11月6日自“徐蚌會戰”（淮海戰役）開戰以來，噩耗連連，蔣介石期望已久的戰略決戰沒有按照他的設想而發展，所以脾氣暴躁異常。
11月13日蔣介石的“文膽”陳布雷先生不知因何觸怒總統，回家後以心力交瘁爲由自殺身亡，年58歲。蔣總統一面假意悲傷不已，一面任命趙繼統爲總統府秘書廳秘書長之職。
11月18日中共中央軍委電令東北野戰軍立即結束休整，80萬東北野戰大軍於21日到22日取捷徑以最快的速度隱蔽入關，突然包圍傅作義的華北“剿總”各部於唐山、塘沽、天津。
同時徐蚌戰場的黃伯韜兵團（第七兵團）在運河以西的新安鎮碾莊圩被殲。26日行政院長翁文灝辭職，孫科繼任。
28日宋美齡再次赴美，爭取援助，以挽回國民黨的頹勢。但美國方面則堅持爲私人訪問，不予官方接待。杜魯門也只是以私人身份唯一短時間接見過她一次，後來便不再接見，使得蔣氏夫婦丟盡了顏面。
蔣介石躺在牀上咬牙切齒，大罵美國佬“娘希匹”。 一無所獲的宋美齡，無奈之下，只得悄然離開華府。
12月2日蔣介石派湯恩伯兼京滬警備總司令。此時黃維12兵團還在東進，妄圖奪取宿縣。黃維兵團擁有4個軍和一個快速縱隊，其中包括國軍五大主力中的18軍，是陳誠"土木系"的嫡系部隊。
可是中野已經給他設下了大口袋，用幾乎同等兵力，將其包圍在雙堆集。國軍在淮海完全陷入被動，杜聿明被迫率領邱清泉、李彌、孫元良三個兵團向西南撤退，企圖依託淮河，會同蚌埠的李延年、劉汝明兵團解黃維之圍。
未料在永城地區陳官莊就被華野主力團團包圍。杜聿明無奈下令三個兵團分三個方向突圍。
此時孫元良將狡猾的本領發揮到了極至。孫元良指令16兵團所部分散突圍，令曾配屬過快速縱隊的125師掩護兵團部突圍。爲防杜聿明變卦，孫元良還命令截斷電話線，囑咐指揮部電報一律不收。
結果邱清泉和李彌部果然奉杜聿明之命取消突圍，孫元良部孤軍突圍，一萬多人在混亂中被殲，軍長、師長大多被擊斃，殘部只得重返包圍圈。可是孫元良居然化妝成中尉副官，趁亂騙過盤查，隻身逃脫!
後又化妝成農民，逃到信陽火車站，這位在“南京大屠殺”中僥倖存活的將軍(現有文獻對孫從南京脫險語言不詳，但沒有文字提到他曾被俘，自述爲一老媼所救)，再一次逃脫了被俘或被殺（孫家中供養一老婦，全家禮節恭謹。但這老婦於孫實際並沒有任何任何親屬關係。據說南京陷落時，孫所部大部傷亡，孫作爲師長在最後指揮，未能隨部隊突圍。他化妝隱藏被日軍搜出，和其他被俘官兵集中，要作爲‘便衣兵’拉出去槍決。這時南京大屠殺最殘酷的時間已過，有時日軍也允許百姓來認走抓住的青壯年。有老婦忽指孫是自己兒子，不是潰兵。孫元良當時柱一拐，口音與當地人迥然不同，日軍很是懷疑，讓翻譯詢問，稱如認了，就母子一起殺。但老婦始終不改口，恰好此時附近忽有槍聲，日軍急於去察看，隨手下令放掉，孫遂倖免於難。此後才知道那老婦本是來尋自己兒子的，尋不到，看孫象是來打仗的外地兵，不忍他死在這裡，遂出言相救。孫脫險後，遂視之如母，終生不渝。事情真僞，大約只有孫家近人可作證明了）的命運。
1949年1月6日，華野發動總攻，杜聿明、邱清泉等人非死即降。孫元良卻已經回到南京，獲准重組16兵團了。對比之下，素有“長腿將軍”之稱的劉峙只能自愧不如。
孫元良率領的整整一個16兵團從陳官莊突圍，結果跑到外邊一看，還剩四百多人。此戰解放軍說孫元良單身逃走，這倒是有點兒過分了，不過八萬多人的一個兵團，剩下四百和孤身脫出也實在差不多了。
一個兵團怎麼會一夜之間全軍覆沒呢?按照某電影的說法趕鴨子也沒有這麼快。
一位倖存孫兵團的成員給了比較合理的解釋：孫兵團的崩潰，是遇到了百年難一遇的事情，那就是 ——“營嘯”。
“營嘯”，是古代軍中的說法，俗稱炸營，指的是過於緊張的軍隊完全喪失理智，北宋救援太原之戰，就因爲有傳聞宗翰來了，引發二十萬大軍營嘯潰散。
根據經歷人的說明，孫的部隊撤退到蕭縣不假，但遭到了解放軍部隊的夜襲。以夜襲而論，殲滅一個團，一個旅有可能，一個兵團基本是不可能的，可是孫軍的狀況非常不正常。
當時他們突圍出來，經過一夜狂奔，凌晨時認爲已經遠離了戰場，於是數萬人幾乎同時倒下酣睡，外圍部隊連崗哨都沒有放出。
拂曉，解放軍少數部隊突然發動夜襲，突圍成功。孫兵團官兵被圍多日之強烈緊張後驟然放鬆，又突然被襲擊，神經頓時崩潰，於是全軍驚叫而起，甚至自相殘殺，激烈混戰起來，於是幾萬人的大軍就此潰散無法收拾···
這可能是至今爲止萬人大規模"營嘯"的最後一次。
趙繼統對這個孫家的敗類（趙繼統母親姓孫）深惡痛絕，其一、貪生怕死，37年12月10日，南京保衛戰打響。孫元良（爲第72軍中將軍長，仍兼88師師長）指揮的88師未經休整，迅速投入到南京保衛戰中，負責守衛南京的制高點雨花臺和南京城南。雖然浴血奮戰，終因兵力、武器、給養方面的全面劣勢，僅僅兩三天，外圍陣地即告失手，復廓陣地主要方向也被日軍突破。
12月12日上午，雨花臺陣地陷落，日軍居高臨下，攻擊中華門陣地。88師262旅官兵不顧日軍炮火，堅守城垣。此時的孫元良卻率師直屬隊和262旅一部擅自向下關撤退，企圖渡江北撤。在挹江門內被36師師長宋希濂的督戰隊用機槍“勸阻”，只得返回中華門繼續作戰。
中午，中華門被突破。孫元良狡猾本色再現，不通知部隊，獨自逃跑，躲入南京外館。5月中旬，孫元良到武昌珞珈山中央訓練團黨政班擔任副主任。這時候該班有一個秘書盧則文，他同孫在蘇州東吳大學同學，盧在抗戰初期曾在一個外國公館工作，有這個關係，孫就事先同他接頭，一到南京緊急時候就偷偷摸摸隻身逃躲盧爲他接好頭的某國駐華公使館。
後來在《拉貝日記》中，找到了其在南京躲藏的佐證:“對於國民黨第72軍軍長兼88師師長孫元良，拉貝更是關心入微。得知孫藏身在難民營中，拉貝親自將他接到金陵女子文理學院頂層密室裡居住···”