雖然桑梓兒對石越抱有極大的信心，而石越亦確有樂觀的理由，但是事情卻並非總能盡如人意。
韓維接到皇帝的手詔之後，和曾布面面相覷，幾次過堂，孫覺、桑充國談笑自若，程頤辭色俱厲，現在唯一能定案的，只有段子介阻差辦公。鄧綰卻大言不慚：“二公何必擔心，若讓鄧某用刑，還怕桑充國不招，數日之間，便能有結果。”
韓維冷笑道：“屈打成招，那是冤獄，不是定案。”
曾布也說道：“桑充國一介書生，若抵訊不過，死於堂上，我們三人都脫不了干係，當務之急，是搜捕那十三名學生。”
鄧綰只不住冷笑：“桑充國什麼也不招，天下之大，怎麼去搜捕那些人？”
爭論不休之下，結果三人乾脆各自拜表。
韓維上的結論是：“孫覺、程頤爲《白水潭學刊》編審，其縱容之情屬實。然臣以爲書生議政，並非有罪，宰相當寬弘以待，以免阻塞言路。桑充國實不預此事，此鄧綰無事生非，當無罪釋放。段子介阻差辦公，杖責二十。臣另有表彈劾鄧綰……”
曾布則拜表：“孫覺、程頤縱容之情自是屬實，難逃其罪。桑充國實不預此事。段子介阻差辦公，當杖責釋放。”
鄧綰又自有不同：“查白水潭之案，桑充國實爲主謀。其素代石越主持校務，凡諸事未經其手，焉得施行？然臣沮於韓維、曾布，多有掣肘，遂不得定其罪實。孫覺、程頤二人，或有官命在身，或當世之所謂大儒者，卻肆意縱容門生，詆議朝政，攻擊大臣，下獄之日，又陰使門生故吏喧譁於市井當中，其心實不可測。若不嚴懲，難戒來者。段子介一舉子，腰懷白刃，公然脅迫朝廷命官，目中無全王法，名爲聖學弟子，實無異於亡命之徒，臣以爲當革去功名，永不敘用。又十三主犯逃逸不知所蹤，當行文各路通緝。石越管教失當，白水潭所致，竟皆爲亡命無法之輩，平日已於酒樓拳腳相向，一朝有事，或逃逸王法，或持刃抗命，臣實憂之。請議整頓白水潭學院，勿使魚龍混雜，後患無窮。臣另有表彈劾石越無禮法治邪說等十事，彈劾韓維與石越爲朋黨沮喪斷案等七事。”
三人表章同時奏上，立時引來軒然大波。
趙頊本來想從輕處置這件案子，快快結束。不料三個法官意見各有不同，而且至於互相攻訐，真是讓他無比氣憤。而段子介竟然以白刃拒捕，更讓他覺得不可理喻。而三個宰執大臣的意見，卻完全相反。
王安石認爲公開詆譭朝政，有損朝廷變法之威信，這件事自當嚴懲。而從段子介等諸事看，白水潭的確魚龍混雜，的確需要整頓。對於桑充國，他反而沒什麼意見，畢竟桑充國還不值得他重視，只要給天下人做了一個樣子，告訴他們朝廷推行新法的決心容不得別人說三道四，順便能在白水潭施加自己的影響力，這件事就算是可以了。
馮京沒有辦法和王安石正面交鋒，就乾脆擊攻鄧綰其心不正，判案必然不公。當韓維所說爲是。而白水潭學院縱有輕狂之士，亦與石越無關，對白水潭學院也無大損，因爲沒有人可以保證幾千人裡沒有一兩個輕狂之人的。
王珪誰也不想得罪，乾脆來個稱病，躲得遠遠的。
韓維和石越，因爲受到鄧綰的彈劾，不得不暫時避讓，等待皇帝做最後的裁決，因爲鄧綰是諫官，他是有特權的。其實韓維是避之惟恐不及，恨不得受鄧綰彈劾，不用去管這宗差使。只是心裡恨鄧綰恨得牙庠庠的，連續上表彈劾鄧綰，一直翻老賬，罵鄧綰人品不堪，是王安石的奴才。
而石越卻斷非坐以待斃之人。皇帝的心意一日三變，一方面自然覺得王安國等人說得對，讀書人議論時政，並非壞事，甚至是好事；一方面又覺得王安石說得有理，讓這些胡說八道，對變法所需要的威信，是個極大的打擊，自己猶須保護這些堅持變法的臣子，在這件事上，斷難退步。對於白水潭學院，一面他又偏向石越，以爲石越所學，實在談不上什麼邪說，白水潭學院自有可取之處；另一方面，他又不能石越的百家爭鳴政策，更不能接段子介拿着彎刀拒捕這樣的事情。
趙頊的心意如此搖擺不定，做臣子藉機互相攻訐，那就在所難免了。更何況，朝廷的大臣，本來就因爲政見不同而面和心不和。
然而看到鄧綰步步緊逼，王安石意欲插手白水潭之後，石越已經沒有絲毫退路了。本來他還是希望在這件事上能夠不了了之，和王安石有一個妥協。但是白水潭學院是石越心血所繫，可以說是他辛苦經營，好不容易纔有今天這般成績的老巢，是他心中影響歷史轉輪的能量之源。王安石想借機加深對白水潭的影響力，那是把石越逼上了絕路。
李丁文雖然不知道石越心中所想，但是他的看法與石越也是一樣的。白水潭學院是石越名望所繫，將來從這個學校走出來的，毫無疑問都是石越系的精英，從長遠的眼光來看，石越的政治根基，必然以白水潭爲主。如今王安石想要插手白水潭，無論是對石越的現在還是未來，都構成了嚴重的威脅。
在王安石現在把石越對皇帝的影響力減到一個相當的微弱的境況下，石府紙窗紅燭之下，一個陰謀開始發酵。
開封府的酒樓裡，有人在竊竊私語：“你知道嗎？皇上本來有意釋放孫覺的，結果被鄧綰進讒言而阻止了。”
“早聽說了，韓大人和石大人，聽說都官位不保呢……”
“你們都不知道吧？王相公要整頓白水潭學院了。凡是和新法不合的，全部要趕出白水潭學院。”
“是啊，白水潭十三子可能被通緝呢。”
“你們知道什麼呀？其實這件事不是主要原因，主要原因是石大人獻青苗法改良，斷了一些人的財路，他們在王相公面前構陷，所以石大人和白水潭才倒黴的。”
“誰說不是呢，這次寫的文章，就有說免役法不好的。”
“哎，桑公子挺好的一個人，就這麼被關着，出不來了。”
“是啊，段子介還要被革了功名呢。”
“石大人連胄案虞部的差使都不管了，稱病在家，看樣子真是出事了。”
“這還假得了嗎？先是國子監，再是白水潭。聽說丞相府已經在商議，派開封府的邏卒上街，敢說新法壞話的，立即抓進大牢。”
各種各樣的耳語，風一樣的傳遍了開封府的大街小巷。關於孫覺和程頤會充軍刺配的小道消息，關於石越韓維會被罷免的謠言，關於王安石要把白水潭非議新法的學生全部趕走的傳聞，被人們說得有鼻子有眼。
而事情的發展似乎也在漸漸證實這些傳聞非虛。先是王安國再次上書，問皇帝爲何不遵守諾言，本來說釋放孫覺的，結果又沒有放了，而案子拖延不決，現在人心浮動。然後又從胄案虞部得到證實，石越的確是稱病了，而且已經向皇帝請求致仕。接來韓維再次請郡的消息也傳來了。所有的人都能感覺到一場政治風暴正在襲來。
事情在熙寧四年十二月初十爆發，起因是久拖不決的情況下，王安石堅持讓鄧綰主審此案。結果鄧綰第一次開堂，就對桑充國用了刑，桑充國被打得遍體鱗傷的消息被獄卒傳了出來，桑夫人當場昏倒，而在白水潭與國子監，卻無疑是點燃了火藥桶。
原本情緒就很激動的學生們頓時失控，而程顥因爲弟弟繫獄，數次上表營救，都沒有結果，當天去了石越府商議對策，沒有人管制的學生在張淳、袁景文等人的率領下，整個學院有三分之二以後，差不多四千多人，一起寫了狀詞，前往登聞鼓院擊鼓上告，而國子監受了一肚子鳥氣的學生也有三四百人過來聲援。
登聞鼓院判官見了這個聲勢，哪裡敢出來接狀紙。鄧綰還是他頂頭上司呢。學生們眼見不行，一氣之下有人使把登聞鼓院的鼓給砸了。然後前往御史臺，要求御史臺管這個事。御史臺正好御史中丞出缺，沒有人主事，而大部分御史都和王安石不太合的，更加懶得出來管，有人叫了個小吏出來，告訴學生們：“這件事你們應當去找王丞相，或者去開封府。”
學生們又一起到了開封府，韓維已不管事，鄧綰早已回去。開封府推官下令緊閉大門，也不想出來惹事。此時學生們已是圍着開封城繞了一圈，跑了無數個地方，都是互相推諉，連個主事的官員都沒有見着，心裡哪個氣憤呀。有人便提議去王安石府，國子監的人對於各位宰相執日的情況瞭如指掌，便馬上有人反對：“王安石現在在中書省執印，去他府上沒有用。”
一個叫李旭的國子監學生站了出來，厲聲喝道：“諸位，我們一不作，二不休，不如叩闕上書。諸位以爲如何？”
張淳、袁景文早有此意，就是不知道國子監的學生之意，這時候見他們主動倡議，哪有不同意的？便是學生中有幾個老成持重之輩，在這種情況之下，也不能反對了。於是衆人推舉出幾個文采較好的，和張淳、袁景文、李旭一起，共是十七人，做爲領袖，起草奏章。
這些人就在開封府前找店子買了文房四寶，寫了洋洋灑灑萬言之書，請求皇帝釋放桑充國等四人，赦免白水潭十三子，罷鄧綰，廢免役、保甲二法等等。文章寫好後，當衆宣讀通過，衆人便浩浩蕩蕩向皇城進發，幾千人跪在宣德門外的御街之上，黑鴉鴉的一片，差不多跪了幾百米。然後由張淳等人帶頭，三呼萬歲之後，放聲痛哭，一時間哭聲震天，連內宮都聽得到。
這是北宋開國以來從未有過的大事，衆官員手足無措，不知道如何應付，禁衛軍虎視眈眈，卻也不敢輕舉妄動。這些學生在汴京城裡到處遊行告狀之時，王安石便已得到消息，正想叫人去趨散，不料他們竟然跑到皇城來鬧了。
趙頊聽到外面哭聲震天，早就叫中官去打聽，又命人火速宣王安石等大臣見駕。結果中官和王安石几乎同時到達，王安石站在那裡聽李向安跪奏：“是白水潭與國子監學生叩闕上書，訟桑充國之獄，約莫有五六千人之衆。”反正是估計，他也不怕多說幾千人。
趙頊聽了又是惱怒又是心煩，因說道：“這些學生這樣胡來，成什麼體統？”
王安石亦皺眉道：“臣當出去將他們勸散。”
馮京也說道：“臣當與王丞相同往。”
樞密使文彥博也請求一起去。
趙頊臉色纔好看一點，說道：“既如此，勞煩諸卿。”
三人在侍衛的保護下到了宣德門外，王安石見竟然有這許多人，也感到有點意外，因問道：“你們來這裡叩闕，所爲何事？”
這些學生看見王安石，可以說氣不打一處來，張淳傲然說道：“學生爲白水潭冤獄而來，爲王丞相欲清洗白水潭而來，爲免役、保甲二法害民而來！”
馮京見他說話無禮，雖與王安石不合，亦忍不住喝道：“放肆，你竟敢如此無禮。”
張淳冷笑道：“當此禮崩樂壞之世，學生已不知禮爲何物。似鄧綰這種無恥小人亦可以爲知諫院，似桑充國公子、孫覺大人、程頤先生這樣的正人君子卻要受牢獄之災，被無妄之刑，學生敢問諸位相公，禮法公義何在？”
袁景文也高聲說道：“學生引經典，議論時政，實在不知何罪之有？歷史上有此罪之時，是周厲王時，是秦始皇時，是東漢十常侍亂國之時。顏子、子思子、曾子、孟子，誰不曾爲布衣？當他們爲布衣之時，議論時政，可曾有錯？配享孔廟的聖人們曾經做過的事情，爲什麼就要禁止我們做？學生聽說王安石之子雅善法家申商之學，難道法家之偶語律反而是禮法的表現嗎？”
王安石冷笑道：“你們倒會強辭奪理，既然自稱聖人門徒，難道不在其位，不謀其政都沒有聽說過嗎？”
張淳傲聲道：“王丞相常常譏人不讀書，難道石山長《論語正義》王丞相也沒有讀過？子曰不在其位不謀其政，沒有說不在其位，不能議其政。觀孔子一生，不在其位而議論其政之事，舉不勝舉。王相公難道連這也不知道？”
王安石哼了一聲，厲聲說道：“強辭奪理！盡是巧言令色之徒。你們若要上書，可去登聞鼓院，可去開封府，來這裡做什麼？驚了聖駕，其罪不小，速速散去。”
李旭冷笑道：“登聞鼓院大門緊閉，開封府閉門不納，我們上告無門，只有告這個御狀。我們一心爲國，並無私心，哪怕什麼罪名？”
袁景文也說道：“請王丞相接我們萬言書，給我們一個答覆吧。”說着便把萬言書遞給王安石。
王安石接過萬言書一看，慘然變色，說道：“罷，罷。”遞給馮京看了，轉身便往宮中走去。馮京和文彥博一看，知道這萬言書所說若是採納，等於是逼王安石辭相，他們也不再多說什麼，跟着王安石去見皇帝。
把學生們的請願書交到趙頊手中，王安石突然有了一種萬念俱灰的感覺，那是一種發自內心的無力感。他一心一意，銳意變革，可以捫心自問，毫無自私自利之意，完全是爲了國家的昌興，百姓能過上好日子，可是卻被這衆多的學子視爲仇敵，幾千學子聚集宣德門前，竟是爲了廢除免役法和保甲法。
其實他根本沒有想到學生們雖然提出廢除免役法和保甲法，卻並非是他們聚集宣德門前請願的本意，但在王安石心中，自然什麼桑充國、什麼鄧綰，都不過是一個藉口，學生們的目的，自然是針對新法而來的。所以他才更加的失望。
沒有一個人是不渴望被理解的，特別是一個有了一種高尚的目的之時，被數以千計的學子誤會、不能理解到這種地步，王安石實在深受打擊。
趙頊聽王安石彙報出去面見學生的經過，草草看了一遍學生們的請願書，沉着臉說道：“諸卿，此事當如何處置？”
雖然心裡很反感學生們這種極端的行爲，這是對政府權威的公然挑戰，但是趙頊也能明白，這種事情處置不當，史筆無情，他在後世就會被天下人譏刺。他頂住層層壓力推行新法，銳意求治，是希望在後世留下萬世之美名，否則以帝王之尊，他何須自苦如何？如果將來史書之上，記下他趙頊鎮壓學生，後世會不會把他和東漢恆靈這樣的昏君相提並論，那實在可畏。
王安石叩首說道：“陛下，臣爲相無能，致有此變，雖自問本心無愧於天地神明，然而卻終不能見容於世俗。因爲臣的無能，把陛下陷入今天這樣的困境，臣實在有負陛下厚望，臣自問也沒有能力再處相位上，請陛下允許爲臣歸老，了此殘生。亦可以謝天。”說到最後，心有所傷，不禁老淚縱橫。
一生心血，滿腔報負，竟然要如此收場，情何以堪？