伍中增加數人而已。
看作這些反對的世族領袖，諸葛亮對譙並等人說道：“益州動亂多年，人民已經疲憊，如今天下大亂，要保境安民，需要太多錢糧，你們爲益州世族領袖，可否繳納稅賦，如此州牧大人亦不必給那些商人、豪強以紳士地位。”
如此，除了譙並幾人外，衆人惜家中錢糧，不再如初時那樣反對。
在諭令傳達各郡縣後，這些飽受世族瞧不起的商人、豪強，爲了提高自己地位，爲了自己門面，紛紛按照自己歲入錢糧數，向官府通報後，繳納了相應錢糧。
讓人驚訝的是，在連年戰亂之後，這些商人、豪強還忒有錢，稅收超過五千擔的大戶，竟然有六家之多。
聽到徐庶在傍邊眉飛色舞的訴說，早已忘記劉琦勸說其出頭，公開勸說個人所得稅的情景。
劉琦大喜，當即決定在州牧府大廳召見這些納稅大戶，以鼓勵納稅意識。須知前世國人，紛紛偷稅漏稅，劉琦不由得心花怒放。
這一日州牧府煥然一新，劉琦親自站在州牧府大門邊，迎接這些稅收大戶的光臨。
片刻，一位張姓的生意人趕來，原來這就是在州學院捐獻200兩銀子，在州學院演講的蜀錦生意人。一看劉琦親自出門迎接，對他們這些商人如此禮遇，慌忙跪下請安。
劉琦扶起道：“先生將蜀地錦繡售往西域，再帶回名駒貂皮，實在是造福益州百姓。”
張姓商人一聽，雙眼一熱，哽咽道：“大人平定騷亂，還益州百姓以太平，收留流民，大人你纔是益州百姓的大救星。”
劉琦大笑，當即一一將這些商人迎進大廳，在諸葛亮唱名之下，劉琦將金光閃閃的金質紳士勳章授予這些商人豪強。