中樞是決策部門，決議都是由皇帝和內閣來制定，然後就是具體的執行部門，也就是傳統的部委了。
劉明遠在中樞裡面設置了禮部、吏部、農林部、工商部、運輸部、財務部、刑部、外事部等八部。
禮部負責禮樂儀仗，同時還管轄學校、詆報、宣傳、宗教、祭祀、天文曆法等事務，也就是後世的文化部和教育部的結合。
吏部負責官員的管理和考覈、升遷，劉明遠也制定了一套對官員的詳細管理，全部都是由史部來執行，於是史部的主要職責就是管理官員，考覈他們。
農林部是劉明遠非常重視的一個部，負責管理治下的全部耕地和森林，江湖湖泊、礦產等資源，這是一個國家興盛的基礎，同時隨着劉明遠大力開墾兩億畝耕地的計劃，加上大力開發各種礦場，於是農林部的地位大大提高。
工商部就是負責管理治下的工業和商業，懷遠軍治下由行省出錢建設的工廠，開發的礦產，造船廠，以及民間商業行爲，工匠的管理，等等全部都是工商部來負責。
運輸部也是一個非常重要的部門，主要的任務就是負責道路橋樑、運河的建設，同時負責建立國家的運輸驛站和水上運輸體系，管理驛站，碼頭，馬車、船隻等。
財務部是管理全國賦稅的地方，被劉明遠單獨拿了出來，只負責賦稅的管理，全部徵收錢糧的存儲管理等。
刑部在劉明遠心中就是後世的公安部，負責維持地方穩定，處理治安案件，抓捕犯罪分子、審問取證等，這也是一個非常重要的部門。
外事部相對簡單一些，就是負責對外聯絡的，此時外事部的事情還非常少，但是劉明遠知道未來隨着他們走出去，外事部的事情和作用也將大大提升。
這樣的改革下來，本來在歷朝歷代地位最高的禮部，此時竟然變的無關緊要了，禮部最重要的一個賦稅被獨立出來了，這讓之前一直地位不高，但是非常重要的賦稅被擺到了非常高的位置上，而且專門成立了一個部門來管理，任何人也別想插手裡面了。
同時劉明遠的改革還沒有完成，隨後劉明遠就成立了獨立在中樞和樞密院之外的監察院和法院。
這兩個獨立機構的建立，讓劉明遠身邊的人頓時大爲驚訝，監察院也就是之前的御史臺，是一個檢查部門，此時就是改了一個名字，衆人還能接受。
但是法院就讓很多人無法理解了，同時衆人也知道，之前劉明遠設置的刑部已經變了味，只是維持治安，抓捕罪犯，取證的部門，但是沒有了審判的權利，此時成立法院，就是爲了彌補這樣的空位。
此時，衆人已經再明白不過了，現在他們知道了，劉明遠這是要將司法權也從地方行政中分離出來。
想明白之後，衆人不免一陣震撼，他們從來沒有想到這樣的制度，此時如果地方官員的司法審判權利也被收走了，那麼這些官員還有什麼權利。
劉明遠之前已經明確地將文武分離開了，此時又將司法權獨立出來，地方的權利被大大削弱，只剩下一些簡單的行政之權。
但是衆人也清楚，這樣的制度直接斬斷了地方權利過大的局面，暴元施行行省制度，行政權利巨大，集合了軍事，司法，行政三權於一身，甚至人事權利也可以插手。
此時看到劉明遠設計的制度，衆人不免一陣感嘆，他們知道此時已經沒有任何一個人可以一手遮天了。
之前的宰相可以做到一人之下，萬人之上，一手遮天，但是此時就是首席大學士李善長，也無法做到，首先軍隊大權牢牢地控制在樞密院和皇帝手中，文臣根本無法進入。
然後就是獨立的監察院和法院，這兩個一個是監察百官，一個是司法大權，也和中樞獨立出來了，中樞重臣中任何人也無法插手進入了，所以歷朝歷代中樞的權利在劉明遠手中被徹底拆分了。
此時不僅是中樞，衆人都清楚，眼下地方也是如此，軍事、行政、司法三權分立，同時加上監察院，地方的一把手官員手中的權利大大被削弱，甚至可以說什麼權利都沒有，只有民政權。
劉明遠改革的基本原則就是將軍事、行政、司法、監察全部分離出來，各自獨立，這樣就可以避免一人做大，也可以減少腐敗的發生。
雖然再好的制度都會有腐敗，但是司法和監察的獨立，讓腐敗發生的可能性降低，劉明遠準備完善監督制度，杜絕官員的腐敗。
軍事現在也從行政中分離出來了，從中樞到地方，官員根本無法插手軍事，這是維持劉明遠權利的方法，也是後世通用的做法，劉明遠早早就分離出來了。
如果說腐敗還可以慢慢治理，但是軍權就絕對不能含糊了，劉明遠對軍隊的管理和改革，都是圍繞着懷遠軍效忠自己，完全控制在自己手中的原則執行的，同時軍隊的改革也是最先進行的，優先於一切。
劉明遠在金陵城建立了中央法院，設置最高法院院長，同時開始在地方建立法院，最基層的法院爲縣一級，開始漸漸地將行政和地方權利分開。
同時在金陵城建立中央監察院，也是設置監察院院長，在地方也推行監察院的建設，最基層的監察院在縣一級。
同時劉明遠也開始立法確定各個部門和機構的權利，這也是保證制度執行，不越權的保障。
尤其是法院和監察院這兩個部門，劉明遠很快就制定了一套全新的法令，明確了各部門和機構權利，任何人不得逾越。
暴元也有御史臺，在行省也設置御史大夫，但是因爲權利規範不明確，於是最後演變成御史大夫甚至成爲地方行政的一把手，任何政令都要得到御史們的同意纔可以，監察過度，直接干預了地方行政，所以劉明遠明確規定了監察院的權利。
監察院就是檢查百官的作風和清廉情況，檢查官員和他們家人的收入，不得干預官員施政，施政的好壞由吏部考覈，和監察院沒有關係。
法院的權利也被限制了，他們只是進行公正的司法審判，通過刑部提供的證據進行判斷定罪，也不得干預刑部的查案。
劉明遠也開始落實責任制度，那就是任何施政和決策都要對應文件和署名，落實追究制度，對官員的權利進行明確規定，並且官員也要承擔相應的責任，對官員管理非常明確。
同時劉明遠還制定了制度辦事，廢除個人主義的習慣，其中最重要的一個就是百姓伸冤，這也是一切司法問題的核心，百姓的冤屈能不能得到伸張，尤其是遇到惡霸或者官員作惡這種行爲，百姓該該怎麼辦。
其實這也是劉明遠建立這一套司法最終的目的，劉明遠明確規定了百姓伸冤直接向刑部的各級機構報案，刑部開始立案偵查，如果是一些官員作惡，如果百姓畏懼刑部可能和官員是一起的，那麼直接可以通過書信的方式給監察院。
劉明遠知道，制定再多的制度，其實都是爲了保證百姓的利益，同時他也清楚，讓民智開化纔是最重要的，如果每個百姓都知道捍衛自己的權利，而不是敬畏官員，愚昧無知，那時社會纔會得到進步，腐敗和官威就可以得到遏制。
所以劉明遠知道，教化百姓纔是最重要的，但是絕對不是歷朝歷代那種愚昧百姓，而是開化民智，讓社會進步，這樣纔可以讓國家強盛。
隨着中樞的改革，劉明遠也制定了大量的法令，《治吏法》、《行政法》、《刑法》、《民法》、《商法》、《稅法》、《人權法》。
其中《治吏法》是對於官吏管理的一部法令，之前已經有這方面的管理制度了，此時劉明遠經過整合之後，制定成爲法律，正式簽署。
《行政法》是對治下各級官員和機構的權利進行明確的劃分和規範，也是保證不越權行事，也避免出現責任不清的事情，更好地規範政府行政的法律。
《刑法》和《民法》是對之前《新法》的拆分，將其中的刑事案件和民事案件分離開來，殺人放火這類的規定到《刑法》裡面，民間事情，百姓雜事，這些規定在《民法》裡面，也是爲了清晰判斷。
《商法》和《稅法》都是以前也有的，在原有的基礎上進行了修訂之後，然後開始編製成法律。
最新穎的當屬《人權法》了，這也是劉明遠的一個創新，就是保證公民的權利，其中尤其是人身自由權，這也是廢除奴隸制的一部法律，同時也規定了公民享有的權利和應盡的義務，最重要的人身自由權和財產保護等。
劉明遠制定《人權法》就是爲了提升百姓的認識和權利，開化民治，讓社會進步，以免一些官員或者是權貴們一手遮天。
同時爲了保證法律的執行，劉明遠在金陵學院開設了法學科，普及法律。