袁世凱1885年初歸國，因規避諸多對其嫉妒之人的攻擊，賦閒在家，以避攻擊。但很快李鴻章決定要重用袁世凱，10月由袁世凱護送大院君回朝鮮，11月封年僅26歲的袁世凱爲“駐紮朝鮮總理交涉通商事宜大臣”，位同三品道員。而這樣一個職位不僅已屬高官，更重要的是可以左右朝鮮政局，儼然如同朝鮮的太上皇。當時袁世凱在朝鮮的任務是在“各國通商”、“友邦環伺”的情況下，使朝鮮“明尊親之義，定搖惑之志，內修政治，外聯邦交”，簡單的說強化清與朝鮮的宗藩關係，小心日本和俄國打朝鮮的主意。袁世凱開始干涉朝鮮內政，甚至多次策劃廢黜朝鮮國王李熙。這成爲了袁世凱日後竊國的一次良好實踐的機會，也歷練了袁世凱的政治手腕。袁世凱的行爲很快引起了朝鮮的不滿，朝廷也不斷有人對他進行彈劾（官升的快，權力和勢力增長的也太快，肯定有人不滿）1888年1月朝鮮國王李熙致函請求清廷撤袁世凱，但是李鴻章力排衆議，讓袁世凱繼續留朝任職，並於給袁世凱寫了“血性忠誠，才識英敏，力持大局，獨爲其難”的評語。袁世凱在朝鮮的12年裡，有效地遏制了日本和沙俄對朝鮮的滲透。在此期間日本曾多次派人暗殺未遂。
1894年，朝鮮爆發東學黨起義，日軍迅速出動朝鮮，企圖挑起戰爭，袁世凱化裝成平民逃回國內，於7月22日抵達天津，8月6日便又奉旨前往遼東前線，協助周馥轉運糧械、收集潰卒等後勤事宜，至次年5月。在前線的10個月時間裡，袁世凱親眼目睹了在甲午戰爭中清軍兵的慘狀，他萌生了用西法練兵的設想，因其曾在朝鮮練兵有過突出表現，更有有“知兵”袁世凱開始了小站練兵的新階段。
1895年12月8日（光緒二十一年十月二十二日），在得到光緒帝及朝廷大臣的支持下，袁世凱正式入主天津小站，開始用西法編練中國首支新式陸軍。而在從入京覲見到小站練兵這段期間，袁世凱還曾積極爲維新變法奔走，並加入了強學會，與康梁等維新派交往甚密，被維新派視爲同路人，而這卻成爲了後來袁世凱對戊戌告密事提供了有利條件。
入駐天津小站後，袁世凱首批招募了2250名步兵，300名騎兵，再加上4750名定武軍，稱“新建陸軍”，而這些人無疑也成爲了袁世凱日後胡作非爲的本錢。這支軍隊後來發展成爲北洋新軍，成爲清末陸軍主力，直到民國初年的北洋軍閥亦多源自清末新軍。（我不禁又在幻想，如果慈禧把用在自身奢侈享受的用度拿出一半來如同袁世凱這股練軍會如何……。）不得不承認袁世凱在軍事上是相當有天份的，他以德軍爲藍本，制訂整套招募制度、編制制度、軍官任用和培養制度、訓練和教育制度、糧餉制度等內容，在軍事裝備上，則注重武器裝備的近代化和標準化。在用人方面袁世凱則聘德國軍官十餘人擔任教習，從天津武備學堂中挑選百餘名學生任各級軍官，這期間無疑重用並培植了一批私人親信。這些人以後很多都成了清末民初的軍政要人。如徐世昌、段祺瑞、馮國璋、王士珍、曹錕、張勳等，而他們效忠的並不是朝廷，而是單純的效忠袁世凱，這讓袁世凱個人的政治資本逐漸壯大，爲袁世凱日後就任第一任大總統自復辟稱帝打下了堅實的基礎。
1898年戊戌變法讓袁世凱捲入了政治漩渦的中心，光緒和慈禧兩派斗的勢如水火，你死我活。而早在袁世凱剛入京就被新派人士視爲同路人，此時更將希望寄託於袁世凱身上，將“圍園劫太后”的謀劃告知袁世凱，植根於袁世凱利用新建陸軍來實施維新派的計劃，光緒也爲此召見了袁世凱，袁世凱表面同意了維新派的計劃，而實際上老奸巨滑的袁世凱在審時度勢後最終選擇了以慈禧爲代表的守舊派，他將維新派的謀劃向榮祿告密。其實沒有袁世凱的告密，慈禧也已經準備好發動政變了。維新變法僅維持百日便以失敗告終，而袁世凱則因告密而獲得了慈禧的信任，地位扶搖直上。
1899年40歲的袁世凱已經成爲封疆大吏出任山東巡撫，新建陸軍也從天津小站隨他一同調往山東這，這一調動又導致他躲過了後來的八國聯軍侵襲，山東維持住了穩定，沒有遭到戰爭禍亂。袁世凱與清廷實力間此長彼消，實力已不可小覷。1901年11月，李鴻章死去，以當時袁世凱的實力已經“非袁莫屬”，於是沒有任何意外的，袁世凱被任命爲直隸總督兼北洋大臣，從此成爲中外所矚目的實力人物。實力的不斷壯大同時也讓袁世凱的野心瘋狂成長了起來。