日軍如要攻佔臺灣，必定先取澎湖，後取基隆。臺灣東北部是日軍主要的攻擊目標，所以，要想守住臺灣，應在基隆臺北一線設置重兵。
然而，唐景崧卻把劉永福的黑旗軍部署在了臺南。基隆臺北一線，則是由唐景崧自率5000清軍防守。劉永福多次提議兩軍合兵，固守基隆，均被唐景崧拒絕。
臺灣東北部是歷來是臺灣的富庶之地，這裡開發較早，礦業漁業發達，而南部則是荒蠻之地，山高林密，人煙稀少。唐景崧把黑旗軍放在臺南一帶，是怕黑旗軍和他搶地盤！
正是因爲唐景崧的這一點私心，導致了乙未戰爭開戰後，臺灣的形勢急轉直下。
5月29日，比志島混成旅團在三貂角登陸成功，日軍攻陷澳底高地、端莊高地，站穩了腳跟。
6月3日，近衛師團主力到達，向基隆發起強攻，一舉攻克獅球嶺炮臺，大軍一擁而入，基隆陷落。
6月6日，近衛師團一鼓作氣，發起臺北戰役。駐守臺北的五千臺灣軍，面對兩萬裝備精良的日軍，士氣低落，幾乎未做像樣的抵抗，就土崩瓦解，臺北戰役只進行了一天，臺北陷落。
6月11日，近衛師團師團長北白川宮九能親王率大部隊進入臺北。隨後，日本任命的臺灣總督伊東佑亨隆重入城。
臺灣民主國總統唐景崧逃亡大陸，政府分崩離析，臺灣民主國從成立到覆滅，只有短短的十一天。
隨後，日軍向臺中地區大舉進犯，臺灣東北地區，以平原臺地爲主，臺灣軍無險可守，日軍長驅直入，臺灣軍浴血奮戰，無奈日軍不論是人數還是裝備，都佔據絕對優勢，從6月19日至8月8日，連克新竹、桃源、苗栗。民主國軍主將姜紹祖戰死，數千士兵陣亡，日軍肅清了臺灣北部，民主國軍在北部的抵抗全面失敗。富庶的臺灣北部，落入了日本人手裡。
臺灣北部陷落，使得駐守臺南的黑旗軍陷入極爲被動的局面。臺南地勢偏遠，經濟極度落後，相對富庶的北部地區，完全就是荒蠻之地。黑旗軍嚴重缺乏支撐戰爭的物資糧餉，而北部日軍卻能夠憑藉臺北的富庶，獲取大量的戰爭資源，戰爭打到這個份上，日軍已經牢牢掌控了戰爭主動權，甚至可以說，日軍已經取得了壓倒性的勝利，因爲，貧瘠的臺南，無論如何，也無法支撐劉永福的黑旗軍。而大清國已經拋棄了臺灣，劉永福不可能從大清國獲得戰爭資源。
在這個背景下，臺灣總督伊東佑亨在臺北大清國原“布政使衙門”的總督府舉行臺灣“始政式”，宣佈日本正式行使對臺灣的行政管轄，開啓了臺灣的殖民史。
在日本人看來，佔領了臺灣北部，就是完成了對臺灣的全面佔領，盤踞在臺南的黑旗軍，只是一羣佔山爲王的土匪而已，下一步，日軍要做的，只是地方政權的剿匪行動。按照伊東總督的設想，剿滅黑旗軍，平定臺南，最多隻需要一個月的時間。
劉永福知道，他已經陷入了絕地。
彰化是黑旗軍在臺中地區的唯一據點，一旦彰化失守，黑旗軍將再也沒有立足之地。
被逼到絕境的劉永福，無奈之下，決定與日軍在彰化決戰！
黑旗軍總共只有三千三百人，只有三百人的七星隊裝備漢陽兵工廠的新式88式步槍，其餘五個營，由於招募匆忙，他們的的裝備，基本上是金陵製造局製造的老式單發步槍，這種步槍，就連大清國的軍隊也早就淘汰不用了。整個黑旗軍，連一門大炮都沒有。更爲糟糕的是，大部分的士兵都是剛剛招募的農民，戰術素養極低。
而日軍近衛師團是一支標準的現代化軍隊，是日本國內裝備最爲精良的師團。全師團2萬人，全部裝備最爲先進的村田式連發步槍，這種連發步槍，在剛剛結束的甲午戰爭中，還沒有完全配屬到日軍中，在中國戰場上的日軍，裝備的絕大部分都是單髮式步槍。除此之外，近衛師團配屬有兩個炮兵大隊，裝備野炮五十門，山炮八十門。可謂是武裝到了牙齒。
投入到彰化的日軍比志島混成旅團，總兵力也有8千人，而劉永福的黑旗軍兵力3千5百。
彰化戰役，是一場註定飛蛾撲火的戰鬥！
然而，劉永福別無選擇，黑旗軍別無選擇！
劉永福派出了幾乎所有的兵力，包括黑旗軍的中堅——七星隊，這是一支曾經讓法國人膽戰心驚的部隊！因爲他們，法國在鎮南關遭受了一場堪比滑鐵盧的大敗！那場大敗，致使法國內閣倒臺！
七星隊只有三百人，都是黑旗軍的老弟兄。
他們知道，彰化一戰，將是黑旗軍的絕唱！
然而，面對強大的日軍，沒有一個黑旗軍的官兵退縮。不論是七星隊的老兵，還是新招募的新兵！
人總是要死的！
抱着必死的信念，黑旗軍傾巢出動，奔赴彰化以北的大甲溪，阻擊日軍。
劉永福孤身一人留在了臺南，那裡已經是一座空城，他在等待黑旗軍全體壯烈殉國的消息，一旦消息傳來，他將身着大清國的官服，面向北方自殺，追隨黑旗軍的老兄弟們而去。
劉永福曾經反清，可是在他人生的最後關頭，他選擇做大清國的忠臣！
其實，他忠於的不是大清國，而是泱泱華夏！
正因爲如此，當唐景崧出逃大陸後，臺灣士紳把總統大印送到他的手上，三次請求他出任臺灣民主國總統，劉永福堅辭不受！在他的新心目中，沒有臺灣民主國，臺灣是華夏的領土！
8月23日，黑旗軍在前敵主將吳彭年的率領下，在大甲溪與日軍展開激戰。視死如歸的黑旗軍將士表現出了驚人的戰鬥力，特別是七星隊的老兵們，施展出嫺熟的戰術動作和勇敢精神，他們五人爲一伍，以背相向，前後左右策應，梯次衝殺，錯落有致，日軍從來沒見過這樣的戰術，立刻亂了陣腳。
驕橫的日軍怎麼也沒想到，已經接近尾聲的臺灣戰事，突然變得如此慘烈。強攻大甲溪的日軍一個聯隊，竟然被黑旗軍擊潰，傷亡三百多人，一個運送糧草的日軍糧船遭到黑旗軍截擊，押運糧草的一箇中隊兩百多人全軍覆沒，無一生還！
潰敗的日軍兩千多人慌不擇路，誤入山谷，吳彭年率軍封死了山口，準備全殲這個聯隊。
然而，黑旗軍的兵力有限，爲了圍殲日軍，黑旗軍不得不全體出動，彰化縣城空虛了。
混成旅團旅團長比志島義輝，一面命令被圍日軍就地抵抗，吸引黑旗軍主力，一面派出一個聯隊和一個炮兵中隊，突襲彰化城。
8月27日，日軍攻陷臺中，前鋒抵近彰化門戶八卦山。吳彭年無奈，只得撤圍，全軍退守八卦山。
混成旅團兩個聯隊將八卦山圍德如鐵桶一般，在大炮的掩護下，步兵漫山遍野向上猛攻，黑旗軍死守不退，逐山肉搏爭奪，激戰兩天，統領吳湯興、徐驤、吳彭年、嚴雲龍力戰陣亡。三千三百黑旗軍將士，只剩下山頂上區區一百多人殘兵。
黑旗軍的精銳七星隊已經不復存在了！他們沒有死在法國人手裡，卻死在了日本人手裡！
但是，七星黑旗依舊在獵獵西風中迎風飄揚！
夕陽西下，晚霞把八卦山染成了血紅色。
彰化城裡的槍聲也漸漸平息下來，城裡的抵抗已經被日軍肅清。
全部臺中地區，只剩下八卦山上這一百多殘軍。這意味着，只要七星黑旗倒下，日軍就完成了對臺中的全部佔領！
至於南臺地區，那裡只有劉永福一個人，象徵性地代表着黑旗軍的存在。
八卦山戰鬥結束後，實際上，臺灣已經不存在有組織的抵抗力量。
臺北城，總督府，伊東佑亨正在大宴賓客，他在等待比志島義輝的消息，一旦八卦山上的七星黑旗倒下，他就要向與會者宣佈，日本完成了對臺灣的完全佔領！
八卦山下，一個聯隊兩千人的日軍正在集結。準備向八卦山發起最後的一擊。
按照比志島義輝的命令，這個聯隊全部盛裝出戰，每個士兵的軍服筆挺，一塵不染，槍管黝黑，刺刀雪亮。因爲，比志島義輝認爲，這不是一場戰鬥，而是一場儀式，山上的敵軍已經彈盡糧絕，日軍只需邁着整齊的步伐，列隊走上山頂，戰鬥就結束了。
這場儀式，比志島義輝不僅要把這場儀式獻給臺灣總督伊東佑亨，也是獻給山上的黑旗軍殘部。半個小時前，比志島義輝派出信使，勸說吳彭年放下武器，遭到了吳彭年的拒絕。
七星黑旗下，吳彭年倔強地站直了身體，望着山下的盛裝的日軍，發出陣陣冷笑。
一百多黑旗軍士兵自發地圍在了他的身邊，絕大多數人都是身負重傷，他們的槍裡面早已沒了子彈，刺刀折斷，有些人的步槍甚至斷成了兩截。
日軍被山上的敵軍驚呆了，他們停止了炮擊。激戰了一天的八卦山，出現了令人窒息的沉寂！