連接境智網在Playmaker的活躍之下雖然恢復安定，但因爲漢諾騎士的計劃而受到毀滅性的損害。SOL技術公司在此重建「連接境智網」後開放新生連接境智網。脫胎換骨的決鬥世界中人們發出歡呼，再次充滿了活力。然而，就在那新生連接境智網裡，理應是救過網絡的Playmaker反而遭到懸賞通緝……
Playmaker追上襲擊草薙弟弟仁的神秘人物並挑戰決鬥。然而，神秘人物使用的未知之卡迫使他陷入苦戰。尋找勝利突破口的Playmaker使用由Ai交給自己的新卡就此轉守爲攻！
Playmaker跟在奪走仁的意識並自稱鮑曼的決鬥者後面追趕。然而，他被自己面前新出現的2名決鬥者擋住去路。就在那時，神秘決鬥者Soulburner趕到，代替Playmaker接受決鬥。那位Soulburner的決鬥盤上，居然有伊格尼斯！？
轉學到和遊作相同學校的穗村尊的真正身份就是出手幫過Playmaker的Soulburner。成爲遊作同學之後的他跟自己擁有的伊格尼斯一起開始向遊作講述有關電子界世界崩潰以及新敵人存在的事。
成爲SOL技術公司賞金獵人的Go鬼冢找到通緝中的Playmaker和Ai並強行要求決鬥。但在那時，Go鬼冢的面前卻有Soulburner出來阻擋併爲了保護Playmaker而挑起決鬥。
Go鬼冢操縱ダイナレスラー(恐龍摔跤手)卡組發動猛攻，Soulburner靠着転生炎獣(轉生炎獸)的效果熬過去。面對爲了證明自己最強緊逼而來的Go鬼冢，有着輸不得理由的Soulburner給自己的拳頭附上了逆轉的火焰！
賞金獵人血腥牧人強迫懸賞的通緝犯Playmaker進入決鬥。他預測了Playmaker的佈陣，以ドローン(無人機)卡組的協作連環技來徹底封鎖Playmaker的戰略。
血腥牧人徹底調查過Playmaker的卡組。在他的無人機卡組面前，Playmaker束手無策。被步步逼近的無人機追擊給逼到極限的Playmaker爲了攻破血腥牧人的作戰計劃，在此實行了某個秘策。
Playmaker和Soulburner來到狂風怒號的懸崖上，依靠不可思議的力量終於到達遺蹟並且開始對其展開調查。在遺蹟的深處迎接那倆人的是意想不到的人物。
Soulburner接受了來自風之伊格尼斯的委託，跟入侵到風之區域的藍色少女開始了決鬥。Soulburner雖然受了淘氣仙星的傷害但呼喚出転生炎獣ヒートライオ(轉生炎獸 熾熱多頭獅)發動攻勢。然而，藍色少女不把熾熱多頭獅的攻擊放在眼裡，還用克服弱點的淘氣仙星新戰術逼得Soulburner走投無路。
Playmaker終於找到了鮑曼的住處，併爲拿回遭人奪取的草薙仁意識而挑戰決鬥。Playmaker在過去與鮑曼的決鬥中勝利過，於是他一邊預測對手的戰術一邊進行決鬥，但面對鮑曼得到比以前決鬥更大幅度強化之後的決鬥，他反被逼得走投無路……。隨後，鮑曼開始講述自己的過去。究竟鮑曼的真正身份是……
Playmaker由於改變面貌的鮑曼發起的猛攻而受到巨大傷害。即便如此他仍爲了勝利而激起鬥志，去突破那兇惡ハイドライブ(驅動龍)的佈陣。然而就在這時，鮑曼採取了令人吃驚的行動。
過去發生讓電子市陷入恐慌的異身事件。自此之後，漢諾三騎士(ハノイの三騎士)的病魔作爲主謀之一被監禁在收容所。就在她處於嚴格監視下的時候，某名男子在其面前現身……
調查關於Playmaker真正身份一事的別所惠麻和財前葵盯上了誇口自稱Playmaker摯友的島直樹。隨後，惠麻變身爲幽靈少女找到身爲島所用虛擬形象的神勇大將，對其提出決鬥。
Playmaker和Soulburner收到草薙的聯絡之後前往新出現的大門。可是，Soulburner被血腥牧人設在那裡的陷阱給捉住。隨後血腥牧人開始探查Soulburner被隱藏的記憶……
Playmaker爲了救出被囚禁的Soulburner而向賞金獵人劍持(剣持)和鎧阪(鎧阪)發起挑戰。另一方面，Soulburner因爲血腥牧人的陷阱被挖出隱藏的過去記憶！在被看穿弱點的不利狀況中，Soulburner和血腥牧人的決鬥開始了……
血腥牧人探查Soulburner的記憶從而看穿他的弱點，通過無人機怪獸的兇惡連環技建立了壓倒性的優勢。Soulburner陷入令人絕望的狀況之中被逐步逼向走投無路的境地。他能否克服弱點贏得決鬥勝利呢……！？
某日，遊作和尊打算去草薙那裡，島出現在面前叫住了遊作。尊只好一個人過去，還向草薙問了關於與遊作相會的事。草薙講述的那段內容是他與Playmaker的過去。
被記述爲都市傳說的連接境智網沉睡的神秘迷宮，佈滿機關的種種陷阱。以及，在那前方等待着的東西是……。從草薙口中講述的Playmaker誕生秘史在此終於真相大白！？
Ai對網上寫的情報進行調查，有一次，它發現了有關伊格尼斯的可疑文章。Playmaker和Ai爲了確認那段文章的真僞而前往連接境智網，想不到等待他們的是地之伊格尼斯……
地之伊格尼斯從水之伊格尼斯那裡知道了電子界世界的危機。爲了看清人類是哪種存在，決定向Playmaker挑戰。Playmaker受到Gゴーレム(G石人)攻擊而陷入危機。
Ai從決鬥盤中突然失蹤。查到此事原因出在其他伊格尼斯身上，Playmaker爲了搜索艾而前往連接境智網遇到光之伊格尼斯。在此Playmaker得知了光之伊格尼斯的目的以及電子界族世界崩潰一事背後隱藏的真相！
正在Playmaker和Ai處於危在旦夕之時，雷電從天上劈了下來，阻止了Lightning和windy行爲，待閃電的光芒散去，來者便是以全新的姿態出現在他們的Revolver。
Lightning向Revolver使出困住Playmaker和Ai相同的程序，被程序擊中的Revolver一揮手程序便消失了。
“沒有任何對策就衝進敵人的老巢，我纔不會做出此種愚行的。”
“這說的……是我們？”
“應該是了。”
“把我家的孩子給關起來，膽子可真是夠大的啊。”
“誰！”Lightning把跟剛纔一樣像光箭程序射向聲音的來源的角落方向。
但是，光箭還沒有擊中或者說是還沒有接近對方就消失了。
“真是沒禮貌。”來者角落的陰影出走了出來。
“！！！！”x2，Playmaker和Revolver倆人都很驚訝，因對方是他們都很熟悉的人。
“你是誰啊！”windy朝不知名的來者喊道。
“我名爲霸王。好久不見，Playmaker，想媽媽我了嗎～”冷酷的向對方自我介紹完後，立馬溫柔對自家孩子打招呼。你這態度轉變也太快了吧！！！
“媽媽！！！Playmaker，她是你媽媽嗎！？”
“是。”
“哦呀哦呀，沒想到Playmaker的母親會來呢，那麼您的目的是？”
“我家孩子的後援。”說着溟海打了個響指，困住Playmaker和Ai的程序瞬間消失的無影無蹤了。
“謝謝，媽媽。”
“不用客氣，父母幫孩子是應該的。接下來，人類創造的伊格尼斯，有興趣跟我聊一個話題嗎？”
“什麼話題？”
“題目‘人類’”
“！！！！”x5