周顯得到史可法的來信後，看到李巖這邊也無出兵的跡象，便集結大軍，想要一舉將李定國驅逐到山東之外。但大軍剛開始行動，便聽聞了史可法在揚州慘敗的消息，頓時氣的差點吐血。士卒數量數倍於隆武軍，卻遭遇如此的慘敗，這已經不能用無能來表達了。
但失望的同時，周顯也一下子看清了形勢。以後除了自己手下的士卒，還真不能太指望其他的明軍。
在揚州之戰中，韓括的主要任務是協助大軍運送兵卒過江。有近十艘船隻被毀，損失了近五百士卒，剛剛初具規模船隊遭受了自興建以來的最大損失。爲此，周顯將剛從登萊船廠建成的八艘海船交給他。同時下令除留下部分人馬掩護在海門的陳子龍外，船隊盡數遷移到崇明島。
並且，在南糧無法北運，山東境況嚴重的情況下。周顯讓韓括自動支配商隊的半數資金，用以在蘇、浙一代招兵。但此舉施行了一段時間後，主要的募兵方式由募兵便完全變了，而促使這種改變的是張名振。
嘉靖年代，倭寇海盜橫行。後有一代名將戚繼光橫空出世，徹底平定了倭寇之亂。但限於明朝的政策是守海疆，並沒有進行出海遠征，導致這些海盜最終是平而不滅。所以，在明末纔會出現鄭芝龍、劉香這樣的大海盜。
自鄭芝龍歸附朝廷，並站在官軍這邊擊滅劉香之後，在大明沿海便再無什麼大海盜，但各種小股海盜卻多如牛毛。鄭芝龍鎮守福建，基本上將當地的所有海盜收入自己麾下。即使不願直接歸順的，基本上也和他保持着一定的聯繫。所以，福建周邊海域都完全在鄭芝龍的控制之下。
但鄭芝龍終究是個商人，雖然歸附了大明，但一直想的是如何賺取更多的財富。在明面上，他是福建總兵，打擊南海周邊的海盜。但暗自裡，他利用手中的船隊走私貿易，還收攏一些海盜爲己所用。而除歸他統御的福建周邊沿海外，他對其他地域的海盜完全視而不見。而且有的時候還採取默許，甚至是私下支持。
明末雖然禁止海貿，但是私下的走私貿易卻異常繁榮。最興盛的地方除了鄭芝龍所掌控的福建，還有廣州和大明經濟最發達的蘇浙地區，大量商人、鄉紳，甚至是當地的某些官員都組織人力參與這樣的事情。
同時，大明兼併土地嚴重。很多失去田地的佃農及莊戶看到那麼多船隊出海，爲了活命，便冒險從事海盜這種無本的生意。他們截殺船隊，走私貨物，有時還突襲沿海的村莊，成爲新興的海盜。但不同於鄭芝龍，他們人雖然多，但組織混亂，沒有一個領頭的。彼此之間也爭鬥不休，爲了一點點利益大大出手。
他們這樣做，不僅直接打擊了民間的走私貿易，還讓沿海的百姓和漁民遭難。很多沿海漁村一個月內都被洗劫好幾次，而出海打漁的漁民往往是有去無回。在最嚴重的浙江海域，舟山羣島和一江山羣島上有名字的小島基本上都被海盜佔據。
在這個時候，張名振升遷爲台州石浦遊擊將軍。不同於其他明將的混吃等死，張名振胸有大志，一直想做出一番成就。他上任之後，利用手中不到千人的隊伍屢屢打擊海盜，使他們不敢再在臺州上岸。但這點滿足不了他，他便上書舟山總兵黃斌卿，請求與他一起出兵徹底平定東海海寇。
黃斌卿以軍功晉升舟山總兵，手下有兵近七千，船數百艘，爲人跋扈。對於張名振的建議，他想都沒想便直接加以拒絕，而且在回信中也多是輕視之言。實際上，他並非對張名振個人有什麼意見。只是朝廷已經停餉一年，爲了維持他手下的軍隊。他不僅參與走私，有時候還將手下士卒假扮成海盜做些無本的生意。而且靠着他手下的船隊和士卒，他也不斷出兵打擊那些不聽話的海盜，斬殺一些冒頭的。
那些海盜當然不敢搶掠他的船隻，而且大部分還每個月給他奉上一大筆錢來確保自己的安全。而現在，除了一些小股海盜，基本上全都降服了他，是他收入的主要來源。張名振此舉就等於徹底斷了他的財源，他當然不樂意。
但黃斌卿不知道的是，張名振除了遊擊將軍這個身份外，還是南京世襲的錦衣衛。這個身份具有很多好處，但最主要的有兩點。一個是身份雖低，但直通天廷。另一個是隻要他想整治一個人，從來不用擔心找不到有關的黑料。何況，黃斌卿本身就有大量黑料。
張名振利用自己的錦衣衛身份，輕鬆收集了黃斌卿勾結海盜參與走私、劫掠船隻、殺害百姓的罪證，並把這些上報到了南京。但此時，孫可望佔據揚州，時時威脅南京。而黃斌卿所率人馬雖然不多，但他的駐地舟山卻在遠離陸地的海島上。南京方面即使有心，也沒有實力卻剿滅黃斌卿，推脫等擊敗了孫可望再說，
揚州敗仗，南京那邊徹底沒了指望，張名振便拿着相機問罪黃斌卿的密令找到了韓括，讓他率船隊出海擊滅黃斌卿並剿滅海盜。
這時候，在揚州，官軍大敗，劉文秀在南徹底失了牽制。而駐兵於江北海門縣內的陳子龍獨木難支，只能率部撤離海門，乘船隨韓括前往崇明島。崇明島是衝擊平原形成，在明末遠沒有那麼大，而陳子龍又想將所有嚮明的江北百姓遷移走，正發愁着呢！在聽了張名振的建議之後，他極力說服韓括出兵。
韓括不能做主，寫信給周顯。周顯同意他出兵，並讓他盡力收降黃斌卿手下的士卒以及那些海盜。
張名振從海門縣撤回來的士卒，韓括的船隊，還有張名振手中的衛所兵，三者合在一起，已不下萬人。三人和議之後，以韓括船員爲主，從中挑選了會水、不暈船的士卒四千，在臺州漁民的帶領下趁着夜黑浪高，偷偷登島。