戰爭在一步步臨近，幾乎所有的人都在準備着。馬卡諾夫也不例外，在1899年2月3日，也就是日本海軍新式戰艦進入東京灣的前4天，這位俄國海軍中最優秀的將領終於抵達了位於室蘭港的俄國遠東艦隊基地，並且開始進行全面的戰爭準備。
其實俄國艦隊很早就開始備戰了，甚至說，原有俄國艦隊已經準備的差不多了，不過隨着俄國人從法國人那裡購買了2艘新式戰艦後，俄國遠東艦隊的原有計劃和編組多少都有些改變，而馬卡諾夫需要的是在戰爭正式爆發之前，完成對整個艦隊的整合。
馬卡諾夫對新到來的太子號還是十分滿意的（從法國購買的那艘戰列艦）。雖然這艘戰艦的武備相對於噸位來說實在稱不上強大，但是也絕對不算弱小，高射速的12寸炮和炮，以及衆多的速射炮，讓這艘戰艦的投射量十分可觀，裝甲防護也不錯，厚度適中高度足夠，更爲難得的是它的速度。20節的速度足夠讓這艘戰艦跟上裝甲巡洋艦一起行動，這樣一來，遠東艦隊20節以上的萬噸戰艦就有3艘，其高速，高防護和高火力足夠匹敵除北洋戰列艦編隊外任何一支分艦隊。
到目前爲止，整個俄國遠東艦隊已經擁有了4艘戰列艦，2艘裝甲巡洋艦領艦，5艘亞速海型裝甲巡洋艦以及1艘6000噸級巡洋艦。再加上10艘用於雷擊的驅逐艦。這樣的力量已經不比一國海軍差了，但是馬卡諾夫知道。這支艦隊相對於北洋體系下的北洋水師和南洋水師而言還是不夠的。
北洋艦隊和南洋艦隊兩支艦隊加在一起有3艘但丁級戰列艦，3艘國王級裝甲巡洋艦，2艘pisa級裝甲巡洋艦，2艘加里波第級裝甲巡洋艦，4艘歸遠級裝甲巡洋艦，除了這支主力艦隊外，還有1艘吉野和10艘左右的三等防護巡洋艦。
面對如此強大的力量，選擇決戰是絕對沒有勝算的。實力強大的但丁級3艘就可以對付俄國艦隊的4艘戰列艦，而且還佔優勢。單純論紙面性能。俄國遠東艦隊戰列艦的火力投射量還不如在美西戰爭中被但丁級一頓暴打的印第安納強！更何況，北洋的3艘戰列艦使用的是雙聯12寸艦炮，對戰列艦的毀傷能力肯定高於西班牙人的10寸艦炮。
留裡克號和俄羅斯號雖然實力強悍，在馬卡諾夫看來，面對國王級戰艦也絕對不吃虧，但是考慮到官兵素質，這兩艘戰艦最多和國王級打平手，至於5艘亞速海型裝甲巡洋艦，馬卡諾夫可以肯定，這些戰艦根本不是pisa級和加里波第級的對手。雖然改進了。但是依然沒法和噸位更大。並且從設計之初就以決戰爲目標的加里波第級相比。至於那一艘從法國買來被命名爲阿芙樂爾號的巡洋艦，除了初速以外，其它性能只能用平庸二字來形容。除了這些主力艦，北洋還有4艘歸遠級巡洋艦。而俄國艦隊卻沒有與之相對的可靠偵察力量。一旦決戰，後果不堪設想。
所以馬卡諾夫理智的放棄了與北洋水師爭雄大海的計劃，而是借鑑美西戰爭中楊用霖的決策，打運動戰，伺機消耗對手的戰力。不過經過一番研究後發現，即使打游擊戰，俄國艦隊的處境也是相當困難的。
首先從情報上得到的消息來看，北洋艦隊將在戰時進入日本沿海港口，執行對室蘭港的封鎖。不用問也知道。北洋艦隊必然會在主力艦隊的掩護下對室蘭港進行攻勢佈雷。將主要戰力鎖在港口內。自己雖然也可以佈雷自保，但是想打出去實在是困難。更何況就遠東戰列艦編隊中的3艘戰列艦，就算出去了，也會被佔有航速優勢的北洋艦隊發現，咬住然後吃掉！所以說。俄國艦隊的3艘戰列艦最多也就是牽制對方戰列艦。
其次，如果俄國艦隊想要破交的話，進入東海航程過於遙遠，而且單純幾艘戰艦在上百萬平方公里的東海想要找到目標，也確實困哪些，而且在東南方向，就是外洋艦隊駐紮地臺灣，北洋艦隊可以隨時在沿海各個港口獲得補給和維護，而俄國艦隊必然會隨着時間的流逝而戰力下降。破交肯定會有成果，但是是否值得讓珍貴的裝甲巡洋艦以身涉嫌就說不準了！
第三，日本海軍重新擁有了大型主力艦，這對於俄國在日本海的海上運輸線將是巨大的威脅！俄國在這場戰爭中同時有兩個戰場，一個是清國的東北，一個是日本佔領區。兵員運輸倒是其次，最爲關鍵的是北海道地區的俄軍供給需要從俄國本土運過來！雖然有儲備，但是歷史經驗告訴馬卡諾夫，一旦開戰，再多的儲備也不夠用！所以俄國艦隊不能把全部精力都放在北洋水師身上，他需要時刻提放日本海軍。
針對各種不利條件，馬卡諾夫陷入了一個困境中，如果想要破交或者遊擊，就必須在公海上保證始終有一支強大的艦隊。他可以應對對方除戰列艦外所有的地方艦隊，並且有足夠的續航力和航速，以便在不利條件下可以撤離。但是實際上俄國遠東艦隊給予馬卡諾夫的選擇實在不多，3艘戰列艦航速太慢，雖然防護和火力不錯，直接排除。5艘亞速海型裝甲巡洋艦速度是夠了，但是火力和防護比較悲劇，真打起來，考慮到人員素質，馬卡諾夫不認爲他們能打過北洋艦隊中最次的主力艦加里波第級，而對於遊擊艦隊來說，一旦減速就意味着損失，畢竟對方有的是力量來慢慢解決掉掉隊的戰艦。
這樣一來，馬卡諾夫最後可以依賴的就只有俄羅斯號、留裡克號和太子號了。只要不遇上對方的但丁級戰列艦，基本上可以保證在任何情況下撤離戰場。這支艦隊只要能出現在東海附近，那麼一定會對北洋造成巨大威脅，雖然不至於讓北洋把珍貴的戰列艦撤回來，但是隻要要抽調一半裝巡用來對付自己吧。單純憑藉這三艘戰艦，並不能讓馬卡諾夫真正放心，他知道，即使第一次交戰可以成功撤離戰場，那麼第二次、第三次後面對接二連三的交手，自己的艦隊能否倖免就是個問題。所以他必須爲這支艦隊安排一個前衛，而這個前衛就是阿芙樂爾號！高達23節的航速足夠擔任前衛的任務。
此外，馬卡諾夫必須調撥2艘亞速海型裝甲巡洋艦用於掩護在日本海運輸的俄國船隊，這基本上已經是最低限度了，如果日本艦隊發動攻勢的話，單純2艘亞速海型裝巡怕是不夠用，要是這樣的話，馬卡諾夫至少要留下一艘太子級別的戰艦用於對付日本艦隊，馬卡諾夫需要的不是趕跑對手，而是需要殲滅，否則的話，日本海軍像蒼蠅一樣不斷騷擾的話，俄國遠東艦隊剩餘戰艦就別幹別的了！
至於室蘭港和輕津海峽嗎，馬卡諾夫認爲最少要留下3艘戰列艦和3艘亞速海型裝甲巡洋艦纔可以保證港口和海峽不失。如果低於這個數量的話，恐怕北洋艦隊就直接把室蘭港炸平了！馬卡諾夫也想過是否能在北洋艦隊和外洋艦隊匯合之前先打敗一支，但是因爲己方的平均航速低於對手，這個設想只能作罷。人家要是不打直接轉身跑路的話，自己根本追不上，而一旦匯合後，自己艦隊的3艘戰列艦恐怕就要交待了。
所以最終馬卡諾夫計劃將全部遠東艦隊分成3個部分，3艘戰列艦和3艘亞速海型裝甲巡洋艦鎮守室蘭港牽制北洋艦隊主力。2到3艘巡洋艦用於掩護日本海的俄國運輸線。剩餘戰艦在西太平洋和東海遊弋，隨時準備破交。同時馬卡諾夫也派出了大量的僞裝通報艦，用於偵察和警戒。至於說在通報艦上按上火炮，馬卡諾夫沒有這樣做，原因很簡單，俄國海軍中有經驗的軍官和水兵都找不齊，哪還有多餘人手配給這些襲擊艦？而且如果一艘船不裝武備，還可以掛個別國國旗糊弄過去，而要是裝上武器後，只要開一次火，那身份就暴露了，然後讓航速超低的偵察船甩開北洋艦隊的追擊？那不是做夢嗎？
至於遊擊艦隊的補給，馬卡諾夫也做了考慮，沙皇已經包裝，在西太平洋上會有懸掛着法國國旗的船舶爲遊擊艦隊提供補給。至於艦隊指揮官嗎？馬卡諾夫決定派遣埃森少將親自率領遊擊艦隊執行此次破交任務，因爲他知道，在前期，真正的戰鬥是發生在裝巡之間的戰鬥，雙方戰列艦都會被彼此牽制住，只有次一級的主力艦纔可以利用航速和航程來發揮作用。馬卡諾夫想的很好，只要可以在交手中重創對方一支艦隊，那麼在艦隊實力逐漸趨於平衡的時候，埃森將返回海參崴進行修正，隨後通過輕津海峽與室蘭港的俄國艦隊主力匯合，隨後展開決戰。
爲了這個計劃，馬卡諾夫決定通過外交手段，以便在戰爭期間利用法國船進行補給，不過法國人也不傻，尤其是得到英國人的暗示後，法國表示補給可以，但是必須在公海，而且如果因爲爲俄國人服務而造成損失的話，俄國政府要賠償損失，而且法國政府堅決表示，不會介入到可能爆發的遠東戰爭中。雖然結果讓馬卡諾夫有些失望，但是至少理論上俄國人獲得了海上的補給。可以增加活動時間。