西面的徐壽輝一時間折騰的厲害，而且他手下的人馬也不好多付，於是劉明遠決定暫時不在安慶用兵，同時在西線採取防禦的戰法，將主力集中在東線，對付方國珍佔據的溫、臺兩地。
劉明遠早就對溫、臺兩地垂涎許久了，尤其是此時浙東已經被懷遠軍攻佔，於是劉明遠決定儘快對方國珍動手。
方家世代居住在臺州，爲台州黃岩人，方家在當地以捕魚爲生，同時也做一些海上生意，販賣一些私鹽，等到了方國珍接手家業之後，兄弟五人齊心協力，方家在臺州已經是小有名氣。
方國珍遇事愛算計，事情想得周全，小心謹慎，於是在販賣私鹽和海上生意上都沒有出過差錯，都能掙到錢，但是也是因爲爲人心胸狹隘，總想獨佔全部好處，於是也接下了不少仇家。
至正年間，暴元無德，民不聊生，很多百姓都沒有活路，溫臺一帶很多活不下去的漁民出海爲寇。
當時一個名爲蔡亂頭的海寇，在海上大肆掠奪出海船隻，同時還騷擾沿海城鎮，當地官府多次派兵征討，都無果而返，蔡亂頭於是越來越猖狂。
此時，方國珍的一個仇家向官府舉報說方國珍和蔡亂頭私下裡有往來，當地官員對方國珍早就看不慣了，就準備派人抓捕方家衆人。
方國珍提前得知消息，頓時一陣暴怒，於是兄弟五人和幾個故交商量一番之後，決定殺了這個仇家，然後入海爲寇。
於是方國珍殺了這個舉報的仇家，然後帶着金銀和家人和故交們入海爲寇，幾年下來勢力暴漲，一時間竟然成爲溫臺一帶最大的海寇。
元朝於是以孛羅帖木兒爲行省左丞，督軍出海征討，但是因爲不熟悉海況，被方國珍打敗。
看到方國珍在溫臺已經尾大不掉，於是脫脫派大司農達識帖睦邇再次招降方國珍，授予方國珍千戶官職，繼續統領手下人馬。
方國珍這才接受，但是依然不肯登岸，繼續在海島上駐守，元庭也拿他沒有任何辦法。
但是沒過多久，中原大亂開始，元朝招募水師防守長江，調方國珍部進入長江，方國珍心中疑懼，重新反叛，並且誘殺了台州路達魯花赤泰不華。
後來脫脫派也先帖木兒和董摶霄出戰江南，很快將彭瑩玉叛亂鎮壓，方國珍心中頓時又開始擔憂起來，擔心被元軍攻伐，於是派人潛至京城，賄賂朝中權貴，允許他投降。
此時脫脫已經被罷免，替代者哈麻貪婪小人一個，收到了好處之後，很快就授予了方國珍爲徽州路治中。
官職雖然不大，但是方國珍還是接受了，他此時也不想和元庭徹底撕破臉，於是接受了任命，只是他以年邁身體行動不便爲由，拒絕到徽州赴任，繼續在海島上駐守。
後來劉明遠領軍南下，一路猛進，半年的功夫就攻佔了金陵城，元庭大爲震動，當時江浙行省總管麻爾圖令方國珍領兵出戰懷遠軍。
方國珍看到江南局勢大亂，拒不聽命麻爾圖，並且再次造反，最終乘着江浙兵力空虛，率軍攻陷溫臺兩州，大肆掠奪，一羣海寇登岸，自然是燒殺掠奪。
此時江南戰事危機，元軍被懷遠軍打的毫無還手之力，傷亡慘重，麻爾圖心中焦慮，於是對方國珍繼續招撫，想讓方國珍出兵平叛。
並且以海道漕運萬戶之職招降他，並且授予行省參政，同時令他總領溫臺兩地軍政民政，方國珍這才滿意地接受了。
但是麻爾圖發現自己很快就失算了，這個方國珍就是一條餓狼，根本喂不飽，此時已經佔據了溫臺，但是依然不肯出兵，直到麻爾圖死在平江城中，方國珍依然不肯出動一兵一卒。
等到浙東已經糜爛，懷遠軍和張士德在浙東大打出手，方國珍看到元庭已經沒有任何希望了，於是立刻背叛了元庭，聲明和元庭脫離了干係。
本來有一個名爲周子善的文人向方國珍進言，讓他乘亂北上，攻取杭州，謀取浙東，但是方國珍立刻否決了周子善的進言，並且聲言這是在讓他去送死。
周子善聽了之後，頓時一陣泄氣，他知道這樣的主公不值得託付，於是就離開了台州，直接投奔了金陵劉明遠。
劉明遠從周子善那裡得到了不少方國珍的信息，對於這種人，劉明遠心中對這個方國珍另眼想看，竟然一點骨子都沒有，簡直就是一個見利忘義的小人，而且鼠目寸光，佔據海上力量，多年來竟然沒有任何進去。
劉明遠此時也放棄了對方國珍的招撫了，她知道如果派人過去，方國珍是一定會上表稱臣的，對待劉明遠也會和當年對待元庭一樣，所以這樣的不穩定因素劉明遠絕對不會留下。
而且方國珍私鹽販子出身，身邊聚集的都是一些海寇，沒少禍害溫臺一帶的百姓和商人，所以劉明遠決定收拾了這個方國珍。
如果對方國珍用兵，劉明遠必須要面對一個問題，那就是方國珍的水師，方國珍的水師都是海寇，在陸地上和懷遠軍交手的話，劉明遠認爲絕對不是懷遠軍的對手，但是這些海寇打不過就會逃到海上，到時候可就麻煩了，而且方國珍當年可是經常這樣做。
此時劉明遠雖然手上有一支水師，都是在長江內河作戰，但是大海完全不一樣，所以劉明遠必須要面對這個問題。
一時間劉明遠也沒有好的解決辦法，雖然打造了兩艘新式海船，而且這段時日也出海航行了一下，但是畢竟太少了，想要攻打方國珍手下的水師是絕對不夠用的。
通過周子善那裡，劉明遠和馮國用對方國珍也算有了解，雖然決定對方國珍動手，但是此時還不是時候，畢竟懷遠軍還沒有進入溫臺一帶。
於是劉明遠在龍鳳二年初，在西線開展了一系列戰事，首先是常遇春領兵攻打紹興、奉化一帶，兵鋒進入台州。
同時馮國勝領兵出擊衢州和婺州、處州一線，傅友德領兵攻打饒州和信州。
一時間懷遠軍大軍齊發，對東南一帶展開了全面進攻，劉明遠決定在兩年內解決東南戰事，然後調過頭來再對徐壽輝動手。
此時劉明遠將全部主力都投入到了東南一帶的攻擊中去，就是想要儘快結束這裡的戰鬥。
這次劉明遠沒有等到春耕結束之後再開戰，經過一年多的治理，懷遠軍治下已經基本穩定，而且李善長也向劉明遠拍着胸脯保證，沒有軍隊屯田，地方百姓依然可以完成耕種任務，並且將軍隊開墾的軍屯也耕種了。
劉明遠於是果斷出兵，畢竟不能指望軍隊一直種地，軍隊還是用來打仗的。
隨着懷遠軍的攻勢展開，常遇春率領杭州懷遠軍五萬大軍直接殺入紹興府。
紹興府人口密集，而且商賈雲集，當地元軍有三萬之多，依託着紹興外面的幾座山丘和河流和懷遠軍展開了對戰。
常遇春也不敢大意，令手下最兇猛的張天佑擔任突擊任務，對紹興外面依託山丘建立的元軍營寨展開攻勢。
張天佑手下的人馬兇猛無比，在攻擊開始不到三天的功夫，就將紹興城外的元軍一掃而空，元軍丟下了上萬具屍體之後，狼狽地逃入到了紹興城中。
常遇春隨後一鼓作氣，率領大軍對紹興城展開猛攻，紹興知府和達魯花赤雖然領着人馬殊死抵抗，但是依然沒有堅持上一個時辰，最後被懷遠軍攻破城池，紹興知府和達魯花赤死於亂軍，懷遠軍攻佔紹興，俘虜元軍上萬，繳獲了大量的輜重和錢糧。
隨後常遇春留下張天佑守城，然後領着大軍直接殺入慶元路，此時慶元路的元軍早已經是驚弓之鳥了，看到懷遠軍殺來，知州和達魯花赤立刻帶着家眷和細軟乘船逃命了，留下的守軍紛紛投降，懷遠軍不費一兵一卒攻佔了慶元路，佔領了餘姚、奉化等城池。
傅友德在饒州和信州一帶也進展迅速，饒州緊鄰鄱陽湖，此時江州被倪文俊團團包圍，倪文俊一時間也顧不上鄱陽湖東岸的饒州，但是饒州城中的元軍已經膽戰心驚。
鄱陽湖已經被陳友諒的水師全部佔據着，周邊的漁紛紛響應，鄱陽湖周邊的城池此時也是人人自危。
最後饒州城中的元軍沒有等陳友諒的水師，等來的是懷遠軍的大軍圍城，饒州知州和達魯花赤看到城下的懷遠軍，心中頓時一陣悲涼，他們知道和陳友諒的人馬相比，劉明遠的懷遠軍纔是真正的虎狼之師。
饒州城中頓時一片失敗的情緒，但是知州和達魯花赤都清楚懷遠軍是絕對不會放過他們的，於是還是組織人馬守城。
但是饒州的守軍已經徹底喪膽，同時饒州城中謠言四起，到處都是懷遠軍殺入城中的消息，最後守軍徹底氣喪，打開饒州城門投降。
知州和達魯花赤在逃跑的時候被懷遠軍抓獲，最後在公審大會上被百姓活活打死。
信州的元軍雖然進行了抵抗，但是依然沒有擋住傅友德的攻擊，最後在懷遠軍的猛攻之下，信州城被攻破，懷遠軍攻佔了信州，俘虜了知州和達魯花赤，同時信州的封王也被懷遠軍俘虜了。