陳誠電令前線各部迅速調整部署:一、令長江南岸第一線暴露於敵前之部隊，立即向後收縮，避開敵強大鉗形攻勢，待敵深入至山嶽地帶後，再行截擊反攻。二、令原駐守桃源地區，擬爲守備常德的王耀武第74軍，王甲本第79軍，火速調往石門地區，擔任戰區機動，相機側擊敵人。三、令駐於萬縣地區的彭善第18軍，火速趕赴宜昌以西，加強陪部門戶石碑要塞的防務。四、令宋肯堂第32軍以一部兵力，前出都鎮灣一帶，加強清江南岸防務。
陳誠發出電令後，立即飛抵恩施前線指揮作戰。公安地區守軍第87軍，在日軍東西兩頭強大鉗形攻勢下，情況正危急時，軍長同樣初接到陳誠向後撤退的命令，立即率領全軍放棄陣地，向西南方轉移。數萬日軍在公安“鉗”了個空。但馬上掉頭向西南窮追猛進，終於咬住了第87軍和86軍各一部的“尾巴”，將其吃掉了。
陳誠決定在清江沿岸和石碑要塞一線與敵決戰，決戰日期預走爲5月31日至6月1日間。清江方面夾擊決戰。日軍第3師團，第13師團等部約四萬人馬，加上僞軍第29師等部萬餘兵力，在遭到守軍節節打擊之後，先後佔領了漁洋關、長陽地區，鑽進了山嶽叢林之中，到達了決戰地帶。
守軍機動部隊第79軍立即從石門北上，第10集團軍從資丘南下，對漁洋關之敵夾擊猛攻。第32軍和第86軍，從南北兩個方向，對都鎮灣地區的日軍施以夾擊。石碑方面的阻擊決戰。5月23日。宜昌日軍第39師團和第34師團約兩萬多兵力，在長江北岸一百多門加農炮和**炮的連續吼叫聲中，分乘上百隻舟艇，一齊撲向南岸，衝擊陪都重慶的門戶。守軍利用天下聞名的峽江天險，在即設陣地上與敵逐洞、逐壕對抗，日軍每向前推進一步，都要在陣地前丟下累累屍體。
石碑要塞守軍第18軍之11師和第5師等部，憑險固守，沉着應戰。敵出動飛機和艦艇，配合陸上進攻，猛打猛攻數日，要塞陣地巋然不動。而日軍卻在此丟下數千具屍體。5月31日以後。北路日軍在遭到守軍夾擊、阻擊之後，傷亡慘重，又因久戰，疲憊不堪，乃不得不全線退卻。守軍士氣高昂，全線奮起追擊。
清江方面，擔任後退掩護的敵第13師團三個大隊，三千餘人，在漁洋關以南磨市附近被第10集團軍之新23師、55師、98師、121師各一部包圍，基本上被殲滅。日軍第13師團司令部及主力，以及第17獨立旅團一個大隊，在宜都城郊一條狹長的山谷中，被守軍第121師、第118師、第194師，第98師主力包圍，幾經激戰，被殲滅大半。
43年6月15日。各路日軍奪路而逃，守軍奮起追擊，雙方完全恢復到了5月5日之前的態勢。此次會戰，日軍死傷:二萬五千七百一十八名;斃傷和繳獲戰馬共一千三百八十四匹;擊落敵機四十五架;擊毀敵汽車七十五輛;擊沉、擊傷敵舟艇一百二十二艘……
蔣介石來到恩施，慰勞得勝的第六戰區將士。在恩施舉行的慶功大會上，陳誠司令長官登臺講話:“中國自抗戰以來，因武器裝備與日軍優劣懸殊，中國士兵與日軍在戰場上的對比，通常爲一與五之比。但在此次鄂西會戰中，由於我方對敵情判斷的準確，將士的勇猛，再加上鄂西崇山峻嶺等有利條件，敵我之對比已轉變爲二與一之比。就是說在此次會戰中。一個士兵即對付兩個日本兵，卻取得了巨大勝利。……”
在“鄂西會戰”中，中國軍隊犧牲23550人，受傷18295人，失蹤7270人。國軍以十四個軍抗擊日寇六個師團，日寇傷亡一萬餘人。同時，“鄂西會戰”是首次中美空軍聯合作戰，共擊落日機四十一架、炸燬停在機場的六架、破壞機場與陣地各六處以及炸燬日艦二十三艘，中美聯合空軍發揮了巨大的空中優勢。
大本營原定會戰後調往太平洋戰場支援日軍與美軍作戰的甲種師團第十三師團遭國軍重創，在鄂西會戰後已沒有能力前去太平洋戰場，此役國軍也以巨大的代價有力的支援了太平洋戰場。在“鄂西會戰”期間日軍將湖北石首、公安及湖南華容、南縣、安鄉５縣的５萬多軍民，追趕至半島型廠窖。日軍在這裡創下一天集體屠殺超萬人、單個日軍殺死１０人、每個日軍１天殺３人的連續三個人類暴行的極限，日寇屠殺的３萬中國同胞是中國南京大屠殺之後的第二個大慘案，史稱“廠窖慘案”。
接連的失利令日本顏面大失，爲挽回頹勢重新部署與調整南方軍，寺內壽一向大本營提出了增兵建議。要求加派2個地面師團(緬甸)，1個旅團(馬來亞)，防空部隊2個兵團(巴鄰旁及龐卡蘭布丹)，泰國和法屬印支駐屯軍各1隊，高射炮23個大隊，若干工兵部隊，另外還迫切呼籲將緬甸的第15軍擴編爲方面軍。
與此同時，大本營（主要是趙繼統起草的）也制定出“1943年度陸軍西南指導計劃”,決心放棄先前以實現軍事管制和佔領區治安爲重點的戰略意圖，轉爲主要着眼於擊退盟軍反攻的準備與作戰上，將防禦重點放在緬甸和主要的資源產地。於是，通過新組建和從其它戰區抽調部隊，南方軍又重新得到加強。
考慮到緬甸勢將成爲日、盟兩軍殊死拼搏的戰場，1943年2月27日正式成立緬甸方面軍。方面軍（司令官河邊正三中將)下屬第15軍(轄第18，第33，第56師團)和第55師團。即將充實第15軍的還有第15師團(原屬中國派遣軍）和第31師團(新建)。
在班達海方面，這年1月成立了第19軍，含第48，第5師團和第46師團(新建)。3月，又決定將第54師團(新建)加強爪哇的第16軍。11月中旬，原屬關東軍的第2方面軍，第2軍兩司令部也進駐澳北。大本營隨即發佈南方軍第2方面軍序列令，司令官阿南惟幾大將，下轄第19軍，第2軍(其骨幹是原屬中國派遣軍的第36師團)和第7飛行師團。