蕾貝卡的爺爺霍金斯教授被拉菲魯綁架了，拉菲魯給遊戲留下了明日約戰的紙條。遊戲獨自一人到來的死亡峽谷，接受拉菲魯的挑戰。
被逼入絕境無計可施的暗遊戲發動了‘奧利哈剛的結界’，‘蒂邁歐’因此消失。遊戲意圖藉助“奧利哈剛的結界”的力量打敗拉菲魯。面對遊戲的瘋狂攻擊，拉菲魯終於召喚出了王牌怪獸‘守護者·艾託斯’。
暗遊戲敗給了拉菲魯，原本人格的遊戲代替暗遊戲被‘奧利哈剛的結界’奪取了靈魂。另一方面，一心想要變強的羽蛾和龍崎追着拉菲魯的直升機。
在無人列車的車頂，暗遊戲開始和羽蛾的決鬥。在荒野，城之內開始了和龍崎的決鬥。爲了復仇的羽蛾和龍崎，獲得了‘奧利哈剛的結界’。
城之內使用‘赫謨之爪’的力量和‘真紅眼黑龍’結合，從而戰勝了龍崎。另一方面，暗遊戲使用‘蒂邁歐之眼’向羽蛾反擊卻發動不了，這時羽蛾作出了激怒暗遊戲的舉動而慘遭鞭屍。
暗遊戲和杏子遇到了神秘老人艾亞哈特，在他帶領下來到了‘石之荒野’。在這個死靈之地，暗遊戲遇到了原本人格的遊戲。兩個遊戲開始了一場決鬥。
在‘石之荒野’，‘奧利哈剛戰士’出現在暗遊戲面前。面對擁有再生和強化能力的‘奧利哈剛巨靈’，暗遊戲必須藉助‘蒂邁歐’的力量。
多瑪三劍客之一的巴龍追求着孔雀舞。這時路過的蕾貝卡和御伽向巴龍發起決鬥挑戰。先攻的巴龍召喚出了攻擊力0的盔甲怪獸。
在海馬兄弟乘坐的專用噴氣式飛機上，亞美魯達突然出現。海馬和亞美魯達的決鬥再次開始。亞美魯達召喚出了王牌怪獸‘魔空要塞’。這時噴氣式飛機開始不穩定了。圭平跑去駕駛倉聯繫到磯野讓人教他操縱方式。
海馬贏了亞美魯達，操縱飛機，進行迫降。在最後關頭因爲海馬想要保護弟弟圭平的信念，引發了‘奇蹟’，三條龍共鳴現身幫助飛機進行迫降，使飛機平安降落。
海馬和遊戲相會，調查到了達姿的身份是帕拉蒂斯公司的總裁。
而另一邊巴龍用摩托車把城之內一人引導過來，和情敵城之內的決鬥終於開始了。
城之內和巴龍的決鬥持續着在城之內終於使出了‘赫謨之爪’，然而未能因此戰勝巴龍。面對巴龍的盔甲怪獸，城之內也讓怪獸和自身結合來應對。城之內穿上“真紅眼黑龍”的盔甲化身成‘真紅王’。
城之內和巴龍的決定迎來最激烈的時刻，在一旁觀看的孔雀舞也熱血起來。城之內戰勝巴龍後，馬上對孔雀舞發起挑戰！
城之內和孔雀舞的決鬥持續着，最後因城之內早已因與巴龍的對決而筋疲力盡輸給了孔雀舞。
孔雀舞戰勝城之內後，打算脫離多瑪而向拉菲魯要見BOSS達姿。暗遊戲等人來到多瑪的大樓時，遇到的是被拉菲魯打敗後失去靈魂的孔雀舞。暗遊戲乘電梯來到樓頂，這裡等待他的是多瑪三劍客最後一位——拉菲魯。
拉菲魯使用了‘奧利哈剛的結界’強化了自己的‘守護者’怪獸並召喚出了王牌‘守護者·艾託斯’。防守住猛烈攻擊後的暗遊戲召喚出了‘咒符龍’消滅‘艾託斯’，這時拉菲魯得以召喚出更加強大的‘守護者·戴思塞斯’。
面對‘守護者·戴思塞斯’的不死能力，暗遊戲不斷使用‘黃泉天輪’的效果復活怪獸來防守。最後暗遊戲選擇復活‘守護者·艾託斯’對抗拉菲魯，並賭上城之內的‘赫謨之爪’的能力。
根據拉菲魯所給的地圖，得知了達姿的所在地，於是暗遊戲、海馬等人乘坐直升機來到了南方大海上的一個孤島。島上的暗黑神殿裡存放着寄有敗者的靈魂的石板。於是，暗遊戲和海馬對戰達姿的決鬥開始了。
暗遊戲和海馬召喚出了‘究極龍騎士’向達姿發起直接攻擊，然而達姿毫髮無損。達姿召喚出儀式怪獸‘奧利哈剛的反射鏡’並特召出4只‘反射鏡子騎士’向暗遊戲、海馬的怪獸發起攻擊。
海馬破壞了‘奧利哈剛的反射鏡’，4只‘反射鏡子騎士’的真面目竟然是遊戲、城之內、孔雀舞和貝卡斯的靈魂。暗遊戲無法對他們發起攻擊，雖然海馬毫無顧忌地發起攻擊，但‘反射鏡子騎士’的特殊能力實在難纏。
達姿發動了第三重結界‘奧利哈剛之氣’。海馬使用‘克里底亞之牙’的力量召喚出了‘反射鏡力龍’全滅達姿的‘反射鏡子騎士’，然後達姿召喚出強大的怪獸——西諾洛斯向海馬襲來。
海馬犧牲了，留下暗遊戲獨自對抗達姿。面對攻擊力2萬的西諾洛斯，遊戲只能採取防守。這時，暗遊戲抽出了貝卡斯那裡獲得的一張卡‘傳說之心’——擁有解鎖‘傳說之龍’真正姿態能力的卡片。
在一萬年前，在亞特蘭蒂斯前國王艾亞哈特（達姿之父）的召喚下，3條「傳說之龍」率領決鬥怪獸大軍與黑暗之王——操控奧利哈剛之力的現國王達姿進行決戰。其中「蒂邁歐」的眼睛、「克里底亞」的牙齒、「赫謨」的爪子均被利劍刺傷。雖然最終戰敗，不過也讓達姿的力量大損，由霸王（溟海）趁機封印，但是3條「傳說之龍」也因此受到了詛咒，被水晶封印在決鬥怪獸世界的城堡中，等待着主人的來臨，與黑暗力量進行決戰的時刻。
而曾經尋找過決鬥怪獸歷史的帕伽索斯研究「傳說之龍」石板上的古代文字得知，「傳說之龍」現有的形態並不是它們真正的姿態，因此創造了1張名爲「傳說之心」的卡，成爲引導他們恢復原本姿態的力量。
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現在正是恢復原本姿態之時！
“支付一千點生命值，將場上一隻戰士族怪獸當作祭品！”暗遊戲的LP（生命值）瞬間降到了1150。
與此同時手卡·墓地的「蒂邁歐之眼」「克里底亞之牙」「赫謨之爪」出現在場上，三條龍飛向那烏雲密佈的雲層上。此時從雲層中傳來了聲音。
“是誰！呼喚了我們！”
“喚醒了我們沉睡的靈魂！”
“再次回到戰鬥中！”
三道閃電擊落到地上在白光中出現了的三個身影。
“我名爲 蒂邁歐”
“我名爲 克里底亞”
“我名爲 赫謨”
“我們的力量與心靈的光芒同在”x3。三人把三把劍交叉在一起。
“那就是無名之龍真正的面貌嗎！”達姿看到這一幕被震驚到。
蒂邁歐三人合力擊碎‘奧利哈剛的結界’。
“怎麼可能！‘奧利哈剛的結界’居然……”
“我們的羈絆絕對可以”赫謨發言。
“粉碎心靈黑暗的結界”克里底亞接道。
“受到你傷害的傷口，現在正是回敬給你的時候”蒂邁歐指着自己的帶有傷痕的右眼，又指向達姿。
“嗯。”
“達姿，這下你那鐵壁般的封印被破壞了。蒂邁歐，攻擊奧利哈剛阿利迪羅斯。傳說的騎士克里底亞、赫謨。這樣一來我的回合結束了。”暗遊戲的LP一下減到了250。
“竟然消減自己的生命值，來減弱西諾洛斯的攻擊力。
但是，你的生命值已經就像風中殘燭了。只要下個回合我在發動一次攻擊，你被消滅的結果還是不會改變。
我的回合，抽卡。奧利哈剛西諾洛斯，攻擊克里底亞，毀滅之輪。”
“發動克里底亞的特殊效果，吸收在這場決鬥中我方使用過的陷阱卡能力。”
“什麼.....”
“克里底亞所吸收的卡，那就是神聖的防護罩-反射之力。”奧利哈剛西諾洛斯發出的技能毀滅之輪被克里底亞擋住。
“克里底亞所承受的攻擊，全部反彈到敵方的戰鬥怪獸。”
“智慧之劍！”克里底亞把毀滅之輪擊碎並反彈了回去。
達姿的LP降到14100.
“竟然能打到西諾洛斯，不過……”
在場上的奧利哈剛西諾洛斯破碎掉併發生了變化......
“什麼！”
黑霧蔓延出現在暗遊戲眼前的是紅色的漩渦口從漆黑的深處出現了一條巨蟒。
“蛇神彝，這纔是我最強的僕人。當奧利哈剛西諾洛斯的攻擊力歸零的時候，我可以支付10000點生命值以及所有手牌爲代價特殊召喚出來。”
達姿的LP歸零。
“生命值……”
“當我的生命值歸零，蛇神彝被破壞的時候，我就會敗北。但是那個攻擊力。”
“攻擊力…無限大。”
“終究，憑你一個人的力量是不可能贏得了我的。好了，無名的法老王，抽你最後的一張看吧。”
暗遊戲消滅了達姿的西諾洛斯，但達姿進一步召喚出攻擊力∞（無限大）的蛇神彝，暗遊戲使用‘魂之接力’召喚出‘黑魔術少女’使自己免於落敗。傳說的三騎士，向達姿的蛇神彝發起了最後攻擊！
暗遊戲用「傳說的騎士 克里底亞」攻擊「蛇神彝」，克里底亞發動效果獲得手上的「攻擊誘導防護罩」的效果，把攻擊對象轉移爲「傳說的騎士 赫謨」，赫謨發動效果除外卡組裡的磁石戰士α、β和γ，這個回合每次赫謨被選爲攻擊對象時，其攻擊力會上升 克里底亞 攻擊力的3倍。
因爲克里底亞的效果沒有一回合一次的限制，故發動無數次，赫謨的攻擊也升上無數次直至∞（無限大）。
戰鬥發生前，暗遊戲發動「傳說的騎士 蒂邁歐」的效果將那兩人融合，召喚出「合神龍 蒂邁歐」。「合神龍 蒂邁歐」的攻擊力是融合素材的當時攻擊力總和，故也是∞（無限大）。
蛇神彝被打敗，達姿的敗北，合神龍 蒂邁歐的那一劍把達姿身後封印着靈魂的空間斬出了一道巨大散發着白光的裂縫。合神龍 蒂邁歐解除了融合，又變回了蒂邁歐三人。
“達姿，這場決鬥是我贏了。快解放大家的靈魂。”
“唔嗯！”達姿不甘心握拳。
就在這時突然地動山搖，達姿被一隻突然出現的怪獸一口吞掉帶走了。
“達姿！”
此時整個世界發生着巨大的動盪，宛如世界末日來臨一樣。
在被封印着靈魂的空間裡，遊戲、海馬、城之內三人被什麼吸引出空間。
在空間外面傳說中的三騎士正在呼喚他們的主人們。
“被選中的決鬥者們，請再度與我們一起。”
三個白色的光球從裂縫飛出來。
“這是……”暗遊戲雙手抱着其中的一個。
其他倆個光球分別回到了海馬、城之內的身體裡。緊接着暗遊戲也讓手裡的光球回到身體裡。
遊戲、海馬、城之內三人的靈魂都回來了。
可是事情到這裡遠遠還沒有結束，真正的戰鬥才正要開始……