已吸收巨量人類靈魂的奧利哈剛之神已到復活邊緣，只需再吸收被選中的三名決鬥者──無名法老王（即暗遊戲）、海馬瀨人及城之內克也的靈魂即可完全復活。
不料達姿在決鬥中敗給了喚醒傳說中的三騎士的法老王，致使奧利哈剛之神只能以達姿之魂作爲替代而復活。
遊戲、海馬、城之內3人來到了巨大城市亞特蘭蒂斯上，以奧利哈剛之神爲對手，召喚出各自的決鬥怪獸。
但三人加起來的力量都不是‘奧利哈剛之神’的對手。
就在這時天空上突然出現了極光，從極光中出現了許多光球，光球裡的是決鬥怪獸（精靈）。
帶領他們的是上次見過的神秘少女霸王和黑魔導少女。
“各位，現在正是集合我們的力量幫助主人（Master），聽從霸王大人的指揮。”黑魔導少女發言。
“上！”僅僅一個字，精靈們都按照霸王事先預定好的戰術開始進行了攻擊。霸王與上次見面時的服飾稍有不同，披着漆黑的披風。
在遊戲他們和衆精靈攻擊下外型類似大海蛇，體格巨大的奧利哈剛之神依舊完好無損。
復活後的奧利哈剛之神，在達姿指揮下與三名被選中的決鬥者戰鬥，從身體觸角放出的能源切片，先後輕鬆擊敗三人的青眼究極龍、黑色魔術師、混沌戰士、磁石戰士巴基利歐、XYZ龍加農、人造人電子索加、傳說三騎士等強力怪獸及神秘少女霸王和黑魔術師女孩率領的精靈界。
精靈界那邊由霸王一人的力量使出防護罩保護黑魔導少女他們。
奧利哈剛之神趁機身體上伸出觸手把遊戲三人纏繞起來拉入體內。
“這下我的神終於可以完全復活了。”
“那可不一定，達姿。”
“你說什麼。嗯！”達姿看着霸王，突然感覺到了什麼。
從奧利哈剛之神的身體上冒出一縷縷的光芒都匯聚到了還未沉入奧利哈剛之神身體裡遊戲手臂上的決鬥盤上。
“那個是、對了！主人的卡組還沒......”
“黑魔導少女！就是現在！”
“嗯！大家！”聽從霸王的指揮，黑魔導少女帶領精靈們化作光芒飛入到決鬥盤裡。
無名法老王喚醒了被吸收的靈魂心中的光明面並藉助整個精靈界的力量，以法老王的名義使三幻神復活。
遊戲等人也從奧利哈剛之神的身體出來了。
接下來是神與神之戰。
奧利哈剛之神在與三幻神的戰鬥中敗北，失去所有吸收的靈魂沉於大海，墜入海底後失去了所有人類的靈魂而變成一條黑蛇（奧利哈剛之神本體），但本體未亡依舊想對付武藤遊戲等人，再次向暗遊戲發動攻擊。
無名法老王藉助達姿的解釋瞭解到奧利哈剛之神的本體實爲人類和星球的陰暗面，因此選擇了將奧利哈剛之神本體吸入自己體內，並利用心之容器將其徹底封印並且淨化。