甚至於元末農民起義同樣有着道家的影子。
元末農民起義是指元順帝至正十一年至至正二十七年(1351—1367年)九月，中國元朝農民進行的反抗並推翻元封建王朝的武裝鬥爭。朱元璋趁元軍疲於對付北方紅巾軍，無暇南顧之機，採取一系列有效措施，逐漸發展壯大起來。採取先西后東，先強後弱的戰略，在具體作戰中，穩步推進，集中優勢兵力，先剪枝葉，然後動搖其根本，從而削平羣雄統一了江南，爲北上滅元奠定了雄厚的物質基礎和軍事基礎。
武宗（1308—1311年）以後，歷仁宗（1312—1320年）、英宗（1321—1323年）以至泰定帝（1324—1328年），元朝的政治日趨腐朽。從武宗至大元年（1308年）至順帝元統元年（1333年）二十五年間，換了八個皇帝。由於爭奪帝位，蒙古貴族之間長期相互傾軋，往往演成內戰。比如元英宗時的“南坡之變”，文宗時的“天曆之變”等。這時，國家軍政大權已經轉移到握有實力的蒙古大臣之手。元朝後期，土地高度集中，蒙古貴族已完全成爲封建的大地主，各自佔有大量的田土。元泰定帝也先帖木兒在其即位以前，曾獻給朝廷七千頃土地，元順帝時，公主奴倫陪嫁的土地由朝廷轉撥給大臣伯顏的也有五千頃。獻納和撥給的土地尚如此之多，佔田的實際數量當然更多。元朝皇帝爲了籠絡蒙古王公，一登帝位，就把金銀和田土分賜給他們。元世祖時，政府賜給大臣田一次不過百頃，以後增至千頃、萬頃。以前賜田多在北方，後來更轉向江南大部分如蘇州等膏腴之區了。 蒙古貴族把從農民那裡收奪來的土地，再以苛刻的條件租給農民，用租佃的方法進行剝削。元武宗時，“近幸”爲人請田一千二百三十頃。 每年收租五十萬石，平均每畝要收四石，這樣苛重的剝削，必然要陷農民於死地。淮南王的家人也在揚州廣佔田土，時常派人縱騎至各鄉“索債徵租，驅迫農民，剽掠麥禾”。元文宗時，大臣燕帖木兒請求皇帝把蘇州一帶的官田包租給他的兄弟和女婿，再由他們轉租給農民。漢族地主兼併之風與日俱增。福建崇安縣有田稅人戶共四百五十家，納糧六千石。其中五十大家即納糧五千石。佔全縣納稅戶九分之一的地主大戶。竟佔有六分之五的土地。在江南地區，田主除向佃戶徵租外，還隨意向佃戶徵收絲料，勒派附加糧。甚至迫使佃戶代服差徭。有的地主還用飛灑、詭寄等辦法躲避差役，賦役不均的現象非常嚴重，其結果是“大家收谷歲至數百萬斛，而小民皆無葢藏”]。在北方地區，由於賦役不均，也是“富者愈富，貧者愈貧。
在最高統治集團中，奢侈腐化成爲風氣。蒙古皇室和元朝政府把每年蒐括來的民脂民膏，大部分用於無節制的歲賜和“做佛事”。武宗時。政府年入鈔二百八十萬錠，但他即位不到一年就用掉八百二十餘萬錠。仁宗即位後支出更達二千萬錠，其中大部分用在賞賜蒙古貴族。]武宗時，用在敬神、修寺等宗教活動上的開支，一度高達政府全部收入的三分之二。據仁宗延祐四年（1317年）宣徽院統計。僅供佛飲食一項，該年共用面四十三萬九千五百斤，油七萬九千斤，蜜二萬七千三百斤，每日宰羊至萬頭。英宗以後諸帝更是貪財好貨，掠奪無厭。在這種情況下，財政經常支絀，以致“朝廷未嘗有一日之儲”。元朝統治者要彌補虧空，只有加重稅收，濫發紙幣，而人民所受的剝削也愈重。
衆所周知元代時鈔法大興，中統、至正、至大等鈔均是通貨，又加上濫發鈔票也就是不顧市場需求量而印鈔票；除此以外，因爲濫加賞賜，國家財政入不敷出，只好動用鈔本（用來穩定幣價的，也就是說百姓可拿着鈔票去兌換等量足值的金銀銅等本位貨幣，沒有鈔本就無法保證幣值穩定），造成幣值急速下降，以致通貨膨脹嚴重。
元朝末期，貪污剝削愈來愈嚴重。政府賣官鬻爵，賄賂公行。官吏斂括 的花樣無奇不有。“所屬始參曰拜見錢，無事白要曰撒花錢，逢節曰追節錢， 生辰曰生日錢，管事而索曰常例錢，送迎曰人情錢，勾追曰齎發錢，論訴曰公事錢。覓得錢多曰得手，除得州美曰好地分，補得職近曰好窠窟”，甚至連肅政廉訪官吏也是“所至州縣，各帶庫子檢鈔稱銀，殆同市道”。到了元順帝（元惠宗）時，一切腐敗現象達到極點，蒙古貴族和喇嘛僧的跋扈，官吏的貪污，地主豪強的專橫，與日俱增。以順帝爲首的蒙古皇室，也是“醜聲穢行，著聞於外”。元朝的統治已經走上了崩潰的道路。
和殘酷的貪污剝削平行，又接連出現嚴重的天災。元統元年（1333年）京畿大雨，饑民達四十餘萬。二年江浙被災，饑民多至五十九萬，至元（後）三年（1337年），江浙又災，饑民四十餘萬。至正四年（1344年）黃河連決三次，饑民遍野。在天災人禍的迫害下，農民成羣地離開土地，武裝起義相繼而起。
元朝初年，政府曾屢次命令地主減租，以後這種禁令也廢除了。元仁宗延祐二年（1315 年），又下令在兩淮、江南“覈實田畝”，但地主買通官府， 隱匿田產，而官吏又欲藉此以“多括爲功”，結果把兩淮地區由農民耕作的沙鹼土地，也作熟地充數。“苛急煩擾”，民不堪命，就在此時，激起了江西等地農民反對括田增租的鬥爭。
早在泰定二年（1325年），河南息州趙醜廝、郭菩薩的起義，提出了“彌勒佛當有天下”的口號，揭開了元末農民起義的序幕。順帝至元三年（1337年），又有廣東朱光卿、聶秀卿的起義，稱“定光佛出世”。同年又有河南棒胡的起義，棒胡燒香聚衆，起義者“舉彌勒小旗”。至元四年（1338年）。彭和尚、周子旺在袁州起義，起義農民五千餘人，“背心皆書佛字”。到了至正初， 小規模起義、暴動已遍及全國，僅京南一帶的起義即達三百餘起。[8]舉行起義的農民多是漢人、南人，因此蒙古統治者對漢人、南人更加仇視。元丞相伯顏等人曾提出了要殺絕漢人張、王、劉、李、趙五姓的主張，同時又重申漢人不得執兵器，不得執寸鐵，並且下今北人毆打南人不許還報等。這些禁令的實施，更激發了反抗的火焰。反抗蒙古統治者的各種各樣的民謠到處傳播。劉福通以“貧極江南。富跨塞北”爲號召。當時有人說：“塔兒白。北人是主南是客。塔兒紅。南人來做主人翁”。又說：“天雨線，民起怨，中原地，事必變”。這些民謠都強烈地反映了當時日益激化的民族矛盾和階級矛盾。元末紅巾軍大起義正是民族矛盾與階級矛盾的總爆發，而更主要是階級矛盾。“莫道石人一隻眼，挑動黃河天下反”，這是至正十年（1350年）普遍流行於黃河災區的一個民謠。到順帝至正十一年（1351年），果然因爲挑動黃河，天下反了。這一年，元朝政府命工部尚書賈魯發汴梁、大名等十三路農民共十五萬人修治黃河，同時又派兵沿黃河鎮壓。就是這些黃河工地上服役的農民，點燃了紅巾軍起義的導火線。紅巾起義爆發以後。一時“貧者從亂如歸”，不出數月，黃河長江兩淮之間，到處揭起起義的旗幟。
至正十一年（1351年）爆發的紅巾軍大起義，主要分爲兩支。一支起於穎州，領導人是劉福通，一支起於蘄、黃，領導人是徐壽輝、彭瑩玉（即彭和尚）。同年五月，劉福通率領農民軍攻下潁州。劉福通長期以來即以白蓮教組織農民進行反元鬥爭。他最初在永年推韓山童爲首，稱韓爲宋徽宗八世孫，“河、淮、襄、陝之民，翕然從之”。不料事機泄露，韓山童被捕，其子韓林兒逃至武安，福通即來潁州，攻下朱皋，在朱皋開倉賑濟貧民，“從者數十萬”。以後又相繼佔領羅山、真陽、確山、汝寧、息州、光州等地。八月，徐壽輝、彭瑩玉攻下蘄州。彭瑩玉是袁州“莊民家子”，自幼出家，以清泉爲人治病，袁州百姓“事之如神”。他長期利用白蓮教組織農民起義。至元四年（1338年）起義失敗，逃匿淮西，淮民“爭庇之”。至此彭瑩玉又推布販徐壽輝爲首，在蘄、黃起義，建元治平，國號天完，很快便佔領了武昌、安陸、沔陽、江州、饒州各地。這兩支農民軍頭裹紅巾，稱爲紅巾軍或紅軍，他們都信奉彌勒佛，燒香聚衆，又稱“香軍”。此外，以紅軍爲號的還有蕭縣芝麻李、南陽布王三、荊樊孟海馬、濠州郭子興，“兩淮、豐、沛、許、汝、荊、漢”的農民都起來響應。紅巾軍的基本羣衆都是貧苦的農民。元末文人葉子奇說當時“人物貧富不均，多樂從亂”。明太祖朱元璋也說濠州地區，“民棄農業執刃器趨兇者萬餘人”。農民起兵抗元的根本原因是由於元末社會的貧富不均，階級矛盾激化。但蒙古統治者的殘酷的民族壓迫也是重要原因。至正十四年（1354年），元順帝聽信奸臣讒言，把脫脫解職，脫脫統率的“大軍百萬，一時四散”，很多人都投入紅巾軍，劉福通的聲勢日盛。至正十五年（1355年）劉福通擁立韓林兒在亳州稱帝，改元龍鳳，國號大宋，史稱“小明王”。中原各地的紅巾軍都接受了大宋的領導。 至正十七年（1357年），劉福通分兵三路伐元。東路由毛貴率領，掃蕩了山東、河北等地的元軍，直抵柳林、棗莊，離大都不過百餘里。在大都（今中國北京）的蒙古貴族都紛紛建議北逃。但紅巾軍在河北中部遇到元朝援軍的阻擊，又撤回山東。中路由關先生、破頭潘等率領，攻絳州，入保定路，折經大同，直趨塞北。至正十八年（1358 年）十二月，這支起義軍攻佔了上都（今內蒙古自治區多倫附近），燒燬了“富跨塞北”的蒙元宮闕，旋即轉戰遼東各地，並兩度攻入高麗（今朝鮮）。西路由李喜喜、白不信等率領。 由荊州、樊城出武關，進攻長安（今陝西西安）。李喜喜入四川，餘部又攻佔了甘肅、寧夏等地。 與三路進軍同時，劉福通也攻佔汴梁，並以汴梁爲都，於是“造宮闕，易正朔，巴蜀、荊楚、江淮、齊魯、遼海，西至甘肅，所在兵起。勢相連結”。正如紅巾軍檄文所說：“慨念生民。久陷於胡。倡義舉兵，恢復中原，東逾齊魯，西出函秦。南過閩廣，北抵幽燕，悉皆款附，如飢者之得膏粱，病者之遇藥石”，紅巾軍的反元鬥爭至此已達到高潮。以毛貴爲首的紅巾軍在山東等地，甚得民心，有的人把得到的衣糧分與貧民，凡無罪而被掠者一律放還。“又於萊州立三百六十屯田。每屯相去三十里；造大車百輛以挽運糧儲，官、民田只十取其二分”。又立“賓興院”羅致人才。爲了解除紅巾軍的威脅，元朝政府曾下令要把漢人一概捕殺，並把“諸蒙古、色目因遷謫在外者皆召還京師”。後來看到漢族地主也敵視紅巾軍，就宣告免除南人、北人的界限。凡起兵鎮壓紅巾軍的人都給以萬戶、千戶、百戶的爵賞。元朝政府還賜方國珍、張士誠龍衣、御酒，給以官號，收買他們爲蒙古統治者效力。方國珍、張士誠接受了元朝的官號，轉而與紅巾軍爲敵。至正十二年（1352年），察罕帖木兒、李思齊等起兵進攻紅巾軍，“所在義士俱將兵來會”。同年，答失八都魯也“招募襄陽官吏及土豪避兵者”，北上襲擊毫州。答失八都魯的軍隊於至正十六年（1356年）被劉福通殲滅，但察罕帖木兒得到元朝統治者的大力支持，軍容日盛。至正十八年（1358年），察罕帖木兒以兵分鎮關陝、荊州、河洛、江淮四地，又以重兵屯太行山， 成爲紅巾軍最兇惡的敵人。漢族地主階級在農民起義的過程中，一部分人始終對蒙元效忠，堅決與農民爲敵。他們要“竭忠以報國家”。另一部分人則不願做蒙古人的奴才，結寨自保，觀變待機。也有一小部分人蔘加了農民軍，這是由於漢族地主與蒙古統治者之間還存在着尖銳民族矛盾，有的人則是迫於農民軍的威力。劉福通領導的紅巾軍逐漸處於不利的形勢。北伐的三路大軍在事前並無精密的佈置，軍令既不統一，彼此間也缺乏聯繫。關先生、破頭潘和李喜喜的軍隊始終在各地流動作戰，沒有鞏固的根據地，前方勝利，後方又遭到敵人的攻擊。至正十九年（1359年），察罕帖木兒攻佔汴梁，韓林兒、劉福通撤兵走安豐。這時，駐守山東的毛貴被部屬趙君用所殺，察罕帖木兒乘機進迫山東，山東各城亦被察罕帖木兒佔領。山東一失，安豐的屏藩就被撤除了。至正二十三年（1363年），張士誠圍安豐，城破，劉福通遇難犧牲。劉福通、韓林兒領導的紅巾軍雖然失敗，但是在反元鬥爭中，前後十三年，大小數百戰，給予蒙古貴族和官僚地主致命的打擊，已從根本上摧毀了蒙元王朝的統治。
與紅巾軍起義同時，又有至正八年（1348年）浙東方國珍和至正十三年（1353年）泰州張士誠的起義。方國珍出身佃農，傳說他因殺收租的地主而逃命海上。張士誠以操舟運鹽爲業，因賣鹽於富家，“富家不給值”，遂率衆起兵。他們所領導的反元鬥爭，都牽制了元朝的軍力，壯大了紅巾軍的聲勢。當紅巾軍以燎原之勢向四方八面發展之時，蒙元政府派遣御史大夫也先不花前往鎮壓。也先不花率蒙古軍三十萬進駐沙河，企圖一舉撲滅劉福通領導的紅巾軍，但懾於紅巾軍的聲威，元軍夜驚，盡棄軍資器械逃走。元朝政府又派丞相脫脫率軍攻徐州芝麻李，元軍會集徐州，這就使紅巾軍的兩支主力得到發展的機會。
至正十二年（1352 年），徐壽輝、彭瑩玉領導的紅巾軍攻佔了杭州。他們在杭州等地，紀律嚴明，不淫不殺，只把歸附的人登名於戶籍，得到人民的擁護，隊伍很快便增加到百萬人。 徐壽輝領導的紅中軍經過多次血戰，許多地區得而復失。彭瑩玉也在戰鬥中犧牲[21]。以後徐壽輝又派部將明玉珍攻取四川，四川和雲南一部分地區也被紅巾軍控制。至正二十年（1360年），徐壽輝爲其部將陳友諒所殺，陳友諒即位做了皇帝，國號大漢。明玉珍不服陳友諒的領導，不久也在四川重慶自立，國號大夏。徐壽輝本人能力一般，但是所部諸將實力很強，其中傅友德更是傳奇將領，後跟隨朱元璋大將馮勝伐元。以五千部衆橫掃大漠。連勝七戰。堪稱傳奇。另一員將領丁普初更是在鄱陽湖水戰中捐軀死戰，壯烈犧牲。還有一員大將雙刀無敵趙德勝，在洪都保衛戰中犧牲。徐本人最大的業績就是發現並提拔了陳友諒，在中國歷史上寫下了光輝的一筆。這些統帥與將領。或與朱元璋爲敵，勵其志，或與朱元璋爲君臣，擴充其實力，均爲明朝的建立立下功勳。
當紅巾軍正在和元軍主力進行艱苦鬥爭的時候，朱元璋開始獨樹一幟，逐漸發展了自己的勢力。
朱元璋，濠州鍾離（今安徽鳳陽）人，原名朱重八。出身於一個貧農家庭，小時候爲地主放過羊，做過和尚，至正十二年（1352年）參加濠州郭子興領導的紅巾軍。至正十四年（1354年），他奉命南略定遠。招降驢牌寨壯丁三千人，又夜襲元軍於橫澗山，收精兵兩萬， 隨即進佔滁州。至正十五年（1355年），朱元璋進兵和陽，渡江攻下太平、溧水、溧陽等地。這時，韓林兒在亳州稱帝，他接受了韓林兒的官職、封號，軍隊皆以紅巾裹頭，亦稱香軍]。朱元璋軍紀嚴明，又知人善任，文士如馮國勝、李善長等都爲他出謀劃策，勇猛善戰的常遇春、胡大海也都來投奔他。 至正十六年（1356年）朱元璋佔領集慶路（今江蘇南京），改名應天，成爲紅巾軍內部一支強大的武裝力量。從至正十六年至十九年間（1356—1359年），朱元璋以金陵爲根據地， 不斷向外擴充其勢力。這時，在他北面是韓林兒、劉福通，西面是徐壽輝，東面是張士誠，惟有皖南、浙東一部分地區駐守的元兵勢力較弱。至正十七年（1357年），朱元璋派徐達、常遇春、胡大海分別攻佔寧國、徽州、池州等地，第二年又親自率兵攻克婺州。至正十九年（1359年）繼續攻佔衢州、處州，皖南以及浙東的東南部地區，此後這些地區都爲朱元璋所控制。至正二十年（1360年），朱元璋羅致了浙東的地主文人劉基、宋濂、葉琛、章溢等人，特別是劉基、宋濂在朱元璋的開創事業中起了顯著的作用。從此朱元璋進一步取得東南地主階級的支持，鞏固了他對這一地區的統治。朱元璋也注意恢復農業生產的工作。至正十八年（1358年），他以康茂才爲都水營田使，在各地興築堤防，興修水利，預防旱澇，經營農田。 又設管理民兵萬戶府，仿古代寓兵於農之意，選拔強壯農民，使其“農時則耕，閒則練習”，還屢次蠲免田賦。他還接受了朱升的“高築牆、廣積糧、緩稱王”的建議]。這些措施收到一定的成效，在他統治的地區，農民生活比較安定，軍糧也有充足的供應。在朱元璋佔領浙東等地時，韓林兒、劉福通所領導的紅巾軍正遭遇到察罕帖木兒等元軍及地主武裝的襲擊，徐壽輝又爲部將陳友諒殺死。陳友諒力量雖強， 但“將士離心”“政令不一”，明玉珍也只是割據四川，偏安一隅。佔據蘇州的張土誠和浙東慶元的方國珍，早已歸附了元朝。他們在所轄地區之內只知霸佔田產，奴役佃戶，腐化享樂，不關心人民疾苦，因而得不到人民的支持。這種形勢極有利於朱元璋的發展。至正二十年（1360 年），陳友諒率軍攻佔太平，直入金陵，在江東橋爲朱元璋所敗。朱元璋復率軍反攻，先後攻克饒州、安慶、洪都等地。至正二十三年（1363年），陳友諒與朱元璋會戰於鄱陽湖，經過三十六天的血戰，陳友諒中箭死，全軍大敗。第二年，其子陳理投降，至此，朱元璋解除了西方最大的威脅。至正二十四年（1364年），朱元璋自稱吳王。至正二十五年（1365年），朱元璋把兵鋒轉向蘇州張士誠。他採取了“煎其肘翼”的軍事部署，派將攻佔久被張士誠控制的高郵、淮安等地，一面又東向湖州、嘉興和杭州，殲滅張士誠軍的主力，然後進圍蘇州。至正二十七年（1367年，吳元年）九月，蘇州城破，張土誠被俘自縊而死，三吳平定。據守慶元、溫州、台州一帶的方國珍也遣使歸降。同年，又分別派將攻取廣東、福建，朱元璋已據有東南半壁。 進攻張士誠時，朱元璋在檄文中已公開罵白蓮教是“妖術”，說紅巾軍“焚蕩城郭，殺戮士夫，荼毒生靈，無端萬狀”。至正二十六年（1366 年）冬，他派人在瓜步殺了韓林兒，這時的朱元璋顯然已成爲地主階級的代理人，新封建政權的統治者。朱元璋既打敗江南的各個割據勢力，更積極準備北上伐元。此時，蒙古統治者更加腐化墮落，元順帝信任喇嘛僧，朝夕逸樂，宮廷的政變不斷髮生，軍力也一蹶不振，只有倚靠擴廓帖木兒和孛羅帖木兒等人的地主武裝支持殘局。擴廓帖木兒守河南，李羅帖木兒守大同，李思齊、張良弼等守關中，他們彼此連年交兵，到處掠奪屠殺，給人民帶來深重的苦難。至正二十七年（1367年，吳元年），朱元璋決意北伐。在宋濂等人草擬的一篇聲討元朝的檄文中，提出了“驅逐胡虜，恢復中華，立綱陳紀，救濟斯民” 的口號。檄文中責備擴廓帖木兒、李思齊等“假元號以濟私，持有衆以要君”，指出這些人相互吞併是人民的巨害。同時更指出蒙古、色目雖不是漢族，只要“願爲臣民者”，皆與漢人同等對待。表現出朱元璋較爲開明的民族政策。由徐達、常遇春等人率領的北伐軍先後在山東、汴梁、潼關等地打敗擴廓帖木兒、李思齊、張思道的軍隊。至正二十八年（1368年，明洪武元年）七月，徐達會諸將於臨清，連下德州、通州等城，元順帝率后妃、太子和一部分蒙古大臣從大都北逃。八月，北伐軍進佔大都，結束了元朝在全國的統治。這一年，朱元璋已建立了明朝，改元洪武，是爲明太祖。之後朱元璋用了近20年的時間，消滅其他農民軍，擊潰元朝殘餘勢力（北元），完成了中國的統一。轟轟烈烈的元末農民起義結束。