新遼軍攻下袁州城後，由於原先的官府早已經被叛軍搗毀，陷入無序狀態，而江西巡撫又被張獻忠嚇得躲在南昌府不敢出城，哪裡還管得到袁州城這邊的事情。複製網址訪問
爲此，墨離便以湖廣總督的名義，發榜招賢，任命新的地方官員，搭建袁州城的行政架構，管理民生事務。
同時，大軍繼續前往臨江府繼續追擊叛軍張獻忠。
新遼軍在清江和新化與張獻忠的叛軍連戰兩場，殺得叛軍紛紛落荒而逃，丟盔棄甲。
張獻忠知道新遼軍的厲害，於是不敢再圍攻南昌府，亦不敢再逗留，繼續向北往九江方向奔去，打算與王自用匯合。
甚至有些叛軍在得知新遼軍追來之後，紛紛大驚失色的叫了起來：“新遼軍來了！墨家軍來了！大家快跑！”
一時間，墨家軍的大名在湖廣江西一帶開始流傳開來，聲名赫赫，不僅張獻忠聞風而逃，就連那些各地的綠林強盜，各種毛賊也爲之膽寒，紛紛跟隨張獻忠一窩蜂的往北跑。
江西巡撫帳下的兵馬遇着張獻忠的叛軍是紛紛潰退，張獻忠的叛軍聽了墨家軍的風聲隨即聞風而逃，這是何等的諷刺？同樣都是大明的官軍，爲什麼人家墨家軍就這麼能打？而自己的兵馬卻這麼窩囊？
因此，儘管墨離帶着大軍在江西境內一路追擊張獻忠的同時，也毫不客氣的自行任命新的各地方官員，江西巡撫卻也是不敢有什麼異議。
本來也是，你自己身爲一省巡撫，卻屢屢丟城失地，皇上、朝廷不追究的罪責砍你腦殼就已經是燒高香了，現在這些失地都是人家墨家軍收復的，俗話說國不可一日無君，地方也不能一日沒有人員管理，現在他墨離就地任命新的官員，你還能有什麼異議？
袁州府、吉安府、贛州府、臨江府等等江西大半的地方均被叛軍蹂躪過，所有行政系統均已癱瘓。墨離率着新遼軍一路追擊，收復數十州縣，重新任命官員，管理地方。
孟軻也沒有讓墨離失望，幾天後便將宋應星以及其家人一起接到了袁州城。
墨離很欣賞宋應星的才華和對科學研究的態度，當即聘請他爲嶽麓書院的教授，與雷洛他們一起，一邊進行科學研究，一邊培養科技人才。
而宋應星也被墨離的誠懇所打動。墨離貴爲一省總督，卻對他一個屢試不第的落魄舉人信任有加，關懷備至，深深爲他的禮賢下士所感動，從而帶着十二分熱情投入到教學和研究工作中去。
而墨離則一邊追擊張獻忠，一邊蒐羅各地人才收到麾下，爲自己管理地方效力。
而且，這一路下來，也接收了不少新兵。這些新兵，既有叛軍俘虜，也有一些失散的明軍潰兵，另外還有不少是慕名前來投奔從軍的各地青年。
待到大軍行進到九江的時候，墨離麾下已經發展到了近十萬人馬。
再加上武昌的曹變蛟、杜耕、周遇吉等人的隊伍，兵力接近二十萬。如果再算上李過和墨離留守長沙等地的兵力，墨家軍現在的總兵力達到二十六萬左右。
這個數字無疑是很巨大的，對於墨離這樣一個一省總督來說，自然是超出編制了。
這個時候，明眼人一看便知，墨離的志向已不僅僅是爲大明剿賊平寇這麼簡單了。軍中的高級將領，其實都已經隱約明白墨離的籌劃了。
不過，墨離並沒有讓盧漢章等太監知道墨家軍的具體兵力數量，跟他說只有十來萬人馬。所幸墨離和他一直都合作的很好，而他也基本不太關心和過問軍事上的事情。
追到建昌的時候，墨離聞報曹變蛟、杜耕、周遇吉於日前攻破武昌城，王自用、拓先齡率殘部逃脫，繼續自廣濟、黃梅方向朝安徽安慶府逃去。張獻忠率領殘部兩三萬人也緊隨王自用北逃，江西境內的叛軍基本被趕跑，另外有一部分逃入鄱陽湖水域。
攻下武昌後，曹變蛟等人又先後收復了應城、景陵、黃陂等城。自此，湖廣境內的叛軍要麼被剿滅，要麼隨王自用逃到安慶、徽州、浙江等地。
之後，墨離聽說李自成和羅汝纔等人的農民軍自盧象升北上大同後，又迅速在陝西、山西、河南等地死灰復燃，聲威越來越浩大之後，急忙傳令留守陵川的魏洪加強防衛力量，嚴防農民軍攻城，破壞、甚至毀掉陵川這個先行改革的根據地。
同時，墨離又派周遇吉率兵三萬北上，以新任襄陽總兵的身份進駐襄陽，鎮守湖廣的北邊門戶，整頓襄陽以及周邊州縣的城防力量，嚴防李自成叛軍南下湖廣。
之前湖廣的三大總兵因爲剿匪不力，不是被崇禎撤掉，就是投降了叛軍。墨離就任湖廣總督之後，曹變蛟也被任命爲武昌總兵，襄陽總兵和長沙總兵由墨離自行任命。
墨離任命周遇吉爲襄陽總兵，關鋒爲長沙總兵。
逃往安慶的王自用、張獻忠等叛軍，墨離則派馬進忠率四萬大軍繼續追擊，以追賊的名義，堂而皇之的進入安慶，這個時候，想來安徽巡撫也不敢有什麼意見。
曹變蛟負責整頓武昌的軍務，操練兵馬，同時，墨離還讓他籌建一支水師，以應付將來的水戰、海戰。
十七世紀也是航海時代的黃金時期。很多偉大的航海活動也是在這一個時期進行的。西方的那些殖民國家，哪一個不是靠着強大的海軍從海外掠奪資源而讓自己本國的經濟騰飛？
而未來的資源爭奪，就是海洋利益的爭奪，誰擁有一支強大的海軍，誰就有了稱雄的資本。
現在雖然連大明境內的敵人都還沒擊敗，還沒統一，但凡事預則立，不預則廢，想擁有強大的海軍，現在就得着手佈局，從訓練水師開始。
除了組建水師，墨離藉口鄱陽湖還有很多叛軍尚未清剿，讓程青竹率軍繼續滯留在南昌、九江及鄱陽湖一帶活動，追擊殘敵。
至於自己，則率兵返回長沙，坐鎮長沙，一邊安排各地開展土地改革，發展生產，一邊遙控指揮各處大將剿滅叛軍。
現在攤子鋪大了，不可能每一次戰鬥都靠自己去指揮，得學會放權讓部下去發揮了......